extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1282 25 Jan 11 nicklas 1 <%@ page
1282 25 Jan 11 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
1282 25 Jan 11 nicklas 3   session="false"
1282 25 Jan 11 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.Application"
1282 25 Jan 11 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.User"
1284 08 Feb 11 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.Role"
1284 08 Feb 11 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Group"
1282 25 Jan 11 nicklas 8   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1372 23 May 11 martin 9   import="net.sf.basedb.core.Item"
1372 23 May 11 martin 10   import="net.sf.basedb.core.Permission"
1282 25 Jan 11 nicklas 11   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1284 08 Feb 11 nicklas 12   import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
1284 08 Feb 11 nicklas 13   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1284 08 Feb 11 nicklas 14   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
1284 08 Feb 11 nicklas 15   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
1284 08 Feb 11 nicklas 16   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
1282 25 Jan 11 nicklas 17   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1282 25 Jan 11 nicklas 18   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
1517 20 Jan 12 nicklas 19   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
1282 25 Jan 11 nicklas 20   import="net.sf.basedb.util.Values"
1284 08 Feb 11 nicklas 21   import="java.util.List"
1282 25 Jan 11 nicklas 22 %>
1282 25 Jan 11 nicklas 23 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1282 25 Jan 11 nicklas 24 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
1282 25 Jan 11 nicklas 25 <%
3976 26 May 16 nicklas 26 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
3976 26 May 16 nicklas 27
1282 25 Jan 11 nicklas 28 final String ID = sc.getId();
1282 25 Jan 11 nicklas 29 final float scale = Base.getScale(sc);
1517 20 Jan 12 nicklas 30 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
5404 08 May 19 nicklas 31 final String servletHome = ExtensionsControl.getServletUrl("net.sf.basedb.reggie", "Session");
1282 25 Jan 11 nicklas 32 DbControl dc = null;
1282 25 Jan 11 nicklas 33 try
1282 25 Jan 11 nicklas 34 {
1282 25 Jan 11 nicklas 35   dc = sc.newDbControl();
1282 25 Jan 11 nicklas 36   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
5375 18 Apr 19 nicklas 37   final String lastWizardGroup = Values.getString(sc.getUserClientSetting("reggie.lastWizardGroup"), "sample-processing-section");
1635 03 May 12 nicklas 38   
1635 03 May 12 nicklas 39   boolean isAdmin = user.getId() == SystemItems.getId(User.ROOT);
1284 08 Feb 11 nicklas 40   boolean isPatientCurator = false;
1635 03 May 12 nicklas 41   if (!isAdmin)
1284 08 Feb 11 nicklas 42   {
1635 03 May 12 nicklas 43     try
1635 03 May 12 nicklas 44     {
1635 03 May 12 nicklas 45       Role admin = Role.getById(dc, SystemItems.getId(Role.ADMINISTRATOR));
6516 07 Dec 21 nicklas 46       isAdmin = sc.isMemberOf(admin) && !sc.isRoleInactive(admin.getId());
1635 03 May 12 nicklas 47     }
1635 03 May 12 nicklas 48     catch (RuntimeException ex)
1635 03 May 12 nicklas 49     {}
1284 08 Feb 11 nicklas 50   }
1284 08 Feb 11 nicklas 51   try
1284 08 Feb 11 nicklas 52   {
1284 08 Feb 11 nicklas 53     ItemQuery<Group> query = Group.getQuery();
1284 08 Feb 11 nicklas 54     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("name"), Expressions.string("PatientCurator")));
1284 08 Feb 11 nicklas 55     List<Group> result = query.list(dc);
1284 08 Feb 11 nicklas 56     if (result.size() == 1)
1284 08 Feb 11 nicklas 57     {
1284 08 Feb 11 nicklas 58       isPatientCurator = sc.isMemberOf(result.get(0));
1284 08 Feb 11 nicklas 59     }
1284 08 Feb 11 nicklas 60   }
1284 08 Feb 11 nicklas 61   catch (RuntimeException ex)
1284 08 Feb 11 nicklas 62   {}
1282 25 Jan 11 nicklas 63 %>
1282 25 Jan 11 nicklas 64 <base:page type="default" >
2620 01 Sep 14 nicklas 65 <base:head styles="path.css,~css/reggie-2.css" scripts="~index.js,~reggie-2.js">
1333 05 Apr 11 nicklas 66 <style>
1538 21 Feb 12 nicklas 67 dl
1538 21 Feb 12 nicklas 68 {
1538 21 Feb 12 nicklas 69   margin-top: 0px;
2970 24 Nov 14 nicklas 70   margin-bottom: 1em;
1538 21 Feb 12 nicklas 71   padding: 3px;
1538 21 Feb 12 nicklas 72 }
1628 27 Apr 12 nicklas 73 dt
1628 27 Apr 12 nicklas 74 {
1628 27 Apr 12 nicklas 75   margin-top: 0.5em;
1628 27 Apr 12 nicklas 76   margin-left: 0.5em;
1628 27 Apr 12 nicklas 77 }
1333 05 Apr 11 nicklas 78 dd
1333 05 Apr 11 nicklas 79 {
1628 27 Apr 12 nicklas 80   margin-left: 0.5em;
1628 27 Apr 12 nicklas 81   margin-bottom: 0.5em;
1821 06 Feb 13 nicklas 82   padding-left: 3em;
1333 05 Apr 11 nicklas 83 }
1661 22 May 12 nicklas 84 ul
1661 22 May 12 nicklas 85 {
1661 22 May 12 nicklas 86   margin-top: 0px;
1661 22 May 12 nicklas 87   margin-bottom: 0px;
1821 06 Feb 13 nicklas 88   margin-left: 0em;
1821 06 Feb 13 nicklas 89   padding-left: 0em;
1661 22 May 12 nicklas 90 }
1821 06 Feb 13 nicklas 91 li
1821 06 Feb 13 nicklas 92 {
1821 06 Feb 13 nicklas 93   margin-left: 0em;
1821 06 Feb 13 nicklas 94 }
7387 31 Oct 23 nicklas 95 li > ul > li
7387 31 Oct 23 nicklas 96 {
7387 31 Oct 23 nicklas 97   margin-left: 2em;
7387 31 Oct 23 nicklas 98 }
7387 31 Oct 23 nicklas 99
1538 21 Feb 12 nicklas 100 img
1538 21 Feb 12 nicklas 101 {
1538 21 Feb 12 nicklas 102   vertical-align: text-bottom;
1538 21 Feb 12 nicklas 103 }
2970 24 Nov 14 nicklas 104 .default h3
1538 21 Feb 12 nicklas 105 {
1538 21 Feb 12 nicklas 106   color: #333377;
3026 11 Dec 14 nicklas 107   background-color: #E8E8E8;
1538 21 Feb 12 nicklas 108   font-weight: bold;
2801 13 Oct 14 nicklas 109   margin: 0;
5376 23 Apr 19 nicklas 110   padding: 3px 6px 3px 6px;
3026 11 Dec 14 nicklas 111   border-width: 1px;
5376 23 Apr 19 nicklas 112   font-size: 1.1em;
1538 21 Feb 12 nicklas 113 }
2240 21 Feb 14 nicklas 114 .not-implemented
1920 10 Apr 13 nicklas 115 {
1920 10 Apr 13 nicklas 116   filter: url(css/filters.svg#grayscale); /* Firfox, etc */
1920 10 Apr 13 nicklas 117   filter: gray; /* IE */
1920 10 Apr 13 nicklas 118   opacity: 0.75;
1920 10 Apr 13 nicklas 119   pointer-events: none;
1920 10 Apr 13 nicklas 120 }
1920 10 Apr 13 nicklas 121
2240 21 Feb 14 nicklas 122 .not-implemented:after
1920 10 Apr 13 nicklas 123 {
1920 10 Apr 13 nicklas 124   content: ' -- coming soon';
1920 10 Apr 13 nicklas 125 }
2904 06 Nov 14 nicklas 126
3052 18 Dec 14 nicklas 127 span.counter
1983 21 May 13 nicklas 128 {
2904 06 Nov 14 nicklas 129   color: #666666;
1983 21 May 13 nicklas 130   font-style: italic;
1983 21 May 13 nicklas 131 }
2157 05 Dec 13 nicklas 132
3052 18 Dec 14 nicklas 133 span.counter.done:before
2904 06 Nov 14 nicklas 134 {
2904 06 Nov 14 nicklas 135   content: '(';
2904 06 Nov 14 nicklas 136   padding-right: 1px;
2904 06 Nov 14 nicklas 137 }
