extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/flaggedalignment/search.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4794 07 May 18 nicklas 1 <%@ page
4794 07 May 18 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
4794 07 May 18 nicklas 3   session="false"
4794 07 May 18 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
4794 07 May 18 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
4794 07 May 18 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
4794 07 May 18 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
4794 07 May 18 nicklas 8   import="net.sf.basedb.util.formatter.DateFormatter"
4794 07 May 18 nicklas 9   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
4794 07 May 18 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
4794 07 May 18 nicklas 11   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
4794 07 May 18 nicklas 12   import="java.util.Date"
4794 07 May 18 nicklas 13 %>
4794 07 May 18 nicklas 14 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
4794 07 May 18 nicklas 15 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
4794 07 May 18 nicklas 16 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
4794 07 May 18 nicklas 17 <%
4794 07 May 18 nicklas 18 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
4794 07 May 18 nicklas 19 final String ID = sc.getId();
4794 07 May 18 nicklas 20 final float scale = Base.getScale(sc);
4794 07 May 18 nicklas 21 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
4794 07 May 18 nicklas 22 DbControl dc = null;
4794 07 May 18 nicklas 23 try
4794 07 May 18 nicklas 24 {
4794 07 May 18 nicklas 25   dc = sc.newDbControl();
4794 07 May 18 nicklas 26   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
4794 07 May 18 nicklas 27 %>
4794 07 May 18 nicklas 28 <base:page type="default" title="Flagged alignments wizard">
4794 07 May 18 nicklas 29 <base:head 
4794 07 May 18 nicklas 30   scripts="~../reggie-2.js,~search.js" 
4794 07 May 18 nicklas 31   styles="path.css,toolbar.css,~../css/reggie-2.css"
4794 07 May 18 nicklas 32   >
4794 07 May 18 nicklas 33 <style>
4794 07 May 18 nicklas 34 #itemTable
4794 07 May 18 nicklas 35 {
4794 07 May 18 nicklas 36   width: 100%; 
4794 07 May 18 nicklas 37   border-collapse: collapse;
4794 07 May 18 nicklas 38 }
4794 07 May 18 nicklas 39
4794 07 May 18 nicklas 40 #itemTable thead
4794 07 May 18 nicklas 41 {
4794 07 May 18 nicklas 42   border-bottom-width: 1px;
4794 07 May 18 nicklas 43   border-top-width: 1px;
4794 07 May 18 nicklas 44 }
4794 07 May 18 nicklas 45
4794 07 May 18 nicklas 46 #itemTable thead th
4794 07 May 18 nicklas 47 {
6589 21 Feb 22 nicklas 48   padding: 2px 4px;
4794 07 May 18 nicklas 49   text-align: left;
4794 07 May 18 nicklas 50 }
4794 07 May 18 nicklas 51
4794 07 May 18 nicklas 52 tbody.highlight
4794 07 May 18 nicklas 53 {
4794 07 May 18 nicklas 54   border-top-width: 1px;
4794 07 May 18 nicklas 55   border-top-style: dotted;
4794 07 May 18 nicklas 56 }
4794 07 May 18 nicklas 57
4794 07 May 18 nicklas 58 tr.dotted-above
4794 07 May 18 nicklas 59 {
4794 07 May 18 nicklas 60   border-top-width: 1px;
4794 07 May 18 nicklas 61   border-top-style: dotted;
4794 07 May 18 nicklas 62 }
