extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/wgs-align.def

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7081 28 Mar 23 nicklas 1 Bootstrap: library
7081 28 Mar 23 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:9.0
7081 28 Mar 23 nicklas 3
7081 28 Mar 23 nicklas 4 %post
7081 28 Mar 23 nicklas 5 yum -y install glibc-langpack-en libxcrypt-compat 
7103 11 Apr 23 nicklas 6 yum -y install findutils wget unzip tar bzip2 hostname which
7081 28 Mar 23 nicklas 7
7081 28 Mar 23 nicklas 8 ## Minconda 23.1 with Python 3.10
7081 28 Mar 23 nicklas 9 mkdir -p /download
7081 28 Mar 23 nicklas 10 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
7081 28 Mar 23 nicklas 11
7081 28 Mar 23 nicklas 12 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
7081 28 Mar 23 nicklas 13 PATH=/miniconda/bin:$PATH
7081 28 Mar 23 nicklas 14 conda config --add channels defaults
7081 28 Mar 23 nicklas 15 conda config --add channels bioconda
7081 28 Mar 23 nicklas 16 conda config --add channels conda-forge
7081 28 Mar 23 nicklas 17
7081 28 Mar 23 nicklas 18 conda install -y \
7081 28 Mar 23 nicklas 19   samtools=1.16.1 \
7090 04 Apr 23 nicklas 20   bwa-mem2=2.2.1 \
7183 17 May 23 nicklas 21   bwa=0.7.17 \
7103 11 Apr 23 nicklas 22   picard=3.0.0 \
7090 04 Apr 23 nicklas 23   gatk4=4.4.0.0
7081 28 Mar 23 nicklas 24
7081 28 Mar 23 nicklas 25 ## Need ncurses to avoid issues with samtools
7081 28 Mar 23 nicklas 26 conda install -y -c conda-forge ncurses=6.3
7081 28 Mar 23 nicklas 27
7090 04 Apr 23 nicklas 28 ## Cleanup
7090 04 Apr 23 nicklas 29 rm -rf /download
7090 04 Apr 23 nicklas 30 conda clean -y --all
7090 04 Apr 23 nicklas 31 yum clean all
7090 04 Apr 23 nicklas 32
7090 04 Apr 23 nicklas 33
7081 28 Mar 23 nicklas 34 %environment
7081 28 Mar 23 nicklas 35 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
7081 28 Mar 23 nicklas 36 export SAMTOOLS=/miniconda/bin/samtools
7183 17 May 23 nicklas 37 export BWA=/miniconda/bin/bwa
7081 28 Mar 23 nicklas 38 export BWA_MEM2=/miniconda/bin/bwa-mem2
7090 04 Apr 23 nicklas 39 export JAVA=/miniconda/bin/java
7090 04 Apr 23 nicklas 40 export PICARD=`find /miniconda/share -name picard.jar -type f`
7090 04 Apr 23 nicklas 41 export GATK=`find /miniconda/share -name gatk*.jar -type f`
7081 28 Mar 23 nicklas 42
7081 28 Mar 23 nicklas 43 %test
7081 28 Mar 23 nicklas 44 echo "Host      : `hostname 2>&1`"
7081 28 Mar 23 nicklas 45 echo "OS        : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
7183 17 May 23 nicklas 46 echo "Bwa       : `bwa 2>&1 | grep Version`"
7081 28 Mar 23 nicklas 47 echo "Bwa-mem2  : `bwa-mem2 version 2> /dev/null | head -1`"
7081 28 Mar 23 nicklas 48 echo "Samtools  : `samtools --version 2>&1 | head -1`"
7090 04 Apr 23 nicklas 49 echo "Java      : `java -version 2>&1 | head -1`"
7090 04 Apr 23 nicklas 50 echo "Picard    : `java -jar ${PICARD} MarkDuplicates --version 2>&1`"
7090 04 Apr 23 nicklas 51 echo "GATK      : `gatk --version 2> /dev/null | head -1`"
7081 28 Mar 23 nicklas 52 echo "Miniconda : `conda --version 2>&1`"
7081 28 Mar 23 nicklas 53 echo "Python    : `python --version 2>&1`"
7103 11 Apr 23 nicklas 54 echo "R         : `R --version 2>&1 | head -1`"
7081 28 Mar 23 nicklas 55
7081 28 Mar 23 nicklas 56 %labels
7081 28 Mar 23 nicklas 57 PipelineVersion v1
7081 28 Mar 23 nicklas 58 Author Nicklas Nordborg
7081 28 Mar 23 nicklas 59
7081 28 Mar 23 nicklas 60 %help
7081 28 Mar 23 nicklas 61 A container with the tools that are needed to align DNA-seq
7183 17 May 23 nicklas 62 FASTQ files with bwa and bwa-mem2. To display versions of installed
7081 28 Mar 23 nicklas 63 programs use:
7081 28 Mar 23 nicklas 64
7081 28 Mar 23 nicklas 65 singularity test <container.sif>

Generated on Tue Nov 21 03:29:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)