extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/dnaseq-analysis/pon_vcall.jsp

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7387 31 Oct 23 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
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7387 31 Oct 23 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
7387 31 Oct 23 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
7387 31 Oct 23 nicklas 19 DbControl dc = null;
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7387 31 Oct 23 nicklas 34     /><p:pathelement title="Panel-of-normals: Raw variant calling of normals" 
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7387 31 Oct 23 nicklas 42     <div class="step-title">Select aligned sequences</div>
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7387 31 Oct 23 nicklas 46       <tr class="align-top">
7387 31 Oct 23 nicklas 47         <td class="prompt">Normal samples</td>
7387 31 Oct 23 nicklas 48         <td class="input">
7387 31 Oct 23 nicklas 49           <select class="required" multiple size="30"
7387 31 Oct 23 nicklas 50             name="alignedSequences" id="alignedSequences"></select>
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7387 31 Oct 23 nicklas 52           <base:buttongroup style="margin-top: 0.5em;">
7387 31 Oct 23 nicklas 53             <base:button title="Select manually&hellip;" id="btnSelectAlignedSequences" />
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7387 31 Oct 23 nicklas 55         </td>
7387 31 Oct 23 nicklas 56         <td class="status" id="alignedSequences.status"></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 57         <td class="help"><span id="alignedSequences.message" class="message"></span>
7387 31 Oct 23 nicklas 58           Select aligned sequences that should be used in the panel-of-normals.
7387 31 Oct 23 nicklas 59         </td>
7387 31 Oct 23 nicklas 60       </tr>
7387 31 Oct 23 nicklas 61       </table>
7387 31 Oct 23 nicklas 62
7387 31 Oct 23 nicklas 63     </div>
7387 31 Oct 23 nicklas 64   </div>
7387 31 Oct 23 nicklas 65   
7387 31 Oct 23 nicklas 66   <div class="step" id="step-2">
7387 31 Oct 23 nicklas 67     <div class="step-no">2</div>
7387 31 Oct 23 nicklas 68     <div class="step-title">Parameters</div>
7387 31 Oct 23 nicklas 69     <div class="step-content">
7387 31 Oct 23 nicklas 70
7387 31 Oct 23 nicklas 71       <table class="step-form">
7387 31 Oct 23 nicklas 72       <tbody>
7396 06 Nov 23 nicklas 73         <tr>
7396 06 Nov 23 nicklas 74           <td class="prompt">Software</td>
7396 06 Nov 23 nicklas 75           <td class="input">
7396 06 Nov 23 nicklas 76             <select name="vcallSoftware" id="vcallSoftware"></select>
7396 06 Nov 23 nicklas 77           </td>
7396 06 Nov 23 nicklas 78           <td class="status" id="vcallSoftware.status"></td>
7396 06 Nov 23 nicklas 79           <td class="help">
7396 06 Nov 23 nicklas 80             <span id="vcallSoftware.message" class="message"></span>
7396 06 Nov 23 nicklas 81             Select the software to use.
7396 06 Nov 23 nicklas 82           </td>
7396 06 Nov 23 nicklas 83         </tr>
7396 06 Nov 23 nicklas 84       </tbody>
7396 06 Nov 23 nicklas 85       <tbody class="info-section">
7396 06 Nov 23 nicklas 86         <tr>
7396 06 Nov 23 nicklas 87           <td class="subprompt">Parameter set</td>
7396 06 Nov 23 nicklas 88           <td class="info" colspan="2">
7396 06 Nov 23 nicklas 89             <span id="vcallSoftware.parameterSet"></span>
7396 06 Nov 23 nicklas 90             <div id="vcallSoftware.description" class="item-description"></div>
7396 06 Nov 23 nicklas 91           </td>
7396 06 Nov 23 nicklas 92           <td class="help">
7396 06 Nov 23 nicklas 93             Parameters are configured in 
7396 06 Nov 23 nicklas 94             the &lt;wgs-variant-call&gt; section in reggie-config.xml.
7396 06 Nov 23 nicklas 95           </td>
7396 06 Nov 23 nicklas 96         </tr>
7396 06 Nov 23 nicklas 97       </tbody>
7396 06 Nov 23 nicklas 98       <tbody>
7387 31 Oct 23 nicklas 99         <tr class="section-header">
7387 31 Oct 23 nicklas 100           <td colspan="4">Job scheduler</td>
7387 31 Oct 23 nicklas 101         </tr>
7387 31 Oct 23 nicklas 102         <tr>
7387 31 Oct 23 nicklas 103           <td class="subprompt">Cluster</td>
7387 31 Oct 23 nicklas 104           <td class="input">
7387 31 Oct 23 nicklas 105             <select name="clusters" id="clusters" class="required"></select></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 106           <td class="status" id="clusters.status"></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 107           <td class="help">
7387 31 Oct 23 nicklas 108             <span id="clusters.message" class="message"></span>
7387 31 Oct 23 nicklas 109             Select the cluster to use for running the software.
