extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/stringtie2023_start.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6818 26 Aug 22 nicklas 1 <%@ page
6818 26 Aug 22 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
6818 26 Aug 22 nicklas 3   session="false"
6818 26 Aug 22 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
6818 26 Aug 22 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
6818 26 Aug 22 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
6818 26 Aug 22 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
6818 26 Aug 22 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
6818 26 Aug 22 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
6818 26 Aug 22 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
6818 26 Aug 22 nicklas 11 %>
6818 26 Aug 22 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
6818 26 Aug 22 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
6818 26 Aug 22 nicklas 14 <%
6818 26 Aug 22 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
6818 26 Aug 22 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
6818 26 Aug 22 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
6818 26 Aug 22 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
6818 26 Aug 22 nicklas 19 DbControl dc = null;
6818 26 Aug 22 nicklas 20 try
6818 26 Aug 22 nicklas 21 {
6818 26 Aug 22 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
6818 26 Aug 22 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
6818 26 Aug 22 nicklas 24 %>
6818 26 Aug 22 nicklas 25 <base:page type="default" >
6818 26 Aug 22 nicklas 26 <base:head 
6818 26 Aug 22 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~stringtie2023_start.js" 
6818 26 Aug 22 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
6818 26 Aug 22 nicklas 29 />
6818 26 Aug 22 nicklas 30 <base:body>
6818 26 Aug 22 nicklas 31
6818 26 Aug 22 nicklas 32   <p:path><p:pathelement 
6818 26 Aug 22 nicklas 33     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
6818 26 Aug 22 nicklas 34     /><p:pathelement title="Start StringTie/2023 analysis" 
6818 26 Aug 22 nicklas 35     /></p:path>
6818 26 Aug 22 nicklas 36
6818 26 Aug 22 nicklas 37   <div class="content">
6818 26 Aug 22 nicklas 38   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
6818 26 Aug 22 nicklas 39
6818 26 Aug 22 nicklas 40   <div class="step auto-hide" id="step-1">
6818 26 Aug 22 nicklas 41     <div class="step-no">1</div>
6818 26 Aug 22 nicklas 42     <div class="step-title">Select aligned sequences</div>
6818 26 Aug 22 nicklas 43     <div class="step-content">
6818 26 Aug 22 nicklas 44     
6818 26 Aug 22 nicklas 45       <table class="step-form">
6818 26 Aug 22 nicklas 46       <tr class="align-top">
6818 26 Aug 22 nicklas 47         <td class="prompt">Aligned sequences</td>
6818 26 Aug 22 nicklas 48         <td class="input">
6818 26 Aug 22 nicklas 49           <select class="required yellow-label-support" multiple size="30"
6818 26 Aug 22 nicklas 50             name="alignedSequences" id="alignedSequences"></select>
6818 26 Aug 22 nicklas 51             
6818 26 Aug 22 nicklas 52           <base:buttongroup style="margin-top: 0.5em;">
6818 26 Aug 22 nicklas 53             <base:button title="Select manually&hellip;" id="btnSelectAlignedSequences" />
6818 26 Aug 22 nicklas 54           </base:buttongroup>
6818 26 Aug 22 nicklas 55         </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 56         <td class="status" id="alignedSequences.status"></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 57         <td class="help"><span id="alignedSequences.message" class="message"></span>
6818 26 Aug 22 nicklas 58           Select the aligned sequences that should be processed with StringTie. 
6818 26 Aug 22 nicklas 59           The list contains aligned sequences  from the <b>StringTie/2023 pipeline</b> item list 
6818 26 Aug 22 nicklas 60           (max 250).<br><br> Items marked with <b>[R]</b> have been marked for re-processing 
6818 26 Aug 22 nicklas 61           due to a  previous failure.
