extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/batch/frozen-tissue-date.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3488 16 Sep 15 nicklas 1 <%@ page
3488 16 Sep 15 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
3488 16 Sep 15 nicklas 3   session="false"
3488 16 Sep 15 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.Application"
3488 16 Sep 15 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.User"
3488 16 Sep 15 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
3488 16 Sep 15 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
3488 16 Sep 15 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
3488 16 Sep 15 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
3488 16 Sep 15 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
3488 16 Sep 15 nicklas 11   import="net.sf.basedb.util.Values"
3488 16 Sep 15 nicklas 12   import="net.sf.basedb.util.formatter.DateFormatter"
3488 16 Sep 15 nicklas 13 %>
3488 16 Sep 15 nicklas 14 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
3488 16 Sep 15 nicklas 15 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
3488 16 Sep 15 nicklas 16 <%
3976 26 May 16 nicklas 17 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
3488 16 Sep 15 nicklas 18 final String ID = sc.getId();
3488 16 Sep 15 nicklas 19 final float scale = Base.getScale(sc);
3488 16 Sep 15 nicklas 20 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
3488 16 Sep 15 nicklas 21
3488 16 Sep 15 nicklas 22 DbControl dc = null;
3488 16 Sep 15 nicklas 23 try
3488 16 Sep 15 nicklas 24 {
3488 16 Sep 15 nicklas 25   dc = sc.newDbControl();
3488 16 Sep 15 nicklas 26   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
3488 16 Sep 15 nicklas 27   DateFormatter dateFormat = new DateFormatter("yyyy-MM-dd");
3488 16 Sep 15 nicklas 28 %>
3488 16 Sep 15 nicklas 29 <base:page type="default" >
3488 16 Sep 15 nicklas 30 <base:head 
4523 13 Jun 17 nicklas 31   scripts="~../reggie-2.js,~frozen-tissue-date.js" 
3488 16 Sep 15 nicklas 32   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
3488 16 Sep 15 nicklas 33 >
3488 16 Sep 15 nicklas 34 <style>
4512 31 May 17 nicklas 35
4512 31 May 17 nicklas 36 #warnings-section
3488 16 Sep 15 nicklas 37 {
4512 31 May 17 nicklas 38   margin: 0 1em 0 4em;
4512 31 May 17 nicklas 39   max-height: 40em;
3488 16 Sep 15 nicklas 40   overflow: auto;
3488 16 Sep 15 nicklas 41 }
4512 31 May 17 nicklas 42
4512 31 May 17 nicklas 43 tr.highlight
4512 31 May 17 nicklas 44 {
4512 31 May 17 nicklas 45   border-top-width: 1px;
4512 31 May 17 nicklas 46   border-top-style: dotted;
4512 31 May 17 nicklas 47 }
4512 31 May 17 nicklas 48
4512 31 May 17 nicklas 49 #warningsTable
4512 31 May 17 nicklas 50 {
4512 31 May 17 nicklas 51   width: 100%; 
4512 31 May 17 nicklas 52   border-collapse: collapse;
4512 31 May 17 nicklas 53 }
4512 31 May 17 nicklas 54
4512 31 May 17 nicklas 55 #warningsTable thead
4512 31 May 17 nicklas 56 {
4512 31 May 17 nicklas 57   border-bottom-width: 1px;
4512 31 May 17 nicklas 58 }
4512 31 May 17 nicklas 59
4512 31 May 17 nicklas 60 #warningsTable td, #warningsTable th
4512 31 May 17 nicklas 61 {
4512 31 May 17 nicklas 62   text-align: left;
4512 31 May 17 nicklas 63   padding: 2px;
4512 31 May 17 nicklas 64 }
4512 31 May 17 nicklas 65
4512 31 May 17 nicklas 66 #warningsTable .case-summary
4512 31 May 17 nicklas 67 {
4512 31 May 17 nicklas 68   margin-left: 4px;
4512 31 May 17 nicklas 69   margin-right: 4px;
4512 31 May 17 nicklas 70   float: right;
4512 31 May 17 nicklas 71 }
4512 31 May 17 nicklas 72
4806 14 May 18 nicklas 73 .hide-old-warnings .oldwarning
4806 14 May 18 nicklas 74 {
4806 14 May 18 nicklas 75   display: none;
4806 14 May 18 nicklas 76 }
4806 14 May 18 nicklas 77
4806 14 May 18 nicklas 78 .oldwarning
4806 14 May 18 nicklas 79 {
4806 14 May 18 nicklas 80   color: #666;
4806 14 May 18 nicklas 81   font-style: italic;
4806 14 May 18 nicklas 82   background-color: #F0F0F0;
4806 14 May 18 nicklas 83 }
4806 14 May 18 nicklas 84
3488 16 Sep 15 nicklas 85 </style>
3488 16 Sep 15 nicklas 86 </base:head>
3488 16 Sep 15 nicklas 87 <base:body>
3488 16 Sep 15 nicklas 88
3488 16 Sep 15 nicklas 89   <p:path><p:pathelement 
3488 16 Sep 15 nicklas 90     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
3488 16 Sep 15 nicklas 91     /><p:pathelement title="Update FrozenTissueDate annotation" 
3488 16 Sep 15 nicklas 92     /></p:path>
3488 16 Sep 15 nicklas 93
3488 16 Sep 15 nicklas 94   <div class="content">
3488 16 Sep 15 nicklas 95   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
3488 16 Sep 15 nicklas 96   
3488 16 Sep 15 nicklas 97   <div class="step" id="step-1">
3488 16 Sep 15 nicklas 98     <div class="step-no">1</div>
3488 16 Sep 15 nicklas 99     <div class="step-title">Import from file</div>
3488 16 Sep 15 nicklas 100     <div class="step-content">
3488 16 Sep 15 nicklas 101       
3488 16 Sep 15 nicklas 102       <table class="step-form">
3488 16 Sep 15 nicklas 103       <tr class="align-top">
3488 16 Sep 15 nicklas 104         <td class="prompt">FrozenTissueDate</td>
3488 16 Sep 15 nicklas 105         <td class="input">
3488 16 Sep 15 nicklas 106           <%=dateFormat.format(new java.util.Date())%>
3488 16 Sep 15 nicklas 107         </td>
3488 16 Sep 15 nicklas 108         <td class="status"></td>
3488 16 Sep 15 nicklas 109         <td class="help">
3488 16 Sep 15 nicklas 110           The FrozenTissueDate annotation for cases found in the selected file will 
3488 16 Sep 15 nicklas 111           be updated to this value.