4794 07 May 18 nicklas 63
4794 07 May 18 nicklas 64
4794 07 May 18 nicklas 65 #itemTable .highlight.evenrow
4794 07 May 18 nicklas 66 {
4794 07 May 18 nicklas 67   border-top-color: transparent;
4794 07 May 18 nicklas 68 }
4794 07 May 18 nicklas 69
4794 07 May 18 nicklas 70 #itemTable tbody td
4794 07 May 18 nicklas 71 {
4797 08 May 18 nicklas 72   padding: 2px;
4794 07 May 18 nicklas 73   text-align: left;
4974 20 Sep 18 nicklas 74   vertical-align: middle;
4794 07 May 18 nicklas 75 }
4794 07 May 18 nicklas 76
4797 08 May 18 nicklas 77 .colormatched 
4794 07 May 18 nicklas 78 {
4797 08 May 18 nicklas 79   background-color: #ffff00;
4797 08 May 18 nicklas 80   outline: 1px solid #a8a800;
4797 08 May 18 nicklas 81   margin: -1px;
4797 08 May 18 nicklas 82   padding: 1px;
4794 07 May 18 nicklas 83 }
4794 07 May 18 nicklas 84
4797 08 May 18 nicklas 85 .colormatched-2
4794 07 May 18 nicklas 86 {
4797 08 May 18 nicklas 87   background-color: #a8ffff;
4797 08 May 18 nicklas 88   outline: 1px solid #66a8a8;
4797 08 May 18 nicklas 89   margin: -1px;
4797 08 May 18 nicklas 90   padding: 1px;
4794 07 May 18 nicklas 91 }
4794 07 May 18 nicklas 92
4794 07 May 18 nicklas 93 .text-col
4794 07 May 18 nicklas 94 {}
4794 07 May 18 nicklas 95
4794 07 May 18 nicklas 96 .text-col img
4794 07 May 18 nicklas 97 {
4794 07 May 18 nicklas 98   float: right;
4794 07 May 18 nicklas 99   margin-left: 2px;
4794 07 May 18 nicklas 100 }
4794 07 May 18 nicklas 101
4817 21 May 18 nicklas 102 #itemTable .icon-col
4817 21 May 18 nicklas 103 {
4817 21 May 18 nicklas 104   text-align: right;
4817 21 May 18 nicklas 105 }
4817 21 May 18 nicklas 106
4817 21 May 18 nicklas 107 #itemTable .num-col
4817 21 May 18 nicklas 108 {
4817 21 May 18 nicklas 109   text-align: center;
4817 21 May 18 nicklas 110 }
4970 13 Sep 18 nicklas 111
4970 13 Sep 18 nicklas 112 #itemTable .flag-col
4797 08 May 18 nicklas 113 {
4970 13 Sep 18 nicklas 114   text-align: center;
4970 13 Sep 18 nicklas 115 }
4970 13 Sep 18 nicklas 116
4970 13 Sep 18 nicklas 117 #itemTable .comment-col input
4970 13 Sep 18 nicklas 118 {
5024 15 Oct 18 nicklas 119   width: calc(100% - 20px);
4970 13 Sep 18 nicklas 120 }
4970 13 Sep 18 nicklas 121
4970 13 Sep 18 nicklas 122 #itemTable .text-col img.case-summary
4970 13 Sep 18 nicklas 123 {
4797 08 May 18 nicklas 124   float: left;
4797 08 May 18 nicklas 125   margin-right: 2px;
4797 08 May 18 nicklas 126   margin-left: 0;
4797 08 May 18 nicklas 127 }
4797 08 May 18 nicklas 128
4794 07 May 18 nicklas 129 .bg-messages
4794 07 May 18 nicklas 130 {
4794 07 May 18 nicklas 131   background-color: #f0f0f0;
7209 26 May 23 nicklas 132   max-width: 20em;
4794 07 May 18 nicklas 133 }
4794 07 May 18 nicklas 134
4794 07 May 18 nicklas 135 .highlight:hover .bg-messages
4794 07 May 18 nicklas 136 {
4794 07 May 18 nicklas 137   background-color: #e0e0e0;
4794 07 May 18 nicklas 138   /* transistions copied from BASE to make it match */
4794 07 May 18 nicklas 139   transition: all 0.3s ease 0.1s;
4794 07 May 18 nicklas 140   -moz-transition: all 0.3s ease 0.1s;
4794 07 May 18 nicklas 141   -webkit-transition: all 0.3s ease 0.1s;
4794 07 May 18 nicklas 142 }
4794 07 May 18 nicklas 143
4797 08 May 18 nicklas 144 .ignored-mismatch