2904 06 Nov 14 nicklas 138
3052 18 Dec 14 nicklas 139 span.counter + .counter.done:before
2904 06 Nov 14 nicklas 140 {
2904 06 Nov 14 nicklas 141   content: '+';
2904 06 Nov 14 nicklas 142   padding-left: 2px;
2904 06 Nov 14 nicklas 143   padding-right: 2px;
2904 06 Nov 14 nicklas 144 }
2904 06 Nov 14 nicklas 145
6671 07 Apr 22 nicklas 146 span.counter.merge + .counter.done:before
6671 07 Apr 22 nicklas 147 {
6671 07 Apr 22 nicklas 148   content: '/';
6671 07 Apr 22 nicklas 149   padding-right: 0;
6671 07 Apr 22 nicklas 150 }
6671 07 Apr 22 nicklas 151
3052 18 Dec 14 nicklas 152 span.counter.done:not(.more):after
2904 06 Nov 14 nicklas 153 {
2904 06 Nov 14 nicklas 154   content: ')';
2904 06 Nov 14 nicklas 155   padding-left: 1px;
2904 06 Nov 14 nicklas 156 }
2904 06 Nov 14 nicklas 157
4624 17 Nov 17 nicklas 158 span.info-warning
4624 17 Nov 17 nicklas 159 {
4624 17 Nov 17 nicklas 160   display: none;
4624 17 Nov 17 nicklas 161   color: #666666;
4624 17 Nov 17 nicklas 162   font-style: italic;
4624 17 Nov 17 nicklas 163   background-image: url('images/warning_small.png');
4624 17 Nov 17 nicklas 164   background-repeat: no-repeat;
4624 17 Nov 17 nicklas 165   background-position: 0 50%;
4624 17 Nov 17 nicklas 166   padding-left: 16px;
4624 17 Nov 17 nicklas 167   margin-left: 0.5em;
4624 17 Nov 17 nicklas 168 }
4624 17 Nov 17 nicklas 169
2157 05 Dec 13 nicklas 170 .require-permission
2157 05 Dec 13 nicklas 171 {
2157 05 Dec 13 nicklas 172   color: #999999;
2157 05 Dec 13 nicklas 173   font-style: italic;
2157 05 Dec 13 nicklas 174 }
2157 05 Dec 13 nicklas 175
2801 13 Oct 14 nicklas 176 .snake-quote
2801 13 Oct 14 nicklas 177 {
2844 21 Oct 14 nicklas 178   width: 32em;
2801 13 Oct 14 nicklas 179 }
2801 13 Oct 14 nicklas 180
2801 13 Oct 14 nicklas 181 .snake-quote-source
2801 13 Oct 14 nicklas 182 {
2801 13 Oct 14 nicklas 183   margin-top: 0.5em;
2801 13 Oct 14 nicklas 184   float: right;
2801 13 Oct 14 nicklas 185   font-style: italic;
2801 13 Oct 14 nicklas 186 }
2801 13 Oct 14 nicklas 187
2801 13 Oct 14 nicklas 188 .snake-quote .notify-message
2801 13 Oct 14 nicklas 189 {
2801 13 Oct 14 nicklas 190   margin: 0;
2801 13 Oct 14 nicklas 191 }
2801 13 Oct 14 nicklas 192
2801 13 Oct 14 nicklas 193 .snake-quote .notify-message:before
2801 13 Oct 14 nicklas 194 {
2801 13 Oct 14 nicklas 195   margin: 0;
2801 13 Oct 14 nicklas 196   content: '';
2801 13 Oct 14 nicklas 197 }
2801 13 Oct 14 nicklas 198
3052 18 Dec 14 nicklas 199 #summary-stats
3052 18 Dec 14 nicklas 200 {
3052 18 Dec 14 nicklas 201   font-variant: small-caps;
3052 18 Dec 14 nicklas 202   font-size: 125%;
5378 23 Apr 19 nicklas 203   white-space: nowrap;
5378 23 Apr 19 nicklas 204   overflow: hidden;
3052 18 Dec 14 nicklas 205 }
3052 18 Dec 14 nicklas 206
5376 23 Apr 19 nicklas 207 #activity-log
5376 23 Apr 19 nicklas 208 {
5376 23 Apr 19 nicklas 209   
5376 23 Apr 19 nicklas 210 }
3127 10 Feb 15 nicklas 211
5376 23 Apr 19 nicklas 212 #activity-log .activity-day
5376 23 Apr 19 nicklas 213 {
5376 23 Apr 19 nicklas 214   font-size: 1.1em;
5376 23 Apr 19 nicklas 215   font-weight: bold;
5376 23 Apr 19 nicklas 216   margin-top: 0.5em;
5376 23 Apr 19 nicklas 217 }
5376 23 Apr 19 nicklas 218
5376 23 Apr 19 nicklas 219 #activity-log .activity
5376 23 Apr 19 nicklas 220 {
5376 23 Apr 19 nicklas 221   white-space: nowrap;
5376 23 Apr 19 nicklas 222   overflow: hidden;
5376 23 Apr 19 nicklas 223   padding: 0.15em 0;
5376 23 Apr 19 nicklas 224 }
5376 23 Apr 19 nicklas 225
5388 26 Apr 19 nicklas 226 #activity-log .activity.nothing-yet
5388 26 Apr 19 nicklas 227 {
5388 26 Apr 19 nicklas 228   font-style: italic;
5388 26 Apr 19 nicklas 229 }
5388 26 Apr 19 nicklas 230
5761 28 Nov 19 nicklas 231
5761 28 Nov 19 nicklas 232 #activity-log .activity.quote-of-the-day
5761 28 Nov 19 nicklas 233 {
5761 28 Nov 19 nicklas 234   font-style: italic;
5761 28 Nov 19 nicklas 235   white-space: normal;
5761 28 Nov 19 nicklas 236   text-align: center;
5761 28 Nov 19 nicklas 237   margin: 1em 1em 0.5em 0;
5761 28 Nov 19 nicklas 238   border-top-width: 1px;
5761 28 Nov 19 nicklas 239   border-top-style: dotted;
5761 28 Nov 19 nicklas 240   padding-top: 0.5em;
5761 28 Nov 19 nicklas 241 }
5761 28 Nov 19 nicklas 242
5761 28 Nov 19 nicklas 243 #activity-log .activity-author
5761 28 Nov 19 nicklas 244 {
5761 28 Nov 19 nicklas 245   white-space: nowrap;
5761 28 Nov 19 nicklas 246 }
5761 28 Nov 19 nicklas 247
5761 28 Nov 19 nicklas 248 #activity-log .activity-author:before
5761 28 Nov 19 nicklas 249 {
5761 28 Nov 19 nicklas 250   content: '–';
5761 28 Nov 19 nicklas 251   padding-left: 0.5em;
5761 28 Nov 19 nicklas 252   padding-right: 0.25em;
5761 28 Nov 19 nicklas 253 }
5761 28 Nov 19 nicklas 254
5761 28 Nov 19 nicklas 255 #activity-log .quote-of-the-day .activity-link
5761 28 Nov 19 nicklas 256 {
5761 28 Nov 19 nicklas 257   text-align: right;
5761 28 Nov 19 nicklas 258   border-top-width: 1px;
5761 28 Nov 19 nicklas 259   border-top-style: dotted;
5761 28 Nov 19 nicklas 260   margin-top: 0.5em;
5761 28 Nov 19 nicklas 261 }
5761 28 Nov 19 nicklas 262
5376 23 Apr 19 nicklas 263 #activity-log .activity-time
5376 23 Apr 19 nicklas 264 {
5376 23 Apr 19 nicklas 265   margin-right: 0.5em;
5376 23 Apr 19 nicklas 266   color: #666666;
5376 23 Apr 19 nicklas 267 }
5761 28 Nov 19 nicklas 268
5761 28 Nov 19 nicklas 269 #activity-log .quote-of-the-day .activity-time
5761 28 Nov 19 nicklas 270 {
5761 28 Nov 19 nicklas 271   display: none;
5761 28 Nov 19 nicklas 272 }
5761 28 Nov 19 nicklas 273
5404 08 May 19 nicklas 274 #activity-log-rss
5404 08 May 19 nicklas 275 {
5404 08 May 19 nicklas 276   float: right;
5404 08 May 19 nicklas 277   margin-right: 1em;
5404 08 May 19 nicklas 278 }
4691 13 Mar 18 nicklas 279 #counter-age-control
3124 09 Feb 15 nicklas 280 {
3127 10 Feb 15 nicklas 281   position: absolute;
3127 10 Feb 15 nicklas 282   bottom: 2px;
3127 10 Feb 15 nicklas 283   right: 1rem;
3127 10 Feb 15 nicklas 284   font-size: 90%;
3124 09 Feb 15 nicklas 285 }
3124 09 Feb 15 nicklas 286
4691 13 Mar 18 nicklas 287 #counter-refresh, #counter-loading
3124 09 Feb 15 nicklas 288 {
3127 10 Feb 15 nicklas 289   padding-left: 3px;
4691 13 Mar 18 nicklas 290   vertical-align: -2px;
3124 09 Feb 15 nicklas 291 }
3124 09 Feb 15 nicklas 292
3052 18 Dec 14 nicklas 293 div.counter
3052 18 Dec 14 nicklas 294 {
3052 18 Dec 14 nicklas 295   display: inline-block;
3052 18 Dec 14 nicklas 296   min-width: 4em;
3052 18 Dec 14 nicklas 297   text-align: right;
3052 18 Dec 14 nicklas 298   padding-right: 0.25em;
3052 18 Dec 14 nicklas 299   font-size: 120%;
3052 18 Dec 14 nicklas 300   font-weight: bold;
3052 18 Dec 14 nicklas 301 }
3052 18 Dec 14 nicklas 302
6684 20 Apr 22 nicklas 303 .high-alert
4544 28 Jun 17 nicklas 304 {
4544 28 Jun 17 nicklas 305   background-color: #ffff00;
4546 29 Jun 17 nicklas 306   font-weight: bold;
4544 28 Jun 17 nicklas 307   padding: 2px 0.5em;
