extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/import_fastq.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6180 24 Mar 21 nicklas 1 <%@ page
6180 24 Mar 21 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
6180 24 Mar 21 nicklas 3   session="false"
6180 24 Mar 21 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
6180 24 Mar 21 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
6180 24 Mar 21 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
6180 24 Mar 21 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
6180 24 Mar 21 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
6180 24 Mar 21 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
6180 24 Mar 21 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
6180 24 Mar 21 nicklas 11 %>
6180 24 Mar 21 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
6180 24 Mar 21 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
6180 24 Mar 21 nicklas 14 <%
6180 24 Mar 21 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
6180 24 Mar 21 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
6180 24 Mar 21 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
6180 24 Mar 21 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
6180 24 Mar 21 nicklas 19 DbControl dc = null;
6180 24 Mar 21 nicklas 20 try
6180 24 Mar 21 nicklas 21 {
6180 24 Mar 21 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
6180 24 Mar 21 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
6180 24 Mar 21 nicklas 24 %>
6180 24 Mar 21 nicklas 25 <base:page type="default" >
6180 24 Mar 21 nicklas 26 <base:head 
6180 24 Mar 21 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~import_fastq.js" 
6180 24 Mar 21 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
6180 24 Mar 21 nicklas 29 />
6180 24 Mar 21 nicklas 30 <base:body>
6180 24 Mar 21 nicklas 31
6180 24 Mar 21 nicklas 32   <p:path><p:pathelement 
6180 24 Mar 21 nicklas 33     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
6180 24 Mar 21 nicklas 34     /><p:pathelement title="Import FASTQ files" 
6180 24 Mar 21 nicklas 35     /></p:path>
6180 24 Mar 21 nicklas 36
6180 24 Mar 21 nicklas 37   <div class="content">
6180 24 Mar 21 nicklas 38   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
6180 24 Mar 21 nicklas 39
6180 24 Mar 21 nicklas 40   <div class="step auto-hide" id="step-1">
6180 24 Mar 21 nicklas 41     <div class="step-no">1</div>
6215 16 Apr 21 nicklas 42     <div class="step-title">Select demuxed sequences</div>
6180 24 Mar 21 nicklas 43     <div class="step-content">
6180 24 Mar 21 nicklas 44     
6180 24 Mar 21 nicklas 45       <table class="step-form">
6180 24 Mar 21 nicklas 46       <tr class="align-top">
6215 16 Apr 21 nicklas 47         <td class="prompt">Demuxed sequences</td>
6180 24 Mar 21 nicklas 48         <td class="input">
6215 16 Apr 21 nicklas 49           <select class="required yellow-label-support" multiple size="20"
6215 16 Apr 21 nicklas 50             name="demuxedSequences" id="demuxedSequences"></select>
6180 24 Mar 21 nicklas 51         </td>
6215 16 Apr 21 nicklas 52         <td class="status" id="demuxedSequences.status"></td>
6215 16 Apr 21 nicklas 53         <td class="help"><span id="demuxedSequences.message" class="message"></span>
6215 16 Apr 21 nicklas 54           Select the sequences that should be imported. The list contains demuxed sequences 
6180 24 Mar 21 nicklas 55           from the <b>FASTQ import pipeline</b> item list (max 250).<br><br>
6180 24 Mar 21 nicklas 56           Items marked with <b>[R]</b> have been marked for re-import due to a failure of
6180 24 Mar 21 nicklas 57           a previous attempt.
6180 24 Mar 21 nicklas 58         </td>
6180 24 Mar 21 nicklas 59       </tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 60       </table>
6180 24 Mar 21 nicklas 61     </div>
6180 24 Mar 21 nicklas 62   </div>
6180 24 Mar 21 nicklas 63   
6180 24 Mar 21 nicklas 64   
6180 24 Mar 21 nicklas 65   <div class="step" id="step-2">
6180 24 Mar 21 nicklas 66     <div class="step-no">2</div>
6180 24 Mar 21 nicklas 67     <div class="step-title">Import information</div>
6180 24 Mar 21 nicklas 68     <div class="step-content">
6180 24 Mar 21 nicklas 69
6180 24 Mar 21 nicklas 70       <table class="step-form">
6180 24 Mar 21 nicklas 71       <tbody>
6180 24 Mar 21 nicklas 72         <tr class="section-header">
6180 24 Mar 21 nicklas 73           <td colspan="4">Merge</td>
6180 24 Mar 21 nicklas 74         </tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 75         <tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 76           <td class="subprompt">Protocol</td>
6180 24 Mar 21 nicklas 77           <td class="input">
6180 24 Mar 21 nicklas 78             <select name="mergeProtocol" id="mergeProtocol"></select>
6180 24 Mar 21 nicklas 79           </td>
6180 24 Mar 21 nicklas 80           <td class="status" id="mergeProtocol.status"></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 81           <td class="help">
6180 24 Mar 21 nicklas 82             <span id="mergeProtocol.message" class="message"></span>
6180 24 Mar 21 nicklas 83             Select the protocol used for merging.
