extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/ssp_start.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5924 29 Apr 20 nicklas 1 <%@ page
5924 29 Apr 20 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
5924 29 Apr 20 nicklas 3   session="false"
5924 29 Apr 20 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
5924 29 Apr 20 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5924 29 Apr 20 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5924 29 Apr 20 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
5924 29 Apr 20 nicklas 8   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
5924 29 Apr 20 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5924 29 Apr 20 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
5924 29 Apr 20 nicklas 11   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5924 29 Apr 20 nicklas 12 %>
5924 29 Apr 20 nicklas 13 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
5924 29 Apr 20 nicklas 14 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
5924 29 Apr 20 nicklas 15 <%
5924 29 Apr 20 nicklas 16 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
5924 29 Apr 20 nicklas 17 final String ID = sc.getId();
5924 29 Apr 20 nicklas 18 final float scale = Base.getScale(sc);
5924 29 Apr 20 nicklas 19 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
5924 29 Apr 20 nicklas 20
5924 29 Apr 20 nicklas 21 DbControl dc = null;
5924 29 Apr 20 nicklas 22 try
5924 29 Apr 20 nicklas 23 {
5924 29 Apr 20 nicklas 24   dc = sc.newDbControl();
5924 29 Apr 20 nicklas 25   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
5924 29 Apr 20 nicklas 26 %>
5924 29 Apr 20 nicklas 27 <base:page type="default" >
5924 29 Apr 20 nicklas 28 <base:head 
5924 29 Apr 20 nicklas 29   scripts="~../reggie-2.js,~ssp_start.js" 
5924 29 Apr 20 nicklas 30   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
5941 18 May 20 nicklas 31 >
5941 18 May 20 nicklas 32 <style>
5941 18 May 20 nicklas 33 .modeldescription
5941 18 May 20 nicklas 34 {
5944 20 May 20 nicklas 35   padding-bottom: 0.25em;
5941 18 May 20 nicklas 36   font-style: italic;
5944 20 May 20 nicklas 37   color: #999999;
5941 18 May 20 nicklas 38 }
5944 20 May 20 nicklas 39
5944 20 May 20 nicklas 40 .selected .modeldescription
5944 20 May 20 nicklas 41 {
5944 20 May 20 nicklas 42   font-style: normal;
5944 20 May 20 nicklas 43   color: initial;
5944 20 May 20 nicklas 44 }
5944 20 May 20 nicklas 45
5941 18 May 20 nicklas 46 </style>
5941 18 May 20 nicklas 47 </base:head>
5924 29 Apr 20 nicklas 48 <base:body>
5924 29 Apr 20 nicklas 49
5924 29 Apr 20 nicklas 50   <p:path><p:pathelement 
5924 29 Apr 20 nicklas 51     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
5924 29 Apr 20 nicklas 52     /><p:pathelement title="Start Single Sample Predictor analysis" 
5924 29 Apr 20 nicklas 53     /></p:path>
5924 29 Apr 20 nicklas 54
5924 29 Apr 20 nicklas 55   <div class="content">
5924 29 Apr 20 nicklas 56   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
5924 29 Apr 20 nicklas 57   
5924 29 Apr 20 nicklas 58   <div class="step auto-hide" id="step-1">
5924 29 Apr 20 nicklas 59     <div class="step-no">1</div>
5924 29 Apr 20 nicklas 60     <div class="step-title">Select StringTie raw bioassays</div>
5924 29 Apr 20 nicklas 61     <div class="step-content">
5924 29 Apr 20 nicklas 62       
5924 29 Apr 20 nicklas 63       <table class="step-form">
5962 03 Jun 20 nicklas 64       <tr>
5962 03 Jun 20 nicklas 65         <td class="prompt">Which rawbioassays?</td>
5962 03 Jun 20 nicklas 66         <td class="input">
5962 03 Jun 20 nicklas 67           <label><input type="radio" name="which" id="which_selected" checked value="selected">Those selected in the list below</label><br>
5962 03 Jun 20 nicklas 68           <label><input type="radio" name="which" id="which_all" value="all">All that doesn't have a value already</label>
5962 03 Jun 20 nicklas 69         </td>
5962 03 Jun 20 nicklas 70         <td class="status" id="which.status"></td>
5962 03 Jun 20 nicklas 71         <td class="help"><span id="which.message" class="message"></span>
5962 03 Jun 20 nicklas 72           It is possible to run the SSP for specified raw bioassays only or
5962 03 Jun 20 nicklas 73           to let it find rawbioassays with missing values.
