extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/methylation-beta.def

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6872 16 Nov 22 nicklas 1 Bootstrap: library
6872 16 Nov 22 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:9.0
6872 16 Nov 22 nicklas 3
6872 16 Nov 22 nicklas 4 %post
6872 16 Nov 22 nicklas 5 yum -y install glibc-langpack-en libxcrypt-compat libicu
6872 16 Nov 22 nicklas 6 yum -y install findutils wget unzip tar bzip2 hostname which
6872 16 Nov 22 nicklas 7
6872 16 Nov 22 nicklas 8 ## Minconda 4.12 with Python 3.9
6872 16 Nov 22 nicklas 9 mkdir -p /download
6872 16 Nov 22 nicklas 10 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
6872 16 Nov 22 nicklas 11 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
6872 16 Nov 22 nicklas 12 PATH=/miniconda/bin:$PATH
6872 16 Nov 22 nicklas 13 conda config --add channels defaults
6872 16 Nov 22 nicklas 14 conda config --add channels bioconda
6872 16 Nov 22 nicklas 15 conda config --add channels conda-forge
6872 16 Nov 22 nicklas 16
6872 16 Nov 22 nicklas 17 ## R with minfi package and other stuff. Works best to only specify 
6872 16 Nov 22 nicklas 18 # the minfi version and let conda figure out the rest
6872 16 Nov 22 nicklas 19 conda install -y \
6872 16 Nov 22 nicklas 20   bioconductor-minfi=1.44 \
6872 16 Nov 22 nicklas 21   bioconductor-illuminahumanmethylationepicmanifest \
6872 16 Nov 22 nicklas 22   bioconductor-illuminahumanmethylationepicanno.ilm10b4.hg19
6872 16 Nov 22 nicklas 23
6872 16 Nov 22 nicklas 24
6872 16 Nov 22 nicklas 25 ## Cleanup
6872 16 Nov 22 nicklas 26 rm -rf /download
6872 16 Nov 22 nicklas 27 conda clean -y --all
6872 16 Nov 22 nicklas 28 yum clean all
6872 16 Nov 22 nicklas 29
6872 16 Nov 22 nicklas 30 %environment
6872 16 Nov 22 nicklas 31 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
6872 16 Nov 22 nicklas 32
6872 16 Nov 22 nicklas 33 %test
6872 16 Nov 22 nicklas 34 echo "Host      : `hostname 2>&1`"
6872 16 Nov 22 nicklas 35 echo "OS        : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
6872 16 Nov 22 nicklas 36 echo "Miniconda : `conda --version 2>&1`"
6872 16 Nov 22 nicklas 37 echo "Python    : `python --version 2>&1`"
6872 16 Nov 22 nicklas 38 echo "R         : `R --version 2>&1 | head -1`"
6872 16 Nov 22 nicklas 39 echo "Minfi     : `Rscript -e 'packageVersion("minfi")' 2>&1`"
6872 16 Nov 22 nicklas 40
6872 16 Nov 22 nicklas 41 %labels
6872 16 Nov 22 nicklas 42 Author Nicklas Nordborg
6872 16 Nov 22 nicklas 43
6872 16 Nov 22 nicklas 44 %help
6872 16 Nov 22 nicklas 45 A container with the tools that are needed for analysis of Epic850K data
6872 16 Nov 22 nicklas 46 with th minfi R package. Source data is expected to be IDAT files and various 
6883 23 Nov 22 nicklas 47 other files with metadata about the Epic850K platform. Beta-values are saved
6883 23 Nov 22 nicklas 48 as compressed TSV files. To display versions of installed programs use:
6872 16 Nov 22 nicklas 49
6872 16 Nov 22 nicklas 50 singularity test <container.sif>

Generated on Tue Nov 21 03:29:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)