extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/rockylinux8.4_with_miniconda.def

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6679 19 Apr 22 nicklas 1 Bootstrap: library
6679 19 Apr 22 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:8.4
6679 19 Apr 22 nicklas 3
6679 19 Apr 22 nicklas 4 %post
6686 21 Apr 22 nicklas 5 yum -y install wget unzip tar bzip2 hostname
6679 19 Apr 22 nicklas 6
6679 19 Apr 22 nicklas 7 ## Minconda
6679 19 Apr 22 nicklas 8 mkdir -p /download
6679 19 Apr 22 nicklas 9
6679 19 Apr 22 nicklas 10 ## Choose a version of Miniconda below!!
6679 19 Apr 22 nicklas 11 ## -------------------------------------
6679 19 Apr 22 nicklas 12
6679 19 Apr 22 nicklas 13 ## Minconda 4.2 with Python 3.5 -- works with Bowtie2 2.2.8 and Hisat2 2.2.1
6679 19 Apr 22 nicklas 14 # wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.2.12-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
6679 19 Apr 22 nicklas 15
6679 19 Apr 22 nicklas 16 ## Minconda 4.5 with Python 3.6
6679 19 Apr 22 nicklas 17 # wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh -O /download/minconda.sh
6679 19 Apr 22 nicklas 18
6679 19 Apr 22 nicklas 19 ## Minconda 4.11 with Python 3.7
6679 19 Apr 22 nicklas 20 # wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
6679 19 Apr 22 nicklas 21
6679 19 Apr 22 nicklas 22 ## Minconda 4.11 with Python 3.9
6679 19 Apr 22 nicklas 23 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
6679 19 Apr 22 nicklas 24
6679 19 Apr 22 nicklas 25 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
6679 19 Apr 22 nicklas 26 PATH=/miniconda/bin:$PATH
6679 19 Apr 22 nicklas 27 conda config --add channels defaults
6679 19 Apr 22 nicklas 28 conda config --add channels bioconda
6679 19 Apr 22 nicklas 29 conda config --add channels conda-forge
6679 19 Apr 22 nicklas 30
6679 19 Apr 22 nicklas 31
6679 19 Apr 22 nicklas 32 %environment
6679 19 Apr 22 nicklas 33 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
6679 19 Apr 22 nicklas 34
6679 19 Apr 22 nicklas 35 %test
6686 21 Apr 22 nicklas 36 echo "Host      : `hostname 2>&1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 37 echo "OS        : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
6685 20 Apr 22 nicklas 38 echo "Miniconda : `conda --version 2>&1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 39 echo "Python    : `python --version 2>&1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 40
6679 19 Apr 22 nicklas 41 %labels
6679 19 Apr 22 nicklas 42 Author Nicklas Nordborg
6679 19 Apr 22 nicklas 43
6679 19 Apr 22 nicklas 44 %help
6679 19 Apr 22 nicklas 45 A Rocky 8.4 installation with Miniconda.
6679 19 Apr 22 nicklas 46

Generated on Tue Nov 21 03:29:27 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)