extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/import_confirm.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6188 26 Mar 21 nicklas 1 <%@ page
6188 26 Mar 21 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
6188 26 Mar 21 nicklas 3   session="false"
6188 26 Mar 21 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
6188 26 Mar 21 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
6188 26 Mar 21 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
6188 26 Mar 21 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
6188 26 Mar 21 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
6188 26 Mar 21 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
6188 26 Mar 21 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
6188 26 Mar 21 nicklas 11 %>
6188 26 Mar 21 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
6188 26 Mar 21 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
6188 26 Mar 21 nicklas 14 <%
6188 26 Mar 21 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
6188 26 Mar 21 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
6188 26 Mar 21 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
6188 26 Mar 21 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
6188 26 Mar 21 nicklas 19 DbControl dc = null;
6188 26 Mar 21 nicklas 20 try
6188 26 Mar 21 nicklas 21 {
6188 26 Mar 21 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
6188 26 Mar 21 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
6188 26 Mar 21 nicklas 24 %>
6188 26 Mar 21 nicklas 25 <base:page type="default" >
6188 26 Mar 21 nicklas 26 <base:head 
6188 26 Mar 21 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~import_confirm.js" 
6188 26 Mar 21 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
6188 26 Mar 21 nicklas 29   >
6188 26 Mar 21 nicklas 30 <style>
6188 26 Mar 21 nicklas 31 tr.highlight
6188 26 Mar 21 nicklas 32 {
6188 26 Mar 21 nicklas 33   border-top-width: 1px;
6188 26 Mar 21 nicklas 34   border-top-style: dotted;
6188 26 Mar 21 nicklas 35 }
6188 26 Mar 21 nicklas 36
6188 26 Mar 21 nicklas 37 #mergedSequencesTable
6188 26 Mar 21 nicklas 38 {
6188 26 Mar 21 nicklas 39   width: 100%; 
6188 26 Mar 21 nicklas 40   border-collapse: collapse;
6188 26 Mar 21 nicklas 41 }
6188 26 Mar 21 nicklas 42
6188 26 Mar 21 nicklas 43 #mergedSequencesTable thead
6188 26 Mar 21 nicklas 44 {
6188 26 Mar 21 nicklas 45   border-bottom-width: 1px;
6188 26 Mar 21 nicklas 46   border-top-width: 1px;
6188 26 Mar 21 nicklas 47 }
6188 26 Mar 21 nicklas 48
6188 26 Mar 21 nicklas 49 #mergedSequencesTable td
6188 26 Mar 21 nicklas 50 {
6188 26 Mar 21 nicklas 51   text-align: center;
6188 26 Mar 21 nicklas 52   min-width: 4.5em;
6188 26 Mar 21 nicklas 53 }
6188 26 Mar 21 nicklas 54
6215 16 Apr 21 nicklas 55 #mergedSequencesTable td, #mergedSequencesTable th
6188 26 Mar 21 nicklas 56 {
6215 16 Apr 21 nicklas 57   padding: 2px 1px;
6188 26 Mar 21 nicklas 58 }
6188 26 Mar 21 nicklas 59
6188 26 Mar 21 nicklas 60 #mergedSequencesTable .italic
6188 26 Mar 21 nicklas 61 {
6188 26 Mar 21 nicklas 62   font-style: italic;
6188 26 Mar 21 nicklas 63 }
6188 26 Mar 21 nicklas 64
6215 16 Apr 21 nicklas 65 #mergedSequencesTable .warning-col
6188 26 Mar 21 nicklas 66 {
6188 26 Mar 21 nicklas 67   width: 20px;
6188 26 Mar 21 nicklas 68   max-width: 20px;
6188 26 Mar 21 nicklas 69   min-width: 0;
6188 26 Mar 21 nicklas 70 }
6188 26 Mar 21 nicklas 71
6188 26 Mar 21 nicklas 72 .file-link
6188 26 Mar 21 nicklas 73 {
6188 26 Mar 21 nicklas 74   margin-left: 0.5em;
6188 26 Mar 21 nicklas 75 }
6188 26 Mar 21 nicklas 76
6188 26 Mar 21 nicklas 77 .comment input
6188 26 Mar 21 nicklas 78 {
6188 26 Mar 21 nicklas 79   width: 95%;
6188 26 Mar 21 nicklas 80   min-width: 20em;
6188 26 Mar 21 nicklas 81 }
6188 26 Mar 21 nicklas 82
6188 26 Mar 21 nicklas 83 </style>
6188 26 Mar 21 nicklas 84 </base:head>
