extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/mbaf_start.jsp

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5029 16 Oct 18 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
5029 16 Oct 18 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
5029 16 Oct 18 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
5029 16 Oct 18 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
5029 16 Oct 18 nicklas 19 DbControl dc = null;
5029 16 Oct 18 nicklas 20 try
5029 16 Oct 18 nicklas 21 {
5029 16 Oct 18 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
5029 16 Oct 18 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
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5029 16 Oct 18 nicklas 33     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
5029 16 Oct 18 nicklas 34     /><p:pathelement title="Start mBAF analysis" 
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5029 16 Oct 18 nicklas 40   <div class="step auto-hide" id="step-1">
5029 16 Oct 18 nicklas 41     <div class="step-no">1</div>
5029 16 Oct 18 nicklas 42     <div class="step-title">Select aligned sequences</div>
5029 16 Oct 18 nicklas 43     <div class="step-content">
5029 16 Oct 18 nicklas 44     
5029 16 Oct 18 nicklas 45       <table class="step-form">
5029 16 Oct 18 nicklas 46       <tr class="align-top">
5029 16 Oct 18 nicklas 47         <td class="prompt">Aligned sequences</td>
5029 16 Oct 18 nicklas 48         <td class="input">
5029 16 Oct 18 nicklas 49           <select class="required yellow-label-support" multiple size="30"
5029 16 Oct 18 nicklas 50             name="alignedSequences" id="alignedSequences"></select>
5029 16 Oct 18 nicklas 51             
5029 16 Oct 18 nicklas 52           <base:buttongroup style="margin-top: 0.5em;">
5029 16 Oct 18 nicklas 53             <base:button title="Select manually&hellip;" id="btnSelectAlignedSequences" />
5029 16 Oct 18 nicklas 54           </base:buttongroup>
5029 16 Oct 18 nicklas 55         </td>
5029 16 Oct 18 nicklas 56         <td class="status" id="alignedSequences.status"></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 57         <td class="help"><span id="alignedSequences.message" class="message"></span>
5029 16 Oct 18 nicklas 58           Select the aligned sequences that should be processed. 
5029 16 Oct 18 nicklas 59           The list contains aligned sequences  from the <b>mBAF analysis</b> item list 
5029 16 Oct 18 nicklas 60           (max 250).<br><br> Items marked with <b>[R]</b> have been marked for re-processing 
5029 16 Oct 18 nicklas 61           due to a  previous failure.
5029 16 Oct 18 nicklas 62         </td>
5029 16 Oct 18 nicklas 63       </tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 64       </table>
5029 16 Oct 18 nicklas 65
5029 16 Oct 18 nicklas 66     </div>
5029 16 Oct 18 nicklas 67   </div>
5029 16 Oct 18 nicklas 68   
5029 16 Oct 18 nicklas 69   
5029 16 Oct 18 nicklas 70   <div class="step" id="step-2">
5029 16 Oct 18 nicklas 71     <div class="step-no">2</div>
5029 16 Oct 18 nicklas 72     <div class="step-title">mBAF information</div>
5029 16 Oct 18 nicklas 73     <div class="step-content">
5029 16 Oct 18 nicklas 74
5029 16 Oct 18 nicklas 75       <table class="step-form">
5029 16 Oct 18 nicklas 76       <tbody>
5029 16 Oct 18 nicklas 77         <tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 78           <td class="prompt">Software</td>
5029 16 Oct 18 nicklas 79           <td class="input">
5029 16 Oct 18 nicklas 80             <select name="mBafSoftware" id="mBafSoftware"></select>
5029 16 Oct 18 nicklas 81           </td>
5029 16 Oct 18 nicklas 82           <td class="status" id="mBafSoftware.status"></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 83           <td class="help">
5029 16 Oct 18 nicklas 84             <span id="mBafSoftware.message" class="message"></span>
5029 16 Oct 18 nicklas 85             Select the software to use.
5029 16 Oct 18 nicklas 86           </td>
5029 16 Oct 18 nicklas 87         </tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 88       </tbody>
5029 16 Oct 18 nicklas 89       <tbody class="info-section">
5029 16 Oct 18 nicklas 90         <tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 91           <td class="subprompt">Parameter set</td>
5029 16 Oct 18 nicklas 92           <td class="info" colspan="2">
5029 16 Oct 18 nicklas 93             <span id="mBafSoftware.parameterSet"></span>
5029 16 Oct 18 nicklas 94             <div id="mBafSoftware.description" class="item-description"></div>
5029 16 Oct 18 nicklas 95           </td>
5029 16 Oct 18 nicklas 96           <td class="help">
5029 16 Oct 18 nicklas 97             This step uses HaplotypeCaller for calculating mBAF values. Parameters are configured in 
5029 16 Oct 18 nicklas 98             the &lt;mbaf&gt; section in reggie-config.xml.
