extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/demux_confirm.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2364 15 Apr 14 nicklas 1 <%@ page
2364 15 Apr 14 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
2364 15 Apr 14 nicklas 3   session="false"
2364 15 Apr 14 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
2364 15 Apr 14 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2364 15 Apr 14 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2364 15 Apr 14 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
2364 15 Apr 14 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
2364 15 Apr 14 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
2364 15 Apr 14 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
2364 15 Apr 14 nicklas 11 %>
2364 15 Apr 14 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2364 15 Apr 14 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
2364 15 Apr 14 nicklas 14 <%
3976 26 May 16 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
2364 15 Apr 14 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
2364 15 Apr 14 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
2364 15 Apr 14 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
2364 15 Apr 14 nicklas 19 DbControl dc = null;
2364 15 Apr 14 nicklas 20 try
2364 15 Apr 14 nicklas 21 {
2364 15 Apr 14 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
2364 15 Apr 14 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
2364 15 Apr 14 nicklas 24 %>
2364 15 Apr 14 nicklas 25 <base:page type="default" >
2636 04 Sep 14 nicklas 26 <base:head 
2636 04 Sep 14 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~demux_confirm.js" 
2636 04 Sep 14 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
2636 04 Sep 14 nicklas 29   >
2364 15 Apr 14 nicklas 30 <style>
2364 15 Apr 14 nicklas 31
2437 19 May 14 nicklas 32 #fc-info-table
2437 19 May 14 nicklas 33 {
2437 19 May 14 nicklas 34   border-collapse: collapse;
2437 19 May 14 nicklas 35   background-color: #FFFFFF;
3026 11 Dec 14 nicklas 36   border-width: 1px;
2437 19 May 14 nicklas 37 }
2437 19 May 14 nicklas 38
2437 19 May 14 nicklas 39 #fc-info-table td, #fc-info-table th
2437 19 May 14 nicklas 40 {
2437 19 May 14 nicklas 41   padding: 1px 4px 1px 4px;
2437 19 May 14 nicklas 42   text-align: center;
3026 11 Dec 14 nicklas 43   border-left-width: 1px;
3026 11 Dec 14 nicklas 44   border-left-style: dotted;
3026 11 Dec 14 nicklas 45   border-right-width: 1px;
3026 11 Dec 14 nicklas 46   border-right-style: dotted;
2437 19 May 14 nicklas 47 }
2437 19 May 14 nicklas 48
2819 16 Oct 14 nicklas 49 thead
2819 16 Oct 14 nicklas 50 {
3026 11 Dec 14 nicklas 51   border-bottom-width: 1px;
2819 16 Oct 14 nicklas 52 }
2819 16 Oct 14 nicklas 53
2364 15 Apr 14 nicklas 54 tr.highlight
2364 15 Apr 14 nicklas 55 {
3026 11 Dec 14 nicklas 56   border-top-width: 1px;
3026 11 Dec 14 nicklas 57   border-top-style: dotted;
2364 15 Apr 14 nicklas 58 }
2364 15 Apr 14 nicklas 59
2364 15 Apr 14 nicklas 60
2364 15 Apr 14 nicklas 61 #mergedSequencesTable
2364 15 Apr 14 nicklas 62 {
2364 15 Apr 14 nicklas 63   width: 100%; 
2364 15 Apr 14 nicklas 64   border-collapse: collapse;
2364 15 Apr 14 nicklas 65 }
2364 15 Apr 14 nicklas 66