4797 08 May 18 nicklas 145 {
4797 08 May 18 nicklas 146   text-decoration-line: line-through;
4797 08 May 18 nicklas 147 }
4797 08 May 18 nicklas 148
4799 09 May 18 nicklas 149 .commonpart
4799 09 May 18 nicklas 150 {
4799 09 May 18 nicklas 151   color: #666666;
4799 09 May 18 nicklas 152   font-style: italic;
4799 09 May 18 nicklas 153 }
4799 09 May 18 nicklas 154
4799 09 May 18 nicklas 155 .diffpart
4799 09 May 18 nicklas 156 {
4799 09 May 18 nicklas 157   font-weight: bold;
4799 09 May 18 nicklas 158 }
4799 09 May 18 nicklas 159
4974 20 Sep 18 nicklas 160 .mode-genotype, .mode-reprocess, .mode-resolve
4817 21 May 18 nicklas 161 {
4817 21 May 18 nicklas 162   display:none;
4817 21 May 18 nicklas 163 }
4817 21 May 18 nicklas 164
4817 21 May 18 nicklas 165 table[data-mode=genotype] .mode-genotype
4817 21 May 18 nicklas 166 {
4817 21 May 18 nicklas 167   display: table-cell;
4817 21 May 18 nicklas 168 }
4817 21 May 18 nicklas 169
4817 21 May 18 nicklas 170 table[data-mode=reprocess] .mode-reprocess
4817 21 May 18 nicklas 171 {
4817 21 May 18 nicklas 172   display: table-cell;
4817 21 May 18 nicklas 173 }
4817 21 May 18 nicklas 174
4974 20 Sep 18 nicklas 175 table[data-mode=resolve] .mode-resolve
4974 20 Sep 18 nicklas 176 {
4974 20 Sep 18 nicklas 177   display: table-cell;
4974 20 Sep 18 nicklas 178 }
4974 20 Sep 18 nicklas 179
4818 22 May 18 nicklas 180 table[data-mode=reprocess] thead.mode-reprocess
4818 22 May 18 nicklas 181 {
4818 22 May 18 nicklas 182   display: table-header-group;
4818 22 May 18 nicklas 183   border: 0;
4818 22 May 18 nicklas 184 }
4818 22 May 18 nicklas 185
4974 20 Sep 18 nicklas 186 table[data-mode=resolve] thead.mode-resolve
4817 21 May 18 nicklas 187 {
4974 20 Sep 18 nicklas 188   display: table-header-group;
4974 20 Sep 18 nicklas 189   border: 0;
4974 20 Sep 18 nicklas 190 }
4974 20 Sep 18 nicklas 191
4976 24 Sep 18 nicklas 192 td.mode-reprocess
4974 20 Sep 18 nicklas 193 {
4976 24 Sep 18 nicklas 194   background-color: #FFFFF0;
4817 21 May 18 nicklas 195 }
4817 21 May 18 nicklas 196
4976 24 Sep 18 nicklas 197 .mode-reprocess-header
4818 22 May 18 nicklas 198 {
4976 24 Sep 18 nicklas 199   background-color: #FFFFF0;
4818 22 May 18 nicklas 200   border-width: 1px;
4818 22 May 18 nicklas 201   font-size: 120%;
4818 22 May 18 nicklas 202 }
4818 22 May 18 nicklas 203
4976 24 Sep 18 nicklas 204 .recommend-reprocess .mode-reprocess select
4976 24 Sep 18 nicklas 205 {
4976 24 Sep 18 nicklas 206   border-right-width: 8px;
4976 24 Sep 18 nicklas 207   border-right-color: #2288AA;
4976 24 Sep 18 nicklas 208 }
4976 24 Sep 18 nicklas 209
4976 24 Sep 18 nicklas 210 td.mode-resolve
4976 24 Sep 18 nicklas 211 {
4976 24 Sep 18 nicklas 212   background-color: #FFFFF0;
4976 24 Sep 18 nicklas 213 }
4976 24 Sep 18 nicklas 214
4976 24 Sep 18 nicklas 215 .mode-resolve-header
4976 24 Sep 18 nicklas 216 {
4976 24 Sep 18 nicklas 217   background-color: #FFFFF0;
4976 24 Sep 18 nicklas 218   border-width: 1px;
4976 24 Sep 18 nicklas 219   font-size: 120%;
4976 24 Sep 18 nicklas 220 }
4976 24 Sep 18 nicklas 221
4976 24 Sep 18 nicklas 222 .recommend-donotuse .mode-resolve select
4976 24 Sep 18 nicklas 223 {
4976 24 Sep 18 nicklas 224   border-right-width: 8px;