4544 28 Jun 17 nicklas 308   margin-bottom: 0.25em;
4544 28 Jun 17 nicklas 309   margin-left: 0.5em;
4544 28 Jun 17 nicklas 310   border-width: 2px;
4544 28 Jun 17 nicklas 311   border-radius: 5px;
4544 28 Jun 17 nicklas 312 }
4544 28 Jun 17 nicklas 313
4544 28 Jun 17 nicklas 314 #more-boxes-are-needed::before
4544 28 Jun 17 nicklas 315 {
4544 28 Jun 17 nicklas 316   content: url('images/warning.png');
4544 28 Jun 17 nicklas 317   vertical-align: top;
4544 28 Jun 17 nicklas 318   margin-right: 0.25em;
4544 28 Jun 17 nicklas 319 }
5374 18 Apr 19 nicklas 320
5374 18 Apr 19 nicklas 321 div.group-menu
5374 18 Apr 19 nicklas 322 {
5376 23 Apr 19 nicklas 323   background-color: #F8F8F8;
5374 18 Apr 19 nicklas 324   padding: 0.5em 10px 0.5em 1em;
5374 18 Apr 19 nicklas 325   border-width: 1px;
5374 18 Apr 19 nicklas 326   margin-bottom: 1em;
5374 18 Apr 19 nicklas 327   border-radius: 6px;
5374 18 Apr 19 nicklas 328 }
5374 18 Apr 19 nicklas 329
5374 18 Apr 19 nicklas 330 div.group-menu:hover
5374 18 Apr 19 nicklas 331 {
5374 18 Apr 19 nicklas 332   text-decoration: none;
5374 18 Apr 19 nicklas 333   border-right-width: 10px;
5374 18 Apr 19 nicklas 334   padding-right: 0;
5374 18 Apr 19 nicklas 335 }
5374 18 Apr 19 nicklas 336
5374 18 Apr 19 nicklas 337 div.group-menu .group-title
5374 18 Apr 19 nicklas 338 {
5374 18 Apr 19 nicklas 339   font-weight: bold;
5374 18 Apr 19 nicklas 340   font-size: 125%;
5374 18 Apr 19 nicklas 341   color: #333377;
5374 18 Apr 19 nicklas 342   margin-bottom: 0.25em;
5374 18 Apr 19 nicklas 343 }
5374 18 Apr 19 nicklas 344 div.group-menu .group-examples span
5374 18 Apr 19 nicklas 345 {
5374 18 Apr 19 nicklas 346   color: #666666;
5374 18 Apr 19 nicklas 347   font-style: italic;
5374 18 Apr 19 nicklas 348   white-space: nowrap;
5374 18 Apr 19 nicklas 349 }
5374 18 Apr 19 nicklas 350
5374 18 Apr 19 nicklas 351 div.group-menu .group-examples span:before
5374 18 Apr 19 nicklas 352 {
5374 18 Apr 19 nicklas 353   content: '•';
5374 18 Apr 19 nicklas 354   padding-right: 0.25em;
5374 18 Apr 19 nicklas 355 }
5374 18 Apr 19 nicklas 356
5374 18 Apr 19 nicklas 357 #wizard[data-wizard-group="sample-processing-section"] .group-menu[data-wizard-group="sample-processing-section"],
5374 18 Apr 19 nicklas 358 #wizard[data-wizard-group="rna-libprep-section"] .group-menu[data-wizard-group="rna-libprep-section"],
6436 07 Oct 21 nicklas 359 #wizard[data-wizard-group="rnaseq-analysis-section"] .group-menu[data-wizard-group="rnaseq-analysis-section"],
7082 28 Mar 23 nicklas 360 #wizard[data-wizard-group="dnaseq-analysis-section"] .group-menu[data-wizard-group="dnaseq-analysis-section"],
5389 29 Apr 19 nicklas 361 #wizard[data-wizard-group="mips-libprep-section"] .group-menu[data-wizard-group="mips-libprep-section"],
5374 18 Apr 19 nicklas 362 #wizard[data-wizard-group="personal-information-section"] .group-menu[data-wizard-group="personal-information-section"],
5374 18 Apr 19 nicklas 363 #wizard[data-wizard-group="statistics-section"] .group-menu[data-wizard-group="statistics-section"],
6867 15 Nov 22 nicklas 364 #wizard[data-wizard-group="administration-section"] .group-menu[data-wizard-group="administration-section"],
6867 15 Nov 22 nicklas 365 #wizard[data-wizard-group="misc-analysis-section"] .group-menu[data-wizard-group="misc-analysis-section"]
5374 18 Apr 19 nicklas 366 {
5374 18 Apr 19 nicklas 367   background-color: #FFFFF0;
5374 18 Apr 19 nicklas 368   border-right-width: 10px;
5374 18 Apr 19 nicklas 369   border-right-color: #2288AA;
5374 18 Apr 19 nicklas 370   padding-right: 0;
5374 18 Apr 19 nicklas 371 }
5374 18 Apr 19 nicklas 372
5374 18 Apr 19 nicklas 373 .wizard-group
5374 18 Apr 19 nicklas 374 {
5374 18 Apr 19 nicklas 375   display: none;
5374 18 Apr 19 nicklas 376 }
5374 18 Apr 19 nicklas 377
5374 18 Apr 19 nicklas 378 #wizard[data-wizard-group="sample-processing-section"] #sample-processing-section,
5374 18 Apr 19 nicklas 379 #wizard[data-wizard-group="rna-libprep-section"] #rna-libprep-section,
6436 07 Oct 21 nicklas 380 #wizard[data-wizard-group="rnaseq-analysis-section"] #rnaseq-analysis-section,
7082 28 Mar 23 nicklas 381 #wizard[data-wizard-group="dnaseq-analysis-section"] #dnaseq-analysis-section,
5389 29 Apr 19 nicklas 382 #wizard[data-wizard-group="mips-libprep-section"] #mips-libprep-section,
5374 18 Apr 19 nicklas 383 #wizard[data-wizard-group="personal-information-section"] #personal-information-section,
5374 18 Apr 19 nicklas 384 #wizard[data-wizard-group="statistics-section"] #statistics-section,
6867 15 Nov 22 nicklas 385 #wizard[data-wizard-group="administration-section"] #administration-section,
6867 15 Nov 22 nicklas 386 #wizard[data-wizard-group="misc-analysis-section"] #misc-analysis-section
5374 18 Apr 19 nicklas 387 {
5374 18 Apr 19 nicklas 388   display: block;
5374 18 Apr 19 nicklas 389 }
5374 18 Apr 19 nicklas 390
1333 05 Apr 11 nicklas 391 </style>
1282 25 Jan 11 nicklas 392 </base:head>
2369 22 Apr 14 nicklas 393 <base:body>
1282 25 Jan 11 nicklas 394
1538 21 Feb 12 nicklas 395   <p:path><p:pathelement title="Reggie" /></p:path>
1282 25 Jan 11 nicklas 396
1538 21 Feb 12 nicklas 397   <div class="content">
5375 18 Apr 19 nicklas 398     <form name="reggie" id="wizard" class="wizard" data-wizard-group="<%=HTML.encodeTags(lastWizardGroup)%>">
2620 01 Sep 14 nicklas 399     <div id="wizard-status" style="position: absolute; z-index: 99; left: 25%; right: 25%; top: 25%; height: auto; text-align: center;"></div>
5374 18 Apr 19 nicklas 400     <div class="absolutefull" style="width: 30%;">
1538 21 Feb 12 nicklas 401       <div class="absolutefull" style="left: 1em; right: 0.5em; ">
3976 26 May 16 nicklas 402         
5374 18 Apr 19 nicklas 403         <div class="group-menu link" data-wizard-group="sample-processing-section">
5374 18 Apr 19 nicklas 404           <div class="group-title">Sample processing and histology</div>
5374 18 Apr 19 nicklas 405           <div class="group-examples">
5374 18 Apr 19 nicklas 406             <span>Registration</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 407             <span>Partitioning</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 408             <span>Extraction</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 409             <span>Quality control</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 410             <span>Histology scoring</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 411           </div>
3322 11 May 15 nicklas 412         </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 413   
5374 18 Apr 19 nicklas 414         <div class="group-menu link" data-wizard-group="rna-libprep-section">
6436 07 Oct 21 nicklas 415           <div class="group-title">RNA library preparation and sequencing</div>
5374 18 Apr 19 nicklas 416           <div class="group-examples">
