extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/vcall_start.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5685 25 Oct 19 nicklas 1 <%@ page
5685 25 Oct 19 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
5685 25 Oct 19 nicklas 3   session="false"
5685 25 Oct 19 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
5685 25 Oct 19 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5685 25 Oct 19 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5685 25 Oct 19 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
5685 25 Oct 19 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
5685 25 Oct 19 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
5685 25 Oct 19 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5685 25 Oct 19 nicklas 11 %>
5685 25 Oct 19 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
5685 25 Oct 19 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
5685 25 Oct 19 nicklas 14 <%
5685 25 Oct 19 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
5685 25 Oct 19 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
5685 25 Oct 19 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
5685 25 Oct 19 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
5685 25 Oct 19 nicklas 19 DbControl dc = null;
5685 25 Oct 19 nicklas 20 try
5685 25 Oct 19 nicklas 21 {
5685 25 Oct 19 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
5685 25 Oct 19 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
5685 25 Oct 19 nicklas 24 %>
5685 25 Oct 19 nicklas 25 <base:page type="default" >
5685 25 Oct 19 nicklas 26 <base:head 
5685 25 Oct 19 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~vcall_start.js" 
5685 25 Oct 19 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
5685 25 Oct 19 nicklas 29 />
5685 25 Oct 19 nicklas 30 <base:body>
5685 25 Oct 19 nicklas 31
5685 25 Oct 19 nicklas 32   <p:path><p:pathelement 
5685 25 Oct 19 nicklas 33     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
5685 25 Oct 19 nicklas 34     /><p:pathelement title="Start variant calling" 
5685 25 Oct 19 nicklas 35     /></p:path>
5685 25 Oct 19 nicklas 36
5685 25 Oct 19 nicklas 37   <div class="content">
5685 25 Oct 19 nicklas 38   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
5685 25 Oct 19 nicklas 39
5685 25 Oct 19 nicklas 40   <div class="step auto-hide" id="step-1">
5685 25 Oct 19 nicklas 41     <div class="step-no">1</div>
5685 25 Oct 19 nicklas 42     <div class="step-title">Select aligned sequences</div>
5685 25 Oct 19 nicklas 43     <div class="step-content">
5685 25 Oct 19 nicklas 44     
5685 25 Oct 19 nicklas 45       <table class="step-form">
5685 25 Oct 19 nicklas 46       <tr class="align-top">
5685 25 Oct 19 nicklas 47         <td class="prompt">Aligned sequences</td>
5685 25 Oct 19 nicklas 48         <td class="input">
5685 25 Oct 19 nicklas 49           <select class="required yellow-label-support" multiple size="30"
5685 25 Oct 19 nicklas 50             name="alignedSequences" id="alignedSequences"></select>
5685 25 Oct 19 nicklas 51             
5685 25 Oct 19 nicklas 52           <base:buttongroup style="margin-top: 0.5em;">
5685 25 Oct 19 nicklas 53             <base:button title="Select manually&hellip;" id="btnSelectAlignedSequences" />
5685 25 Oct 19 nicklas 54           </base:buttongroup>
5685 25 Oct 19 nicklas 55         </td>
5685 25 Oct 19 nicklas 56         <td class="status" id="alignedSequences.status"></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 57         <td class="help"><span id="alignedSequences.message" class="message"></span>
5685 25 Oct 19 nicklas 58           Select the aligned sequences that should be processed. 
5713 12 Nov 19 nicklas 59           The list contains aligned sequences from the <b>Variant Calling Pipeline</b> item list 
5713 12 Nov 19 nicklas 60           (max 250).<br><br>
5713 12 Nov 19 nicklas 61           Items marked with <b>[R]</b> have been marked for re-processing 
5713 12 Nov 19 nicklas 62           due to a  previous failure.<br><br>
5713 12 Nov 19 nicklas 63           Items marked with <b>[V]</b> already have raw variants.
5685 25 Oct 19 nicklas 64         </td>
5685 25 Oct 19 nicklas 65       </tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 66       </table>
5685 25 Oct 19 nicklas 67     </div>
5685 25 Oct 19 nicklas 68   </div>
5685 25 Oct 19 nicklas 69   
5685 25 Oct 19 nicklas 70   
5685 25 Oct 19 nicklas 71   <div class="step" id="step-2">
5685 25 Oct 19 nicklas 72     <div class="step-no">2</div>
5685 25 Oct 19 nicklas 73     <div class="step-title">Parameters</div>
5685 25 Oct 19 nicklas 74     <div class="step-content">
5685 25 Oct 19 nicklas 75
5685 25 Oct 19 nicklas 76       <table class="step-form">
5685 25 Oct 19 nicklas 77       <tbody>
5685 25 Oct 19 nicklas 78         <tr>
5713 12 Nov 19 nicklas 79           <td class="prompt">Options</td>
5713 12 Nov 19 nicklas 80           <td class="input">
5713 12 Nov 19 nicklas 81             <label><input type="radio" name="callType" id="callType.rawOnly">Only raw variant calling</label><br>
5713 12 Nov 19 nicklas 82             <label><input type="radio" name="callType" id="callType.all" checked>Raw variant calling + annotation and filtering</label>
5713 12 Nov 19 nicklas 83           </td>
5713 12 Nov 19 nicklas 84           <td class="status" id="callType.status"></td>
5713 12 Nov 19 nicklas 85           <td class="help">
5713 12 Nov 19 nicklas 86             <span id="callType.message" class="message"></span>
5713 12 Nov 19 nicklas 87             Raw variant calling is stored on the alignment. Annotation and filtering 
5713 12 Nov 19 nicklas 88             creates a new child raw bioassay.