6180 24 Mar 21 nicklas 84           </td>
6180 24 Mar 21 nicklas 85         </tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 86         <tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 87           <td class="subprompt">Software</td>
6180 24 Mar 21 nicklas 88           <td class="input">
6180 24 Mar 21 nicklas 89             <select name="mergeSoftware" id="mergeSoftware"></select>
6180 24 Mar 21 nicklas 90           </td>
6180 24 Mar 21 nicklas 91           <td class="status" id="mergeSoftware.status"></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 92           <td class="help">
6180 24 Mar 21 nicklas 93             <span id="mergeSoftware.message" class="message"></span>
6180 24 Mar 21 nicklas 94             Select the software to use for merging the FASTQ files.
6180 24 Mar 21 nicklas 95           </td>
6180 24 Mar 21 nicklas 96         </tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 97       </tbody>
6180 24 Mar 21 nicklas 98       <tbody class="info-section">
6180 24 Mar 21 nicklas 99         <tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 100           <td class="subprompt">Parameter set</td>
6180 24 Mar 21 nicklas 101           <td class="info" colspan="2">
6180 24 Mar 21 nicklas 102             <span id="mergeSoftware.parameterSet"></span>
6180 24 Mar 21 nicklas 103             <div id="mergeSoftware.description" class="item-description"></div>
6180 24 Mar 21 nicklas 104           </td>
6180 24 Mar 21 nicklas 105           <td class="help">
6180 24 Mar 21 nicklas 106             This step will merge the FASTQ files into two files per sample (R1+R2) and then 
6180 24 Mar 21 nicklas 107             run Bowtie and Trimmomatic for some statistics and cleanup. Parameters are 
6180 24 Mar 21 nicklas 108             configured in the &lt;demux&gt; section in reggie-config.xml.
6180 24 Mar 21 nicklas 109           </td>
6180 24 Mar 21 nicklas 110         </tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 111       </tbody>
6180 24 Mar 21 nicklas 112       <tbody>
6180 24 Mar 21 nicklas 113         <tr class="section-header">
6735 09 May 22 nicklas 114           <td colspan="4">Job scheduler</td>
6180 24 Mar 21 nicklas 115         </tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 116         <tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 117           <td class="subprompt">Cluster</td>
6180 24 Mar 21 nicklas 118           <td class="input">
6180 24 Mar 21 nicklas 119             <select name="clusters" id="clusters" class="required"></select></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 120           <td class="status" id="clusters.status"></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 121           <td class="help">
6180 24 Mar 21 nicklas 122             <span id="clusters.message" class="message"></span>
6180 24 Mar 21 nicklas 123             Select the cluster to use for running the software.
6180 24 Mar 21 nicklas 124           </td>
6180 24 Mar 21 nicklas 125         </tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 126         <tr id="job-priority" style="display: none;">
6180 24 Mar 21 nicklas 127           <td class="subprompt">Job priority</td>
6180 24 Mar 21 nicklas 128           <td class="input">
6180 24 Mar 21 nicklas 129             <select name="priority" id="priority"></select>
6180 24 Mar 21 nicklas 130           </td>
6180 24 Mar 21 nicklas 131           <td class="status" id="priority.status"></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 132           <td class="help">
6180 24 Mar 21 nicklas 133             <span id="priority.message" class="message"></span>
6180 24 Mar 21 nicklas 134             Select the priority of the job.
