extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/flaggedrna/search.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3158 04 Mar 15 nicklas 1 <%@ page
3158 04 Mar 15 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
3158 04 Mar 15 nicklas 3   session="false"
3158 04 Mar 15 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
3158 04 Mar 15 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
3158 04 Mar 15 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
3158 04 Mar 15 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
3158 04 Mar 15 nicklas 8   import="net.sf.basedb.util.formatter.DateFormatter"
3158 04 Mar 15 nicklas 9   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
3158 04 Mar 15 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
3158 04 Mar 15 nicklas 11   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
3158 04 Mar 15 nicklas 12   import="java.util.Date"
3158 04 Mar 15 nicklas 13 %>
3158 04 Mar 15 nicklas 14 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
3158 04 Mar 15 nicklas 15 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
3158 04 Mar 15 nicklas 16 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
3158 04 Mar 15 nicklas 17 <%
3976 26 May 16 nicklas 18 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
3158 04 Mar 15 nicklas 19 final String ID = sc.getId();
3158 04 Mar 15 nicklas 20 final float scale = Base.getScale(sc);
3158 04 Mar 15 nicklas 21 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
3158 04 Mar 15 nicklas 22 DbControl dc = null;
3158 04 Mar 15 nicklas 23 try
3158 04 Mar 15 nicklas 24 {
3158 04 Mar 15 nicklas 25   dc = sc.newDbControl();
3158 04 Mar 15 nicklas 26   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
3158 04 Mar 15 nicklas 27 %>
3158 04 Mar 15 nicklas 28 <base:page type="default" title="Flagged RNA wizard">
3158 04 Mar 15 nicklas 29 <base:head 
3158 04 Mar 15 nicklas 30   scripts="~../reggie-2.js,~search.js" 
3158 04 Mar 15 nicklas 31   styles="path.css,toolbar.css,~../css/reggie-2.css"
3158 04 Mar 15 nicklas 32   >
3158 04 Mar 15 nicklas 33 <style>
3158 04 Mar 15 nicklas 34 #rnaTable
3158 04 Mar 15 nicklas 35 {
3158 04 Mar 15 nicklas 36   width: 100%; 
6720 03 May 22 nicklas 37   border-collapse: separate;
6720 03 May 22 nicklas 38   border-bottom-width: 1px;
3158 04 Mar 15 nicklas 39 }
3158 04 Mar 15 nicklas 40
3158 04 Mar 15 nicklas 41 #rnaTable thead
3158 04 Mar 15 nicklas 42 {
6720 03 May 22 nicklas 43   position: sticky;
6720 03 May 22 nicklas 44   top: 1.8em;
3158 04 Mar 15 nicklas 45 }
3158 04 Mar 15 nicklas 46
6720 03 May 22 nicklas 47 #rnaTable thead tr:first-child th
3158 04 Mar 15 nicklas 48 {
3158 04 Mar 15 nicklas 49   border-top-width: 1px;
3158 04 Mar 15 nicklas 50 }
3158 04 Mar 15 nicklas 51
6720 03 May 22 nicklas 52 #rnaTable thead tr:last-child th
3158 04 Mar 15 nicklas 53 {
6720 03 May 22 nicklas 54   border-bottom-width: 1px;
6720 03 May 22 nicklas 55 }
6720 03 May 22 nicklas 56
6720 03 May 22 nicklas 57
6720 03 May 22 nicklas 58 #rnaTable .highlight td
6720 03 May 22 nicklas 59 {
6720 03 May 22 nicklas 60   border-top-width: 1px;
3158 04 Mar 15 nicklas 61   border-top-color: transparent;
6720 03 May 22 nicklas 62   border-bottom-style: dotted;
6720 03 May 22 nicklas 63   border-bottom-width: 1px;
3158 04 Mar 15 nicklas 64 }
3158 04 Mar 15 nicklas 65
6720 03 May 22 nicklas 66 #rnaTable .highlight.oddrow td
6720 03 May 22 nicklas 67 {
6720 03 May 22 nicklas 68   border-bottom-color: transparent;
6720 03 May 22 nicklas 69 }
6720 03 May 22 nicklas 70
3158 04 Mar 15 nicklas 71 #rnaTable td
3158 04 Mar 15 nicklas 72 {
3158 04 Mar 15 nicklas 73   text-align: center;
3158 04 Mar 15 nicklas 74   width: 4.5em;
3158 04 Mar 15 nicklas 75 }
3158 04 Mar 15 nicklas 76
3158 04 Mar 15 nicklas 77 #rnaTable tbody td
3158 04 Mar 15 nicklas 78 {
3158 04 Mar 15 nicklas 79   padding-top: 1px;
3158 04 Mar 15 nicklas 80   padding-bottom: 1px;
3158 04 Mar 15 nicklas 81 }
3158 04 Mar 15 nicklas 82
