extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/analysis/view_variants.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5730 18 Nov 19 nicklas 1 <%@ page
5730 18 Nov 19 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
5730 18 Nov 19 nicklas 3   session="false"
5730 18 Nov 19 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
5730 18 Nov 19 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5730 18 Nov 19 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5730 18 Nov 19 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
5730 18 Nov 19 nicklas 8   import="net.sf.basedb.core.File"
5730 18 Nov 19 nicklas 9   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
5730 18 Nov 19 nicklas 10   import="net.sf.basedb.util.Values"
5730 18 Nov 19 nicklas 11   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
5730 18 Nov 19 nicklas 12   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5730 18 Nov 19 nicklas 13   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5730 18 Nov 19 nicklas 14 %>
5730 18 Nov 19 nicklas 15 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
5730 18 Nov 19 nicklas 16 <%
5730 18 Nov 19 nicklas 17 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
5730 18 Nov 19 nicklas 18 final String ID = sc.getId();
5730 18 Nov 19 nicklas 19 final float scale = Base.getScale(sc);
5730 18 Nov 19 nicklas 20 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
6391 15 Sep 21 nicklas 21 final String varSearchHome = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.varsearch.lucene-column");
5730 18 Nov 19 nicklas 22 DbControl dc = null;
5730 18 Nov 19 nicklas 23 try
5730 18 Nov 19 nicklas 24 {
5730 18 Nov 19 nicklas 25   dc = sc.newDbControl();
5730 18 Nov 19 nicklas 26   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
5730 18 Nov 19 nicklas 27   
5730 18 Nov 19 nicklas 28   int fileId = Values.getInt(request.getParameter("fileId"));
5730 18 Nov 19 nicklas 29   int itemId = Values.getInt(request.getParameter("itemId"));
6387 15 Sep 21 nicklas 30   String mode = Values.getString(request.getParameter("mode"), "variant-call");
6387 15 Sep 21 nicklas 31   boolean genotypeMode = "genotype".equals(mode);
5730 18 Nov 19 nicklas 32   
5730 18 Nov 19 nicklas 33   RawBioAssay vcall = RawBioAssay.getById(dc, itemId);
6387 15 Sep 21 nicklas 34   String title = (genotypeMode ? "Genotype summary: " : "Variant summary: ")+vcall.getName();
5730 18 Nov 19 nicklas 35 %>
6387 15 Sep 21 nicklas 36 <base:page type="popup" title="<%=genotypeMode?"View genotypes" : "View variants"%>">
5730 18 Nov 19 nicklas 37 <base:head scripts="~view_variants.js,~../reggie-2.js" styles="path.css,~../css/reggie-2.css">
5730 18 Nov 19 nicklas 38
5730 18 Nov 19 nicklas 39 <style>
5730 18 Nov 19 nicklas 40
5730 18 Nov 19 nicklas 41 #snp-table th
5730 18 Nov 19 nicklas 42 {
5730 18 Nov 19 nicklas 43   text-align: left;
5730 18 Nov 19 nicklas 44   padding: 2px 4px;
5730 18 Nov 19 nicklas 45   border-right-width: 0;
5730 18 Nov 19 nicklas 46 }
5730 18 Nov 19 nicklas 47
5730 18 Nov 19 nicklas 48 #snp-table td
5730 18 Nov 19 nicklas 49 {
5730 18 Nov 19 nicklas 50   padding: 1px 4px;
5730 18 Nov 19 nicklas 51 }
5730 18 Nov 19 nicklas 52
5730 18 Nov 19 nicklas 53 #snp-table .snp
5730 18 Nov 19 nicklas 54 {
5730 18 Nov 19 nicklas 55   border-bottom-style: dotted;
5730 18 Nov 19 nicklas 56   border-bottom-width: 1px;
5730 18 Nov 19 nicklas 57 }
5730 18 Nov 19 nicklas 58
6387 15 Sep 21 nicklas 59 #snp-table .ref, #snp-table .gt
5730 18 Nov 19 nicklas 60 {
5730 18 Nov 19 nicklas 61   text-align: center;
5812 16 Jan 20 nicklas 62   white-space: nowrap;
5730 18 Nov 19 nicklas 63 }
6387 15 Sep 21 nicklas 64
6391 15 Sep 21 nicklas 65 #snp-table .zoom img
6391 15 Sep 21 nicklas 66 {
6391 15 Sep 21 nicklas 67   width: 16px;
6391 15 Sep 21 nicklas 68   height: 16px;
6391 15 Sep 21 nicklas 69 }
6391 15 Sep 21 nicklas 70
6387 15 Sep 21 nicklas 71 #snp-table .is-variant
6387 15 Sep 21 nicklas 72 {
6387 15 Sep 21 nicklas 73   font-weight: bold;
6387 15 Sep 21 nicklas 74 }
6387 15 Sep 21 nicklas 75
6394 16 Sep 21 nicklas 76 #snp-table .no-data
6394 16 Sep 21 nicklas 77 {
6394 16 Sep 21 nicklas 78   color: #999999;
6394 16 Sep 21 nicklas 79 }
6394 16 Sep 21 nicklas 80
5730 18 Nov 19 nicklas 81 </style>
5730 18 Nov 19 nicklas 82
5730 18 Nov 19 nicklas 83 </base:head>
