extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/align_start.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2375 24 Apr 14 nicklas 1 <%@ page
2375 24 Apr 14 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
2375 24 Apr 14 nicklas 3   session="false"
2375 24 Apr 14 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
2375 24 Apr 14 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2375 24 Apr 14 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2375 24 Apr 14 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
2375 24 Apr 14 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
2375 24 Apr 14 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
2375 24 Apr 14 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
2375 24 Apr 14 nicklas 11 %>
2375 24 Apr 14 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2375 24 Apr 14 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
2375 24 Apr 14 nicklas 14 <%
3976 26 May 16 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
2375 24 Apr 14 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
2375 24 Apr 14 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
2375 24 Apr 14 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
2375 24 Apr 14 nicklas 19 DbControl dc = null;
2375 24 Apr 14 nicklas 20 try
2375 24 Apr 14 nicklas 21 {
2375 24 Apr 14 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
2375 24 Apr 14 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
2375 24 Apr 14 nicklas 24 %>
2375 24 Apr 14 nicklas 25 <base:page type="default" >
2599 25 Aug 14 nicklas 26 <base:head 
2599 25 Aug 14 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~align_start.js" 
2599 25 Aug 14 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
2599 25 Aug 14 nicklas 29 />
2599 25 Aug 14 nicklas 30 <base:body>
2375 24 Apr 14 nicklas 31
2375 24 Apr 14 nicklas 32   <p:path><p:pathelement 
2375 24 Apr 14 nicklas 33     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
4542 26 Jun 17 nicklas 34     /><p:pathelement title="Start Tophat and Cufflinks legacy pipeline" 
2375 24 Apr 14 nicklas 35     /></p:path>
2375 24 Apr 14 nicklas 36
2375 24 Apr 14 nicklas 37   <div class="content">
2599 25 Aug 14 nicklas 38   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
2375 24 Apr 14 nicklas 39
2599 25 Aug 14 nicklas 40   <div class="step auto-hide" id="step-1">
2599 25 Aug 14 nicklas 41     <div class="step-no">1</div>
2599 25 Aug 14 nicklas 42     <div class="step-title">Select merged sequences</div>
2599 25 Aug 14 nicklas 43     <div class="step-content">
2599 25 Aug 14 nicklas 44     
2599 25 Aug 14 nicklas 45       <table class="step-form">
2599 25 Aug 14 nicklas 46       <tr class="align-top">
2375 24 Apr 14 nicklas 47         <td class="prompt">Merged sequences</td>
2599 25 Aug 14 nicklas 48         <td class="input">
3768 24 Feb 16 nicklas 49           <select class="required yellow-label-support" multiple size="30"
2375 24 Apr 14 nicklas 50             name="mergedSequences" id="mergedSequences"></select>
2375 24 Apr 14 nicklas 51             
2375 24 Apr 14 nicklas 52           <base:buttongroup style="margin-top: 0.5em;">
2599 25 Aug 14 nicklas 53             <base:button title="Select manually&hellip;" id="btnSelectMergedSequences" />
2375 24 Apr 14 nicklas 54           </base:buttongroup>
2375 24 Apr 14 nicklas 55         </td>
2375 24 Apr 14 nicklas 56         <td class="status" id="mergedSequences.status"></td>
2599 25 Aug 14 nicklas 57         <td class="help"><span id="mergedSequences.message" class="message"></span>
4596 27 Sep 17 nicklas 58           Select the sequences that should be aligned. The list contains merged sequences that
4596 27 Sep 17 nicklas 59           from the <b>Legacy pipeline</b> item list (max 250).<br><br>
2404 06 May 14 nicklas 60           Items marked with <b>[R]</b> have been marked for re-alignment due to a failure of
2404 06 May 14 nicklas 61           a previous alignment.