5029 16 Oct 18 nicklas 99           </td>
5029 16 Oct 18 nicklas 100         </tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 101       </tbody>
5029 16 Oct 18 nicklas 102       <tbody>
5029 16 Oct 18 nicklas 103         <tr class="section-header">
6735 09 May 22 nicklas 104           <td colspan="4">Job scheduler</td>
5029 16 Oct 18 nicklas 105         </tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 106         <tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 107           <td class="subprompt">Cluster</td>
5029 16 Oct 18 nicklas 108           <td class="input">
5029 16 Oct 18 nicklas 109             <select name="clusters" id="clusters" class="required"></select></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 110           <td class="status" id="clusters.status"></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 111           <td class="help">
5029 16 Oct 18 nicklas 112             <span id="clusters.message" class="message"></span>
5029 16 Oct 18 nicklas 113             Select the cluster to use for running the software.
5029 16 Oct 18 nicklas 114           </td>
5029 16 Oct 18 nicklas 115         </tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 116         <tr id="job-priority" style="display: none;">
5029 16 Oct 18 nicklas 117           <td class="subprompt">Job priority</td>
5029 16 Oct 18 nicklas 118           <td class="input">
5029 16 Oct 18 nicklas 119             <select name="priority" id="priority"></select>
5029 16 Oct 18 nicklas 120           </td>
5029 16 Oct 18 nicklas 121           <td class="status" id="priority.status"></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 122           <td class="help">
5029 16 Oct 18 nicklas 123             <span id="priority.message" class="message"></span>
5029 16 Oct 18 nicklas 124             Select the priority of the job.
5029 16 Oct 18 nicklas 125           </td>
5029 16 Oct 18 nicklas 126         </tr>
6980 17 Jan 23 nicklas 127         <tr id="job-partition" style="display: none;">
6980 17 Jan 23 nicklas 128           <td class="subprompt">Job partition</td>
6980 17 Jan 23 nicklas 129           <td class="input">
6980 17 Jan 23 nicklas 130             <select name="partition" id="partition"></select>
6980 17 Jan 23 nicklas 131           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 132           <td class="status" id="partition.status"></td>
6980 17 Jan 23 nicklas 133           <td class="help">
6980 17 Jan 23 nicklas 134             <span id="partition.message" class="message"></span>
6980 17 Jan 23 nicklas 135             Select the partition/queue that the job should be submitted to.
6980 17 Jan 23 nicklas 136           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 137         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 138       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 139       <tbody class="info-section">
7372 06 Oct 23 nicklas 140         <tr class="align-top">
7372 06 Oct 23 nicklas 141           <td class="subprompt">Job options</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 142           <td class="info input">
7372 06 Oct 23 nicklas 143             <div id="submitOptions" class="item-description code"></div>
7372 06 Oct 23 nicklas 144             <textarea id="submitOptionsOverride" name="submitOptionsOverride" rows="4" style="display: none;"></textarea>
7372 06 Oct 23 nicklas 145           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 146           <td class="status" id="submitOptions.status">
7372 06 Oct 23 nicklas 147             <input type="checkbox" id="override" name="override" title="Override the default options" disabled>
7372 06 Oct 23 nicklas 148           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 149           <td class="help">
7372 06 Oct 23 nicklas 150             Parameters are configured in the &lt;mbaf&gt;/&lt;submit&gt; 
7372 06 Oct 23 nicklas 151             section in reggie-config.xml. Select the checkbox to manually 
7372 06 Oct 23 nicklas 152             override the default options.
7372 06 Oct 23 nicklas 153           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 154         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 155       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 156       <tbody>
5029 16 Oct 18 nicklas 157         <tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 158           <td class="subprompt">Auto-confirm</td>
5029 16 Oct 18 nicklas 159           <td class="input"><input type="checkbox" name="autoConfirm" checked></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 160           <td class="status" id="autoConfirm.status"></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 161           <td class="help">
5029 16 Oct 18 nicklas 162             <span id="autoConfirm.message" class="message"></span>
5029 16 Oct 18 nicklas 163             Currently not used since there is no further steps in this part of pipeline.
5029 16 Oct 18 nicklas 164           </td>
5029 16 Oct 18 nicklas 165         </tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 166         <tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 167           <td class="subprompt">Debug</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 168           <td class="input"><input type="checkbox" name="debug" id="debug"></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 169           <td class="status" id="debug.status"></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 170           <td class="help">
5029 16 Oct 18 nicklas 171             <span id="debug.message" class="message"></span>
5029 16 Oct 18 nicklas 172             When running in debug mode temporary files are not removed from the
5029 16 Oct 18 nicklas 173             cluster node.
5029 16 Oct 18 nicklas 174           </td>
5029 16 Oct 18 nicklas 175         </tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 176       </tbody>
5029 16 Oct 18 nicklas 177       </table>
5029 16 Oct 18 nicklas 178     </div>
5029 16 Oct 18 nicklas 179   </div>
5029 16 Oct 18 nicklas 180     
5029 16 Oct 18 nicklas 181     <div id="wizard-status"></div>
5029 16 Oct 18 nicklas 182   
5029 16 Oct 18 nicklas 183     <table class="navigation" id="navigation">
5029 16 Oct 18 nicklas 184     <tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 185       <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 186       <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 187       <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 188       <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 189       <td id="gonext-message" class="message"></td>
5029 16 Oct 18 nicklas 190     </tr>
5029 16 Oct 18 nicklas 191     </table>
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