extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/dnaseq-analysis/bwamem2_confirm.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7092 04 Apr 23 nicklas 1 <%@ page
7092 04 Apr 23 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
7092 04 Apr 23 nicklas 3   session="false"
7092 04 Apr 23 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
7092 04 Apr 23 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
7092 04 Apr 23 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
7092 04 Apr 23 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
7092 04 Apr 23 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
7092 04 Apr 23 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
7092 04 Apr 23 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
7092 04 Apr 23 nicklas 11 %>
7092 04 Apr 23 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
7092 04 Apr 23 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
7092 04 Apr 23 nicklas 14 <%
7092 04 Apr 23 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
7092 04 Apr 23 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
7092 04 Apr 23 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
7092 04 Apr 23 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
7092 04 Apr 23 nicklas 19 DbControl dc = null;
7092 04 Apr 23 nicklas 20 try
7092 04 Apr 23 nicklas 21 {
7092 04 Apr 23 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
7092 04 Apr 23 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
7092 04 Apr 23 nicklas 24 %>
7092 04 Apr 23 nicklas 25 <base:page type="default" >
7092 04 Apr 23 nicklas 26 <base:head 
7092 04 Apr 23 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~bwamem2_confirm.js" 
7092 04 Apr 23 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
7092 04 Apr 23 nicklas 29   >
7092 04 Apr 23 nicklas 30 <style>
7092 04 Apr 23 nicklas 31 tr.highlight
7092 04 Apr 23 nicklas 32 {
7092 04 Apr 23 nicklas 33   border-top-width: 1px;
7092 04 Apr 23 nicklas 34   border-top-style: dotted;
7092 04 Apr 23 nicklas 35 }
7092 04 Apr 23 nicklas 36
7092 04 Apr 23 nicklas 37 #alignedSequencesTable
7092 04 Apr 23 nicklas 38 {
7092 04 Apr 23 nicklas 39   width: 100%; 
7092 04 Apr 23 nicklas 40   border-collapse: collapse;
7092 04 Apr 23 nicklas 41 }
7092 04 Apr 23 nicklas 42
7092 04 Apr 23 nicklas 43 #alignedSequencesTable thead
7092 04 Apr 23 nicklas 44 {
7092 04 Apr 23 nicklas 45   border-bottom-width: 1px;
7092 04 Apr 23 nicklas 46   border-top-width: 1px;
7092 04 Apr 23 nicklas 47 }
7092 04 Apr 23 nicklas 48
7092 04 Apr 23 nicklas 49 #alignedSequencesTable td
7092 04 Apr 23 nicklas 50 {
7092 04 Apr 23 nicklas 51   text-align: center;
7092 04 Apr 23 nicklas 52   min-width: 4.5em;
7092 04 Apr 23 nicklas 53 }
7092 04 Apr 23 nicklas 54
7092 04 Apr 23 nicklas 55 #alignedSequencesTable tbody td
7092 04 Apr 23 nicklas 56 {
7092 04 Apr 23 nicklas 57   padding-top: 1px;
7092 04 Apr 23 nicklas 58   padding-bottom: 1px;
7092 04 Apr 23 nicklas 59 }
7092 04 Apr 23 nicklas 60
7092 04 Apr 23 nicklas 61 #alignedSequencesTable .italic
7092 04 Apr 23 nicklas 62 {
7092 04 Apr 23 nicklas 63   font-style: italic;
7092 04 Apr 23 nicklas 64 }
7092 04 Apr 23 nicklas 65
7092 04 Apr 23 nicklas 66 #alignedSequencesTable .icon-col
7092 04 Apr 23 nicklas 67 {
7092 04 Apr 23 nicklas 68   width: 20px;
7092 04 Apr 23 nicklas 69   max-width: 20px;
7092 04 Apr 23 nicklas 70   min-width: 0;
7092 04 Apr 23 nicklas 71 }
7092 04 Apr 23 nicklas 72
7092 04 Apr 23 nicklas 73 .file-link
7092 04 Apr 23 nicklas 74 {
7092 04 Apr 23 nicklas 75   margin-left: 0.5em;
7092 04 Apr 23 nicklas 76 }
7092 04 Apr 23 nicklas 77