7387 31 Oct 23 nicklas 110           </td>
7387 31 Oct 23 nicklas 111         </tr>
7387 31 Oct 23 nicklas 112         <tr id="job-priority" style="display: none;">
7387 31 Oct 23 nicklas 113           <td class="subprompt">Job priority</td>
7387 31 Oct 23 nicklas 114           <td class="input">
7387 31 Oct 23 nicklas 115             <select name="priority" id="priority"></select>
7387 31 Oct 23 nicklas 116           </td>
7387 31 Oct 23 nicklas 117           <td class="status" id="priority.status"></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 118           <td class="help">
7387 31 Oct 23 nicklas 119             <span id="priority.message" class="message"></span>
7387 31 Oct 23 nicklas 120             Select the priority of the job.
7387 31 Oct 23 nicklas 121           </td>
7387 31 Oct 23 nicklas 122         </tr>
7387 31 Oct 23 nicklas 123         <tr id="job-partition" style="display: none;">
7387 31 Oct 23 nicklas 124           <td class="subprompt">Job partition</td>
7387 31 Oct 23 nicklas 125           <td class="input">
7387 31 Oct 23 nicklas 126             <select name="partition" id="partition"></select>
7387 31 Oct 23 nicklas 127           </td>
7387 31 Oct 23 nicklas 128           <td class="status" id="partition.status"></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 129           <td class="help">
7387 31 Oct 23 nicklas 130             <span id="partition.message" class="message"></span>
7387 31 Oct 23 nicklas 131             Select the partition/queue that the job should be submitted to.
7387 31 Oct 23 nicklas 132           </td>
7387 31 Oct 23 nicklas 133         </tr>
7387 31 Oct 23 nicklas 134       </tbody>
7387 31 Oct 23 nicklas 135       <tbody class="info-section">
7387 31 Oct 23 nicklas 136         <tr class="align-top">
7387 31 Oct 23 nicklas 137           <td class="subprompt">Job options</td>
7387 31 Oct 23 nicklas 138           <td class="info input">
7387 31 Oct 23 nicklas 139             <div id="submitOptions" class="item-description code"></div>
7387 31 Oct 23 nicklas 140             <textarea id="submitOptionsOverride" name="submitOptionsOverride" rows="4" style="display: none;"></textarea>
7387 31 Oct 23 nicklas 141           </td>
7387 31 Oct 23 nicklas 142           <td class="status" id="submitOptions.status">
7387 31 Oct 23 nicklas 143             <input type="checkbox" id="override" name="override" title="Override the default options" disabled>
7387 31 Oct 23 nicklas 144           </td>
7387 31 Oct 23 nicklas 145           <td class="help">
7387 31 Oct 23 nicklas 146             Parameters are configured in the &lt;wgs-variant-call&gt;/&lt;submit&gt; 
7387 31 Oct 23 nicklas 147             section in reggie-config.xml. Select the checkbox to manually 
7387 31 Oct 23 nicklas 148             override the default options.
7387 31 Oct 23 nicklas 149           </td>
7387 31 Oct 23 nicklas 150         </tr>
7387 31 Oct 23 nicklas 151       </tbody>
7387 31 Oct 23 nicklas 152       <tbody>
7387 31 Oct 23 nicklas 153         <tr>
7387 31 Oct 23 nicklas 154           <td class="subprompt">Auto-confirm</td>
7396 06 Nov 23 nicklas 155           <td class="input"><input type="checkbox" name="autoConfirm" disabled></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 156           <td class="status" id="autoConfirm.status"></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 157           <td class="help">
7387 31 Oct 23 nicklas 158             <span id="autoConfirm.message" class="message"></span>
7396 06 Nov 23 nicklas 159             Auto-confirmation is not implemented for this wizard.
7387 31 Oct 23 nicklas 160           </td>
7387 31 Oct 23 nicklas 161         </tr>
7387 31 Oct 23 nicklas 162         <tr>
7387 31 Oct 23 nicklas 163           <td class="subprompt">Debug</td>
7387 31 Oct 23 nicklas 164           <td class="input"><input type="checkbox" name="debug" id="debug"></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 165           <td class="status" id="debug.status"></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 166           <td class="help">
7387 31 Oct 23 nicklas 167             <span id="debug.message" class="message"></span>
7387 31 Oct 23 nicklas 168             When running in debug mode, the variant calling is made on a limited
7387 31 Oct 23 nicklas 169             range of the genome and temporary files are not removed from the
7387 31 Oct 23 nicklas 170             cluster node.
7387 31 Oct 23 nicklas 171           </td>
7387 31 Oct 23 nicklas 172         </tr>
7387 31 Oct 23 nicklas 173       </tbody>
7387 31 Oct 23 nicklas 174       </table>
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7387 31 Oct 23 nicklas 176   </div>
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7387 31 Oct 23 nicklas 178     <div id="wizard-status"></div>
7387 31 Oct 23 nicklas 179   
7387 31 Oct 23 nicklas 180     <table class="navigation" id="navigation">
7387 31 Oct 23 nicklas 181     <tr>
7387 31 Oct 23 nicklas 182       <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 183       <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 184       <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 185       <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
7387 31 Oct 23 nicklas 186       <td id="gonext-message" class="message"></td>
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