2375 24 Apr 14 nicklas 62         </td>
2375 24 Apr 14 nicklas 63       </tr>
2375 24 Apr 14 nicklas 64       </table>
2599 25 Aug 14 nicklas 65
2599 25 Aug 14 nicklas 66     </div>
2375 24 Apr 14 nicklas 67   </div>
2375 24 Apr 14 nicklas 68   
2599 25 Aug 14 nicklas 69   
2599 25 Aug 14 nicklas 70   <div class="step" id="step-2">
2599 25 Aug 14 nicklas 71     <div class="step-no">2</div>
2599 25 Aug 14 nicklas 72     <div class="step-title">Masking and alignment information</div>
2599 25 Aug 14 nicklas 73     <div class="step-content">
2599 25 Aug 14 nicklas 74
2599 25 Aug 14 nicklas 75       <table class="step-form">
2623 02 Sep 14 nicklas 76       <tbody>
2623 02 Sep 14 nicklas 77         <tr class="section-header">
2623 02 Sep 14 nicklas 78           <td colspan="4">Masking</td>
2623 02 Sep 14 nicklas 79         </tr>
2623 02 Sep 14 nicklas 80         <tr>
3115 06 Feb 15 nicklas 81           <td class="subprompt">Protocol</td>
3115 06 Feb 15 nicklas 82           <td class="input">
3115 06 Feb 15 nicklas 83             <select name="maskingProtocol" id="maskingProtocol"></select>
3115 06 Feb 15 nicklas 84           </td>
3115 06 Feb 15 nicklas 85           <td class="status" id="maskingProtocol.status"></td>
3115 06 Feb 15 nicklas 86           <td class="help">
3115 06 Feb 15 nicklas 87             <span id="maskingProtocol.message" class="message"></span>
3115 06 Feb 15 nicklas 88             Select the protocol used for filtering.
3115 06 Feb 15 nicklas 89           </td>
3115 06 Feb 15 nicklas 90         </tr>
3115 06 Feb 15 nicklas 91         <tr>
2623 02 Sep 14 nicklas 92           <td class="subprompt">Software</td>
2623 02 Sep 14 nicklas 93           <td class="input">
2623 02 Sep 14 nicklas 94             <select name="maskingSoftware" id="maskingSoftware"></select>
2623 02 Sep 14 nicklas 95           </td>
2623 02 Sep 14 nicklas 96           <td class="status" id="maskingSoftware.status"></td>
2623 02 Sep 14 nicklas 97           <td class="help">
2623 02 Sep 14 nicklas 98             <span id="maskingSoftware.message" class="message"></span>
2623 02 Sep 14 nicklas 99             Select the software to use for masking.
2623 02 Sep 14 nicklas 100           </td>
2623 02 Sep 14 nicklas 101         </tr>
3115 06 Feb 15 nicklas 102       </tbody>
3115 06 Feb 15 nicklas 103       <tbody class="info-section">
2623 02 Sep 14 nicklas 104         <tr>
3115 06 Feb 15 nicklas 105           <td class="subprompt">Parameter set</td>
3116 06 Feb 15 nicklas 106           <td class="info" colspan="2">
3115 06 Feb 15 nicklas 107             <span id="maskingSoftware.parameterSet"></span>
3115 06 Feb 15 nicklas 108             <div id="maskingSoftware.description" class="item-description"></div>
2623 02 Sep 14 nicklas 109           </td>
2623 02 Sep 14 nicklas 110           <td class="help">
3115 06 Feb 15 nicklas 111             This step uses Bowtie2 for masking unwanted sequences. Parameters are configured in 
7372 06 Oct 23 nicklas 112             &lt;legacy&gt; section in reggie-config.xml.
2623 02 Sep 14 nicklas 113           </td>
2623 02 Sep 14 nicklas 114         </tr>
2623 02 Sep 14 nicklas 115       </tbody>
2623 02 Sep 14 nicklas 116       <tbody>
2623 02 Sep 14 nicklas 117         <tr class="section-header">
2623 02 Sep 14 nicklas 118           <td colspan="4">Align</td>
2623 02 Sep 14 nicklas 119         </tr>
3115 06 Feb 15 nicklas 120         <tr valign="top">
3115 06 Feb 15 nicklas 121           <td class="subprompt">Protocol</td>
3115 06 Feb 15 nicklas 122           <td class="input">
3115 06 Feb 15 nicklas 123             <select name="alignProtocol" id="alignProtocol"></select>
3115 06 Feb 15 nicklas 124           </td>
3115 06 Feb 15 nicklas 125           <td class="status" id="alignProtocol.status"></td>
3115 06 Feb 15 nicklas 126           <td class="help">
3115 06 Feb 15 nicklas 127             <span id="alignProtocol.message" class="message"></span>
3115 06 Feb 15 nicklas 128             Select the protocol used for alignment.