5713 12 Nov 19 nicklas 89           </td>
5713 12 Nov 19 nicklas 90         </tr>
5713 12 Nov 19 nicklas 91         <tr>
5713 12 Nov 19 nicklas 92           <td class="prompt"></td>
5713 12 Nov 19 nicklas 93           <td class="input">
5713 12 Nov 19 nicklas 94             <label><input type="checkbox" checked name="skipRaw" id="skipRaw">Skip raw variant calling if it already exists</label>
5713 12 Nov 19 nicklas 95           </td>
5713 12 Nov 19 nicklas 96           <td class="status" id="skipRaw.status"></td>
5713 12 Nov 19 nicklas 97           <td class="help">
5713 12 Nov 19 nicklas 98             <span id="skipRaw.message" class="message"></span>
5713 12 Nov 19 nicklas 99             The raw variant calling can be re-used. Uncheck this checkbox to force a new raw variant
5713 12 Nov 19 nicklas 100             calling.
5713 12 Nov 19 nicklas 101           </td>
5713 12 Nov 19 nicklas 102         </tr>
5713 12 Nov 19 nicklas 103         <tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 104           <td class="prompt">Software</td>
5685 25 Oct 19 nicklas 105           <td class="input">
5685 25 Oct 19 nicklas 106             <select name="vcallSoftware" id="vcallSoftware"></select>
5685 25 Oct 19 nicklas 107           </td>
5685 25 Oct 19 nicklas 108           <td class="status" id="vcallSoftware.status"></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 109           <td class="help">
5685 25 Oct 19 nicklas 110             <span id="vcallSoftware.message" class="message"></span>
5685 25 Oct 19 nicklas 111             Select the software to use.
5685 25 Oct 19 nicklas 112           </td>
5685 25 Oct 19 nicklas 113         </tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 114       </tbody>
5685 25 Oct 19 nicklas 115       <tbody class="info-section">
5685 25 Oct 19 nicklas 116         <tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 117           <td class="subprompt">Parameter set</td>
5685 25 Oct 19 nicklas 118           <td class="info" colspan="2">
5685 25 Oct 19 nicklas 119             <span id="vcallSoftware.parameterSet"></span>
5685 25 Oct 19 nicklas 120             <div id="vcallSoftware.description" class="item-description"></div>
5685 25 Oct 19 nicklas 121           </td>
5685 25 Oct 19 nicklas 122           <td class="help">
5713 12 Nov 19 nicklas 123             This step uses VarDict for variant calling. Parameters are configured in 
5713 12 Nov 19 nicklas 124             the &lt;variant-call&gt; section in reggie-config.xml.
5685 25 Oct 19 nicklas 125           </td>
5685 25 Oct 19 nicklas 126         </tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 127       </tbody>
5685 25 Oct 19 nicklas 128       <tbody>
5685 25 Oct 19 nicklas 129         <tr class="section-header">
6735 09 May 22 nicklas 130           <td colspan="4">Job scheduler</td>
5685 25 Oct 19 nicklas 131         </tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 132         <tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 133           <td class="subprompt">Cluster</td>
5685 25 Oct 19 nicklas 134           <td class="input">
5685 25 Oct 19 nicklas 135             <select name="clusters" id="clusters" class="required"></select></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 136           <td class="status" id="clusters.status"></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 137           <td class="help">
5685 25 Oct 19 nicklas 138             <span id="clusters.message" class="message"></span>
5685 25 Oct 19 nicklas 139             Select the cluster to use for running the software.
5685 25 Oct 19 nicklas 140           </td>
5685 25 Oct 19 nicklas 141         </tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 142         <tr id="job-priority" style="display: none;">
5685 25 Oct 19 nicklas 143           <td class="subprompt">Job priority</td>
5685 25 Oct 19 nicklas 144           <td class="input">
5685 25 Oct 19 nicklas 145             <select name="priority" id="priority"></select>
5685 25 Oct 19 nicklas 146           </td>
5685 25 Oct 19 nicklas 147           <td class="status" id="priority.status"></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 148           <td class="help">
5685 25 Oct 19 nicklas 149             <span id="priority.message" class="message"></span>
5685 25 Oct 19 nicklas 150             Select the priority of the job.
