extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/dnaseq-analysis/genotype_qc.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7211 29 May 23 nicklas 1 <%@ page
7211 29 May 23 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
7211 29 May 23 nicklas 3   session="false"
7211 29 May 23 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
7211 29 May 23 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
7211 29 May 23 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
7211 29 May 23 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
7217 30 May 23 nicklas 8   import="net.sf.basedb.util.Values"
7211 29 May 23 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
7211 29 May 23 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
7211 29 May 23 nicklas 11   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
7211 29 May 23 nicklas 12 %>
7211 29 May 23 nicklas 13 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
7211 29 May 23 nicklas 14 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
7211 29 May 23 nicklas 15 <%
7211 29 May 23 nicklas 16 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
7211 29 May 23 nicklas 17 final String ID = sc.getId();
7211 29 May 23 nicklas 18 final float scale = Base.getScale(sc);
7211 29 May 23 nicklas 19 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
7217 30 May 23 nicklas 20 final String pipeline = Values.getString(request.getParameter("pipeline"));
7211 29 May 23 nicklas 21 DbControl dc = null;
7211 29 May 23 nicklas 22 try
7211 29 May 23 nicklas 23 {
7211 29 May 23 nicklas 24   dc = sc.newDbControl();
7211 29 May 23 nicklas 25   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
7211 29 May 23 nicklas 26 %>
7211 29 May 23 nicklas 27 <base:page type="default" >
7211 29 May 23 nicklas 28 <base:head 
7211 29 May 23 nicklas 29   scripts="~../reggie-2.js,~genotype_qc.js" 
7211 29 May 23 nicklas 30   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
7211 29 May 23 nicklas 31 >
7211 29 May 23 nicklas 32 <style>
7211 29 May 23 nicklas 33 tbody.highlight
7211 29 May 23 nicklas 34 {
7211 29 May 23 nicklas 35   border-top-width: 1px;
7211 29 May 23 nicklas 36   border-top-style: dotted;
7211 29 May 23 nicklas 37 }
7211 29 May 23 nicklas 38
7211 29 May 23 nicklas 39 #compareTable
7211 29 May 23 nicklas 40 {
7211 29 May 23 nicklas 41   width: 100%; 
7211 29 May 23 nicklas 42   border-collapse: collapse;
7211 29 May 23 nicklas 43 }
7211 29 May 23 nicklas 44
7211 29 May 23 nicklas 45 #compareTable thead
7211 29 May 23 nicklas 46 {
7211 29 May 23 nicklas 47   border-bottom-width: 1px;
7211 29 May 23 nicklas 48   border-top-width: 0;
7211 29 May 23 nicklas 49 }
7211 29 May 23 nicklas 50
7211 29 May 23 nicklas 51 #compareTable td
7211 29 May 23 nicklas 52 {
7211 29 May 23 nicklas 53   text-align: center;
7211 29 May 23 nicklas 54   min-width: 4.5em;
7211 29 May 23 nicklas 55 }
7211 29 May 23 nicklas 56
7211 29 May 23 nicklas 57 #compareTable tbody td
7211 29 May 23 nicklas 58 {
7211 29 May 23 nicklas 59   padding-top: 1px;
7211 29 May 23 nicklas 60   padding-bottom: 1px;
7211 29 May 23 nicklas 61 }
7211 29 May 23 nicklas 62
7211 29 May 23 nicklas 63 #compareTable .italic
7211 29 May 23 nicklas 64 {
7211 29 May 23 nicklas 65   font-style: italic;
7211 29 May 23 nicklas 66 }
7211 29 May 23 nicklas 67
7211 29 May 23 nicklas 68 #compareTable .icon-col
7211 29 May 23 nicklas 69 {
7211 29 May 23 nicklas 70   width: 20px;
7211 29 May 23 nicklas 71   max-width: 20px;
7211 29 May 23 nicklas 72   min-width: 0;
7211 29 May 23 nicklas 73 }
7211 29 May 23 nicklas 74
7211 29 May 23 nicklas 75 #compareTable .text-col
7211 29 May 23 nicklas 76 {
7211 29 May 23 nicklas 77   text-align: left;
7211 29 May 23 nicklas 78   padding-left: 2px;
7211 29 May 23 nicklas 79 }
7211 29 May 23 nicklas 80
7211 29 May 23 nicklas 81 .text-col img
7211 29 May 23 nicklas 82 {
7211 29 May 23 nicklas 83   float: right;
7211 29 May 23 nicklas 84 }
7211 29 May 23 nicklas 85
7211 29 May 23 nicklas 86 .comment input
7211 29 May 23 nicklas 87 {
7211 29 May 23 nicklas 88   width: 95%;
7211 29 May 23 nicklas 89   min-width: 20em;
7211 29 May 23 nicklas 90 }
7211 29 May 23 nicklas 91
7211 29 May 23 nicklas 92 .commonpart
7211 29 May 23 nicklas 93 {
7211 29 May 23 nicklas 94   color: #666666;
7211 29 May 23 nicklas 95   font-style: italic;
7211 29 May 23 nicklas 96 }
7211 29 May 23 nicklas 97
7211 29 May 23 nicklas 98 .diffpart
7211 29 May 23 nicklas 99 {
7211 29 May 23 nicklas 100   font-weight: bold;
7211 29 May 23 nicklas 101 }
7211 29 May 23 nicklas 102
7211 29 May 23 nicklas 103 </style>
7211 29 May 23 nicklas 104 </base:head>
7211 29 May 23 nicklas 105 <base:body>
7211 29 May 23 nicklas 106
7211 29 May 23 nicklas 107   <p:path><p:pathelement 
