extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/dnaseq-analysis/bwamem2_start.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7084 28 Mar 23 nicklas 1 <%@ page
7084 28 Mar 23 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
7084 28 Mar 23 nicklas 3   session="false"
7084 28 Mar 23 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
7084 28 Mar 23 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
7084 28 Mar 23 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
7084 28 Mar 23 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
7084 28 Mar 23 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
7084 28 Mar 23 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
7084 28 Mar 23 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
7084 28 Mar 23 nicklas 11 %>
7084 28 Mar 23 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
7084 28 Mar 23 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
7084 28 Mar 23 nicklas 14 <%
7084 28 Mar 23 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
7084 28 Mar 23 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
7084 28 Mar 23 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
7084 28 Mar 23 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
7084 28 Mar 23 nicklas 19 DbControl dc = null;
7084 28 Mar 23 nicklas 20 try
7084 28 Mar 23 nicklas 21 {
7084 28 Mar 23 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
7084 28 Mar 23 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
7084 28 Mar 23 nicklas 24 %>
7084 28 Mar 23 nicklas 25 <base:page type="default" >
7084 28 Mar 23 nicklas 26 <base:head 
7084 28 Mar 23 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~bwamem2_start.js" 
7084 28 Mar 23 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
7084 28 Mar 23 nicklas 29 />
7084 28 Mar 23 nicklas 30 <base:body>
7084 28 Mar 23 nicklas 31
7084 28 Mar 23 nicklas 32   <p:path><p:pathelement 
7084 28 Mar 23 nicklas 33     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
7084 28 Mar 23 nicklas 34     /><p:pathelement title="Start Bwa-mem2 alignment" 
7084 28 Mar 23 nicklas 35     /></p:path>
7084 28 Mar 23 nicklas 36
7084 28 Mar 23 nicklas 37   <div class="content">
7084 28 Mar 23 nicklas 38   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
7084 28 Mar 23 nicklas 39
7084 28 Mar 23 nicklas 40   <div class="step auto-hide" id="step-1">
7084 28 Mar 23 nicklas 41     <div class="step-no">1</div>
7084 28 Mar 23 nicklas 42     <div class="step-title">Select merged sequences</div>
7084 28 Mar 23 nicklas 43     <div class="step-content">
7084 28 Mar 23 nicklas 44     
7084 28 Mar 23 nicklas 45       <table class="step-form">
7084 28 Mar 23 nicklas 46       <tr class="align-top">
7084 28 Mar 23 nicklas 47         <td class="prompt">Merged sequences</td>
7084 28 Mar 23 nicklas 48         <td class="input">
7084 28 Mar 23 nicklas 49           <select class="required yellow-label-support" multiple size="30"
7084 28 Mar 23 nicklas 50             name="mergedSequences" id="mergedSequences"></select>
7084 28 Mar 23 nicklas 51             
7084 28 Mar 23 nicklas 52           <base:buttongroup style="margin-top: 0.5em;">
7084 28 Mar 23 nicklas 53             <base:button title="Select manually&hellip;" id="btnSelectMergedSequences" />
7084 28 Mar 23 nicklas 54           </base:buttongroup>
7084 28 Mar 23 nicklas 55         </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 56         <td class="status" id="mergedSequences.status"></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 57         <td class="help"><span id="mergedSequences.message" class="message"></span>
7084 28 Mar 23 nicklas 58           Select the sequences that should be aligned. The list contains merged sequences 
7084 28 Mar 23 nicklas 59           from the <b>Bwa-mem2 pipeline</b> item list (max 250).<br><br>
7084 28 Mar 23 nicklas 60           Items marked with <b>[R]</b> have been marked for re-alignment due to a failure of
7084 28 Mar 23 nicklas 61           a previous alignment.
