extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/variantcall.def

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6679 19 Apr 22 nicklas 1 Bootstrap: library
6679 19 Apr 22 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:8.4
6679 19 Apr 22 nicklas 3
6679 19 Apr 22 nicklas 4 %post
6686 21 Apr 22 nicklas 5 yum install -y wget unzip tar bzip2 hostname
6679 19 Apr 22 nicklas 6 mkdir -p /download
6679 19 Apr 22 nicklas 7
6679 19 Apr 22 nicklas 8 ## Minconda 4.11 with Python 3.7
6679 19 Apr 22 nicklas 9 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
6679 19 Apr 22 nicklas 10 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
6679 19 Apr 22 nicklas 11 PATH=/miniconda/bin:$PATH
6679 19 Apr 22 nicklas 12 conda config --add channels defaults
6679 19 Apr 22 nicklas 13 conda config --add channels bioconda
6679 19 Apr 22 nicklas 14 conda config --add channels conda-forge
6679 19 Apr 22 nicklas 15
6679 19 Apr 22 nicklas 16 ## Mosdepth, VarDict, Vcfanno, Bedtools, SnpEff, SnpSift, R with MutationalPatterns
6679 19 Apr 22 nicklas 17 conda install -y \
6679 19 Apr 22 nicklas 18   mosdepth=0.2.6 \
7070 17 Mar 23 nicklas 19   vardict-java=1.8.3 \
6679 19 Apr 22 nicklas 20   vcfanno=0.3.2 \
6679 19 Apr 22 nicklas 21   bedtools=2.28 \
6679 19 Apr 22 nicklas 22   snpeff=4.3.1t \
6679 19 Apr 22 nicklas 23   snpsift=4.3.1t \
6679 19 Apr 22 nicklas 24   r-base=3.6.3 \
6679 19 Apr 22 nicklas 25   bioconductor-genomeinfodbdata=1.2.2 \
6679 19 Apr 22 nicklas 26   bioconductor-mutationalpatterns=1.12.0 \
6679 19 Apr 22 nicklas 27   bioconductor-bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38=1.4.1
6679 19 Apr 22 nicklas 28
6679 19 Apr 22 nicklas 29 ## Cleanup
6679 19 Apr 22 nicklas 30 rm -rf /download
6679 19 Apr 22 nicklas 31 conda clean -y --all
6679 19 Apr 22 nicklas 32 yum clean all
6679 19 Apr 22 nicklas 33
6679 19 Apr 22 nicklas 34
6679 19 Apr 22 nicklas 35 %environment
6679 19 Apr 22 nicklas 36 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
6679 19 Apr 22 nicklas 37 export JAVA=/miniconda/bin/java
6679 19 Apr 22 nicklas 38 export MOSDEPTH=/miniconda/bin/mosdepth
6679 19 Apr 22 nicklas 39 export VARDICT=/miniconda/bin/vardict-java
6679 19 Apr 22 nicklas 40 export BEDTOOLS=/miniconda/bin/bedtools
6679 19 Apr 22 nicklas 41 export VCFANNO=/miniconda/bin/vcfanno
6679 19 Apr 22 nicklas 42 export SNPEFF=`find /miniconda/share -name snpEff.jar -type f`
6679 19 Apr 22 nicklas 43 export SNPSIFT=`find /miniconda/share -name SnpSift.jar -type f`
6679 19 Apr 22 nicklas 44
6679 19 Apr 22 nicklas 45 %test
6686 21 Apr 22 nicklas 46 echo "Host        : `hostname 2>&1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 47 echo "OS          : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
6679 19 Apr 22 nicklas 48 echo "Java        : `java -version 2>&1 | head -1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 49 echo "Mosdepth    : `mosdepth --version 2>&1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 50 echo "VarDict     : `ls -d /miniconda/pkgs/vardict*`"
6679 19 Apr 22 nicklas 51 echo "Vcfanno     : `vcfanno 2>&1 | grep vcfanno | head -1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 52 echo "Bedtools    : `bedtools --version 2>&1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 53 echo "SnpEff      : `snpEff ann -h 2>&1 | head -1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 54 echo "SnpSift     : `SnpSift filter -h 2>&1 | head -1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 55 echo "M.Patterns  : `Rscript -e 'packageVersion("MutationalPatterns")' 2>&1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 56 echo "Miniconda   : `conda --version 2>&1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 57 echo "Python      : `python --version 2>&1`"
6685 20 Apr 22 nicklas 58 echo "R           : `R --version 2>&1 | head -1`"
6679 19 Apr 22 nicklas 59
6679 19 Apr 22 nicklas 60
6679 19 Apr 22 nicklas 61 %labels
6679 19 Apr 22 nicklas 62 PipelineVersion v2
6679 19 Apr 22 nicklas 63 Author Nicklas Nordborg
6679 19 Apr 22 nicklas 64
6679 19 Apr 22 nicklas 65
6679 19 Apr 22 nicklas 66 %help
6679 19 Apr 22 nicklas 67 A container with the tools that are needed for the variant
6679 19 Apr 22 nicklas 68 calling pipeline. To display versions of installed programs
6679 19 Apr 22 nicklas 69 use:
6679 19 Apr 22 nicklas 70
6679 19 Apr 22 nicklas 71 singularity test <container.sif>

Generated on Tue Nov 21 03:29:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)