3158 04 Mar 15 nicklas 83 #rnaTable tr td:first-child, #rnaTable tr th:first-child
3158 04 Mar 15 nicklas 84 {
3158 04 Mar 15 nicklas 85   width: 7em;
3158 04 Mar 15 nicklas 86   text-align: right;
3158 04 Mar 15 nicklas 87   padding-right: 0.5em;
3158 04 Mar 15 nicklas 88   white-space: nowrap;
3158 04 Mar 15 nicklas 89   font-weight: bold;
3158 04 Mar 15 nicklas 90 }
3158 04 Mar 15 nicklas 91
3158 04 Mar 15 nicklas 92 #rnaTable input[type="text"], #rnaTable select
3158 04 Mar 15 nicklas 93 {
3158 04 Mar 15 nicklas 94   width: calc(100% - 10px);
3158 04 Mar 15 nicklas 95 }
3158 04 Mar 15 nicklas 96
3158 04 Mar 15 nicklas 97 #rnaTable .case-summary
3158 04 Mar 15 nicklas 98 {
3158 04 Mar 15 nicklas 99   margin-left: 4px;
3158 04 Mar 15 nicklas 100 }
3158 04 Mar 15 nicklas 101
4995 02 Oct 18 nicklas 102 #rnaTable td.iconcol-1
4995 02 Oct 18 nicklas 103 {
4995 02 Oct 18 nicklas 104   width: 20px;
4995 02 Oct 18 nicklas 105   text-align: left;
4995 02 Oct 18 nicklas 106 }
4995 02 Oct 18 nicklas 107
3767 23 Feb 16 nicklas 108 .if-yellow
3767 23 Feb 16 nicklas 109 {
3767 23 Feb 16 nicklas 110   white-space: nowrap;
3767 23 Feb 16 nicklas 111 }
4995 02 Oct 18 nicklas 112
4995 02 Oct 18 nicklas 113 .donotuse
4995 02 Oct 18 nicklas 114 {
4995 02 Oct 18 nicklas 115   color: #E80000;
4995 02 Oct 18 nicklas 116 }
3158 04 Mar 15 nicklas 117 </style>
3158 04 Mar 15 nicklas 118 </base:head>
3158 04 Mar 15 nicklas 119 <base:body>
3158 04 Mar 15 nicklas 120
3158 04 Mar 15 nicklas 121   <p:path><p:pathelement 
3158 04 Mar 15 nicklas 122     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
3158 04 Mar 15 nicklas 123     /><p:pathelement title="Flagged RNA wizard" 
3158 04 Mar 15 nicklas 124     /></p:path>
3158 04 Mar 15 nicklas 125
3158 04 Mar 15 nicklas 126   <div class="content">
3158 04 Mar 15 nicklas 127
3158 04 Mar 15 nicklas 128   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
3158 04 Mar 15 nicklas 129   
6720 03 May 22 nicklas 130   <div class="step auto-hide absolutefull" id="step-1" style="position: absolute; margin-bottom: 0;">
3158 04 Mar 15 nicklas 131     <div class="step-no">1</div>
6720 03 May 22 nicklas 132     <div class="step-title absolutefull" style="height: 1.8em;">Select flagged RNA items (found <span id="num-matching">?</span>)</div>
6720 03 May 22 nicklas 133     <div class="step-content absolutefull" style="top: 1.8em; border-bottom-width: 0;">
3158 04 Mar 15 nicklas 134   
6720 03 May 22 nicklas 135       <tbl:toolbar subclass="bg-filled-100" style="position: sticky; top: 0; height: 1.8em;">
3158 04 Mar 15 nicklas 136         <tbl:button 
3162 04 Mar 15 nicklas 137           id="btnReExtractSpecimen"
3158 04 Mar 15 nicklas 138           image="<%=home + "/images/partition.png"%>"
3158 04 Mar 15 nicklas 139           title="Re-extract from specimen&hellip;"
3158 04 Mar 15 nicklas 140         />
3161 04 Mar 15 nicklas 141         <tbl:button 
4086 07 Sep 16 nicklas 142           id="btnReExtractLysate"
4086 07 Sep 16 nicklas 143           image="<%=home + "/images/extraction.png"%>"
4086 07 Sep 16 nicklas 144           title="Re-extract from lysate&hellip;"
4086 07 Sep 16 nicklas 145         />
4086 07 Sep 16 nicklas 146         <tbl:button 
3162 04 Mar 15 nicklas 147           id="btnFlagSpecimen"
3162 04 Mar 15 nicklas 148           image="<%=home + "/images/flag.png"%>"
3162 04 Mar 15 nicklas 149           title="Flag specimen&hellip;"
3162 04 Mar 15 nicklas 150         />
3162 04 Mar 15 nicklas 151         <tbl:button 
3164 04 Mar 15 nicklas 152           id="btnReProcessRna"
3164 04 Mar 15 nicklas 153           image="<%=home + "/images/pipette.png"%>"
3164 04 Mar 15 nicklas 154           title="Re-process to libraries&hellip;"
3164 04 Mar 15 nicklas 155         />
3164 04 Mar 15 nicklas 156         <tbl:button 
3162 04 Mar 15 nicklas 157           id="btnUnflagRna"
3161 04 Mar 15 nicklas 158           image="<%=home + "/images/unflag.png"%>"
