extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/targeted_gt_start.jsp

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6357 26 Aug 21 nicklas 65         <td class="prompt">Raw bioassays</td>
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6357 26 Aug 21 nicklas 67           <select class="required yellow-label-support" multiple size="30"
6357 26 Aug 21 nicklas 68             name="rawBioAssays" id="rawBioAssays"></select>
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6357 26 Aug 21 nicklas 70           <base:buttongroup style="margin-top: 0.5em;">
6357 26 Aug 21 nicklas 71             <base:button title="Select manually&hellip;" id="btnSelectRawBioAssays" />
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6357 26 Aug 21 nicklas 73         </td>
6357 26 Aug 21 nicklas 74         <td class="status" id="rawBioAssays.status"></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 75         <td class="help"><span id="rawBioAssays.message" class="message"></span>
6357 26 Aug 21 nicklas 76           Select the raw bioassays to analyze. The list contains all VariantCall 
6357 26 Aug 21 nicklas 77           raw bioassays in the <b>Targeted Genotype Pipeline</b>
6357 26 Aug 21 nicklas 78           item list.
6357 26 Aug 21 nicklas 79         </td>
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6357 26 Aug 21 nicklas 87     <div class="step-title">Select target definitions</div>
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6357 26 Aug 21 nicklas 91         <td class="prompt">Targets</td>
6357 26 Aug 21 nicklas 92         <td class="input" colspan="2">
6357 26 Aug 21 nicklas 93         </td>
6357 26 Aug 21 nicklas 94         <td class="status" id="targets.status"></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 95         <td class="help"><span id="targets.message" class="message"></span>
6357 26 Aug 21 nicklas 96           Select one or more genotyping targets.
6357 26 Aug 21 nicklas 97         </td>
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6357 26 Aug 21 nicklas 99       <tbody id="targets"></tbody>
6357 26 Aug 21 nicklas 100       <tbody>
6357 26 Aug 21 nicklas 101         <tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 102           <td class="prompt">Software</td>
6357 26 Aug 21 nicklas 103           <td class="input" colspan="2">
6357 26 Aug 21 nicklas 104             <select name="gtSoftware" id="gtSoftware"></select>
6357 26 Aug 21 nicklas 105           </td>
6357 26 Aug 21 nicklas 106           <td class="status" id="gtSoftware.status"></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 107           <td class="help">
6357 26 Aug 21 nicklas 108             <span id="gtSoftware.message" class="message"></span>
6357 26 Aug 21 nicklas 109             Select the software to use.
6357 26 Aug 21 nicklas 110           </td>
6357 26 Aug 21 nicklas 111         </tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 112       </tbody>
6357 26 Aug 21 nicklas 113       <tbody class="info-section">
6357 26 Aug 21 nicklas 114         <tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 115           <td class="subprompt">Parameter set</td>
6357 26 Aug 21 nicklas 116           <td class="info" colspan="3">
6357 26 Aug 21 nicklas 117             <span id="gtSoftware.parameterSet"></span>
6357 26 Aug 21 nicklas 118             <div id="gtSoftware.description" class="item-description"></div>
6357 26 Aug 21 nicklas 119           </td>
6357 26 Aug 21 nicklas 120           <td class="help">
6357 26 Aug 21 nicklas 121             This step uses HaplotypeCaller for genotyping targeted variants. Parameters are configured in 
6357 26 Aug 21 nicklas 122             the &lt;xxxx&gt; section in reggie-config.xml.
6357 26 Aug 21 nicklas 123           </td>
6357 26 Aug 21 nicklas 124         </tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 125       </tbody>
6357 26 Aug 21 nicklas 126       <tbody>
6357 26 Aug 21 nicklas 127         <tr class="section-header">
6735 09 May 22 nicklas 128           <td colspan="5">Job scheduler</td>
6357 26 Aug 21 nicklas 129         </tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 130         <tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 131           <td class="subprompt">Cluster</td>
6357 26 Aug 21 nicklas 132           <td class="input" colspan="2">
6357 26 Aug 21 nicklas 133             <select name="clusters" id="clusters" class="required"></select></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 134           <td class="status" id="clusters.status"></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 135           <td class="help">
6357 26 Aug 21 nicklas 136             <span id="clusters.message" class="message"></span>
6357 26 Aug 21 nicklas 137             Select the cluster to use for running the analysis.
