extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/genotype_standalone_check.jsp

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6441 18 Oct 21 nicklas 115     <div class="step-title">Select VCF files</div>
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6595 22 Feb 22 nicklas 120         <td class="prompt">Existing items</td>
6441 18 Oct 21 nicklas 121         <td class="input" id="alreadyChecked"></td>
6441 18 Oct 21 nicklas 122         <td class="status" id="alreadyChecked.status"></td>
6441 18 Oct 21 nicklas 123         <td class="help"><span id="alreadyChecked.message" class="message"></span>
7202 25 May 23 nicklas 124           Existing tumor and normal items with genotype information.
6441 18 Oct 21 nicklas 125         </td>
6441 18 Oct 21 nicklas 126       </tr>
6441 18 Oct 21 nicklas 127       <tr class="align-top">
6441 18 Oct 21 nicklas 128         <td class="prompt">VCF files</td>
6441 18 Oct 21 nicklas 129         <td class="input">
6441 18 Oct 21 nicklas 130           <select class="required" multiple size="20"
6441 18 Oct 21 nicklas 131             name="files" id="files"></select>
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6441 18 Oct 21 nicklas 136         </td>
6441 18 Oct 21 nicklas 137         <td class="status" id="files.status"></td>
6441 18 Oct 21 nicklas 138         <td class="help"><span id="files.message" class="message"></span>
6441 18 Oct 21 nicklas 139           Select one or more VCF files that should be checked. The VCF
6441 18 Oct 21 nicklas 140           files need to have data for the same SNP:s that are used
6441 18 Oct 21 nicklas 141           in the genotype QC system.
6441 18 Oct 21 nicklas 142         </td>
6441 18 Oct 21 nicklas 143       </tr>
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6441 18 Oct 21 nicklas 154   </div>
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6441 18 Oct 21 nicklas 161     <tr>
6441 18 Oct 21 nicklas 162       <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
6441 18 Oct 21 nicklas 163       <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
6441 18 Oct 21 nicklas 164       <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
6441 18 Oct 21 nicklas 165       <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
6441 18 Oct 21 nicklas 166       <td id="gonext-message" class="message"></td>
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