2636 04 Sep 14 nicklas 67 #mergedSequencesTable thead
2636 04 Sep 14 nicklas 68 {
3026 11 Dec 14 nicklas 69   border-top-width: 1px;
2636 04 Sep 14 nicklas 70 }
2636 04 Sep 14 nicklas 71
2364 15 Apr 14 nicklas 72 #mergedSequencesTable td
2364 15 Apr 14 nicklas 73 {
2364 15 Apr 14 nicklas 74   text-align: center;
2682 18 Sep 14 nicklas 75   min-width: 4em;
2364 15 Apr 14 nicklas 76 }
2364 15 Apr 14 nicklas 77
2364 15 Apr 14 nicklas 78 #mergedSequencesTable tbody td
2364 15 Apr 14 nicklas 79 {
2364 15 Apr 14 nicklas 80   padding-top: 1px;
2364 15 Apr 14 nicklas 81   padding-bottom: 1px;
2364 15 Apr 14 nicklas 82 }
2364 15 Apr 14 nicklas 83
2682 18 Sep 14 nicklas 84 #mergedSequencesTable .warning-col
2682 18 Sep 14 nicklas 85 {
2682 18 Sep 14 nicklas 86   max-width: 20px;
2682 18 Sep 14 nicklas 87   min-width: 0;
2682 18 Sep 14 nicklas 88 }
2682 18 Sep 14 nicklas 89
2682 18 Sep 14 nicklas 90
2364 15 Apr 14 nicklas 91 #mergedSequencesTable .italic
2364 15 Apr 14 nicklas 92 {
2364 15 Apr 14 nicklas 93   font-style: italic;
2364 15 Apr 14 nicklas 94 }
2364 15 Apr 14 nicklas 95
3723 25 Jan 16 nicklas 96 #mergedSequencesTable .comment
3723 25 Jan 16 nicklas 97 {
3723 25 Jan 16 nicklas 98   text-align: left;
3723 25 Jan 16 nicklas 99 }
3723 25 Jan 16 nicklas 100
2636 04 Sep 14 nicklas 101 .comment input
2636 04 Sep 14 nicklas 102 {
2636 04 Sep 14 nicklas 103   width: 95%;
2636 04 Sep 14 nicklas 104   min-width: 20em;
2636 04 Sep 14 nicklas 105 }
2636 04 Sep 14 nicklas 106
2364 15 Apr 14 nicklas 107 </style>
2364 15 Apr 14 nicklas 108 </base:head>
2636 04 Sep 14 nicklas 109 <base:body>
2364 15 Apr 14 nicklas 110
2364 15 Apr 14 nicklas 111   <p:path><p:pathelement 
2364 15 Apr 14 nicklas 112     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
2364 15 Apr 14 nicklas 113     /><p:pathelement title="Confirm demux and merge ended" 
2364 15 Apr 14 nicklas 114     /></p:path>
2364 15 Apr 14 nicklas 115
2364 15 Apr 14 nicklas 116   <div class="content">
2636 04 Sep 14 nicklas 117   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
2364 15 Apr 14 nicklas 118   
2636 04 Sep 14 nicklas 119   <div class="step auto-hide" id="step-1">
2636 04 Sep 14 nicklas 120     <div class="step-no">1</div>
2636 04 Sep 14 nicklas 121     <div class="step-title">Select demux job</div>
2636 04 Sep 14 nicklas 122     <div class="step-content">
2364 15 Apr 14 nicklas 123
2636 04 Sep 14 nicklas 124       <table class="step-form">
2636 04 Sep 14 nicklas 125       <tr>
2364 15 Apr 14 nicklas 126         <td class="prompt">Demux jobs</td>
2636 04 Sep 14 nicklas 127         <td class="input">
2636 04 Sep 14 nicklas 128           <select class="required" name="seqRuns" id="demuxJobs"></select>
2364 15 Apr 14 nicklas 129         </td>
2364 15 Apr 14 nicklas 130         <td class="status" id="demuxJobs.status"></td>
2636 04 Sep 14 nicklas 131         <td class="help">
2636 04 Sep 14 nicklas 132           <span id="demuxJobs.message" class="message"></span>
2364 15 Apr 14 nicklas 133           Select a demux job. The list contains all demux jobs that has
2636 04 Sep 14 nicklas 134           ended but has not been confirmed (determined by the absense 
3723 25 Jan 16 nicklas 135           of AnalysisResult annotation on demuxed sequences items). 