7084 28 Mar 23 nicklas 62         </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 63       </tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 64       </table>
7084 28 Mar 23 nicklas 65
7084 28 Mar 23 nicklas 66     </div>
7084 28 Mar 23 nicklas 67   </div>
7084 28 Mar 23 nicklas 68   
7084 28 Mar 23 nicklas 69   
7084 28 Mar 23 nicklas 70   <div class="step" id="step-2">
7084 28 Mar 23 nicklas 71     <div class="step-no">2</div>
7084 28 Mar 23 nicklas 72     <div class="step-title">Alignment information</div>
7084 28 Mar 23 nicklas 73     <div class="step-content">
7084 28 Mar 23 nicklas 74
7084 28 Mar 23 nicklas 75       <table class="step-form">
7084 28 Mar 23 nicklas 76       <tbody>
7084 28 Mar 23 nicklas 77         <tr class="section-header">
7084 28 Mar 23 nicklas 78           <td colspan="4">Align</td>
7084 28 Mar 23 nicklas 79         </tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 80         <tr valign="top">
7084 28 Mar 23 nicklas 81           <td class="subprompt">Protocol</td>
7084 28 Mar 23 nicklas 82           <td class="input">
7084 28 Mar 23 nicklas 83             <select name="alignProtocol" id="alignProtocol"></select>
7084 28 Mar 23 nicklas 84           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 85           <td class="status" id="alignProtocol.status"></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 86           <td class="help">
7084 28 Mar 23 nicklas 87             <span id="alignProtocol.message" class="message"></span>
7084 28 Mar 23 nicklas 88             Select the protocol used for alignment.
7084 28 Mar 23 nicklas 89           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 90         </tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 91         <tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 92           <td class="subprompt">Software</td>
7084 28 Mar 23 nicklas 93           <td class="input">
7084 28 Mar 23 nicklas 94             <select name="alignSoftware" id="alignSoftware"></select>
7084 28 Mar 23 nicklas 95           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 96           <td class="status" id="alignSoftware.status"></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 97           <td class="help">
7084 28 Mar 23 nicklas 98             <span id="alignSoftware.message" class="message"></span>
7084 28 Mar 23 nicklas 99             Select the software to use for alignment.
7084 28 Mar 23 nicklas 100           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 101         </tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 102       </tbody>
7084 28 Mar 23 nicklas 103       <tbody class="info-section">
7084 28 Mar 23 nicklas 104         <tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 105           <td class="subprompt">Parameter set</td>
7084 28 Mar 23 nicklas 106           <td class="info" colspan="2">
7084 28 Mar 23 nicklas 107             <span id="alignSoftware.parameterSet"></span>
7084 28 Mar 23 nicklas 108             <div id="alignSoftware.description" class="item-description"></div>
7084 28 Mar 23 nicklas 109           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 110           <td class="help">
7084 28 Mar 23 nicklas 111             This step uses bwa-mem2 for for aligning sequences. After the alignment
7084 28 Mar 23 nicklas 112             it will run samtools for sorting, marking duplicates, etc. 
7084 28 Mar 23 nicklas 113             Parameters are configured in &lt;align-bwa-mem2&gt; section in reggie-config.xml.
7084 28 Mar 23 nicklas 114           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 115         </tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 116       </tbody>
7084 28 Mar 23 nicklas 117       <tbody>
7084 28 Mar 23 nicklas 118         <tr class="section-header">
7084 28 Mar 23 nicklas 119           <td colspan="4">Job scheduler</td>
7084 28 Mar 23 nicklas 120         </tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 121         <tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 122           <td class="subprompt">Cluster</td>
7084 28 Mar 23 nicklas 123           <td class="input">
7084 28 Mar 23 nicklas 124             <select name="clusters" id="clusters" class="required"></select></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 125           <td class="status" id="clusters.status"></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 126           <td class="help">
7084 28 Mar 23 nicklas 127             <span id="clusters.message" class="message"></span>
7084 28 Mar 23 nicklas 128             Select the cluster to use for running the software.
7084 28 Mar 23 nicklas 129           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 130         </tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 131         <tr id="job-priority" style="display: none;">
7084 28 Mar 23 nicklas 132           <td class="subprompt">Job priority</td>
7084 28 Mar 23 nicklas 133           <td class="input">
7084 28 Mar 23 nicklas 134             <select name="priority" id="priority"></select>
7084 28 Mar 23 nicklas 135           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 136           <td class="status" id="priority.status"></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 137           <td class="help">
7084 28 Mar 23 nicklas 138             <span id="priority.message" class="message"></span>
7084 28 Mar 23 nicklas 139             Select the priority of the job.
7084 28 Mar 23 nicklas 140           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 141         </tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 142         <tr id="job-partition" style="display: none;">
7084 28 Mar 23 nicklas 143           <td class="subprompt">Job partition</td>
7084 28 Mar 23 nicklas 144           <td class="input">
7084 28 Mar 23 nicklas 145             <select name="partition" id="partition"></select>
7084 28 Mar 23 nicklas 146           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 147           <td class="status" id="partition.status"></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 148           <td class="help">
7084 28 Mar 23 nicklas 149             <span id="partition.message" class="message"></span>
7084 28 Mar 23 nicklas 150             Select the partition/queue that the job should be submitted to.