5962 03 Jun 20 nicklas 74         </td>
5962 03 Jun 20 nicklas 75       </tr>
5924 29 Apr 20 nicklas 76       <tr class="align-top">
5924 29 Apr 20 nicklas 77         <td class="prompt">Raw bioassays</td>
5924 29 Apr 20 nicklas 78         <td class="input">
5924 29 Apr 20 nicklas 79           <select class="required yellow-label-support" multiple size="30"
5924 29 Apr 20 nicklas 80             name="rawBioAssays" id="rawBioAssays"></select>
5924 29 Apr 20 nicklas 81             
5924 29 Apr 20 nicklas 82           <base:buttongroup style="margin-top: 0.5em;">
5924 29 Apr 20 nicklas 83             <base:button title="Select manually&hellip;" id="btnSelectRawBioAssays" />
5924 29 Apr 20 nicklas 84           </base:buttongroup>
5924 29 Apr 20 nicklas 85         </td>
5924 29 Apr 20 nicklas 86         <td class="status" id="rawBioAssays.status"></td>
5924 29 Apr 20 nicklas 87         <td class="help"><span id="rawBioAssays.message" class="message"></span>
5924 29 Apr 20 nicklas 88           Select the raw bioassays to analyze. The list contains all StringTie 
5924 29 Apr 20 nicklas 89           raw bioassays in the <b>Single Sample Predictor analysis</b>
5924 29 Apr 20 nicklas 90           item list.
5924 29 Apr 20 nicklas 91         </td>
5924 29 Apr 20 nicklas 92       </tr>
5924 29 Apr 20 nicklas 93       </table>
5924 29 Apr 20 nicklas 94     </div>
5924 29 Apr 20 nicklas 95   </div>
5924 29 Apr 20 nicklas 96   
5924 29 Apr 20 nicklas 97   <div class="step" id="step-2">
5924 29 Apr 20 nicklas 98     <div class="step-no">2</div>
5924 29 Apr 20 nicklas 99     <div class="step-title">Select SSP models</div>
5924 29 Apr 20 nicklas 100     <div class="step-content">
5924 29 Apr 20 nicklas 101
5924 29 Apr 20 nicklas 102       <table class="step-form">
5941 18 May 20 nicklas 103         <td class="prompt">Models</td>
5944 20 May 20 nicklas 104         <td class="input" colspan="2">
5944 20 May 20 nicklas 105           <select name="presets" id="presets">
5944 20 May 20 nicklas 106             <option value="">All
5944 20 May 20 nicklas 107           </select>
5944 20 May 20 nicklas 108         </td>
5941 18 May 20 nicklas 109         <td class="status" id="models.status"></td>
5941 18 May 20 nicklas 110         <td class="help"><span id="models.message" class="message"></span>
5944 20 May 20 nicklas 111           Select one or more SSP models to run. Presets can be configured
5944 20 May 20 nicklas 112           by creating <b>Plug-in configurations</b> for the 
5944 20 May 20 nicklas 113           <b>Single Sample Predictor</b> plug-in.
5941 18 May 20 nicklas 114         </td>
5941 18 May 20 nicklas 115       </tr>
5941 18 May 20 nicklas 116       <tbody id="models"></tbody>
6025 26 Oct 20 nicklas 117       <tr>
6025 26 Oct 20 nicklas 118         <td class="prompt">Auto-confirm</td>
6025 26 Oct 20 nicklas 119         <td class="input" colspan="2"><input type="checkbox" name="autoConfirm" checked></td>
6025 26 Oct 20 nicklas 120         <td class="status" id="autoConfirm.status"></td>
6025 26 Oct 20 nicklas 121         <td class="help">
6025 26 Oct 20 nicklas 122           <span id="autoConfirm.message" class="message"></span>
6025 26 Oct 20 nicklas 123           If checked, the pipeline will automatically continue with SCAN-B report creation.
6025 26 Oct 20 nicklas 124         </td>
6025 26 Oct 20 nicklas 125       </tr>
6025 26 Oct 20 nicklas 126       
5924 29 Apr 20 nicklas 127       </table>
5924 29 Apr 20 nicklas 128     </div>
5924 29 Apr 20 nicklas 129   </div>
5924 29 Apr 20 nicklas 130   
5924 29 Apr 20 nicklas 131   
5924 29 Apr 20 nicklas 132   <div id="wizard-status"></div>
5924 29 Apr 20 nicklas 133
5924 29 Apr 20 nicklas 134   <table class="navigation" id="navigation">
5924 29 Apr 20 nicklas 135   <tr>
5924 29 Apr 20 nicklas 136     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
5924 29 Apr 20 nicklas 137     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
5924 29 Apr 20 nicklas 138     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
5924 29 Apr 20 nicklas 139     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
5924 29 Apr 20 nicklas 140     <td id="gonext-message" class="message"></td>
5924 29 Apr 20 nicklas 141   </tr>
5924 29 Apr 20 nicklas 142   </table>
5924 29 Apr 20 nicklas 143
5924 29 Apr 20 nicklas 144   </form>
5924 29 Apr 20 nicklas 145   </div>
5924 29 Apr 20 nicklas 146   
5924 29 Apr 20 nicklas 147 </base:body>
5924 29 Apr 20 nicklas 148 </base:page>
5924 29 Apr 20 nicklas 149 <%
5924 29 Apr 20 nicklas 150 }
5924 29 Apr 20 nicklas 151 finally
5924 29 Apr 20 nicklas 152 {
5924 29 Apr 20 nicklas 153   if (dc != null) dc.close();
5924 29 Apr 20 nicklas 154 }
5924 29 Apr 20 nicklas 155 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:04 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)