4976 24 Sep 18 nicklas 225   border-right-color: #2288AA;
4976 24 Sep 18 nicklas 226 }
4980 25 Sep 18 nicklas 227
4982 26 Sep 18 nicklas 228 select.donotuse-options 
4982 26 Sep 18 nicklas 229 {
5024 15 Oct 18 nicklas 230     width: calc(100% - 20px);
4982 26 Sep 18 nicklas 231 }
4982 26 Sep 18 nicklas 232
4980 25 Sep 18 nicklas 233 span.donotuse
4980 25 Sep 18 nicklas 234 {
4980 25 Sep 18 nicklas 235   font-style: italic;
4980 25 Sep 18 nicklas 236   color: #666666;
4980 25 Sep 18 nicklas 237 }
4980 25 Sep 18 nicklas 238
4980 25 Sep 18 nicklas 239 option.donotuse
4980 25 Sep 18 nicklas 240 {
4980 25 Sep 18 nicklas 241   color: #999999;
4980 25 Sep 18 nicklas 242 }
4980 25 Sep 18 nicklas 243
5001 04 Oct 18 nicklas 244 .reprocess-warning .reprocess-col:after
4980 25 Sep 18 nicklas 245 {
4980 25 Sep 18 nicklas 246   content: url('../images/warning.png');
4980 25 Sep 18 nicklas 247   vertical-align: bottom;
4980 25 Sep 18 nicklas 248   padding: 2px;
4980 25 Sep 18 nicklas 249 }
5001 04 Oct 18 nicklas 250
5001 04 Oct 18 nicklas 251 td.editable::before
5001 04 Oct 18 nicklas 252 {
5001 04 Oct 18 nicklas 253   content: '';
5001 04 Oct 18 nicklas 254   border-right-width: 2px;
5001 04 Oct 18 nicklas 255   border-right-style: solid;
5001 04 Oct 18 nicklas 256   border-right-color: transparent;
5001 04 Oct 18 nicklas 257   display: inline-block;
5001 04 Oct 18 nicklas 258   height: 1em;
5001 04 Oct 18 nicklas 259   vertical-align: middle;
5001 04 Oct 18 nicklas 260   margin: 2px;
5001 04 Oct 18 nicklas 261 }
5001 04 Oct 18 nicklas 262
5001 04 Oct 18 nicklas 263 td.modified
5001 04 Oct 18 nicklas 264 {
5001 04 Oct 18 nicklas 265   background-color: #F0F0A8;
5001 04 Oct 18 nicklas 266 }
5001 04 Oct 18 nicklas 267
5001 04 Oct 18 nicklas 268 td.modified::before
5001 04 Oct 18 nicklas 269 {
5001 04 Oct 18 nicklas 270   border-right-color: #A08000;
5001 04 Oct 18 nicklas 271 }
5001 04 Oct 18 nicklas 272
4794 07 May 18 nicklas 273 </style>
4794 07 May 18 nicklas 274 </base:head>
4794 07 May 18 nicklas 275 <base:body>
4794 07 May 18 nicklas 276
4794 07 May 18 nicklas 277   <p:path><p:pathelement 
4794 07 May 18 nicklas 278     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
4794 07 May 18 nicklas 279     /><p:pathelement title="Flagged alignment wizard" 
4794 07 May 18 nicklas 280     /></p:path>
4794 07 May 18 nicklas 281
4794 07 May 18 nicklas 282   <div class="content">
4794 07 May 18 nicklas 283
4794 07 May 18 nicklas 284   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
4794 07 May 18 nicklas 285   
4970 13 Sep 18 nicklas 286   <div class="step" id="step-1">
4794 07 May 18 nicklas 287     <div class="step-no">1</div>
4794 07 May 18 nicklas 288     <div class="step-title" id="step-1-title">Flagged alignments</div>
4794 07 May 18 nicklas 289     <div class="step-content">
4794 07 May 18 nicklas 290
4794 07 May 18 nicklas 291       <table class="step-form">
4797 08 May 18 nicklas 292       <tr>
4794 07 May 18 nicklas 293         <td class="prompt">Filter</td>
4818 22 May 18 nicklas 294         <td>
4797 08 May 18 nicklas 295           <label><input type="radio" name="filter" id="noFilter" checked>No filter</label>