7084 28 Mar 23 nicklas 151           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 152         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 153       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 154       <tbody class="info-section">
7372 06 Oct 23 nicklas 155         <tr class="align-top">
7372 06 Oct 23 nicklas 156           <td class="subprompt">Job options</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 157           <td class="info input">
7372 06 Oct 23 nicklas 158             <div id="submitOptions" class="item-description code"></div>
7372 06 Oct 23 nicklas 159             <textarea id="submitOptionsOverride" name="submitOptionsOverride" rows="4" style="display: none;"></textarea>
7372 06 Oct 23 nicklas 160           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 161           <td class="status" id="submitOptions.status">
7372 06 Oct 23 nicklas 162             <input type="checkbox" id="override" name="override" title="Override the default options" disabled>
7372 06 Oct 23 nicklas 163           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 164           <td class="help">
7372 06 Oct 23 nicklas 165             Parameters are configured in the &lt;align-bwa-mem2&gt;/&lt;submit&gt; 
7372 06 Oct 23 nicklas 166             section in reggie-config.xml. Select the checkbox to manually 
7372 06 Oct 23 nicklas 167             override the default options.
7372 06 Oct 23 nicklas 168           </td>
7372 06 Oct 23 nicklas 169         </tr>
7372 06 Oct 23 nicklas 170       </tbody>
7372 06 Oct 23 nicklas 171       <tbody>
7084 28 Mar 23 nicklas 172         <tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 173           <td class="subprompt">Auto-confirm</td>
7084 28 Mar 23 nicklas 174           <td class="input"><input type="checkbox" name="autoConfirm" checked></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 175           <td class="status" id="autoConfirm.status"></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 176           <td class="help">
7084 28 Mar 23 nicklas 177             <span id="autoConfirm.message" class="message"></span>
7132 24 Apr 23 nicklas 178             If the alignment is successful, aligned pairs &gt;400M,
7132 24 Apr 23 nicklas 179             mean coverage &gt;25, duplication &lt;30% and the HET 
7132 24 Apr 23 nicklas 180             percentage for the genotype QC SNP:s is &lt;65%, the 
7132 24 Apr 23 nicklas 181             analysis is automatically confirmed.
7084 28 Mar 23 nicklas 182           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 183         </tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 184         <tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 185           <td class="subprompt">Debug</td>
7372 06 Oct 23 nicklas 186           <td class="input"><input type="checkbox" name="debug" id="debug"></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 187           <td class="status" id="debug.status"></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 188           <td class="help">
7084 28 Mar 23 nicklas 189             <span id="debug.message" class="message"></span>
7084 28 Mar 23 nicklas 190             When running in debug mode temporary files are not removed from the
7084 28 Mar 23 nicklas 191             cluster node.
7084 28 Mar 23 nicklas 192           </td>
7084 28 Mar 23 nicklas 193         </tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 194       </tbody>
7084 28 Mar 23 nicklas 195       </table>
7084 28 Mar 23 nicklas 196     </div>
7084 28 Mar 23 nicklas 197   </div>
7084 28 Mar 23 nicklas 198     
7084 28 Mar 23 nicklas 199     <div id="wizard-status"></div>
7084 28 Mar 23 nicklas 200   
7084 28 Mar 23 nicklas 201     <table class="navigation" id="navigation">
7084 28 Mar 23 nicklas 202     <tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 203       <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 204       <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 205       <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 206       <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 207       <td id="gonext-message" class="message"></td>
7084 28 Mar 23 nicklas 208     </tr>
7084 28 Mar 23 nicklas 209     </table>
7084 28 Mar 23 nicklas 210   
7084 28 Mar 23 nicklas 211   </form>
7084 28 Mar 23 nicklas 212   </div>
7084 28 Mar 23 nicklas 213   
7084 28 Mar 23 nicklas 214 </base:body>
7084 28 Mar 23 nicklas 215 </base:page>
7084 28 Mar 23 nicklas 216 <%
7084 28 Mar 23 nicklas 217 }
7084 28 Mar 23 nicklas 218 finally
7084 28 Mar 23 nicklas 219 {
7084 28 Mar 23 nicklas 220   if (dc != null) dc.close();
7084 28 Mar 23 nicklas 221 }
7084 28 Mar 23 nicklas 222 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:33 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)