3115 06 Feb 15 nicklas 129           </td>
3115 06 Feb 15 nicklas 130         </tr>
2623 02 Sep 14 nicklas 131         <tr>
2623 02 Sep 14 nicklas 132           <td class="subprompt">Software</td>
2623 02 Sep 14 nicklas 133           <td class="input">
2623 02 Sep 14 nicklas 134             <select name="alignSoftware" id="alignSoftware"></select>
2623 02 Sep 14 nicklas 135           </td>
2623 02 Sep 14 nicklas 136           <td class="status" id="alignSoftware.status"></td>
2623 02 Sep 14 nicklas 137           <td class="help">
2623 02 Sep 14 nicklas 138             <span id="alignSoftware.message" class="message"></span>
2623 02 Sep 14 nicklas 139             Select the software to use for alignment.
2623 02 Sep 14 nicklas 140           </td>
2623 02 Sep 14 nicklas 141         </tr>
3115 06 Feb 15 nicklas 142       </tbody>
3115 06 Feb 15 nicklas 143       <tbody class="info-section">
3115 06 Feb 15 nicklas 144         <tr>
3115 06 Feb 15 nicklas 145           <td class="subprompt">Parameter set</td>
3116 06 Feb 15 nicklas 146           <td class="info" colspan="2">
3115 06 Feb 15 nicklas 147             <span id="alignSoftware.parameterSet"></span>
3115 06 Feb 15 nicklas 148             <div id="alignSoftware.description" class="item-description"></div>
2623 02 Sep 14 nicklas 149           </td>
2623 02 Sep 14 nicklas 150           <td class="help">
3115 06 Feb 15 nicklas 151             This step uses Tophat for for aligning sequences. After the alignment
3115 06 Feb 15 nicklas 152             it will run Picard MarkDuplicates and AddOrReplaceReadGroups as well
3115 06 Feb 15 nicklas 153             as a few other tools for statistics. Parameters are configured in 
7372 06 Oct 23 nicklas 154             &lt;legacy&gt; section in reggie-config.xml.
2623 02 Sep 14 nicklas 155           </td>
2623 02 Sep 14 nicklas 156         </tr>
2623 02 Sep 14 nicklas 157       </tbody>
2623 02 Sep 14 nicklas 158       <tbody>
2623 02 Sep 14 nicklas 159         <tr class="section-header">
4542 26 Jun 17 nicklas 160           <td colspan="4">Cufflinks</td>
4542 26 Jun 17 nicklas 161         </tr>
4542 26 Jun 17 nicklas 162         <tr>
4542 26 Jun 17 nicklas 163           <td class="prompt">Array design</td>
4542 26 Jun 17 nicklas 164           <td class="input">
4542 26 Jun 17 nicklas 165             <select name="arrayDesign" id="arrayDesign" class="required"></select>
4542 26 Jun 17 nicklas 166           </td>
4542 26 Jun 17 nicklas 167           <td class="status" id="arrayDesign.status"></td>
4542 26 Jun 17 nicklas 168           <td class="help">
4542 26 Jun 17 nicklas 169             <span id="arrayDesign.message" class="message"></span>
4542 26 Jun 17 nicklas 170             Select the array design to link the data to.
4542 26 Jun 17 nicklas 171           </td>
4542 26 Jun 17 nicklas 172         </tr>
4542 26 Jun 17 nicklas 173         <tr>
4542 26 Jun 17 nicklas 174           <td class="prompt">Protocol</td>
4542 26 Jun 17 nicklas 175           <td class="input">
4542 26 Jun 17 nicklas 176             <select name="cufflinksProtocol" id="cufflinksProtocol"></select>
4542 26 Jun 17 nicklas 177           </td>
4542 26 Jun 17 nicklas 178           <td class="status" id="cufflinksProtocol.status"></td>
4542 26 Jun 17 nicklas 179           <td class="help">
4542 26 Jun 17 nicklas 180             <span id="cufflinksProtocol.message" class="message"></span>
4542 26 Jun 17 nicklas 181             Select the protocol used.
4542 26 Jun 17 nicklas 182           </td>
4542 26 Jun 17 nicklas 183         </tr>
4542 26 Jun 17 nicklas 184         <tr>
4542 26 Jun 17 nicklas 185           <td class="prompt">Software</td>
4542 26 Jun 17 nicklas 186           <td class="input">
4542 26 Jun 17 nicklas 187             <select name="cufflinksSoftware" id="cufflinksSoftware"></select>
4542 26 Jun 17 nicklas 188           </td>
4542 26 Jun 17 nicklas 189           <td class="status" id="cufflinksSoftware.status"></td>
4542 26 Jun 17 nicklas 190           <td class="help">
4542 26 Jun 17 nicklas 191             <span id="cufflinksSoftware.message" class="message"></span>
4542 26 Jun 17 nicklas 192             Select the software to use.