6818 26 Aug 22 nicklas 62         </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 63       </tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 64       </table>
6818 26 Aug 22 nicklas 65
6818 26 Aug 22 nicklas 66     </div>
6818 26 Aug 22 nicklas 67   </div>
6818 26 Aug 22 nicklas 68   
6818 26 Aug 22 nicklas 69   
6818 26 Aug 22 nicklas 70   <div class="step" id="step-2">
6818 26 Aug 22 nicklas 71     <div class="step-no">2</div>
6818 26 Aug 22 nicklas 72     <div class="step-title">StringTie information</div>
6818 26 Aug 22 nicklas 73     <div class="step-content">
6818 26 Aug 22 nicklas 74
6818 26 Aug 22 nicklas 75       <table class="step-form">
6818 26 Aug 22 nicklas 76       <tbody>
6818 26 Aug 22 nicklas 77         <tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 78           <td class="prompt">Array design</td>
6818 26 Aug 22 nicklas 79           <td class="input">
6818 26 Aug 22 nicklas 80             <select name="arrayDesign" id="arrayDesign" class="required"></select>
6818 26 Aug 22 nicklas 81           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 82           <td class="status" id="arrayDesign.status"></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 83           <td class="help">
6818 26 Aug 22 nicklas 84             <span id="arrayDesign.message" class="message"></span>
6818 26 Aug 22 nicklas 85             Select the array design to link the data to.
6818 26 Aug 22 nicklas 86           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 87         </tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 88         <tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 89           <td class="prompt">Protocol</td>
6818 26 Aug 22 nicklas 90           <td class="input">
6818 26 Aug 22 nicklas 91             <select name="stringtieProtocol" id="stringtieProtocol"></select>
6818 26 Aug 22 nicklas 92           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 93           <td class="status" id="stringtieProtocol.status"></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 94           <td class="help">
6818 26 Aug 22 nicklas 95             <span id="stringtieProtocol.message" class="message"></span>
6818 26 Aug 22 nicklas 96             Select the protocol used.
6818 26 Aug 22 nicklas 97           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 98         </tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 99         <tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 100           <td class="prompt">Software</td>
6818 26 Aug 22 nicklas 101           <td class="input">
6818 26 Aug 22 nicklas 102             <select name="stringtieSoftware" id="stringtieSoftware"></select>
6818 26 Aug 22 nicklas 103           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 104           <td class="status" id="stringtieSoftware.status"></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 105           <td class="help">
6818 26 Aug 22 nicklas 106             <span id="stringtieSoftware.message" class="message"></span>
6818 26 Aug 22 nicklas 107             Select the software to use.
6818 26 Aug 22 nicklas 108           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 109         </tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 110       </tbody>
6818 26 Aug 22 nicklas 111       <tbody class="info-section">
6818 26 Aug 22 nicklas 112         <tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 113           <td class="subprompt">Parameter set</td>
6818 26 Aug 22 nicklas 114           <td class="info" colspan="2">
6818 26 Aug 22 nicklas 115             <span id="stringtieSoftware.parameterSet"></span>
6818 26 Aug 22 nicklas 116             <div id="stringtieSoftware.description" class="item-description"></div>
6818 26 Aug 22 nicklas 117           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 118           <td class="help">
6818 26 Aug 22 nicklas 119             This step uses StringTie for calculating expression values. Parameters are configured in 
6818 26 Aug 22 nicklas 120             the &lt;stringtie-2023&gt; section in reggie-config.xml.
6818 26 Aug 22 nicklas 121           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 122         </tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 123       </tbody>
6818 26 Aug 22 nicklas 124       <tbody>
6818 26 Aug 22 nicklas 125         <tr class="section-header">
6818 26 Aug 22 nicklas 126           <td colspan="4">Job scheduler</td>
6818 26 Aug 22 nicklas 127         </tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 128         <tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 129           <td class="subprompt">Cluster</td>
6818 26 Aug 22 nicklas 130           <td class="input">
6818 26 Aug 22 nicklas 131             <select name="clusters" id="clusters" class="required"></select></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 132           <td class="status" id="clusters.status"></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 133           <td class="help">
6818 26 Aug 22 nicklas 134             <span id="clusters.message" class="message"></span>
6818 26 Aug 22 nicklas 135             Select the cluster to use for running the software.
6818 26 Aug 22 nicklas 136           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 137         </tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 138         <tr id="job-priority" style="display: none;">
6818 26 Aug 22 nicklas 139           <td class="subprompt">Job priority</td>
6818 26 Aug 22 nicklas 140           <td class="input">
6818 26 Aug 22 nicklas 141             <select name="priority" id="priority"></select>
6818 26 Aug 22 nicklas 142           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 143           <td class="status" id="priority.status"></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 144           <td class="help">
6818 26 Aug 22 nicklas 145             <span id="priority.message" class="message"></span>
6818 26 Aug 22 nicklas 146             Select the priority of the job.