6180 24 Mar 21 nicklas 135           </td>
6180 24 Mar 21 nicklas 136         </tr>
6980 17 Jan 23 nicklas 137         <tr id="job-partition" style="display: none;">
6980 17 Jan 23 nicklas 138           <td class="subprompt">Job partition</td>
6980 17 Jan 23 nicklas 139           <td class="input">
6980 17 Jan 23 nicklas 140             <select name="partition" id="partition"></select>
6980 17 Jan 23 nicklas 141           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 142           <td class="status" id="partition.status"></td>
6980 17 Jan 23 nicklas 143           <td class="help">
6980 17 Jan 23 nicklas 144             <span id="partition.message" class="message"></span>
6980 17 Jan 23 nicklas 145             Select the partition/queue that the job should be submitted to.
6980 17 Jan 23 nicklas 146           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 147         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 148       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 149       <tbody class="info-section">
7372 06 Oct 23 nicklas 150         <tr class="align-top">
7372 06 Oct 23 nicklas 151           <td class="subprompt">Job options</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 152           <td class="info input">
7372 06 Oct 23 nicklas 153             <div id="submitOptions" class="item-description code"></div>
7372 06 Oct 23 nicklas 154             <textarea id="submitOptionsOverride" name="submitOptionsOverride" rows="4" style="display: none;"></textarea>
7372 06 Oct 23 nicklas 155           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 156           <td class="status" id="submitOptions.status">
7372 06 Oct 23 nicklas 157             <input type="checkbox" id="override" name="override" title="Override the default options" disabled>
7372 06 Oct 23 nicklas 158           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 159           <td class="help">
7372 06 Oct 23 nicklas 160             Parameters are configured in the &lt;demux&gt;/&lt;submit-import&gt; 
7372 06 Oct 23 nicklas 161             section in reggie-config.xml. Select the checkbox to manually 
7372 06 Oct 23 nicklas 162             override the default options.
7372 06 Oct 23 nicklas 163           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 164         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 165       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 166       <tbody>
6180 24 Mar 21 nicklas 167         <tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 168           <td class="subprompt">Auto-confirm</td>
6180 24 Mar 21 nicklas 169           <td class="input"><input type="checkbox" name="autoConfirm" checked></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 170           <td class="status" id="autoConfirm.status"></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 171           <td class="help">
6180 24 Mar 21 nicklas 172             <span id="autoConfirm.message" class="message"></span>
6180 24 Mar 21 nicklas 173             If the import is successful and libraries get &gt;10M reads after trimmomatic
6180 24 Mar 21 nicklas 174             and valid fragment size values, it is automatically confirmed and alignement 
6180 24 Mar 21 nicklas 175             is started. 
6180 24 Mar 21 nicklas 176           </td>
6180 24 Mar 21 nicklas 177         </tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 178         <tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 179           <td class="subprompt">Debug</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 180           <td class="input"><input type="checkbox" name="debug" id="debug"></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 181           <td class="status" id="debug.status"></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 182           <td class="help">
6180 24 Mar 21 nicklas 183             <span id="debug.message" class="message"></span>
6180 24 Mar 21 nicklas 184             When running in debug mode temporary files are not removed from the
6180 24 Mar 21 nicklas 185             cluster node.
6180 24 Mar 21 nicklas 186           </td>
6180 24 Mar 21 nicklas 187         </tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 188       </tbody>
6180 24 Mar 21 nicklas 189       </table>
6180 24 Mar 21 nicklas 190     </div>
6180 24 Mar 21 nicklas 191   </div>
6180 24 Mar 21 nicklas 192     
6180 24 Mar 21 nicklas 193     <div id="wizard-status"></div>
6180 24 Mar 21 nicklas 194   
6180 24 Mar 21 nicklas 195     <table class="navigation" id="navigation">
6180 24 Mar 21 nicklas 196     <tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 197       <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 198       <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 199       <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 200       <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 201       <td id="gonext-message" class="message"></td>
6180 24 Mar 21 nicklas 202     </tr>
6180 24 Mar 21 nicklas 203     </table>
6180 24 Mar 21 nicklas 204   
6180 24 Mar 21 nicklas 205   </form>
6180 24 Mar 21 nicklas 206   </div>
6180 24 Mar 21 nicklas 207   
6180 24 Mar 21 nicklas 208 </base:body>
6180 24 Mar 21 nicklas 209 </base:page>
6180 24 Mar 21 nicklas 210 <%
6180 24 Mar 21 nicklas 211 }
6180 24 Mar 21 nicklas 212 finally
6180 24 Mar 21 nicklas 213 {
6180 24 Mar 21 nicklas 214   if (dc != null) dc.close();
6180 24 Mar 21 nicklas 215 }
6180 24 Mar 21 nicklas 216 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)