3723 25 Jan 16 nicklas 136           <b>Partially confirmed</b> entries include libraries that
3723 25 Jan 16 nicklas 137           have already been confirmed by the auto-confirm wizard.
2364 15 Apr 14 nicklas 138         </td>
2364 15 Apr 14 nicklas 139       </tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 140       <tbody class="info-section">
2636 04 Sep 14 nicklas 141       <tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 142         <td class="prompt">Start date</td>
2683 18 Sep 14 nicklas 143         <td class="info" id="startDate" colspan="3"></td>
2683 18 Sep 14 nicklas 144
2364 15 Apr 14 nicklas 145       </tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 146       <tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 147         <td class="prompt">End date</td>
2683 18 Sep 14 nicklas 148         <td class="info" id="endDate" colspan="3"></td>
2683 18 Sep 14 nicklas 149
2364 15 Apr 14 nicklas 150       </tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 151       <tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 152         <td class="prompt">Status</td>
2683 18 Sep 14 nicklas 153         <td class="info" id="jobStatus" colspan="3"></td>
2364 15 Apr 14 nicklas 154       </tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 155       <tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 156         <td class="prompt">Flow cells</td>
2683 18 Sep 14 nicklas 157         <td class="info" id="flowCellsInDemux" colspan="3"></td>
2364 15 Apr 14 nicklas 158       </tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 159       <tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 160         <td class="prompt">Pools</td>
2683 18 Sep 14 nicklas 161         <td class="info" id="pools" colspan="3"></td>
2364 15 Apr 14 nicklas 162       </tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 163       <tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 164         <td class="prompt">LibPlates</td>
2683 18 Sep 14 nicklas 165         <td class="info" id="libPlates" colspan="3"></td>
2364 15 Apr 14 nicklas 166       </tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 167       <tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 168         <td class="prompt">Comments</td>
2683 18 Sep 14 nicklas 169         <td class="info" id="comments" colspan="3"></td>
2364 15 Apr 14 nicklas 170       </tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 171       <tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 172         <td class="prompt">Warnings</td>
2683 18 Sep 14 nicklas 173         <td class="info" id="warnings" colspan="3"></td>
2437 19 May 14 nicklas 174       </tr>
3140 24 Feb 15 nicklas 175       <tr id="skippedTilesRow" style="display: none;">
3140 24 Feb 15 nicklas 176         <td class="prompt">Skipped tiles</td>
3140 24 Feb 15 nicklas 177         <td class="info" id="skippedTiles" colspan="3"></td>
3140 24 Feb 15 nicklas 178       </tr>
2364 15 Apr 14 nicklas 179       </tbody>
2364 15 Apr 14 nicklas 180       </table>
2636 04 Sep 14 nicklas 181       
2636 04 Sep 14 nicklas 182     </div>
2364 15 Apr 14 nicklas 183   </div>
2364 15 Apr 14 nicklas 184   
2636 04 Sep 14 nicklas 185   <div class="step" id="step-2">
2636 04 Sep 14 nicklas 186     <div class="step-no">2</div>
2636 04 Sep 14 nicklas 187     <div class="step-title" id="step-2-title">Demux job</div>
2636 04 Sep 14 nicklas 188     <div class="step-content">
2636 04 Sep 14 nicklas 189       <table class="step-form">
3723 25 Jan 16 nicklas 190       <tr class="align-top">
2364 15 Apr 14 nicklas 191         <td class="prompt">Outcome</td>
2364 15 Apr 14 nicklas 192         <td class="input">