5374 18 Apr 19 nicklas 417             <span>Plate design</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 418             <span>Library registration</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 419             <span>Pooling</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 420             <span>Sequencing</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 421           </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 422         </div>
6436 07 Oct 21 nicklas 423
6436 07 Oct 21 nicklas 424         <div class="group-menu link" data-wizard-group="rnaseq-analysis-section">
6436 07 Oct 21 nicklas 425           <div class="group-title">RNA-seq secondary analysis</div>
6436 07 Oct 21 nicklas 426           <div class="group-examples">
6436 07 Oct 21 nicklas 427             <span>Demux</span>
6436 07 Oct 21 nicklas 428             <span>Alignment</span>
6436 07 Oct 21 nicklas 429             <span>Variant calling</span>
6436 07 Oct 21 nicklas 430             <span>Reports</span>
6436 07 Oct 21 nicklas 431           </div>
6436 07 Oct 21 nicklas 432         </div>
6867 15 Nov 22 nicklas 433         
7082 28 Mar 23 nicklas 434         <div class="group-menu link" data-wizard-group="dnaseq-analysis-section">
7082 28 Mar 23 nicklas 435           <div class="group-title">DNA-seq secondary analysis</div>
7082 28 Mar 23 nicklas 436           <div class="group-examples">
7082 28 Mar 23 nicklas 437             <span>Alignment</span>
7082 28 Mar 23 nicklas 438           </div>
7082 28 Mar 23 nicklas 439         </div>
7082 28 Mar 23 nicklas 440         
6867 15 Nov 22 nicklas 441         <div class="group-menu link" data-wizard-group="misc-analysis-section">
6867 15 Nov 22 nicklas 442           <div class="group-title">Other analysis</div>
6867 15 Nov 22 nicklas 443           <div class="group-examples">
6867 15 Nov 22 nicklas 444             <span>Methylation</span>
6867 15 Nov 22 nicklas 445           </div>
6867 15 Nov 22 nicklas 446         </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 447           
6436 07 Oct 21 nicklas 448         <div class="group-menu link" data-wizard-group="mips-libprep-section" style="display: none;">
5389 29 Apr 19 nicklas 449           <div class="group-title">MIPs library preparation and analysis</div>
5374 18 Apr 19 nicklas 450           <div class="group-examples">
5389 29 Apr 19 nicklas 451             <span>Aliquot import</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 452             <span>Plate design</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 453             <span>Library registration</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 454             <span>Pooling</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 455             <span>Sequencing</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 456             <span>Secondary analysis</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 457           </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 458         </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 459         
5374 18 Apr 19 nicklas 460         <div class="group-menu link" data-wizard-group="personal-information-section">
5374 18 Apr 19 nicklas 461           <div class="group-title">Personal information and sample curation</div>
5374 18 Apr 19 nicklas 462           <div class="group-examples">
5374 18 Apr 19 nicklas 463             <span>Referral forms</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 464             <span>Retraction</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 465             <span>INCA</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 466             <span>Flagged items</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 467             <span>Batch updates</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 468             <span>Outtakes</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 469           </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 470         </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 471   
5374 18 Apr 19 nicklas 472         <div class="group-menu link" data-wizard-group="statistics-section">
5374 18 Apr 19 nicklas 473           <div class="group-title">Statistics and reporting</div>
5374 18 Apr 19 nicklas 474           <div class="group-examples">
5374 18 Apr 19 nicklas 475             <span>Sample count tables</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 476             <span>Sample processing plots</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 477             <span>YellowLabel tracking</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 478           </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 479         </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 480         <%
5374 18 Apr 19 nicklas 481         if (isAdmin)
5374 18 Apr 19 nicklas 482         {
5374 18 Apr 19 nicklas 483           %>
5374 18 Apr 19 nicklas 484           <div class="group-menu link" data-wizard-group="administration-section">
5374 18 Apr 19 nicklas 485             <div class="group-title">Server administration</div>
5374 18 Apr 19 nicklas 486             <div class="group-examples">
5374 18 Apr 19 nicklas 487               <span>Installation wizard</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 488               <span>Configuration</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 489               <span>Cleanup</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 490             </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 491           </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 492           <%
5374 18 Apr 19 nicklas 493         }
5374 18 Apr 19 nicklas 494         %>
5374 18 Apr 19 nicklas 495       </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 496     </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 497     
5442 21 May 19 nicklas 498     <div class="absolutefull" style="width: 40%; left: 30%; right: auto;">
5374 18 Apr 19 nicklas 499       <div class="absolutefull" style="left: 0.5em; right: 0.5em;">
3322 11 May 15 nicklas 500       
5374 18 Apr 19 nicklas 501         <div id="sample-processing-section" class="wizard-group">
5374 18 Apr 19 nicklas 502           <h3>Sample processing wizards</h3>
5374 18 Apr 19 nicklas 503           <dl class="leftborder rightborder bottomborder has-lib-prep">
5374 18 Apr 19 nicklas 504   
3322 11 May 15 nicklas 505           <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 506             <base:icon image="<%=home+"/images/specimen.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 507             Specimen tube registration
3322 11 May 15 nicklas 508           </dt>
3322 11 May 15 nicklas 509           <dd>
3322 11 May 15 nicklas 510             <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 511             <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/specimentube.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 512               >Register new specimen tubes</span>.
