extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/hisat2023_start.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6813 25 Aug 22 nicklas 1 <%@ page
6813 25 Aug 22 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
6813 25 Aug 22 nicklas 3   session="false"
6813 25 Aug 22 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
6813 25 Aug 22 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
6813 25 Aug 22 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
6813 25 Aug 22 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
6813 25 Aug 22 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
6813 25 Aug 22 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
6813 25 Aug 22 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
6813 25 Aug 22 nicklas 11 %>
6813 25 Aug 22 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
6813 25 Aug 22 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
6813 25 Aug 22 nicklas 14 <%
6813 25 Aug 22 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
6813 25 Aug 22 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
6813 25 Aug 22 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
6813 25 Aug 22 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
6813 25 Aug 22 nicklas 19 DbControl dc = null;
6813 25 Aug 22 nicklas 20 try
6813 25 Aug 22 nicklas 21 {
6813 25 Aug 22 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
6813 25 Aug 22 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
6813 25 Aug 22 nicklas 24 %>
6813 25 Aug 22 nicklas 25 <base:page type="default" >
6813 25 Aug 22 nicklas 26 <base:head 
6813 25 Aug 22 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~hisat2023_start.js" 
6813 25 Aug 22 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
6813 25 Aug 22 nicklas 29 />
6813 25 Aug 22 nicklas 30 <base:body>
6813 25 Aug 22 nicklas 31
6813 25 Aug 22 nicklas 32   <p:path><p:pathelement 
6813 25 Aug 22 nicklas 33     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
6813 25 Aug 22 nicklas 34     /><p:pathelement title="Start Hisat/2023 alignment" 
6813 25 Aug 22 nicklas 35     /></p:path>
6813 25 Aug 22 nicklas 36
6813 25 Aug 22 nicklas 37   <div class="content">
6813 25 Aug 22 nicklas 38   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
6813 25 Aug 22 nicklas 39
6813 25 Aug 22 nicklas 40   <div class="step auto-hide" id="step-1">
6813 25 Aug 22 nicklas 41     <div class="step-no">1</div>
6813 25 Aug 22 nicklas 42     <div class="step-title">Select merged sequences</div>
6813 25 Aug 22 nicklas 43     <div class="step-content">
6813 25 Aug 22 nicklas 44     
6813 25 Aug 22 nicklas 45       <table class="step-form">
6813 25 Aug 22 nicklas 46       <tr class="align-top">
6813 25 Aug 22 nicklas 47         <td class="prompt">Merged sequences</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 48         <td class="input">
6813 25 Aug 22 nicklas 49           <select class="required yellow-label-support" multiple size="30"
6813 25 Aug 22 nicklas 50             name="mergedSequences" id="mergedSequences"></select>
6813 25 Aug 22 nicklas 51             
6813 25 Aug 22 nicklas 52           <base:buttongroup style="margin-top: 0.5em;">
6813 25 Aug 22 nicklas 53             <base:button title="Select manually&hellip;" id="btnSelectMergedSequences" />
6813 25 Aug 22 nicklas 54           </base:buttongroup>
6813 25 Aug 22 nicklas 55         </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 56         <td class="status" id="mergedSequences.status"></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 57         <td class="help"><span id="mergedSequences.message" class="message"></span>
6813 25 Aug 22 nicklas 58           Select the sequences that should be aligned. The list contains merged sequences 
6813 25 Aug 22 nicklas 59           from the <b>Hisat/2023 pipeline</b> item list (max 250).<br><br>
6813 25 Aug 22 nicklas 60           Items marked with <b>[R]</b> have been marked for re-alignment due to a failure of
6813 25 Aug 22 nicklas 61           a previous alignment.
6813 25 Aug 22 nicklas 62         </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 63       </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 64       </table>
6813 25 Aug 22 nicklas 65
6813 25 Aug 22 nicklas 66     </div>
6813 25 Aug 22 nicklas 67   </div>
6813 25 Aug 22 nicklas 68   
6813 25 Aug 22 nicklas 69   
6813 25 Aug 22 nicklas 70   <div class="step" id="step-2">
6813 25 Aug 22 nicklas 71     <div class="step-no">2</div>
6813 25 Aug 22 nicklas 72     <div class="step-title">Masking and alignment information</div>
6813 25 Aug 22 nicklas 73     <div class="step-content">
6813 25 Aug 22 nicklas 74
6813 25 Aug 22 nicklas 75       <table class="step-form">
6813 25 Aug 22 nicklas 76       <tbody>
6813 25 Aug 22 nicklas 77         <tr class="section-header">
6813 25 Aug 22 nicklas 78           <td colspan="4">Masking</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 79         </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 80         <tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 81           <td class="subprompt">Protocol</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 82           <td class="input">
6813 25 Aug 22 nicklas 83             <select name="maskingProtocol" id="maskingProtocol"></select>
6813 25 Aug 22 nicklas 84           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 85           <td class="status" id="maskingProtocol.status"></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 86           <td class="help">
6813 25 Aug 22 nicklas 87             <span id="maskingProtocol.message" class="message"></span>
6813 25 Aug 22 nicklas 88             Select the protocol used for filtering.