6188 26 Mar 21 nicklas 85 <base:body>
6188 26 Mar 21 nicklas 86
6188 26 Mar 21 nicklas 87   <p:path><p:pathelement 
6188 26 Mar 21 nicklas 88     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
6188 26 Mar 21 nicklas 89     /><p:pathelement title="Confirm FASTQ import" 
6188 26 Mar 21 nicklas 90     /></p:path>
6188 26 Mar 21 nicklas 91
6188 26 Mar 21 nicklas 92   <div class="content">
6188 26 Mar 21 nicklas 93   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
6188 26 Mar 21 nicklas 94   
6188 26 Mar 21 nicklas 95   <div class="step" id="step-1">
6188 26 Mar 21 nicklas 96     <div class="step-no">1</div>
6188 26 Mar 21 nicklas 97     <div class="step-content">
6188 26 Mar 21 nicklas 98       
6188 26 Mar 21 nicklas 99       <div id="mergedSequences"></div>
6188 26 Mar 21 nicklas 100     
6188 26 Mar 21 nicklas 101       <table class="step-form topborder">
6188 26 Mar 21 nicklas 102       <tr>
6188 26 Mar 21 nicklas 103         <td class="prompt"></td>
6188 26 Mar 21 nicklas 104         <td class="input"></td>
6188 26 Mar 21 nicklas 105         <td class="status"></td>
6188 26 Mar 21 nicklas 106         <td class="help">
6188 26 Mar 21 nicklas 107           ¹ Size* is the average size taken from Caliper with adapter size removed (-118).<br>
6188 26 Mar 21 nicklas 108           ² Values are calculated based on Bowtie alignment of a subset of the sequences. 
6188 26 Mar 21 nicklas 109         </td>
6188 26 Mar 21 nicklas 110       </tr>
6215 16 Apr 21 nicklas 111       <tr>
6215 16 Apr 21 nicklas 112         <td class="prompt"></td>
6215 16 Apr 21 nicklas 113         <td class="input" style="text-align: right; vertical-align: middle;">
6215 16 Apr 21 nicklas 114           <label>Delete items selected for re-import
6215 16 Apr 21 nicklas 115           <input type="checkbox" name="deleteItemsCreatedByFailedJobs" id="deleteItemsCreatedByFailedJobs" checked>
6215 16 Apr 21 nicklas 116           </label>
6215 16 Apr 21 nicklas 117         </td>
6215 16 Apr 21 nicklas 118         <td class="status" id="deleteItemsCreatedByFailedJobs.status"></td>
6215 16 Apr 21 nicklas 119         <td class="help">
6215 16 Apr 21 nicklas 120           <span id="deleteItemsCreatedByFailedJobs.message" class="message"></span>
6215 16 Apr 21 nicklas 121           Recommended! Items created by jobs selected for re-import are deleted to avoid cluttering in the database.
6215 16 Apr 21 nicklas 122         </td>
6215 16 Apr 21 nicklas 123       </tr>
6188 26 Mar 21 nicklas 124       </table>
6188 26 Mar 21 nicklas 125     </div>
6188 26 Mar 21 nicklas 126   </div>
6188 26 Mar 21 nicklas 127       
6188 26 Mar 21 nicklas 128   <div id="wizard-status"></div>
6188 26 Mar 21 nicklas 129
6188 26 Mar 21 nicklas 130   <table class="navigation" id="navigation">
6188 26 Mar 21 nicklas 131   <tr>
6188 26 Mar 21 nicklas 132     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
6188 26 Mar 21 nicklas 133     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
6188 26 Mar 21 nicklas 134     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
6188 26 Mar 21 nicklas 135     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
6188 26 Mar 21 nicklas 136     <td id="gonext-message" class="message"></td>
6188 26 Mar 21 nicklas 137   </tr>
6188 26 Mar 21 nicklas 138   </table>
6188 26 Mar 21 nicklas 139
6188 26 Mar 21 nicklas 140   </form>
6188 26 Mar 21 nicklas 141   </div>
6188 26 Mar 21 nicklas 142   
6188 26 Mar 21 nicklas 143 </base:body>
6188 26 Mar 21 nicklas 144 </base:page>
6188 26 Mar 21 nicklas 145 <%
6188 26 Mar 21 nicklas 146 }
6188 26 Mar 21 nicklas 147 finally
6188 26 Mar 21 nicklas 148 {
6188 26 Mar 21 nicklas 149   if (dc != null) dc.close();
6188 26 Mar 21 nicklas 150 }
6188 26 Mar 21 nicklas 151 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)