5374 18 Apr 19 nicklas 513             <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/store-paused.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 514               >Store paused specimen</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 515               <span class="counter" data-counter="paused-specimen-to-store" 
5374 18 Apr 19 nicklas 516                 title="Number of paused specimen that has not yet been stored">∙</span>
3322 11 May 15 nicklas 517             </ul>
3322 11 May 15 nicklas 518           </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 519   
3322 11 May 15 nicklas 520           <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 521             <base:icon image="<%=home+"/images/partition.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 522             <span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/partitionform.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 523               >Partition wizard</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 524           </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 525           <dd>
3322 11 May 15 nicklas 526             <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 527             <li>Register new partitions of existing specimens 
5374 18 Apr 19 nicklas 528               <span class="counter more" data-counter="specimen-for-partition"
5374 18 Apr 19 nicklas 529                 title="Number of unpartitioned specimen">∙</span><span 
5374 18 Apr 19 nicklas 530               class="counter" data-counter="specimen-for-reextraction" 
5374 18 Apr 19 nicklas 531                 title="Number of specimen for re-extration">∙</span>
3322 11 May 15 nicklas 532             </ul>
3322 11 May 15 nicklas 533           </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 534             
3779 10 Mar 16 nicklas 535           <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 536             <base:icon image="<%=home+"/images/extraction.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 537             DNA/RNA extraction wizards
3322 11 May 15 nicklas 538           </dt>
3322 11 May 15 nicklas 539           <dd>
3322 11 May 15 nicklas 540             <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 541             <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/lysate_reextraction.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 542               >Pick lysate for re-extraction</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 543               <span class="counter" data-counter="lysates-to-pick-for-reextraction" 
5374 18 Apr 19 nicklas 544                 title="Number of lysates for re-extraction that must be picked from freezers">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 545             <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/allprep_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 546               >Lab tracking protocol for Allprep isolation</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 547               <span class="counter more" data-counter="lysates-for-allprep" 
5374 18 Apr 19 nicklas 548                 title="Number of unprocessed lysates">∙</span><span
5374 18 Apr 19 nicklas 549               class="counter" data-counter="lysates-picked-for-rextraction"
5374 18 Apr 19 nicklas 550                 title="Number of lysates for re-extraction that has been picked from freezers">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 551   
5374 18 Apr 19 nicklas 552             <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/extraction_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 553               >DNA/RNA/FlowThrough registration</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 554               <span class="counter more" data-counter="lysates-for-allprep" 
5374 18 Apr 19 nicklas 555                 title="Number of unprocessed lysates">∙</span><span
5374 18 Apr 19 nicklas 556               class="counter" data-counter="lysates-picked-for-rextraction"
5374 18 Apr 19 nicklas 557                 title="Number of lysates for re-extraction that has been picked from freezers">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 558                 
5374 18 Apr 19 nicklas 559             <li>Normalization 
5374 18 Apr 19 nicklas 560               <span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/rna_normalization.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 561               >RNA</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 562               <span class="counter" data-counter="rna-to-normalize" title="Number of RNA not yet normalized">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 563               <span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/dna_normalization.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 564               >DNA</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 565               <span class="counter" data-counter="dna-to-normalize" title="Number of DNA not yet normalized">∙</span>
3322 11 May 15 nicklas 566               
3322 11 May 15 nicklas 567             </ul>
3322 11 May 15 nicklas 568           </dd>
3322 11 May 15 nicklas 569           <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 570             <base:icon image="<%=home+"/images/rnaqc.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 571             RNA quality control wizards
4014 06 Jul 16 olle 572           </dt>
4014 06 Jul 16 olle 573           <dd>
4014 06 Jul 16 olle 574             <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 575             <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/rnaqc_aliquot.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 576               >Create aliquots on Bioanalyzer/Caliper plates</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 577               <span class="counter" data-counter="rna-without-rnaqc" 
5374 18 Apr 19 nicklas 578                 title="Number of RNA waiting for QC">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 579             
5374 18 Apr 19 nicklas 580             <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/rnaqc_plate_export.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 581               >Export Caliper sample names and run parameters</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 582               <span class="counter" data-counter="caliper-rnaqc-waiting" 
5374 18 Apr 19 nicklas 583                 title="Number of active Caliper plates">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 584             
5374 18 Apr 19 nicklas 585             <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/rnaqc_plate_import.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 586               >Import RQS scores from Caliper well table file</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 587               <span class="counter" data-counter="caliper-rnaqc-waiting"
5374 18 Apr 19 nicklas 588                 title="Number of active Caliper plates">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 589                 
5374 18 Apr 19 nicklas 590             <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/rnaqc_baprotocol.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 591               >Lab protocol for BioAnalyzer plates</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 592               <span class="counter" data-counter="bioanalyzer-rnaqc-waiting" 
5374 18 Apr 19 nicklas 593                 title="Number of active BioAnalyzer plates">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 594                 
5374 18 Apr 19 nicklas 595             <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/rnaqc_bioanalyzer.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 596               >Register RIN scores for BioAnalyzer plates</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 597               <span class="counter" data-counter="bioanalyzer-rnaqc-waiting" 
5374 18 Apr 19 nicklas 598                 title="Number of active BioAnalyzer plates">∙</span>
4014 06 Jul 16 olle 599             </ul>
4014 06 Jul 16 olle 600           </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 601           <dt style="margin-bottom: 0.5em;">
5374 18 Apr 19 nicklas 602             <base:icon image="<%=home+"/images/box.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 603             <span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/storage-box.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 604               >Storage box creation wizard</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 605               <span class="counter more" data-counter="empty-storage-boxes" 
5374 18 Apr 19 nicklas 606                 title="Number of empty storage boxes">∙</span><span 
7138 26 Apr 23 nicklas 607               class="counter more" data-counter="empty-paused-storage-boxes" 
7138 26 Apr 23 nicklas 608                 title="Number of empty storage boxes for paused specimen">∙</span><span 
7138 26 Apr 23 nicklas 609               class="counter" data-counter="empty-external-storage-boxes" 
