extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/wgs-ascat.def

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7272 30 Jun 23 nicklas 1 Bootstrap: library
7272 30 Jun 23 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:9.0
7272 30 Jun 23 nicklas 3
7272 30 Jun 23 nicklas 4 %post
7272 30 Jun 23 nicklas 5 yum -y install glibc-langpack-en libxcrypt-compat 
7272 30 Jun 23 nicklas 6 yum -y install findutils wget unzip tar bzip2 hostname which
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7272 30 Jun 23 nicklas 8 ## Minconda 23.1 with Python 3.10
7272 30 Jun 23 nicklas 9 mkdir -p /download
7272 30 Jun 23 nicklas 10 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_23.3.1-0-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
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7272 30 Jun 23 nicklas 12 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
7272 30 Jun 23 nicklas 13 PATH=/miniconda/bin:$PATH
7272 30 Jun 23 nicklas 14 conda config --add channels defaults
7272 30 Jun 23 nicklas 15 conda config --add channels bioconda
7272 30 Jun 23 nicklas 16 conda config --add channels conda-forge
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7272 30 Jun 23 nicklas 18 conda install -y \
7272 30 Jun 23 nicklas 19   r-base=4.2.3 \
7272 30 Jun 23 nicklas 20   r-devtools=2.4.5 \
7278 10 Aug 23 nicklas 21   cancerit-allelecount=4.3.0 \
7272 30 Jun 23 nicklas 22   bioconductor-genomicranges=1.50.0
7272 30 Jun 23 nicklas 23
7341 11 Sep 23 nicklas 24 ## Install R packages
7341 11 Sep 23 nicklas 25 Rscript -e 'install.packages(c("argparser", "mousetrap"), repos="https://cloud.r-project.org/")'
7341 11 Sep 23 nicklas 26
7272 30 Jun 23 nicklas 27 ## Install our modified ASCAT 3.1.2 (but do not update other modules)
7272 30 Jun 23 nicklas 28 Rscript -e 'devtools::install_github("nnordborg/ascat/ASCAT@scanb", upgrade="never")'
7272 30 Jun 23 nicklas 29
7272 30 Jun 23 nicklas 30 ## Cleanup
7272 30 Jun 23 nicklas 31 rm -rf /download
7272 30 Jun 23 nicklas 32 conda clean -y --all
7272 30 Jun 23 nicklas 33 yum clean all
7272 30 Jun 23 nicklas 34
7272 30 Jun 23 nicklas 35 %environment
7272 30 Jun 23 nicklas 36 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
7272 30 Jun 23 nicklas 37
7272 30 Jun 23 nicklas 38 %test
7272 30 Jun 23 nicklas 39 echo "Host          : `hostname 2>&1`"
7272 30 Jun 23 nicklas 40 echo "OS            : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
7341 11 Sep 23 nicklas 41 echo "ASCAT         : `Rscript -e 'packageDescription("ASCAT")' | grep Version | cut -d ' ' -f 2` (SCAN-B fork)"
7272 30 Jun 23 nicklas 42 echo "AlleleCounter : `alleleCounter --version`"
7272 30 Jun 23 nicklas 43 echo "R             : `R --version 2>&1 | head -1`"
7272 30 Jun 23 nicklas 44 echo "Miniconda     : `conda --version 2>&1`"
7272 30 Jun 23 nicklas 45 echo "Python        : `python --version 2>&1`"
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7272 30 Jun 23 nicklas 47
7272 30 Jun 23 nicklas 48 %labels
7272 30 Jun 23 nicklas 49 Author Nicklas Nordborg
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7272 30 Jun 23 nicklas 51 %help
7272 30 Jun 23 nicklas 52 A container with a modified version of ASCAT 3.1.2. 
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7272 30 Jun 23 nicklas 54 singularity test <container.sif>
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