2364 15 Apr 14 nicklas 193           <label><input type="radio" name="outcome" id="outcomeSuccessful" 
2636 04 Sep 14 nicklas 194             checked>Success</label> - continue with alignment<br>
2364 15 Apr 14 nicklas 195           <label><input type="radio" name="outcome" id="outcomeFailed" 
2636 04 Sep 14 nicklas 196             >Failure</label> - no alignment<br>
2636 04 Sep 14 nicklas 197           <img src="../images/joinbottom.gif"><label><input type="checkbox" name="flagPools" id="flagPools" disabled>Flag pools for re-clustering</label><br>
2681 18 Sep 14 nicklas 198           <label id="delete-items" style="padding-left: 18px;"
2681 18 Sep 14 nicklas 199             ><input type="checkbox" name="deleteItemsCreatedByFailedJob" id="deleteItemsCreatedByFailedJob" disabled
2681 18 Sep 14 nicklas 200               >Delete items created by failed job</label><br>
2681 18 Sep 14 nicklas 201           <label id="demux-again" style="padding-left: 18px;"
2681 18 Sep 14 nicklas 202             ><input type="checkbox" name="demuxAgain" id="demuxAgain" disabled
2681 18 Sep 14 nicklas 203               >Re-try demuxing</label>
2364 15 Apr 14 nicklas 204         </td>
2364 15 Apr 14 nicklas 205         <td class="status" id="outcome.status"></td>
2636 04 Sep 14 nicklas 206         <td class="help">
2636 04 Sep 14 nicklas 207           <span id="outcome.message" class="message"></span>
2636 04 Sep 14 nicklas 208           Select the <b>Success</b> option if the demux was successful 
2636 04 Sep 14 nicklas 209           and it is possible to continue with masking and alignment of 
2636 04 Sep 14 nicklas 210           the sequences. Select the <b>Failure</b> option if it not 
2636 04 Sep 14 nicklas 211           possible to continue. Existing pooled libraries can optionally
2682 18 Sep 14 nicklas 212           be flagged for re-clustering and re-sequencing.<br>
5883 26 Mar 20 nicklas 213           ¹ Size* is the average size taken from Caliper with adapter size removed (-118).<br>
2682 18 Sep 14 nicklas 214           ² Values are calculated based on Bowtie alignment of a subset of the sequences.
2364 15 Apr 14 nicklas 215         </td>
2364 15 Apr 14 nicklas 216       </tr>
2364 15 Apr 14 nicklas 217       </table>
2636 04 Sep 14 nicklas 218
2636 04 Sep 14 nicklas 219       <div id="mergedSequences"></div>
2636 04 Sep 14 nicklas 220     </div>
2364 15 Apr 14 nicklas 221   </div>
2364 15 Apr 14 nicklas 222     
2636 04 Sep 14 nicklas 223   <div id="wizard-status"></div>
2636 04 Sep 14 nicklas 224
2636 04 Sep 14 nicklas 225   <table class="navigation" id="navigation">
2636 04 Sep 14 nicklas 226   <tr>
2636 04 Sep 14 nicklas 227     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
2636 04 Sep 14 nicklas 228     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
2636 04 Sep 14 nicklas 229     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
2636 04 Sep 14 nicklas 230     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
2636 04 Sep 14 nicklas 231     <td id="gonext-message" class="message"></td>
2636 04 Sep 14 nicklas 232   </tr>
2364 15 Apr 14 nicklas 233   </table>
2364 15 Apr 14 nicklas 234   
2364 15 Apr 14 nicklas 235   </form>
2364 15 Apr 14 nicklas 236   </div>
2364 15 Apr 14 nicklas 237   
2364 15 Apr 14 nicklas 238 </base:body>
2364 15 Apr 14 nicklas 239 </base:page>
2364 15 Apr 14 nicklas 240 <%
2364 15 Apr 14 nicklas 241 }
2364 15 Apr 14 nicklas 242 finally
2364 15 Apr 14 nicklas 243 {
2364 15 Apr 14 nicklas 244   if (dc != null) dc.close();
2364 15 Apr 14 nicklas 245 }
2364 15 Apr 14 nicklas 246 %>

Generated on Tue Nov 21 03:29:52 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)