7211 29 May 23 nicklas 108     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
7217 30 May 23 nicklas 109     /><p:pathelement title="<%="Genotype quality control ("+pipeline+")"%>" 
7211 29 May 23 nicklas 110     /></p:path>
7211 29 May 23 nicklas 111
7211 29 May 23 nicklas 112   <div class="content">
7211 29 May 23 nicklas 113   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
7217 30 May 23 nicklas 114   
7217 30 May 23 nicklas 115   <div id="page-data" class="datacontainer"
7217 30 May 23 nicklas 116     data-pipeline="<%=pipeline%>"
7217 30 May 23 nicklas 117   ></div>
7211 29 May 23 nicklas 118
7211 29 May 23 nicklas 119   <div class="step auto-hide" id="step-1">
7211 29 May 23 nicklas 120     <div class="step-no">1</div>
7211 29 May 23 nicklas 121     <div class="step-title">Select aligned sequences</div>
7211 29 May 23 nicklas 122     <div class="step-content">
7211 29 May 23 nicklas 123     
7211 29 May 23 nicklas 124       <table class="step-form">
7211 29 May 23 nicklas 125       <tr>
7211 29 May 23 nicklas 126         <td class="prompt">Already checked</td>
7211 29 May 23 nicklas 127         <td class="input" id="alreadyChecked"></td>
7211 29 May 23 nicklas 128         <td class="status" id="alreadyChecked.status"></td>
7211 29 May 23 nicklas 129         <td class="help"><span id="alreadyChecked.message" class="message"></span>
7211 29 May 23 nicklas 130           Existing tumor and normal items that has already been checked.
7211 29 May 23 nicklas 131         </td>
7211 29 May 23 nicklas 132       </tr>
7211 29 May 23 nicklas 133       <tr class="align-top">
7211 29 May 23 nicklas 134         <td class="prompt">Aligned sequences</td>
7211 29 May 23 nicklas 135         <td class="input">
7211 29 May 23 nicklas 136           <select class="required yellow-label-support" multiple size="30"
7211 29 May 23 nicklas 137             name="alignedSequences" id="alignedSequences"></select>
7211 29 May 23 nicklas 138             
7211 29 May 23 nicklas 139           <base:buttongroup style="margin-top: 0.5em;">
7211 29 May 23 nicklas 140             <base:button title="Select manually&hellip;" id="btnSelectAlignedSequences" />
7211 29 May 23 nicklas 141           </base:buttongroup>
7211 29 May 23 nicklas 142         </td>
7211 29 May 23 nicklas 143         <td class="status" id="alignedSequences.status"></td>
7211 29 May 23 nicklas 144         <td class="help"><span id="alignedSequences.message" class="message"></span>
7211 29 May 23 nicklas 145           Select the sequences that should be checked. The list contains aligned sequences 
7211 29 May 23 nicklas 146           that has not yet been checked.
7211 29 May 23 nicklas 147         </td>
7211 29 May 23 nicklas 148       </tr>
7211 29 May 23 nicklas 149       </table>
7211 29 May 23 nicklas 150     </div>
7211 29 May 23 nicklas 151   </div>
7211 29 May 23 nicklas 152
7211 29 May 23 nicklas 153   <div class="step auto-hide" id="step-2">
7211 29 May 23 nicklas 154     <div class="step-no">2</div>
7211 29 May 23 nicklas 155     <div class="step-title" id="step-2-title">Genotype comparison results</div>
7211 29 May 23 nicklas 156     <div class="step-content">
7211 29 May 23 nicklas 157       <div id="comparisons"></div>
7211 29 May 23 nicklas 158     </div>
7211 29 May 23 nicklas 159   </div>
7211 29 May 23 nicklas 160   
7211 29 May 23 nicklas 161   
7211 29 May 23 nicklas 162     <div id="wizard-status"></div>
7211 29 May 23 nicklas 163     <div id="wizard-progress"></div>
7211 29 May 23 nicklas 164   
7211 29 May 23 nicklas 165     <table class="navigation" id="navigation">
7211 29 May 23 nicklas 166     <tr>
7211 29 May 23 nicklas 167       <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
7211 29 May 23 nicklas 168       <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
7211 29 May 23 nicklas 169       <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
7211 29 May 23 nicklas 170       <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
7211 29 May 23 nicklas 171       <td id="gonext-message" class="message"></td>
7211 29 May 23 nicklas 172     </tr>
7211 29 May 23 nicklas 173     </table>
7211 29 May 23 nicklas 174   
7211 29 May 23 nicklas 175   </form>
7211 29 May 23 nicklas 176   </div>
7211 29 May 23 nicklas 177   
7211 29 May 23 nicklas 178 </base:body>
7211 29 May 23 nicklas 179 </base:page>
7211 29 May 23 nicklas 180 <%
7211 29 May 23 nicklas 181 }
7211 29 May 23 nicklas 182 finally
7211 29 May 23 nicklas 183 {
7211 29 May 23 nicklas 184   if (dc != null) dc.close();
7211 29 May 23 nicklas 185 }
7211 29 May 23 nicklas 186 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:34 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)