4542 26 Jun 17 nicklas 193           </td>
4542 26 Jun 17 nicklas 194         </tr>
4542 26 Jun 17 nicklas 195       </tbody>
4542 26 Jun 17 nicklas 196       <tbody class="info-section">
4542 26 Jun 17 nicklas 197         <tr>
4542 26 Jun 17 nicklas 198           <td class="subprompt">Parameter set</td>
4542 26 Jun 17 nicklas 199           <td class="info" colspan="2">
4542 26 Jun 17 nicklas 200             <span id="cufflinksSoftware.parameterSet"></span>
4542 26 Jun 17 nicklas 201             <div id="cufflinksSoftware.description" class="item-description"></div>
4542 26 Jun 17 nicklas 202           </td>
4542 26 Jun 17 nicklas 203           <td class="help">
4542 26 Jun 17 nicklas 204             This step uses Cufflinks for calculating expression values.
7372 06 Oct 23 nicklas 205             Parameters are configured in &lt;legacy&gt; section in reggie-config.xml.
4542 26 Jun 17 nicklas 206           </td>
4542 26 Jun 17 nicklas 207         </tr>
4542 26 Jun 17 nicklas 208       </tbody>
4542 26 Jun 17 nicklas 209       <tbody>
4542 26 Jun 17 nicklas 210         <tr class="section-header">
6735 09 May 22 nicklas 211           <td colspan="4">Job scheduler</td>
2623 02 Sep 14 nicklas 212         </tr>
2623 02 Sep 14 nicklas 213         <tr>
2623 02 Sep 14 nicklas 214           <td class="subprompt">Cluster</td>
2623 02 Sep 14 nicklas 215           <td class="input">
2623 02 Sep 14 nicklas 216             <select name="clusters" id="clusters" class="required"></select></td>
2623 02 Sep 14 nicklas 217           <td class="status" id="clusters.status"></td>
2623 02 Sep 14 nicklas 218           <td class="help">
2623 02 Sep 14 nicklas 219             <span id="clusters.message" class="message"></span>
2623 02 Sep 14 nicklas 220             Select the cluster to use for running the software.
2623 02 Sep 14 nicklas 221           </td>
2623 02 Sep 14 nicklas 222         </tr>
2623 02 Sep 14 nicklas 223         <tr id="job-priority" style="display: none;">
2623 02 Sep 14 nicklas 224           <td class="subprompt">Job priority</td>
2623 02 Sep 14 nicklas 225           <td class="input">
2623 02 Sep 14 nicklas 226             <select name="priority" id="priority"></select>
2623 02 Sep 14 nicklas 227           </td>
2623 02 Sep 14 nicklas 228           <td class="status" id="priority.status"></td>
2623 02 Sep 14 nicklas 229           <td class="help">
2623 02 Sep 14 nicklas 230             <span id="priority.message" class="message"></span>
2623 02 Sep 14 nicklas 231             Select the priority of the job.
2623 02 Sep 14 nicklas 232           </td>
2623 02 Sep 14 nicklas 233         </tr>
6980 17 Jan 23 nicklas 234         <tr id="job-partition" style="display: none;">
6980 17 Jan 23 nicklas 235           <td class="subprompt">Job partition</td>
6980 17 Jan 23 nicklas 236           <td class="input">
6980 17 Jan 23 nicklas 237             <select name="partition" id="partition"></select>
6980 17 Jan 23 nicklas 238           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 239           <td class="status" id="partition.status"></td>
6980 17 Jan 23 nicklas 240           <td class="help">
6980 17 Jan 23 nicklas 241             <span id="partition.message" class="message"></span>
6980 17 Jan 23 nicklas 242             Select the partition/queue that the job should be submitted to.
