extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/vcall_build.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5763 29 Nov 19 nicklas 1 <%@ page
5763 29 Nov 19 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
5763 29 Nov 19 nicklas 3   session="false"
5763 29 Nov 19 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
5763 29 Nov 19 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5763 29 Nov 19 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5763 29 Nov 19 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
5763 29 Nov 19 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
5763 29 Nov 19 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
5763 29 Nov 19 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5763 29 Nov 19 nicklas 11 %>
5763 29 Nov 19 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
5763 29 Nov 19 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
5763 29 Nov 19 nicklas 14 <%
5763 29 Nov 19 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
5763 29 Nov 19 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
5763 29 Nov 19 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
5763 29 Nov 19 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
5763 29 Nov 19 nicklas 19 DbControl dc = null;
5763 29 Nov 19 nicklas 20 try
5763 29 Nov 19 nicklas 21 {
5763 29 Nov 19 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
5763 29 Nov 19 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
5763 29 Nov 19 nicklas 24 %>
5763 29 Nov 19 nicklas 25 <base:page type="default" >
5763 29 Nov 19 nicklas 26 <base:head 
5763 29 Nov 19 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~vcall_build.js" 
5763 29 Nov 19 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
5763 29 Nov 19 nicklas 29 />
5763 29 Nov 19 nicklas 30 <base:body>
5763 29 Nov 19 nicklas 31
5763 29 Nov 19 nicklas 32   <p:path><p:pathelement 
5763 29 Nov 19 nicklas 33     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
5763 29 Nov 19 nicklas 34     /><p:pathelement title="Build SCAN-B variant database" 
5763 29 Nov 19 nicklas 35     /></p:path>
5763 29 Nov 19 nicklas 36
5763 29 Nov 19 nicklas 37   <div class="content">
5763 29 Nov 19 nicklas 38   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
5763 29 Nov 19 nicklas 39
5763 29 Nov 19 nicklas 40   <div class="step" id="step-1">
5763 29 Nov 19 nicklas 41     <div class="step-no">1</div>
5763 29 Nov 19 nicklas 42     <div class="step-title">Select list with alignments</div>
5763 29 Nov 19 nicklas 43     <div class="step-content">
5763 29 Nov 19 nicklas 44     
5763 29 Nov 19 nicklas 45       <table class="step-form">
5763 29 Nov 19 nicklas 46       <tr class="align-top">
5763 29 Nov 19 nicklas 47         <td class="prompt">Item list</td>
5763 29 Nov 19 nicklas 48         <td class="input">
5763 29 Nov 19 nicklas 49         
5763 29 Nov 19 nicklas 50           <table style="width: 100%;">
5763 29 Nov 19 nicklas 51           <tr>
5763 29 Nov 19 nicklas 52           <td>
5763 29 Nov 19 nicklas 53             <select class="required" name="itemList" id="itemList"></select>
5763 29 Nov 19 nicklas 54           </td>
5763 29 Nov 19 nicklas 55           <td style="padding-left: 4px; width: 7em;">
5763 29 Nov 19 nicklas 56             <base:button title="Select&hellip;" id="btnSelectList" />
5763 29 Nov 19 nicklas 57           </td>
5763 29 Nov 19 nicklas 58           </tr>
5763 29 Nov 19 nicklas 59           </table>
5763 29 Nov 19 nicklas 60
5763 29 Nov 19 nicklas 61         </td>
5763 29 Nov 19 nicklas 62         <td class="status" id="itemList.status"></td>
5763 29 Nov 19 nicklas 63         <td class="help"><span id="itemList.message" class="message"></span>
5763 29 Nov 19 nicklas 64           Select a list containing the alignments that should be used to
5763 29 Nov 19 nicklas 65           build the database. All alignments in the list need to have a raw
5763 29 Nov 19 nicklas 66           variant calling file already. They also need to be linked all the 
5763 29 Nov 19 nicklas 67           way up to a patient item. This is needed since the script calculates
5763 29 Nov 19 nicklas 68           per-patient frequencies of variants.
5763 29 Nov 19 nicklas 69         </td>
5763 29 Nov 19 nicklas 70       </tr>
5815 24 Jan 20 nicklas 71       <tr>
5815 24 Jan 20 nicklas 72         <td class="subprompt">Sample type</td>
5815 24 Jan 20 nicklas 73         <td class="input">
5815 24 Jan 20 nicklas 74           <label><input type="radio" name="sampleType" id="sampleTypeTumors" value="tumors" checked>Tumors</label>
5815 24 Jan 20 nicklas 75           <label><input type="radio" name="sampleType" id="sampleTypeNormals" value="normals">Normals</label>
5815 24 Jan 20 nicklas 76         </td>
5815 24 Jan 20 nicklas 77         <td class="status" id="sampleType.status"></td>
5815 24 Jan 20 nicklas 78         <td class="help">
5815 24 Jan 20 nicklas 79           <span id="sampleType.message" class="message"></span>
5815 24 Jan 20 nicklas 80           Select the sample type of the alignments in the list. The selection
5815 24 Jan 20 nicklas 81           dosn't affect the analysis except the name of the final result files.
