extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/rnaseq-demux.def

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6679 19 Apr 22 nicklas 1 Bootstrap: library
6679 19 Apr 22 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:8.4
6679 19 Apr 22 nicklas 3
6679 19 Apr 22 nicklas 4 %post
6686 21 Apr 22 nicklas 5 yum -y install wget tar unzip bzip2 hostname
6679 19 Apr 22 nicklas 6 mkdir -p /download
6679 19 Apr 22 nicklas 7
6679 19 Apr 22 nicklas 8 ## Minconda 4.2 with Python 3.5 (Need this python version with bowtie)
6679 19 Apr 22 nicklas 9 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.2.12-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
6679 19 Apr 22 nicklas 10 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
6679 19 Apr 22 nicklas 11 PATH=/miniconda/bin:$PATH
6679 19 Apr 22 nicklas 12 conda config --add channels defaults
6679 19 Apr 22 nicklas 13 conda config --add channels bioconda
6679 19 Apr 22 nicklas 14 conda config --add channels conda-forge
6679 19 Apr 22 nicklas 15
6679 19 Apr 22 nicklas 16 ## Picard, Bowtie2, Trimmomatic
6679 19 Apr 22 nicklas 17 conda install -y \
6679 19 Apr 22 nicklas 18   picard-slim=2.22.3 \
6679 19 Apr 22 nicklas 19   bowtie2=2.2.8 \
6679 19 Apr 22 nicklas 20   trimmomatic=0.33
6679 19 Apr 22 nicklas 21
6679 19 Apr 22 nicklas 22 ## Cleanup
6679 19 Apr 22 nicklas 23 rm -rf /download
6679 19 Apr 22 nicklas 24 conda clean -y --all
6679 19 Apr 22 nicklas 25 yum clean all
6679 19 Apr 22 nicklas 26
6679 19 Apr 22 nicklas 27 %environment
6679 19 Apr 22 nicklas 28 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
6679 19 Apr 22 nicklas 29 export JAVA=/miniconda/bin/java
6679 19 Apr 22 nicklas 30 export BOWTIE=/miniconda/bin/bowtie2
6685 20 Apr 22 nicklas 31 export PICARD=`find /miniconda/share -name picard.jar -type f`
6685 20 Apr 22 nicklas 32 export TRIMMOMATIC=`find /miniconda/share -name trimmomatic.jar -type f`
6685 20 Apr 22 nicklas 33 export TRIMMOMATIC_ADAPTERS=${TRIMMOMATIC%/*}/adapters
6679 19 Apr 22 nicklas 34
6679 19 Apr 22 nicklas 35 %test
6686 21 Apr 22 nicklas 36 echo "Host        : `hostname 2>&1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 37 echo "OS          : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
6685 20 Apr 22 nicklas 38 echo "Bowtie      : `bowtie2 --version 2>&1 | head -1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 39 echo "Java        : `java -version 2>&1 | head -1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 40 echo "Picard      : `java -jar ${PICARD} ExtractIlluminaBarcodes --version 2>&1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 41 echo "Trimmomatic : ${TRIMMOMATIC}"
6685 20 Apr 22 nicklas 42 echo "Miniconda   : `conda --version 2>&1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 43 echo "Python      : `python --version 2>&1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 44
6679 19 Apr 22 nicklas 45
6679 19 Apr 22 nicklas 46 %labels
6679 19 Apr 22 nicklas 47 PipelineVersion v5
6679 19 Apr 22 nicklas 48 Author Nicklas Nordborg
6679 19 Apr 22 nicklas 49
6679 19 Apr 22 nicklas 50 %help
6679 19 Apr 22 nicklas 51 A container with the tools that are needed to demux and merge RNA-seq data
6679 19 Apr 22 nicklas 52 for the Reggie pipeline. This container can also be used for importing 
6679 19 Apr 22 nicklas 53 existing FASTQ files that need to be trimmed with Trimmomatic. To display
6679 19 Apr 22 nicklas 54 versions of installed programs use:
6679 19 Apr 22 nicklas 55
6679 19 Apr 22 nicklas 56 singularity test <container.sif>
6679 19 Apr 22 nicklas 57

Generated on Tue Nov 21 03:29:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)