6980 17 Jan 23 nicklas 243           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 244         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 245       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 246       <tbody class="info-section">
7372 06 Oct 23 nicklas 247         <tr class="align-top">
7372 06 Oct 23 nicklas 248           <td class="subprompt">Job options</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 249           <td class="info input">
7372 06 Oct 23 nicklas 250             <div id="submitOptions" class="item-description code"></div>
7372 06 Oct 23 nicklas 251             <textarea id="submitOptionsOverride" name="submitOptionsOverride" rows="4" style="display: none;"></textarea>
7372 06 Oct 23 nicklas 252           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 253           <td class="status" id="submitOptions.status">
7372 06 Oct 23 nicklas 254             <input type="checkbox" id="override" name="override" title="Override the default options" disabled>
7372 06 Oct 23 nicklas 255           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 256           <td class="help">
7372 06 Oct 23 nicklas 257             Parameters are configured in the &lt;legacy&gt;/&lt;submit&gt; 
7372 06 Oct 23 nicklas 258             section in reggie-config.xml. Select the checkbox to manually 
7372 06 Oct 23 nicklas 259             override the default options.
7372 06 Oct 23 nicklas 260           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 261         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 262       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 263       <tbody>
2623 02 Sep 14 nicklas 264         <tr>
3029 11 Dec 14 nicklas 265           <td class="subprompt">Auto-confirm</td>
3029 11 Dec 14 nicklas 266           <td class="input"><input type="checkbox" name="autoConfirm" checked></td>
3029 11 Dec 14 nicklas 267           <td class="status" id="autoConfirm.status"></td>
3029 11 Dec 14 nicklas 268           <td class="help">
3029 11 Dec 14 nicklas 269             <span id="autoConfirm.message" class="message"></span>
3029 11 Dec 14 nicklas 270             If the alignment is successful and aligned pairs &gt;1M it is automatically confirmed
4542 26 Jun 17 nicklas 271             and reports are created. If aligned pairs is &lt;5M the RNA is flagged.
3029 11 Dec 14 nicklas 272           </td>
3029 11 Dec 14 nicklas 273         </tr>
3029 11 Dec 14 nicklas 274         <tr>
2623 02 Sep 14 nicklas 275           <td class="subprompt">Debug</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 276           <td class="input"><input type="checkbox" name="debug" id="debug"></td>
2623 02 Sep 14 nicklas 277           <td class="status" id="debug.status"></td>
2623 02 Sep 14 nicklas 278           <td class="help">
2623 02 Sep 14 nicklas 279             <span id="debug.message" class="message"></span>
2623 02 Sep 14 nicklas 280             When running in debug mode only part of the sequenced data is used and
3029 11 Dec 14 nicklas 281             temporary files are not removed from the cluster node. Note! The auto-confirm
3029 11 Dec 14 nicklas 282             rule is relaxed to &gt;200k reads.
2623 02 Sep 14 nicklas 283           </td>
2623 02 Sep 14 nicklas 284         </tr>
2623 02 Sep 14 nicklas 285       </tbody>
2375 24 Apr 14 nicklas 286       </table>
2599 25 Aug 14 nicklas 287     </div>
2375 24 Apr 14 nicklas 288   </div>
2375 24 Apr 14 nicklas 289     
2599 25 Aug 14 nicklas 290     <div id="wizard-status"></div>
2375 24 Apr 14 nicklas 291   
2599 25 Aug 14 nicklas 292     <table class="navigation" id="navigation">
2375 24 Apr 14 nicklas 293     <tr>
2599 25 Aug 14 nicklas 294       <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
2599 25 Aug 14 nicklas 295       <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
2599 25 Aug 14 nicklas 296       <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
2599 25 Aug 14 nicklas 297       <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
2602 27 Aug 14 nicklas 298       <td id="gonext-message" class="message"></td>
2375 24 Apr 14 nicklas 299     </tr>
2599 25 Aug 14 nicklas 300     </table>
2375 24 Apr 14 nicklas 301   
2375 24 Apr 14 nicklas 302   </form>
2375 24 Apr 14 nicklas 303   </div>
2375 24 Apr 14 nicklas 304   
2375 24 Apr 14 nicklas 305 </base:body>
2375 24 Apr 14 nicklas 306 </base:page>
2375 24 Apr 14 nicklas 307 <%
2375 24 Apr 14 nicklas 308 }
2375 24 Apr 14 nicklas 309 finally
2375 24 Apr 14 nicklas 310 {
2375 24 Apr 14 nicklas 311   if (dc != null) dc.close();
2375 24 Apr 14 nicklas 312 }
2375 24 Apr 14 nicklas 313 %>

Generated on Tue Nov 21 03:29:49 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)