extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/containers/def/wgs-variantcall.def

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7386 30 Oct 23 nicklas 1 Bootstrap: library
7386 30 Oct 23 nicklas 2 From: library/default/rockylinux:9.0
7386 30 Oct 23 nicklas 3
7386 30 Oct 23 nicklas 4 %post
7386 30 Oct 23 nicklas 5 yum -y install glibc-langpack-en libxcrypt-compat 
7386 30 Oct 23 nicklas 6 yum -y install findutils wget unzip tar bzip2 hostname which
7386 30 Oct 23 nicklas 7
7386 30 Oct 23 nicklas 8 ## Minconda 23.1 with Python 3.10
7386 30 Oct 23 nicklas 9 mkdir -p /download
7386 30 Oct 23 nicklas 10 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_23.3.1-0-Linux-x86_64.sh -O /download/miniconda.sh
7386 30 Oct 23 nicklas 11
7386 30 Oct 23 nicklas 12 bash /download/miniconda.sh -b -p /miniconda
7386 30 Oct 23 nicklas 13 PATH=/miniconda/bin:$PATH
7386 30 Oct 23 nicklas 14 conda config --add channels defaults
7386 30 Oct 23 nicklas 15 conda config --add channels bioconda
7386 30 Oct 23 nicklas 16 conda config --add channels conda-forge
7386 30 Oct 23 nicklas 17
7386 30 Oct 23 nicklas 18 ## Install mamba
7386 30 Oct 23 nicklas 19 conda install -y mamba
7386 30 Oct 23 nicklas 20
7386 30 Oct 23 nicklas 21 mamba install -y \
7386 30 Oct 23 nicklas 22   gatk4=4.4.0.0 \
7386 30 Oct 23 nicklas 23   bcftools=1.17 \
7424 14 Nov 23 nicklas 24   samtools=1.17 \
7424 14 Nov 23 nicklas 25   vcfanno=0.3.3 \
7424 14 Nov 23 nicklas 26   snpeff=5.2.0
7424 14 Nov 23 nicklas 27   
7386 30 Oct 23 nicklas 28
7386 30 Oct 23 nicklas 29 ## Need ncurses to avoid issues with samtools
7386 30 Oct 23 nicklas 30 mamba install -y -c conda-forge ncurses=6.3
7386 30 Oct 23 nicklas 31
7386 30 Oct 23 nicklas 32 ## Cleanup
7386 30 Oct 23 nicklas 33 rm -rf /download
7386 30 Oct 23 nicklas 34 conda clean -y --all
7386 30 Oct 23 nicklas 35 yum clean all
7386 30 Oct 23 nicklas 36
7386 30 Oct 23 nicklas 37
7386 30 Oct 23 nicklas 38 %environment
7386 30 Oct 23 nicklas 39 export PATH=/miniconda/bin:$PATH
7386 30 Oct 23 nicklas 40 export GATK=/miniconda/bin/gatk
7386 30 Oct 23 nicklas 41 export SAMTOOLS=/miniconda/bin/samtools
7386 30 Oct 23 nicklas 42 export BCFTOOLS=/miniconda/bin/bcftools
7424 14 Nov 23 nicklas 43 export VCFANNO=/miniconda/bin/vcfanno
7424 14 Nov 23 nicklas 44 export SNPEFF=`find /miniconda/share -name snpEff.jar -type f`
7386 30 Oct 23 nicklas 45 export JAVA=/miniconda/bin/java
7386 30 Oct 23 nicklas 46
7386 30 Oct 23 nicklas 47 %test
7386 30 Oct 23 nicklas 48 echo "Host      : `hostname 2>&1`"
7386 30 Oct 23 nicklas 49 echo "OS        : `cat /etc/os-release | grep PRETTY_NAME | cut -d '"' -f 2`"
7386 30 Oct 23 nicklas 50 echo "Samtools  : `samtools --version 2>&1 | head -1`"
7386 30 Oct 23 nicklas 51 echo "Bcftools  : `bcftools --version 2>&1 | head -1`"
7386 30 Oct 23 nicklas 52 echo "Java      : `java -version 2>&1 | head -1`"
7386 30 Oct 23 nicklas 53 echo "GATK      : `gatk --version 2> /dev/null | head -1`"
7424 14 Nov 23 nicklas 54 echo "Vcfanno   : `vcfanno 2>&1 | grep vcfanno | head -1`"
7424 14 Nov 23 nicklas 55 echo "SnpEff    : `snpEff ann -h 2>&1 | head -1`"
7386 30 Oct 23 nicklas 56 echo "Miniconda : `conda --version 2>&1`"
7386 30 Oct 23 nicklas 57 echo "Mamba     : `mamba --version 2>&1 | head -1`"
7386 30 Oct 23 nicklas 58 echo "Python    : `python --version 2>&1`"
7386 30 Oct 23 nicklas 59
7386 30 Oct 23 nicklas 60 %labels
7386 30 Oct 23 nicklas 61 PipelineVersion v1
7386 30 Oct 23 nicklas 62 Author Nicklas Nordborg
7386 30 Oct 23 nicklas 63
7386 30 Oct 23 nicklas 64 %help
7386 30 Oct 23 nicklas 65 A container with the tools that are needed for variant calling
7386 30 Oct 23 nicklas 66 of paired WGS data with the GATK Mutect2 tool. To display 
7386 30 Oct 23 nicklas 67 versions of installed programs use:
7386 30 Oct 23 nicklas 68
7386 30 Oct 23 nicklas 69 singularity test <container.sif>

Generated on Tue Nov 21 03:29:31 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)