extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/stringtie2023.def

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6820 29 Aug 22 nicklas 1 Bootstrap: library
6820 29 Aug 22 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:9.0
6820 29 Aug 22 nicklas 3
6820 29 Aug 22 nicklas 4 %post
6820 29 Aug 22 nicklas 5 yum -y install glibc-langpack-en libxcrypt-compat 
6820 29 Aug 22 nicklas 6 yum -y install findutils wget unzip tar bzip2 hostname
6820 29 Aug 22 nicklas 7
6820 29 Aug 22 nicklas 8 ## Minconda 4.12 with Python 3.9
6820 29 Aug 22 nicklas 9 mkdir -p /download
6820 29 Aug 22 nicklas 10 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
6820 29 Aug 22 nicklas 11
6820 29 Aug 22 nicklas 12 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
6820 29 Aug 22 nicklas 13 PATH=/miniconda/bin:$PATH
6820 29 Aug 22 nicklas 14 conda config --add channels defaults
6820 29 Aug 22 nicklas 15 conda config --add channels bioconda
6820 29 Aug 22 nicklas 16 conda config --add channels conda-forge
6820 29 Aug 22 nicklas 17
6820 29 Aug 22 nicklas 18 ## Stringtie
6820 29 Aug 22 nicklas 19 conda install -y \
6820 29 Aug 22 nicklas 20   stringtie=2.2.1
6820 29 Aug 22 nicklas 21   
6820 29 Aug 22 nicklas 22 ## Cleanup
6820 29 Aug 22 nicklas 23 rm -rf /download
6820 29 Aug 22 nicklas 24 conda clean -y --all
6820 29 Aug 22 nicklas 25 yum clean all
6820 29 Aug 22 nicklas 26
6820 29 Aug 22 nicklas 27 %environment
6820 29 Aug 22 nicklas 28 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
6820 29 Aug 22 nicklas 29 export STRINGTIE=/miniconda/bin/stringtie
6820 29 Aug 22 nicklas 30 export PREPDE=/miniconda/bin/prepDE.py
6820 29 Aug 22 nicklas 31
6820 29 Aug 22 nicklas 32 %test
6820 29 Aug 22 nicklas 33 echo "Host      : `hostname 2>&1`"
6820 29 Aug 22 nicklas 34 echo "OS        : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
6820 29 Aug 22 nicklas 35 echo "Stringtie : `stringtie --version 2>&1`"
6820 29 Aug 22 nicklas 36 echo "Miniconda : `conda --version 2>&1`"
6820 29 Aug 22 nicklas 37 echo "Python    : `python --version 2>&1`"
6820 29 Aug 22 nicklas 38
6820 29 Aug 22 nicklas 39 %labels
6820 29 Aug 22 nicklas 40 PipelineVersion 2023.v1
6820 29 Aug 22 nicklas 41 Author Nicklas Nordborg
6820 29 Aug 22 nicklas 42
6820 29 Aug 22 nicklas 43 %help
6820 29 Aug 22 nicklas 44 A container with the tools that are needed for the StringTie
6820 29 Aug 22 nicklas 45 gene expression analysis. To display versions of installed
6820 29 Aug 22 nicklas 46 programs use:
6820 29 Aug 22 nicklas 47
6820 29 Aug 22 nicklas 48 singularity test <container.sif>

Generated on Tue Nov 21 03:29:29 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)