7138 26 Apr 23 nicklas 610                 title="Number of empty storage boxes for externally processed specimen">∙</span>
6684 20 Apr 22 nicklas 611               <span id="more-boxes-are-needed" class="high-alert" style="display: none;">More boxes are needed</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 612           </dt>
7171 15 May 23 nicklas 613
7171 15 May 23 nicklas 614           <dt>
7171 15 May 23 nicklas 615             <base:icon image="<%=home+"/images/lorry.png" %>" />
7171 15 May 23 nicklas 616             External samples delivered from CMD
7171 15 May 23 nicklas 617           </dt>
7171 15 May 23 nicklas 618           <dd>
7171 15 May 23 nicklas 619             <ul>
7190 23 May 23 nicklas 620             <li><span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="batch/import-transport-boxes.jsp?ID=<%=ID%>"
7190 23 May 23 nicklas 621               >Import specimen from transport boxes</span>
7190 23 May 23 nicklas 622               <span class="counter" data-counter="items-with-external-specimen" 
7190 23 May 23 nicklas 623                 title="Number of Specimen/NoSpecimen with ExternalSpecimenExists=Yes">∙</span>
7190 23 May 23 nicklas 624
7171 15 May 23 nicklas 625             <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/move_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
7171 15 May 23 nicklas 626               >Lab protocols for moving samples to storage boxes</span> 
7171 15 May 23 nicklas 627               <span class="counter" data-counter="transport-boxes-to-move" 
7171 15 May 23 nicklas 628                 title="Number of transbort boxes">∙</span>
7171 15 May 23 nicklas 629
7184 22 May 23 nicklas 630             <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="sampleproc/move_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
7171 15 May 23 nicklas 631               >Register moved samples</span> 
7171 15 May 23 nicklas 632               <span class="counter" data-counter="transport-boxes-to-move" 
7171 15 May 23 nicklas 633                 title="Number of transbort boxes">∙</span>
7171 15 May 23 nicklas 634
5374 18 Apr 19 nicklas 635           </dl>
5374 18 Apr 19 nicklas 636         
5374 18 Apr 19 nicklas 637           <h3>Histology wizards</h3>
5374 18 Apr 19 nicklas 638           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">      
4014 06 Jul 16 olle 639           <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 640             <base:icon image="<%=home+"/images/histology.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 641             Embedding and staining wizards
4627 21 Nov 17 nicklas 642           </dt>
4627 21 Nov 17 nicklas 643           <dd>
4627 21 Nov 17 nicklas 644             <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 645             <li><span class="require-permission" data-role="Histology" data-link="sampleproc/histology_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 646               >Lab tracking protocol for FFPE/HE</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 647               <span class="counter" data-counter="histology-active-lists" 
5374 18 Apr 19 nicklas 648                 title="Number of active histology work lists">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 649             
5374 18 Apr 19 nicklas 650             <li><span class="require-permission" data-role="Histology" data-link="sampleproc/histology_block.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 651               >Register paraffin blocks</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 652               <span class="counter" data-counter="paraffin-blocks-not-embedded"
5374 18 Apr 19 nicklas 653                  title="Number of paraffin blocks waiting for registration">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 654   
5374 18 Apr 19 nicklas 655             <li><span class="require-permission" data-role="Histology" data-link="sampleproc/histology_labels.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 656               >Download HE glass labels</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 657             
5374 18 Apr 19 nicklas 658             <li><span class="require-permission" data-role="Histology" data-link="sampleproc/histology_glass.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 659               >Register HE glass</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 660               <span class="counter" data-counter="paraffin-blocks-without-heglass" 
5374 18 Apr 19 nicklas 661                 title="Number of paraffin blocks without HE glass">∙</span>
4627 21 Nov 17 nicklas 662             </ul>
4627 21 Nov 17 nicklas 663           </dd>
4627 21 Nov 17 nicklas 664           
4627 21 Nov 17 nicklas 665           <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 666             <base:icon image="<%=home+"/images/microscope.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 667             Scoring wizard
3322 11 May 15 nicklas 668           </dt>
3322 11 May 15 nicklas 669           <dd>
3322 11 May 15 nicklas 670             <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 671             <li><span class="require-permission" data-role="Histology" data-link="sampleproc/histology_score.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 672               >Score HE glass</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 673               <span class="counter" data-counter="heglass-not-scored" 
5374 18 Apr 19 nicklas 674                 title="Number of unscored HE glass">∙</span>
3322 11 May 15 nicklas 675             </ul>
3322 11 May 15 nicklas 676           </dd>
3322 11 May 15 nicklas 677           </dl>
5374 18 Apr 19 nicklas 678         </div>
3322 11 May 15 nicklas 679       
5374 18 Apr 19 nicklas 680         <div id="rna-libprep-section" class="wizard-group">
5374 18 Apr 19 nicklas 681           <h3>Library preparation wizards</h3>
5374 18 Apr 19 nicklas 682           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
2157 05 Dec 13 nicklas 683         
3322 11 May 15 nicklas 684           <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 685             <base:icon image="<%=home+"/images/libprep.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 686             Library preparation design wizards <span class="counter more" data-counter="rna-without-mrna-or-lib"
5374 18 Apr 19 nicklas 687                 title="Number of RNA with no child mRNA or Library">∙</span><span 
5374 18 Apr 19 nicklas 688               class="counter" data-counter="normalized-rna-without-mrna-or-lib" 
5374 18 Apr 19 nicklas 689                 title="Number of pre-normalized RNA with no child mRNA or Library">∙</span>
3322 11 May 15 nicklas 690           </dt>
3322 11 May 15 nicklas 691           <dd>
3322 11 May 15 nicklas 692             <ul>
5631 27 Sep 19 nicklas 693             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPlateDesigner" data-link="libprep/import-external-rna.jsp?ID=<%=ID%>"
5631 27 Sep 19 nicklas 694               >Import external RNA</span>
5881 25 Mar 20 nicklas 695             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPlateDesigner" data-link="libprep/select_rna.jsp?ID=<%=ID%>&plateType=MRNA"
5374 18 Apr 19 nicklas 696               >New manual library preparation</span> 
5881 25 Mar 20 nicklas 697               (<span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/select_rna.jsp?ID=<%=ID%>&autoDesign=1&plateType=MRNA"
5374 18 Apr 19 nicklas 698               >auto-design</span>)
5881 25 Mar 20 nicklas 699             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPlateDesigner" data-link="libprep/select_rna.jsp?ID=<%=ID%>&plateType=EXTERNAL_LIBRARY"
5881 25 Mar 20 nicklas 700               >Select RNA for external sequencing</span> 
3322 11 May 15 nicklas 701             </ul>
3322 11 May 15 nicklas 702           </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 703           
3394 12 Jun 15 nicklas 704           <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 705             <base:icon image="<%=home+"/images/pipette.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 706             Manual library preparation wizards
3394 12 Jun 15 nicklas 707           </dt>
3394 12 Jun 15 nicklas 708           <dd>
3394 12 Jun 15 nicklas 709             <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 710             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/mrna_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 711               >Lab protocols for mRNA and cDNA preparation</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 712               <span class="counter" data-counter="mrna-plates-not-registered" 
5374 18 Apr 19 nicklas 713                 title="Number of mRNA plates waiting for registration">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 714             
5374 18 Apr 19 nicklas 715             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/rna_dilution_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 716               >RNA dilution registration</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 717               <span class="counter" data-counter="mrna-plates-not-diluted" 