7092 04 Apr 23 nicklas 78 .comment input
7092 04 Apr 23 nicklas 79 {
7092 04 Apr 23 nicklas 80   width: 95%;
7092 04 Apr 23 nicklas 81   min-width: 20em;
7092 04 Apr 23 nicklas 82 }
7092 04 Apr 23 nicklas 83
7092 04 Apr 23 nicklas 84 </style>
7092 04 Apr 23 nicklas 85 </base:head>
7092 04 Apr 23 nicklas 86 <base:body>
7092 04 Apr 23 nicklas 87
7092 04 Apr 23 nicklas 88   <p:path><p:pathelement 
7092 04 Apr 23 nicklas 89     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
7092 04 Apr 23 nicklas 90     /><p:pathelement title="Confirm Bwa-mem2 alignment" 
7092 04 Apr 23 nicklas 91     /></p:path>
7092 04 Apr 23 nicklas 92
7092 04 Apr 23 nicklas 93   <div class="content">
7092 04 Apr 23 nicklas 94   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
7092 04 Apr 23 nicklas 95   
7092 04 Apr 23 nicklas 96   <div class="step" id="step-1">
7092 04 Apr 23 nicklas 97     <div class="step-no">1</div>
7092 04 Apr 23 nicklas 98     <div class="step-content">
7092 04 Apr 23 nicklas 99       
7092 04 Apr 23 nicklas 100       <div id="alignedSequences"></div>
7092 04 Apr 23 nicklas 101     
7092 04 Apr 23 nicklas 102       <table class="step-form topborder" id="delete-items" style="display: none;">
7092 04 Apr 23 nicklas 103       <tr>
7092 04 Apr 23 nicklas 104         <td class="prompt"></td>
7092 04 Apr 23 nicklas 105         <td class="input" style="text-align: right; vertical-align: middle;">
7092 04 Apr 23 nicklas 106           <label>Delete items created by failed jobs
7092 04 Apr 23 nicklas 107           <input type="checkbox" name="deleteItemsCreatedByFailedJobs" id="deleteItemsCreatedByFailedJobs" checked>
7092 04 Apr 23 nicklas 108           </label>
7092 04 Apr 23 nicklas 109         </td>
7092 04 Apr 23 nicklas 110         <td class="status" id="deleteItemsCreatedByFailedJobs.status"></td>
7092 04 Apr 23 nicklas 111         <td class="help">
7092 04 Apr 23 nicklas 112           <span id="deleteItemsCreatedByFailedJobs.message" class="message"></span>
7092 04 Apr 23 nicklas 113           Recommended! <b>AlignedSequences</b> items
7092 04 Apr 23 nicklas 114           created by failed jobs are deleted to avoid cluttering in the database.
7092 04 Apr 23 nicklas 115         </td>
7092 04 Apr 23 nicklas 116       </tr>
7092 04 Apr 23 nicklas 117       </table>
7092 04 Apr 23 nicklas 118     </div>
7092 04 Apr 23 nicklas 119   </div>
7092 04 Apr 23 nicklas 120       
7092 04 Apr 23 nicklas 121   <div id="wizard-status"></div>
7092 04 Apr 23 nicklas 122
7092 04 Apr 23 nicklas 123   <table class="navigation" id="navigation">
7092 04 Apr 23 nicklas 124   <tr>
7092 04 Apr 23 nicklas 125     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
7092 04 Apr 23 nicklas 126     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
7092 04 Apr 23 nicklas 127     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
7092 04 Apr 23 nicklas 128     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
7092 04 Apr 23 nicklas 129     <td id="gonext-message" class="message"></td>
7092 04 Apr 23 nicklas 130   </tr>
7092 04 Apr 23 nicklas 131   </table>
7092 04 Apr 23 nicklas 132
7092 04 Apr 23 nicklas 133   </form>
7092 04 Apr 23 nicklas 134   </div>
7092 04 Apr 23 nicklas 135   
7092 04 Apr 23 nicklas 136 </base:body>
7092 04 Apr 23 nicklas 137 </base:page>
7092 04 Apr 23 nicklas 138 <%
7092 04 Apr 23 nicklas 139 }
7092 04 Apr 23 nicklas 140 finally
7092 04 Apr 23 nicklas 141 {
7092 04 Apr 23 nicklas 142   if (dc != null) dc.close();
7092 04 Apr 23 nicklas 143 }
7092 04 Apr 23 nicklas 144 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:32 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)