4797 08 May 18 nicklas 296           <label><input type="radio" name="filter" id="highHetFilter">High HET</label>
4794 07 May 18 nicklas 297           <select name="qiaCubeFilter" id="qiaCubeFilter">
4794 07 May 18 nicklas 298             <option value="">- QiaCube -</option>
4797 08 May 18 nicklas 299           </select>
4794 07 May 18 nicklas 300           
4794 07 May 18 nicklas 301           <select name="libPlateFilter" id="libPlateFilter">
4794 07 May 18 nicklas 302             <option value="">- LibPlate -</option>
4797 08 May 18 nicklas 303           </select>
4797 08 May 18 nicklas 304           
4797 08 May 18 nicklas 305           <select name="recentFilters" id="recentFilters" style="display: none;">
4797 08 May 18 nicklas 306             <option value="">- Recently used filters -</option>
4797 08 May 18 nicklas 307           </select>
4794 07 May 18 nicklas 308         </td>
4794 07 May 18 nicklas 309       </tr>
4817 21 May 18 nicklas 310       <tr>
4817 21 May 18 nicklas 311         <td class="prompt">Mode</td>
4818 22 May 18 nicklas 312         <td style="padding-top: 3px; padding-bottom: 6px;">
4817 21 May 18 nicklas 313           <label><input type="radio" name="mode" id="mode-genotype" checked value="genotype">Genotype analysis</label>
4970 13 Sep 18 nicklas 314           <label><input type="radio" name="mode" id="mode-reprocess" value="reprocess" disabled>Add comments and schedule re-processing</label>
4976 24 Sep 18 nicklas 315           <label><input type="radio" name="mode" id="mode-resolve" value="resolve" disabled>Resolve as <b>DoNotUse</b> or <b>OkToUse</b></label>
4817 21 May 18 nicklas 316         </td>
4817 21 May 18 nicklas 317       </tr>
4794 07 May 18 nicklas 318       </table>
4794 07 May 18 nicklas 319
4974 20 Sep 18 nicklas 320       <table id="itemTable" class="step-form" data-mode="genotype">
4794 07 May 18 nicklas 321       </table>
4794 07 May 18 nicklas 322     </div>
4794 07 May 18 nicklas 323   </div>
4794 07 May 18 nicklas 324   
4794 07 May 18 nicklas 325   <div id="wizard-status"></div>
4794 07 May 18 nicklas 326
4794 07 May 18 nicklas 327   <table class="navigation" id="navigation">
4794 07 May 18 nicklas 328   <tr>
4794 07 May 18 nicklas 329     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
4976 24 Sep 18 nicklas 330     <td><base:button id="goreprocess" title="Register re-processing" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
4976 24 Sep 18 nicklas 331     <td><base:button id="goresolve" title="Register resolutions" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
4794 07 May 18 nicklas 332     <td id="gonext-message" class="message"></td>
4794 07 May 18 nicklas 333   </tr>
4794 07 May 18 nicklas 334   </table>
4794 07 May 18 nicklas 335   
4794 07 May 18 nicklas 336   </form>
4794 07 May 18 nicklas 337   </div>
4794 07 May 18 nicklas 338   
4794 07 May 18 nicklas 339 </base:body>
4794 07 May 18 nicklas 340 </base:page>
4794 07 May 18 nicklas 341 <%
4794 07 May 18 nicklas 342 }
4794 07 May 18 nicklas 343 finally
4794 07 May 18 nicklas 344 {
4794 07 May 18 nicklas 345   if (dc != null) dc.close();
4794 07 May 18 nicklas 346 }
4794 07 May 18 nicklas 347 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)