6813 25 Aug 22 nicklas 89           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 90         </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 91         <tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 92           <td class="subprompt">Software</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 93           <td class="input">
6813 25 Aug 22 nicklas 94             <select name="maskingSoftware" id="maskingSoftware"></select>
6813 25 Aug 22 nicklas 95           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 96           <td class="status" id="maskingSoftware.status"></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 97           <td class="help">
6813 25 Aug 22 nicklas 98             <span id="maskingSoftware.message" class="message"></span>
6813 25 Aug 22 nicklas 99             Select the software to use for masking.
6813 25 Aug 22 nicklas 100           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 101         </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 102       </tbody>
6813 25 Aug 22 nicklas 103       <tbody class="info-section">
6813 25 Aug 22 nicklas 104         <tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 105           <td class="subprompt">Parameter set</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 106           <td class="info" colspan="2">
6813 25 Aug 22 nicklas 107             <span id="maskingSoftware.parameterSet"></span>
6813 25 Aug 22 nicklas 108             <div id="maskingSoftware.description" class="item-description"></div>
6813 25 Aug 22 nicklas 109           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 110           <td class="help">
6813 25 Aug 22 nicklas 111             This step uses Bowtie2 for masking unwanted sequences. Parameters are configured in 
6813 25 Aug 22 nicklas 112             &lt;align-hisat-2023&gt; section in reggie-config.xml.
6813 25 Aug 22 nicklas 113           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 114         </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 115       </tbody>
6813 25 Aug 22 nicklas 116       <tbody>
6813 25 Aug 22 nicklas 117         <tr class="section-header">
6813 25 Aug 22 nicklas 118           <td colspan="4">Align</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 119         </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 120         <tr valign="top">
6813 25 Aug 22 nicklas 121           <td class="subprompt">Protocol</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 122           <td class="input">
6813 25 Aug 22 nicklas 123             <select name="alignProtocol" id="alignProtocol"></select>
6813 25 Aug 22 nicklas 124           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 125           <td class="status" id="alignProtocol.status"></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 126           <td class="help">
6813 25 Aug 22 nicklas 127             <span id="alignProtocol.message" class="message"></span>
6813 25 Aug 22 nicklas 128             Select the protocol used for alignment.
6813 25 Aug 22 nicklas 129           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 130         </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 131         <tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 132           <td class="subprompt">Software</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 133           <td class="input">
6813 25 Aug 22 nicklas 134             <select name="alignSoftware" id="alignSoftware"></select>
6813 25 Aug 22 nicklas 135           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 136           <td class="status" id="alignSoftware.status"></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 137           <td class="help">
6813 25 Aug 22 nicklas 138             <span id="alignSoftware.message" class="message"></span>
6813 25 Aug 22 nicklas 139             Select the software to use for alignment.
6813 25 Aug 22 nicklas 140           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 141         </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 142       </tbody>
6813 25 Aug 22 nicklas 143       <tbody class="info-section">
6813 25 Aug 22 nicklas 144         <tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 145           <td class="subprompt">Parameter set</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 146           <td class="info" colspan="2">
6813 25 Aug 22 nicklas 147             <span id="alignSoftware.parameterSet"></span>
6813 25 Aug 22 nicklas 148             <div id="alignSoftware.description" class="item-description"></div>
6813 25 Aug 22 nicklas 149           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 150           <td class="help">
6813 25 Aug 22 nicklas 151             This step uses Hisat for for aligning sequences. After the alignment
6813 25 Aug 22 nicklas 152             it will run Picard MarkDuplicates as well
6813 25 Aug 22 nicklas 153             as a few other tools for statistics. Parameters are configured in 
6813 25 Aug 22 nicklas 154             &lt;align-hisat-2023&gt; section in reggie-config.xml.
6813 25 Aug 22 nicklas 155           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 156         </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 157       </tbody>
6813 25 Aug 22 nicklas 158       <tbody>
6813 25 Aug 22 nicklas 159         <tr class="section-header">
6813 25 Aug 22 nicklas 160           <td colspan="4">Job scheduler</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 161         </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 162         <tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 163           <td class="subprompt">Cluster</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 164           <td class="input">
6813 25 Aug 22 nicklas 165             <select name="clusters" id="clusters" class="required"></select></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 166           <td class="status" id="clusters.status"></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 167           <td class="help">
6813 25 Aug 22 nicklas 168             <span id="clusters.message" class="message"></span>
6813 25 Aug 22 nicklas 169             Select the cluster to use for running the software.
6813 25 Aug 22 nicklas 170           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 171         </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 172         <tr id="job-priority" style="display: none;">
6813 25 Aug 22 nicklas 173           <td class="subprompt">Job priority</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 174           <td class="input">
6813 25 Aug 22 nicklas 175             <select name="priority" id="priority"></select>
6813 25 Aug 22 nicklas 176           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 177           <td class="status" id="priority.status"></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 178           <td class="help">
6813 25 Aug 22 nicklas 179             <span id="priority.message" class="message"></span>
6813 25 Aug 22 nicklas 180             Select the priority of the job.