5815 24 Jan 20 nicklas 82         </td>
5815 24 Jan 20 nicklas 83       </tr>
5763 29 Nov 19 nicklas 84       </table>
5763 29 Nov 19 nicklas 85     </div>
5763 29 Nov 19 nicklas 86   </div>
5763 29 Nov 19 nicklas 87   
5763 29 Nov 19 nicklas 88   
5763 29 Nov 19 nicklas 89   <div class="step" id="step-2">
5763 29 Nov 19 nicklas 90     <div class="step-no">2</div>
5763 29 Nov 19 nicklas 91     <div class="step-title">Parameters</div>
5763 29 Nov 19 nicklas 92     <div class="step-content">
5763 29 Nov 19 nicklas 93
5763 29 Nov 19 nicklas 94       <table class="step-form">
5763 29 Nov 19 nicklas 95       <tbody>
5763 29 Nov 19 nicklas 96         <tr class="section-header">
6735 09 May 22 nicklas 97           <td colspan="4">Job scheduler</td>
5763 29 Nov 19 nicklas 98         </tr>
5763 29 Nov 19 nicklas 99         <tr>
5763 29 Nov 19 nicklas 100           <td class="subprompt">Cluster</td>
5763 29 Nov 19 nicklas 101           <td class="input">
5763 29 Nov 19 nicklas 102             <select name="clusters" id="clusters" class="required"></select></td>
5763 29 Nov 19 nicklas 103           <td class="status" id="clusters.status"></td>
5763 29 Nov 19 nicklas 104           <td class="help">
5763 29 Nov 19 nicklas 105             <span id="clusters.message" class="message"></span>
5763 29 Nov 19 nicklas 106             Select the cluster to use for running the software.
5763 29 Nov 19 nicklas 107           </td>
5763 29 Nov 19 nicklas 108         </tr>
5763 29 Nov 19 nicklas 109         <tr id="job-priority" style="display: none;">
5763 29 Nov 19 nicklas 110           <td class="subprompt">Job priority</td>
5763 29 Nov 19 nicklas 111           <td class="input">
5763 29 Nov 19 nicklas 112             <select name="priority" id="priority"></select>
5763 29 Nov 19 nicklas 113           </td>
5763 29 Nov 19 nicklas 114           <td class="status" id="priority.status"></td>
5763 29 Nov 19 nicklas 115           <td class="help">
5763 29 Nov 19 nicklas 116             <span id="priority.message" class="message"></span>
5763 29 Nov 19 nicklas 117             Select the priority of the job.
5763 29 Nov 19 nicklas 118           </td>
5763 29 Nov 19 nicklas 119         </tr>
6980 17 Jan 23 nicklas 120         <tr id="job-partition" style="display: none;">
6980 17 Jan 23 nicklas 121           <td class="subprompt">Job partition</td>
6980 17 Jan 23 nicklas 122           <td class="input">
6980 17 Jan 23 nicklas 123             <select name="partition" id="partition"></select>
6980 17 Jan 23 nicklas 124           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 125           <td class="status" id="partition.status"></td>
6980 17 Jan 23 nicklas 126           <td class="help">
6980 17 Jan 23 nicklas 127             <span id="partition.message" class="message"></span>
6980 17 Jan 23 nicklas 128             Select the partition/queue that the job should be submitted to.
6980 17 Jan 23 nicklas 129           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 130         </tr>
5763 29 Nov 19 nicklas 131         <tr>
5763 29 Nov 19 nicklas 132           <td class="subprompt">Debug</td>
5763 29 Nov 19 nicklas 133           <td class="input"><input type="checkbox" name="debug"></td>
5763 29 Nov 19 nicklas 134           <td class="status" id="debug.status"></td>
5763 29 Nov 19 nicklas 135           <td class="help">
5763 29 Nov 19 nicklas 136             <span id="debug.message" class="message"></span>
5763 29 Nov 19 nicklas 137             When running in debug mode temporary files are not removed from the
5763 29 Nov 19 nicklas 138             cluster node.
5763 29 Nov 19 nicklas 139           </td>
5763 29 Nov 19 nicklas 140         </tr>
5763 29 Nov 19 nicklas 141       </tbody>
5763 29 Nov 19 nicklas 142       </table>
5763 29 Nov 19 nicklas 143     </div>
5763 29 Nov 19 nicklas 144   </div>
5763 29 Nov 19 nicklas 145     
5763 29 Nov 19 nicklas 146     <div id="wizard-status"></div>
5766 02 Dec 19 nicklas 147     <div id="wizard-progress"></div>
5763 29 Nov 19 nicklas 148   
5763 29 Nov 19 nicklas 149     <table class="navigation" id="navigation">
5763 29 Nov 19 nicklas 150     <tr>
5763 29 Nov 19 nicklas 151       <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
5763 29 Nov 19 nicklas 152       <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
5763 29 Nov 19 nicklas 153       <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
5763 29 Nov 19 nicklas 154       <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
5763 29 Nov 19 nicklas 155       <td id="gonext-message" class="message"></td>
5763 29 Nov 19 nicklas 156     </tr>
5763 29 Nov 19 nicklas 157     </table>
5763 29 Nov 19 nicklas 158   
5763 29 Nov 19 nicklas 159   </form>
5763 29 Nov 19 nicklas 160   </div>
5763 29 Nov 19 nicklas 161   
5763 29 Nov 19 nicklas 162 </base:body>
5763 29 Nov 19 nicklas 163 </base:page>
5763 29 Nov 19 nicklas 164 <%
5763 29 Nov 19 nicklas 165 }
5763 29 Nov 19 nicklas 166 finally
5763 29 Nov 19 nicklas 167 {
5763 29 Nov 19 nicklas 168   if (dc != null) dc.close();
5763 29 Nov 19 nicklas 169 }
5763 29 Nov 19 nicklas 170 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:09 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)