5685 25 Oct 19 nicklas 151           </td>
5685 25 Oct 19 nicklas 152         </tr>
6980 17 Jan 23 nicklas 153         <tr id="job-partition" style="display: none;">
6980 17 Jan 23 nicklas 154           <td class="subprompt">Job partition</td>
6980 17 Jan 23 nicklas 155           <td class="input">
6980 17 Jan 23 nicklas 156             <select name="partition" id="partition"></select>
6980 17 Jan 23 nicklas 157           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 158           <td class="status" id="partition.status"></td>
6980 17 Jan 23 nicklas 159           <td class="help">
6980 17 Jan 23 nicklas 160             <span id="partition.message" class="message"></span>
6980 17 Jan 23 nicklas 161             Select the partition/queue that the job should be submitted to.
6980 17 Jan 23 nicklas 162           </td>
6980 17 Jan 23 nicklas 163         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 164       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 165       <tbody class="info-section">
7372 06 Oct 23 nicklas 166         <tr class="align-top">
7372 06 Oct 23 nicklas 167           <td class="subprompt">Job options</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 168           <td class="info input">
7372 06 Oct 23 nicklas 169             <div id="submitOptions" class="item-description code"></div>
7372 06 Oct 23 nicklas 170             <textarea id="submitOptionsOverride" name="submitOptionsOverride" rows="4" style="display: none;"></textarea>
7372 06 Oct 23 nicklas 171           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 172           <td class="status" id="submitOptions.status">
7372 06 Oct 23 nicklas 173             <input type="checkbox" id="override" name="override" title="Override the default options" disabled>
7372 06 Oct 23 nicklas 174           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 175           <td class="help">
7372 06 Oct 23 nicklas 176             Parameters are configured in the &lt;variant-call&gt;/&lt;submit&gt; 
7372 06 Oct 23 nicklas 177             section in reggie-config.xml. Select the checkbox to manually 
7372 06 Oct 23 nicklas 178             override the default options.
7372 06 Oct 23 nicklas 179           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 180         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 181       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 182       <tbody>
5685 25 Oct 19 nicklas 183         <tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 184           <td class="subprompt">Auto-confirm</td>
5685 25 Oct 19 nicklas 185           <td class="input"><input type="checkbox" name="autoConfirm" checked></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 186           <td class="status" id="autoConfirm.status"></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 187           <td class="help">
5685 25 Oct 19 nicklas 188             <span id="autoConfirm.message" class="message"></span>
5685 25 Oct 19 nicklas 189             Currently not used since there is no further steps in this part of pipeline.
5685 25 Oct 19 nicklas 190           </td>
5685 25 Oct 19 nicklas 191         </tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 192         <tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 193           <td class="subprompt">Debug</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 194           <td class="input"><input type="checkbox" name="debug" id="debug"></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 195           <td class="status" id="debug.status"></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 196           <td class="help">
5685 25 Oct 19 nicklas 197             <span id="debug.message" class="message"></span>
5685 25 Oct 19 nicklas 198             When running in debug mode temporary files are not removed from the
5685 25 Oct 19 nicklas 199             cluster node.
5685 25 Oct 19 nicklas 200           </td>
5685 25 Oct 19 nicklas 201         </tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 202       </tbody>
5685 25 Oct 19 nicklas 203       </table>
5685 25 Oct 19 nicklas 204     </div>
5685 25 Oct 19 nicklas 205   </div>
5685 25 Oct 19 nicklas 206     
5685 25 Oct 19 nicklas 207     <div id="wizard-status"></div>
5685 25 Oct 19 nicklas 208   
5685 25 Oct 19 nicklas 209     <table class="navigation" id="navigation">
5685 25 Oct 19 nicklas 210     <tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 211       <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 212       <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 213       <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 214       <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 215       <td id="gonext-message" class="message"></td>
5685 25 Oct 19 nicklas 216     </tr>
5685 25 Oct 19 nicklas 217     </table>
5685 25 Oct 19 nicklas 218   
5685 25 Oct 19 nicklas 219   </form>
5685 25 Oct 19 nicklas 220   </div>
5685 25 Oct 19 nicklas 221   
5685 25 Oct 19 nicklas 222 </base:body>
5685 25 Oct 19 nicklas 223 </base:page>
5685 25 Oct 19 nicklas 224 <%
5685 25 Oct 19 nicklas 225 }
5685 25 Oct 19 nicklas 226 finally
5685 25 Oct 19 nicklas 227 {
5685 25 Oct 19 nicklas 228   if (dc != null) dc.close();
5685 25 Oct 19 nicklas 229 }
5685 25 Oct 19 nicklas 230 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:12 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)