5374 18 Apr 19 nicklas 718                 title="Number of mRNA plates waiting for dilution">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 719             
5374 18 Apr 19 nicklas 720             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/mrna_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 721               >mRNA registration and quality control results</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 722               <span class="counter" data-counter="mrna-plates-diluted-not-registered" 
5374 18 Apr 19 nicklas 723                 title="Number of mRNA plates waiting for registration">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 724             
5374 18 Apr 19 nicklas 725             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/cdna_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 726               >cDNA registration</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 727               <span class="counter" data-counter="cdna-plates-not-registered" 
5374 18 Apr 19 nicklas 728                 title="Number of cDNA plates waiting for registration">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 729             
5374 18 Apr 19 nicklas 730             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/assign_barcode.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 731               >Assign barcodes to cDNA plate</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 732               <span class="counter" data-counter="cdna-plates-for-barcoding" 
5374 18 Apr 19 nicklas 733                 title="Number of cDNA plates waiting for barcode layout">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 734             
5374 18 Apr 19 nicklas 735             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/libprep_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 736               >Lab protocols and files for library preparation</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 737               <span class="counter" data-counter="lib-plates-for-libprep" 
5374 18 Apr 19 nicklas 738                 title="Number of Lib plates waiting for registration">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 739             
5374 18 Apr 19 nicklas 740             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/libqc_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 741               >Register quality control results</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 742               <span class="counter" data-counter="lib-plates-for-libprep" 
5374 18 Apr 19 nicklas 743                 title="Number of Lib plates waiting for registration">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 744             
5374 18 Apr 19 nicklas 745             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/lib_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 746               >Library registration</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 747               <span class="counter" data-counter="lib-plates-for-libprep"
5374 18 Apr 19 nicklas 748                 title="Number of Lib plates waiting for registration">∙</span>
3394 12 Jun 15 nicklas 749             </ul>
3394 12 Jun 15 nicklas 750           </dd>
4137 29 Sep 16 nicklas 751           
3322 11 May 15 nicklas 752           <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 753             <base:icon image="<%=home+"/images/pool.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 754             Pooling wizards
3322 11 May 15 nicklas 755           </dt>
3322 11 May 15 nicklas 756           <dd>
3322 11 May 15 nicklas 757             <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 758             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/create_pools.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 759               >Create pooled libraries</span> 
5883 26 Mar 20 nicklas 760               <span class="counter" data-counter="lib-plates-for-pooling"
5883 26 Mar 20 nicklas 761                 title="Number of Lib plates waiting for pooling">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 762             
5374 18 Apr 19 nicklas 763             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/pool_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 764               >Lab protocols for pooling</span> 
5434 17 May 19 nicklas 765               <span class="counter" data-counter="pools-not-registered-rnaseq" 
5374 18 Apr 19 nicklas 766                 title="Number of pools waiting for registration">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 767             
5374 18 Apr 19 nicklas 768             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/pool_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 769               >Register pooled libraries</span> 
5434 17 May 19 nicklas 770               <span class="counter" data-counter="pools-not-registered-rnaseq" 
5374 18 Apr 19 nicklas 771                 title="Number of pools waiting for registration">∙</span>
3322 11 May 15 nicklas 772             </ul>
3322 11 May 15 nicklas 773           </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 774           </dl>
5374 18 Apr 19 nicklas 775           
5374 18 Apr 19 nicklas 776           <h3>Sequencing wizards</h3>
5374 18 Apr 19 nicklas 777           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
5374 18 Apr 19 nicklas 778           
3322 11 May 15 nicklas 779           <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 780             <base:icon image="<%=home+"/images/flowcell.png" %>" />
5867 18 Mar 20 nicklas 781             Sequencing wizards
3322 11 May 15 nicklas 782           </dt>
3322 11 May 15 nicklas 783           <dd>
3322 11 May 15 nicklas 784             <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 785             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/create_flowcells.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 786               >Create flow cells</span> 
5434 17 May 19 nicklas 787               <span class="counter" data-counter="pools-not-used-rnaseq" 
5374 18 Apr 19 nicklas 788                 title="Number of pools waiting for sequencing">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 789             
5374 18 Apr 19 nicklas 790             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/flowcell_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 791               >Lab protocol for sequencing</span> 
5441 21 May 19 nicklas 792               <span class="counter" data-counter="flow-cells-not-sequenced-rnaseq" 
5374 18 Apr 19 nicklas 793                 title="Number of flow cells waiting to be sequenced">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 794             
5470 05 Jun 19 nicklas 795             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="sequencing/sequencing_started.jsp?ID=<%=ID%>&pipeline=RNA_SEQ"
5374 18 Apr 19 nicklas 796               >Register sequencing started</span> 
5441 21 May 19 nicklas 797               <span class="counter" data-counter="flow-cells-not-sequenced-rnaseq" 
5374 18 Apr 19 nicklas 798                 title="Number of flow cells waiting to be sequenced">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 799   
5471 05 Jun 19 nicklas 800             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="sequencing/sequencing_ended.jsp?ID=<%=ID%>&pipeline=RNA_SEQ"
5374 18 Apr 19 nicklas 801               >Register sequencing ended</span> 
5472 05 Jun 19 nicklas 802               <span class="counter" data-counter="sequencing-runs-active-rnaseq" 
5374 18 Apr 19 nicklas 803                 title="Number of active sequencing runs">∙</span>
3322 11 May 15 nicklas 804             </ul>
3322 11 May 15 nicklas 805           </dd>
5867 18 Mar 20 nicklas 806
5867 18 Mar 20 nicklas 807           <dt>
5867 18 Mar 20 nicklas 808             <base:icon image="<%=home+"/images/lorry.png" %>" />
5867 18 Mar 20 nicklas 809             External sequencing wizards
5867 18 Mar 20 nicklas 810           </dt>
5867 18 Mar 20 nicklas 811           <dd>
5867 18 Mar 20 nicklas 812             <ul>
5887 02 Apr 20 nicklas 813             <li><span class="require-permission" data-role="LibraryPrep" data-link="libprep/external_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
5887 02 Apr 20 nicklas 814               >Lab protocols and files for external sequencing</span> 
5887 02 Apr 20 nicklas 815               <span class="counter" data-counter="external-plates-not-registered" 
5887 02 Apr 20 nicklas 816                 title="Number of external plates waiting for registration">∙</span>
5867 18 Mar 20 nicklas 817       
5909 17 Apr 20 nicklas 818             <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="sequencing/sequencing_external.jsp?ID=<%=ID%>&pipeline=RNA_SEQ"
5867 18 Mar 20 nicklas 819               >Register external sequencing</span> 
5867 18 Mar 20 nicklas 820               <span class="counter" data-counter="external-libs-not-sequenced" 
5867 18 Mar 20 nicklas 821                 title="Number of libraries sent for external sequencing">∙</span>
5867 18 Mar 20 nicklas 822             </ul>
5867 18 Mar 20 nicklas 823           </dd>