6818 26 Aug 22 nicklas 147           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 148         </tr>
6980 17 Jan 23 nicklas 149         <tr id="job-partition" style="display: none;">
6980 17 Jan 23 nicklas 150           <td class="subprompt">Job partition</td>
6980 17 Jan 23 nicklas 151           <td class="input">
6980 17 Jan 23 nicklas 152             <select name="partition" id="partition"></select>
6980 17 Jan 23 nicklas 153           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 154           <td class="status" id="partition.status"></td>
6980 17 Jan 23 nicklas 155           <td class="help">
6980 17 Jan 23 nicklas 156             <span id="partition.message" class="message"></span>
6980 17 Jan 23 nicklas 157             Select the partition/queue that the job should be submitted to.
6980 17 Jan 23 nicklas 158           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 159         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 160       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 161       <tbody class="info-section">
7372 06 Oct 23 nicklas 162         <tr class="align-top">
7372 06 Oct 23 nicklas 163           <td class="subprompt">Job options</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 164           <td class="info input">
7372 06 Oct 23 nicklas 165             <div id="submitOptions" class="item-description code"></div>
7372 06 Oct 23 nicklas 166             <textarea id="submitOptionsOverride" name="submitOptionsOverride" rows="4" style="display: none;"></textarea>
7372 06 Oct 23 nicklas 167           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 168           <td class="status" id="submitOptions.status">
7372 06 Oct 23 nicklas 169             <input type="checkbox" id="override" name="override" title="Override the default options" disabled>
7372 06 Oct 23 nicklas 170           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 171           <td class="help">
7372 06 Oct 23 nicklas 172             Parameters are configured in the &lt;stringtie-2023&gt;/&lt;submit&gt; 
7372 06 Oct 23 nicklas 173             section in reggie-config.xml. Select the checkbox to manually 
7372 06 Oct 23 nicklas 174             override the default options.
7372 06 Oct 23 nicklas 175           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 176         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 177       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 178       <tbody>
6818 26 Aug 22 nicklas 179         <tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 180           <td class="subprompt">Auto-confirm</td>
6818 26 Aug 22 nicklas 181           <td class="input"><input type="checkbox" name="autoConfirm" checked></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 182           <td class="status" id="autoConfirm.status"></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 183           <td class="help">
6818 26 Aug 22 nicklas 184             <span id="autoConfirm.message" class="message"></span>
6818 26 Aug 22 nicklas 185             If checked, the pipeline will automatically continue with next step 
6818 26 Aug 22 nicklas 186             in the analysis (there are currently no more steps).
6818 26 Aug 22 nicklas 187           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 188         </tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 189         <tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 190           <td class="subprompt">Debug</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 191           <td class="input"><input type="checkbox" name="debug" id="debug"></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 192           <td class="status" id="debug.status"></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 193           <td class="help">
6818 26 Aug 22 nicklas 194             <span id="debug.message" class="message"></span>
6818 26 Aug 22 nicklas 195             When running in debug mode temporary files are not removed from the
6818 26 Aug 22 nicklas 196             cluster node.
6818 26 Aug 22 nicklas 197           </td>
6818 26 Aug 22 nicklas 198         </tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 199       </tbody>
6818 26 Aug 22 nicklas 200       </table>
6818 26 Aug 22 nicklas 201     </div>
6818 26 Aug 22 nicklas 202   </div>
6818 26 Aug 22 nicklas 203     
6818 26 Aug 22 nicklas 204     <div id="wizard-status"></div>
6818 26 Aug 22 nicklas 205   
6818 26 Aug 22 nicklas 206     <table class="navigation" id="navigation">
6818 26 Aug 22 nicklas 207     <tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 208       <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 209       <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 210       <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 211       <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 212       <td id="gonext-message" class="message"></td>
6818 26 Aug 22 nicklas 213     </tr>
6818 26 Aug 22 nicklas 214     </table>
6818 26 Aug 22 nicklas 215   
6818 26 Aug 22 nicklas 216   </form>
6818 26 Aug 22 nicklas 217   </div>
6818 26 Aug 22 nicklas 218   
6818 26 Aug 22 nicklas 219 </base:body>
6818 26 Aug 22 nicklas 220 </base:page>
6818 26 Aug 22 nicklas 221 <%
6818 26 Aug 22 nicklas 222 }
6818 26 Aug 22 nicklas 223 finally
6818 26 Aug 22 nicklas 224 {
6818 26 Aug 22 nicklas 225   if (dc != null) dc.close();
6818 26 Aug 22 nicklas 226 }
6818 26 Aug 22 nicklas 227 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:05 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)