6813 25 Aug 22 nicklas 181           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 182         </tr>
6979 16 Jan 23 nicklas 183         <tr id="job-partition" style="display: none;">
6979 16 Jan 23 nicklas 184           <td class="subprompt">Job partition</td>
6979 16 Jan 23 nicklas 185           <td class="input">
6979 16 Jan 23 nicklas 186             <select name="partition" id="partition"></select>
6979 16 Jan 23 nicklas 187           </td>
6979 16 Jan 23 nicklas 188           <td class="status" id="partition.status"></td>
6979 16 Jan 23 nicklas 189           <td class="help">
6979 16 Jan 23 nicklas 190             <span id="partition.message" class="message"></span>
6979 16 Jan 23 nicklas 191             Select the partition/queue that the job should be submitted to.
6979 16 Jan 23 nicklas 192           </td>
6979 16 Jan 23 nicklas 193         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 194       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 195       <tbody class="info-section">
7372 06 Oct 23 nicklas 196         <tr class="align-top">
7372 06 Oct 23 nicklas 197           <td class="subprompt">Job options</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 198           <td class="info input">
7372 06 Oct 23 nicklas 199             <div id="submitOptions" class="item-description code"></div>
7372 06 Oct 23 nicklas 200             <textarea id="submitOptionsOverride" name="submitOptionsOverride" rows="4" style="display: none;"></textarea>
7372 06 Oct 23 nicklas 201           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 202           <td class="status" id="submitOptions.status">
7372 06 Oct 23 nicklas 203             <input type="checkbox" id="override" name="override" title="Override the default options" disabled>
7372 06 Oct 23 nicklas 204           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 205           <td class="help">
7372 06 Oct 23 nicklas 206             Parameters are configured in the &lt;align-hisat-2023&gt;/&lt;submit&gt; 
7372 06 Oct 23 nicklas 207             section in reggie-config.xml. Select the checkbox to manually 
7372 06 Oct 23 nicklas 208             override the default options.
7372 06 Oct 23 nicklas 209           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 210         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 211       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 212       <tbody>
6813 25 Aug 22 nicklas 213         <tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 214           <td class="subprompt">Auto-confirm</td>
6813 25 Aug 22 nicklas 215           <td class="input"><input type="checkbox" name="autoConfirm" checked></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 216           <td class="status" id="autoConfirm.status"></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 217           <td class="help">
6813 25 Aug 22 nicklas 218             <span id="autoConfirm.message" class="message"></span>
6813 25 Aug 22 nicklas 219             If the alignment is successful and aligned pairs &gt;1M it is automatically confirmed
6813 25 Aug 22 nicklas 220             and StringTie is started. If aligned pairs is &lt;5M the RNA is flagged.
6813 25 Aug 22 nicklas 221           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 222         </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 223         <tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 224           <td class="subprompt">Debug</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 225           <td class="input"><input type="checkbox" name="debug" id="debug"></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 226           <td class="status" id="debug.status"></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 227           <td class="help">
6813 25 Aug 22 nicklas 228             <span id="debug.message" class="message"></span>
6813 25 Aug 22 nicklas 229             When running in debug mode temporary files are not removed from the
6813 25 Aug 22 nicklas 230             cluster node.
6813 25 Aug 22 nicklas 231           </td>
6813 25 Aug 22 nicklas 232         </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 233       </tbody>
6813 25 Aug 22 nicklas 234       </table>
6813 25 Aug 22 nicklas 235     </div>
6813 25 Aug 22 nicklas 236   </div>
6813 25 Aug 22 nicklas 237     
6813 25 Aug 22 nicklas 238     <div id="wizard-status"></div>
6813 25 Aug 22 nicklas 239   
6813 25 Aug 22 nicklas 240     <table class="navigation" id="navigation">
6813 25 Aug 22 nicklas 241     <tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 242       <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 243       <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 244       <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 245       <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 246       <td id="gonext-message" class="message"></td>
6813 25 Aug 22 nicklas 247     </tr>
6813 25 Aug 22 nicklas 248     </table>
6813 25 Aug 22 nicklas 249   
6813 25 Aug 22 nicklas 250   </form>
6813 25 Aug 22 nicklas 251   </div>
6813 25 Aug 22 nicklas 252   
6813 25 Aug 22 nicklas 253 </base:body>
6813 25 Aug 22 nicklas 254 </base:page>
6813 25 Aug 22 nicklas 255 <%
6813 25 Aug 22 nicklas 256 }
6813 25 Aug 22 nicklas 257 finally
6813 25 Aug 22 nicklas 258 {
6813 25 Aug 22 nicklas 259   if (dc != null) dc.close();
6813 25 Aug 22 nicklas 260 }
6813 25 Aug 22 nicklas 261 %>

Generated on Tue Nov 21 03:29:57 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)