3162 04 Mar 15 nicklas 159           title="Unflag RNA&hellip;"
3161 04 Mar 15 nicklas 160         />
3165 05 Mar 15 nicklas 161         <tbl:button 
3165 05 Mar 15 nicklas 162           id="btnNewBioMaterialList"
3165 05 Mar 15 nicklas 163           image="<%=home + "/images/new.png"%>"
3165 05 Mar 15 nicklas 164           title="Create biomaterial list&hellip;"
3165 05 Mar 15 nicklas 165         />
3195 19 Mar 15 nicklas 166         <tbl:button
3195 19 Mar 15 nicklas 167           image="help.png"
3195 19 Mar 15 nicklas 168           subclass="auto-init"
3195 19 Mar 15 nicklas 169           data-auto-init="help"
3195 19 Mar 15 nicklas 170           data-help-id="net.sf.basedb.reggie.flaggedrna"
3195 19 Mar 15 nicklas 171           title="Help&hellip;"
3195 19 Mar 15 nicklas 172           tooltip="Get help about this page"
3195 19 Mar 15 nicklas 173         />
3158 04 Mar 15 nicklas 174       </tbl:toolbar>
3158 04 Mar 15 nicklas 175
3158 04 Mar 15 nicklas 176       <table id="rnaTable">
3158 04 Mar 15 nicklas 177       <thead class="bg-filled-100">
3158 04 Mar 15 nicklas 178         <tr>
4995 02 Oct 18 nicklas 179           <th colspan="2"></th>
6720 03 May 22 nicklas 180           <th class="dottedleft" colspan="6">RNA</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 181           <th class="dottedleft" colspan="2">Lysate</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 182           <th class="dottedleft" colspan="2">Specimen</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 183           <th class="dottedleft">Library</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 184           <th class="dottedleft">Raw data</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 185         </tr>
3158 04 Mar 15 nicklas 186     
3158 04 Mar 15 nicklas 187         <tr>
4995 02 Oct 18 nicklas 188           <th colspan="2"></th>
3158 04 Mar 15 nicklas 189           <th class="dottedleft">Name</th>
6720 03 May 22 nicklas 190           <th>Label</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 191           <th class="flag">Flag</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 192           <th>Original</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 193           <th>Remain</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 194           <th>RQS/RIN</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 195           <th class="dottedleft">Remain</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 196           <th>Used quantity</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 197           <th class="dottedleft">Remain</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 198           <th>Registered</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 199           <th class="dottedleft">Exists</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 200           <th class="dottedleft">Exists</th>
3158 04 Mar 15 nicklas 201         </tr>
3182 18 Mar 15 nicklas 202         
3182 18 Mar 15 nicklas 203         <tr>
4995 02 Oct 18 nicklas 204           <td colspan="2"></td>
3182 18 Mar 15 nicklas 205           <td class="dottedleft"></td>
3182 18 Mar 15 nicklas 206           <td></td>
6720 03 May 22 nicklas 207           <td></td>
3182 18 Mar 15 nicklas 208           <td>(µg)</td>
3182 18 Mar 15 nicklas 209           <td>(µg)</td>
3182 18 Mar 15 nicklas 210           <td></td>
3182 18 Mar 15 nicklas 211           <td class="dottedleft">(µg)</td>
3182 18 Mar 15 nicklas 212           <td>(mg)</td>
3182 18 Mar 15 nicklas 213           <td class="dottedleft">(mg)</td>
3182 18 Mar 15 nicklas 214           <td></td>
3182 18 Mar 15 nicklas 215           <td class="dottedleft"></td>
6116 05 Feb 21 nicklas 216           <td class="dottedleft" style="font-size:75%; white-space:nowrap;" 
6116 05 Feb 21 nicklas 217             title="StringTie / Cufflinks / VariantCall">S.Tie/Cuff./V.Call</td>
3182 18 Mar 15 nicklas 218         </tr>
3158 04 Mar 15 nicklas 219     
3158 04 Mar 15 nicklas 220         <tr>