5730 18 Nov 19 nicklas 84 <base:body data-read-only="1">
5730 18 Nov 19 nicklas 85   <h1><%=HTML.encodeTags(title) %></h1>
5730 18 Nov 19 nicklas 86
5730 18 Nov 19 nicklas 87   <div id="page-data" class="datacontainer"
5730 18 Nov 19 nicklas 88     data-file-id="<%=fileId%>"
5730 18 Nov 19 nicklas 89     data-item-id="<%=itemId%>"
6387 15 Sep 21 nicklas 90     data-mode="<%=mode%>"
6391 15 Sep 21 nicklas 91     data-varsearch-home="<%=varSearchHome == null?"":varSearchHome%>"
5730 18 Nov 19 nicklas 92   ></div>
5730 18 Nov 19 nicklas 93   
5730 18 Nov 19 nicklas 94   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
5730 18 Nov 19 nicklas 95   <div class="content bottomborder">
5730 18 Nov 19 nicklas 96     <table id="sample-summary" class="fullform input100 bottomborder" style="height:auto;">
5730 18 Nov 19 nicklas 97     <tbody>
5730 18 Nov 19 nicklas 98     <tr>
5730 18 Nov 19 nicklas 99       <th>Bioassay</th>
5730 18 Nov 19 nicklas 100       <td><%=HTML.encodeTags(vcall.getName())%></td>
5730 18 Nov 19 nicklas 101     </tr>
6387 15 Sep 21 nicklas 102     <%
6387 15 Sep 21 nicklas 103     if (genotypeMode)
6387 15 Sep 21 nicklas 104     {
6387 15 Sep 21 nicklas 105       %>
6387 15 Sep 21 nicklas 106       <tr>
6387 15 Sep 21 nicklas 107         <th>Target</th>
6387 15 Sep 21 nicklas 108         <td><span id="targeted-genotype"></span></td>
6387 15 Sep 21 nicklas 109       </tr>
6387 15 Sep 21 nicklas 110       <tr>
6387 15 Sep 21 nicklas 111         <th>Genotypes</th>
6387 15 Sep 21 nicklas 112         <td><span id="snp-count"></span></td>
6387 15 Sep 21 nicklas 113       </tr>
6387 15 Sep 21 nicklas 114       <%
6387 15 Sep 21 nicklas 115     }
6387 15 Sep 21 nicklas 116     else
6387 15 Sep 21 nicklas 117     {
6387 15 Sep 21 nicklas 118       %>
6387 15 Sep 21 nicklas 119       <tr>
6387 15 Sep 21 nicklas 120         <th>Variants</th>
6387 15 Sep 21 nicklas 121         <td><span id="snp-count"></span></td>
6387 15 Sep 21 nicklas 122       </tr>
6387 15 Sep 21 nicklas 123       <%
6387 15 Sep 21 nicklas 124     }
6387 15 Sep 21 nicklas 125     %>
5730 18 Nov 19 nicklas 126     <tr>
5730 18 Nov 19 nicklas 127       <th>Comment</th>
5730 18 Nov 19 nicklas 128       <td><%=HTML.encodeTags(vcall.getDescription())%></td>
5730 18 Nov 19 nicklas 129     </tr>
5730 18 Nov 19 nicklas 130     </tbody>
5730 18 Nov 19 nicklas 131     </table>
5730 18 Nov 19 nicklas 132     
5730 18 Nov 19 nicklas 133     <table id="snp-table" style="display:none; width: 100%;">
5730 18 Nov 19 nicklas 134     <tr class="bottomborder bg-filled-100">
5730 18 Nov 19 nicklas 135       <th>Location</th>
5730 18 Nov 19 nicklas 136       <th class="dottedleft ref">Ref › Alt</th>
5805 09 Jan 20 nicklas 137       <th class="dottedleft">Type</th>
5730 18 Nov 19 nicklas 138       <th class="dottedleft">Gene</th>
6387 15 Sep 21 nicklas 139       <th class="dottedleft gt">GT</th>
6387 15 Sep 21 nicklas 140       <th class="dottedleft ad" title="Allelic depths for the ref and alt alleles">AD</th>
6387 15 Sep 21 nicklas 141       <th class="dottedleft">HGVS.c</th>
6387 15 Sep 21 nicklas 142       <th class="dottedleft">HGVS.p</th>
6387 15 Sep 21 nicklas 143       <th class="dottedleft">COSMIC</th>
6387 15 Sep 21 nicklas 144       <th class="dottedleft">dbSNP</th>
6391 15 Sep 21 nicklas 145       <th></th>
5730 18 Nov 19 nicklas 146     </tr>
5730 18 Nov 19 nicklas 147     <tbody id="snp-list"></tbody>
5730 18 Nov 19 nicklas 148     </table>
5730 18 Nov 19 nicklas 149
5730 18 Nov 19 nicklas 150     <div id="wizard-status"></div>
5730 18 Nov 19 nicklas 151   </div>  
5730 18 Nov 19 nicklas 152   </form>
5730 18 Nov 19 nicklas 153   
5730 18 Nov 19 nicklas 154   <base:buttongroup subclass="dialogbuttons" id="dialogbuttons">
5730 18 Nov 19 nicklas 155     <base:button id="close" title="Close" />
5730 18 Nov 19 nicklas 156   </base:buttongroup>
5730 18 Nov 19 nicklas 157   
5730 18 Nov 19 nicklas 158 </base:body>
5730 18 Nov 19 nicklas 159 </base:page>
5730 18 Nov 19 nicklas 160 <%
5730 18 Nov 19 nicklas 161 }
5730 18 Nov 19 nicklas 162 finally
5730 18 Nov 19 nicklas 163 {
5730 18 Nov 19 nicklas 164   if (dc != null) dc.close();
5730 18 Nov 19 nicklas 165 }
5730 18 Nov 19 nicklas 166 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:14 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)