6357 26 Aug 21 nicklas 138           </td>
6357 26 Aug 21 nicklas 139         </tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 140         <tr id="job-priority" style="display: none;">
6357 26 Aug 21 nicklas 141           <td class="subprompt">Job priority</td>
6357 26 Aug 21 nicklas 142           <td class="input" colspan="2">
6357 26 Aug 21 nicklas 143             <select name="priority" id="priority"></select>
6357 26 Aug 21 nicklas 144           </td>
6357 26 Aug 21 nicklas 145           <td class="status" id="priority.status"></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 146           <td class="help">
6357 26 Aug 21 nicklas 147             <span id="priority.message" class="message"></span>
6357 26 Aug 21 nicklas 148             Select the priority of the job.
6357 26 Aug 21 nicklas 149           </td>
6357 26 Aug 21 nicklas 150         </tr>
6980 17 Jan 23 nicklas 151         <tr id="job-partition" style="display: none;">
6980 17 Jan 23 nicklas 152           <td class="subprompt">Job partition</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 153           <td class="input" colspan="2">
6980 17 Jan 23 nicklas 154             <select name="partition" id="partition"></select>
6980 17 Jan 23 nicklas 155           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 156           <td class="status" id="partition.status"></td>
6980 17 Jan 23 nicklas 157           <td class="help">
6980 17 Jan 23 nicklas 158             <span id="partition.message" class="message"></span>
6980 17 Jan 23 nicklas 159             Select the partition/queue that the job should be submitted to.
6980 17 Jan 23 nicklas 160           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 161         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 162       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 163       <tbody class="info-section">
7372 06 Oct 23 nicklas 164         <tr class="align-top">
7372 06 Oct 23 nicklas 165           <td class="subprompt">Job options</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 166           <td class="info input" colspan="2">
7372 06 Oct 23 nicklas 167             <div id="submitOptions" class="item-description code"></div>
7372 06 Oct 23 nicklas 168             <textarea id="submitOptionsOverride" name="submitOptionsOverride" rows="4" style="display: none;"></textarea>
7372 06 Oct 23 nicklas 169           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 170           <td class="status" id="submitOptions.status">
7372 06 Oct 23 nicklas 171             <input type="checkbox" id="override" name="override" title="Override the default options" disabled>
7372 06 Oct 23 nicklas 172           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 173           <td class="help">
7372 06 Oct 23 nicklas 174             Parameters are configured in the &lt;targeted-genotyping&gt;/&lt;submit&gt; 
7372 06 Oct 23 nicklas 175             section in reggie-config.xml. Select the checkbox to manually 
7372 06 Oct 23 nicklas 176             override the default options.
7372 06 Oct 23 nicklas 177           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 178         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 179       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 180       <tbody>
6357 26 Aug 21 nicklas 181         <tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 182           <td class="subprompt">Auto-confirm</td>
6357 26 Aug 21 nicklas 183           <td class="input" colspan="2"><input type="checkbox" name="autoConfirm" checked></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 184           <td class="status" id="autoConfirm.status"></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 185           <td class="help">
6357 26 Aug 21 nicklas 186             <span id="autoConfirm.message" class="message"></span>
6357 26 Aug 21 nicklas 187             Currently not used since there is no further steps in this part of pipeline.
6357 26 Aug 21 nicklas 188           </td>
6357 26 Aug 21 nicklas 189         </tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 190         <tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 191           <td class="subprompt">Debug</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 192           <td class="input" colspan="2"><input type="checkbox" name="debug" id="debug"></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 193           <td class="status" id="debug.status"></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 194           <td class="help">
6357 26 Aug 21 nicklas 195             <span id="debug.message" class="message"></span>
6357 26 Aug 21 nicklas 196             When running in debug mode temporary files are not removed from the
6357 26 Aug 21 nicklas 197             cluster node.
6357 26 Aug 21 nicklas 198           </td>
6357 26 Aug 21 nicklas 199         </tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 200       </tbody>      
6357 26 Aug 21 nicklas 201       </table>
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6357 26 Aug 21 nicklas 203   </div>
6357 26 Aug 21 nicklas 204   
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6357 26 Aug 21 nicklas 206   <div id="wizard-status"></div>
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6357 26 Aug 21 nicklas 208   <table class="navigation" id="navigation">
6357 26 Aug 21 nicklas 209   <tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 210     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 211     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 212     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 213     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 214     <td id="gonext-message" class="message"></td>
6357 26 Aug 21 nicklas 215   </tr>
6357 26 Aug 21 nicklas 216   </table>
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