3158 04 Mar 15 nicklas 221           <th><base:icon image="check_uncheck.png" id="check_uncheck" style="margin-right: 22px;" /></th>
4995 02 Oct 18 nicklas 222           <th></th>
3158 04 Mar 15 nicklas 223           <th class="dottedleft"></th>
6720 03 May 22 nicklas 224           <th>
6720 03 May 22 nicklas 225             <select name="labelFilter" id="labelFilter">
6720 03 May 22 nicklas 226               <option>
6720 03 May 22 nicklas 227               <option value="1">yes
6720 03 May 22 nicklas 228               <option value="0">no
6720 03 May 22 nicklas 229             </select>
6720 03 May 22 nicklas 230           </th>
3158 04 Mar 15 nicklas 231           <th><select name="flagFilter" id="flagFilter"><option></select></th>
3158 04 Mar 15 nicklas 232           <th><input type="text" name="rnaOriginalFilter" id="rnaOriginalFilter"></th>
3158 04 Mar 15 nicklas 233           <th><input type="text" name="rnaRemainFilter" id="rnaRemainFilter"></th>
3158 04 Mar 15 nicklas 234           <th><input type="text" name="rqsRinFilter" id="rqsRinFilter"></th>
3158 04 Mar 15 nicklas 235           <th class="dottedleft"><input type="text" name="lysateRemainFilter" id="lysateRemainFilter"></th>
3158 04 Mar 15 nicklas 236           <th><input type="text" name="lysateUsedQuantityFilter" id="lysateUsedQuantityFilter"></th>
3158 04 Mar 15 nicklas 237           <th class="dottedleft"><input type="text" name="specimenRemainFilter" id="specimenRemainFilter"></th>
3158 04 Mar 15 nicklas 238           <th></th>
3158 04 Mar 15 nicklas 239           <th class="dottedleft">
3158 04 Mar 15 nicklas 240             <select name="libExistsFilter" id="libExistsFilter">
3158 04 Mar 15 nicklas 241               <option>
3158 04 Mar 15 nicklas 242               <option value="&gt;1">yes
3158 04 Mar 15 nicklas 243               <option value="0">no
3158 04 Mar 15 nicklas 244             </select>
3158 04 Mar 15 nicklas 245           </th>
3158 04 Mar 15 nicklas 246           <th class="dottedleft">
3158 04 Mar 15 nicklas 247             <select name="rawDataExistsFilter" id="rawDataExistsFilter">
3158 04 Mar 15 nicklas 248               <option>
3158 04 Mar 15 nicklas 249               <option value="&gt;1">yes
3158 04 Mar 15 nicklas 250               <option value="0">no
3158 04 Mar 15 nicklas 251             </select>
3158 04 Mar 15 nicklas 252           </th>
3158 04 Mar 15 nicklas 253         </tr>
3158 04 Mar 15 nicklas 254       </thead>
3158 04 Mar 15 nicklas 255       <tbody id="rna-list">
3158 04 Mar 15 nicklas 256       </tbody>
3158 04 Mar 15 nicklas 257       </table>
3158 04 Mar 15 nicklas 258     </div>
3158 04 Mar 15 nicklas 259   </div>
3158 04 Mar 15 nicklas 260   
3158 04 Mar 15 nicklas 261   <div id="wizard-status"></div>
3158 04 Mar 15 nicklas 262
3158 04 Mar 15 nicklas 263   <table class="navigation" id="navigation">
3158 04 Mar 15 nicklas 264   <tr>
3158 04 Mar 15 nicklas 265     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
3158 04 Mar 15 nicklas 266     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
3158 04 Mar 15 nicklas 267     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
3158 04 Mar 15 nicklas 268     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
3158 04 Mar 15 nicklas 269     <td id="gonext-message" class="message"></td>
3158 04 Mar 15 nicklas 270   </tr>
3158 04 Mar 15 nicklas 271   </table>
3158 04 Mar 15 nicklas 272   
3158 04 Mar 15 nicklas 273   </form>
3158 04 Mar 15 nicklas 274   </div>
3158 04 Mar 15 nicklas 275   
3158 04 Mar 15 nicklas 276 </base:body>
3158 04 Mar 15 nicklas 277 </base:page>
3158 04 Mar 15 nicklas 278 <%
3158 04 Mar 15 nicklas 279 }
3158 04 Mar 15 nicklas 280 finally
3158 04 Mar 15 nicklas 281 {
3158 04 Mar 15 nicklas 282   if (dc != null) dc.close();
3158 04 Mar 15 nicklas 283 }
3158 04 Mar 15 nicklas 284 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:43 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)