3488 16 Sep 15 nicklas 112         </td>
3488 16 Sep 15 nicklas 113       </tr>
3488 16 Sep 15 nicklas 114       <tr class="align-top">
3488 16 Sep 15 nicklas 115         <td class="prompt">File</td>
3488 16 Sep 15 nicklas 116         <td class="input">
3488 16 Sep 15 nicklas 117           <table style="width: 100%;">
3488 16 Sep 15 nicklas 118           <tr>
3488 16 Sep 15 nicklas 119           <td>
4512 31 May 17 nicklas 120             <input class="text required" type="text" name="importfile" id="importfile"
4512 31 May 17 nicklas 121               data-name-filter="%.csv"
4512 31 May 17 nicklas 122               data-directory="/home/SCANB/FrozenTissueFiles">
3488 16 Sep 15 nicklas 123           </td>
3488 16 Sep 15 nicklas 124           <td style="padding-left: 4px; width: 7em;">
3488 16 Sep 15 nicklas 125             <base:button 
3488 16 Sep 15 nicklas 126               title="Browse&hellip;"
3488 16 Sep 15 nicklas 127               id="importfile.btn"
3488 16 Sep 15 nicklas 128             />
3488 16 Sep 15 nicklas 129           </td>
3488 16 Sep 15 nicklas 130           </tr>
3488 16 Sep 15 nicklas 131           </table>
3488 16 Sep 15 nicklas 132         </td>
3488 16 Sep 15 nicklas 133         <td class="status" id="importfile.status"></td>
3488 16 Sep 15 nicklas 134         <td class="help"><span id="importfile.message" class="message"></span>
4512 31 May 17 nicklas 135           The file should be a TAB-separated file with one header line. SCAN-B ID:s or PAD
4512 31 May 17 nicklas 136           numbers should be in the <b>ProvID</b> column.
3488 16 Sep 15 nicklas 137         </td>
3488 16 Sep 15 nicklas 138       </tr>
3488 16 Sep 15 nicklas 139       </table>
3488 16 Sep 15 nicklas 140     </div>
3488 16 Sep 15 nicklas 141   </div>
3488 16 Sep 15 nicklas 142
3488 16 Sep 15 nicklas 143
3488 16 Sep 15 nicklas 144   <div id="wizard-status"></div>
3916 02 May 16 nicklas 145   <div id="wizard-progress"></div>
3488 16 Sep 15 nicklas 146
4806 14 May 18 nicklas 147   <div id="warnings-section" class="fullborder hide-old-warnings" style="display: none;">
4512 31 May 17 nicklas 148     <table id="warningsTable">
4512 31 May 17 nicklas 149     <thead class="bg-filled-100 bottom-border">
4512 31 May 17 nicklas 150       <tr>
4512 31 May 17 nicklas 151         <th style="width: 4em;">Line</th>
4512 31 May 17 nicklas 152         <th>Reason</th>
4512 31 May 17 nicklas 153         <th style="width: 10em;">ProvID</th>
4512 31 May 17 nicklas 154         <th style="width: 75%;">Comment</th>
4512 31 May 17 nicklas 155       </tr>
4512 31 May 17 nicklas 156     </thead>
4512 31 May 17 nicklas 157     <tbody id="import-warnings"></tbody>
4512 31 May 17 nicklas 158     </table>
4512 31 May 17 nicklas 159   </div>
3488 16 Sep 15 nicklas 160
3488 16 Sep 15 nicklas 161   <table class="navigation" id="navigation">
3488 16 Sep 15 nicklas 162   <tr>
3488 16 Sep 15 nicklas 163     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
3488 16 Sep 15 nicklas 164     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
3488 16 Sep 15 nicklas 165     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
3488 16 Sep 15 nicklas 166     <td><base:button id="goimport" title="Import" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
3488 16 Sep 15 nicklas 167     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
4806 14 May 18 nicklas 168     <td><base:button id="showAllWarnings" title="Show all warnings" image="<%=home+"/images/info.png"%>" /></td>
3488 16 Sep 15 nicklas 169     <td id="gonext-message" class="message"></td>
3488 16 Sep 15 nicklas 170   </tr>
3488 16 Sep 15 nicklas 171   </table>
3488 16 Sep 15 nicklas 172   
3488 16 Sep 15 nicklas 173   </form>
3488 16 Sep 15 nicklas 174   </div>
3488 16 Sep 15 nicklas 175   
3488 16 Sep 15 nicklas 176 </base:body>
3488 16 Sep 15 nicklas 177 </base:page>
3488 16 Sep 15 nicklas 178 <%
3488 16 Sep 15 nicklas 179 }
3488 16 Sep 15 nicklas 180 finally
3488 16 Sep 15 nicklas 181 {
3488 16 Sep 15 nicklas 182   if (dc != null) dc.close();
3488 16 Sep 15 nicklas 183 }
3488 16 Sep 15 nicklas 184 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:16 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)