3322 11 May 15 nicklas 824           </dl>
6436 07 Oct 21 nicklas 825         </div>
3322 11 May 15 nicklas 826         
6436 07 Oct 21 nicklas 827         <div id="rnaseq-analysis-section" class="wizard-group">
5374 18 Apr 19 nicklas 828           <h3>Secondary analysis wizards</h3>
5374 18 Apr 19 nicklas 829           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
5374 18 Apr 19 nicklas 830             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 831               <base:icon image="<%=home+"/images/server.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 832               Demux and merge wizards
5374 18 Apr 19 nicklas 833             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 834             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 835               <ul>
5488 12 Jun 19 nicklas 836               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="sequencing/sequencing_confirm.jsp?ID=<%=ID%>&pipeline=RNA_SEQ"
5374 18 Apr 19 nicklas 837                 >Confirm sequencing completed</span> 
5478 10 Jun 19 nicklas 838                 <span class="counter" data-counter="sequencing-runs-unconfirmed-rnaseq" 
5374 18 Apr 19 nicklas 839                   title="Number of ended but not confirmed sequencing runs">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 840               
5479 10 Jun 19 nicklas 841               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/demux_start.jsp?ID=<%=ID%>&pipeline=RNA_SEQ"
5374 18 Apr 19 nicklas 842                 >Start demux and merge</span> 
5479 10 Jun 19 nicklas 843                 <span class="counter" data-counter="sequencing-runs-for-demux-rnaseq" 
5374 18 Apr 19 nicklas 844                   title="Number of confirmed sequencing runs waiting to be demuxed">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 845               
5374 18 Apr 19 nicklas 846               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/demux_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 847                 >Confirm demux and merge completed</span> 
5493 13 Jun 19 nicklas 848                 <span class="counter" data-counter="demux-jobs-not-confirmed-rnaseq"
5374 18 Apr 19 nicklas 849                   title="Number of demux jobs waiting for confirmation">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 850               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 851             </dd>
6436 07 Oct 21 nicklas 852             
6436 07 Oct 21 nicklas 853             <dt>
6436 07 Oct 21 nicklas 854               <base:icon image="<%=home+"/images/lorry.png" %>" />
6436 07 Oct 21 nicklas 855               External sequencing wizards
6436 07 Oct 21 nicklas 856             </dt>
6436 07 Oct 21 nicklas 857             <dd>
6436 07 Oct 21 nicklas 858               <ul>
6436 07 Oct 21 nicklas 859               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/import_fastq.jsp?ID=<%=ID%>"
6436 07 Oct 21 nicklas 860                 >Import FASTQ files</span> 
6436 07 Oct 21 nicklas 861                 <span class="counter" data-counter="demuxed-sequences-for-fastq-import" 
6436 07 Oct 21 nicklas 862                   title="Number of demuxed sequences waiting for FASTQ import">∙</span>
6436 07 Oct 21 nicklas 863                   <span id="fastq-import-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 864   
6436 07 Oct 21 nicklas 865               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/import_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
6436 07 Oct 21 nicklas 866                 >Confirm FASTQ import</span> 
6436 07 Oct 21 nicklas 867                 <span class="counter" data-counter="merged-sequences-fastq-import-not-confirmed" 
6436 07 Oct 21 nicklas 868                   title="Number of merged sequences waiting for confirmation of FASTQ import">∙</span>
6436 07 Oct 21 nicklas 869               </ul>
6436 07 Oct 21 nicklas 870             </dd>
6807 24 Aug 22 nicklas 871
5374 18 Apr 19 nicklas 872             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 873               <base:icon image="<%=home+"/images/align.png" %>" />
6807 24 Aug 22 nicklas 874               2023 Hisat and StringTie pipeline
6807 24 Aug 22 nicklas 875             </dt>
6807 24 Aug 22 nicklas 876             <dd>
6807 24 Aug 22 nicklas 877               <ul>
6807 24 Aug 22 nicklas 878               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/hisat2023_start.jsp?ID=<%=ID%>"
6807 24 Aug 22 nicklas 879                 >Start Hisat alignment</span>
6807 24 Aug 22 nicklas 880                 <span class="counter" data-counter="merged-sequences-for-hisat2023-alignment"
6809 24 Aug 22 nicklas 881                   title="Number of merged sequences waiting for Hisat/2023 alignment">∙</span>
6807 24 Aug 22 nicklas 882                 <span id="hisat2023-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
6807 24 Aug 22 nicklas 883                   
6807 24 Aug 22 nicklas 884               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/hisat2023_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
6807 24 Aug 22 nicklas 885                 >Confirm Hisat alignment</span> 
6807 24 Aug 22 nicklas 886                 <span class="counter" data-counter="hisat2023-aligned-sequences-not-confirmed" 
6809 24 Aug 22 nicklas 887                   title="Number of Hisat/2023 aligned sequences waiting for confirmation">∙</span>
6807 24 Aug 22 nicklas 888
6817 26 Aug 22 nicklas 889               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/stringtie2023_start.jsp?ID=<%=ID%>"
6817 26 Aug 22 nicklas 890                 >Start StringTie</span>
6817 26 Aug 22 nicklas 891                 <span class="counter" data-counter="aligned-sequences-for-stringtie2023"
6817 26 Aug 22 nicklas 892                   title="Number of aligned sequences waiting for StringTie/2023">∙</span>
6817 26 Aug 22 nicklas 893                 <span id="stringtie2023-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
6817 26 Aug 22 nicklas 894   
6817 26 Aug 22 nicklas 895               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/stringtie2023_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
6817 26 Aug 22 nicklas 896                 >Confirm StringTie completed</span> 
6817 26 Aug 22 nicklas 897                 <span class="counter" data-counter="stringtie2023-not-confirmed" 
6817 26 Aug 22 nicklas 898                   title="Number of StringTie/2023 jobs waiting for confirmation">∙</span>
6817 26 Aug 22 nicklas 899
6807 24 Aug 22 nicklas 900               </ul>
6807 24 Aug 22 nicklas 901             </dd>
6807 24 Aug 22 nicklas 902             <dt>
6807 24 Aug 22 nicklas 903               <base:icon image="<%=home+"/images/align.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 904               Hisat and StringTie pipeline
5374 18 Apr 19 nicklas 905             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 906             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 907               <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 908               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/hisat_start.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 909                 >Start Hisat alignment</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 910                 <span class="counter" data-counter="merged-sequences-for-hisat-alignment"
5374 18 Apr 19 nicklas 911                   title="Number of merged sequences waiting for Hisat alignment">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 912                 <span id="hisat-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 913                   
5374 18 Apr 19 nicklas 914               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/hisat_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 915                 >Confirm Hisat alignment</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 916                 <span class="counter" data-counter="hisat-aligned-sequences-not-confirmed" 
5374 18 Apr 19 nicklas 917                   title="Number of Hisat aligned sequences waiting for confirmation">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 918               
5374 18 Apr 19 nicklas 919               <li><span id="genotype-qc" class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/genotype_qc.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 920                 >Genotype quality control</span> 
7211 29 May 23 nicklas 921                 <span class="counter" data-counter="rnaseq-alignments-for-genotype-qc" 
5374 18 Apr 19 nicklas 922                   title="Number of alignments with VCF files that has not been checked">∙</span>
6442 18 Oct 21 nicklas 923
6516 07 Dec 21 nicklas 924               <%
6516 07 Dec 21 nicklas 925               if (isAdmin)
6516 07 Dec 21 nicklas 926               {
6516 07 Dec 21 nicklas 927                 %>
6516 07 Dec 21 nicklas 928                 <li><span id="genotype-standalone-check" class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/genotype_standalone_check.jsp?ID=<%=ID%>"
6516 07 Dec 21 nicklas 929                   >Genotype check standalone VCF files</span> 
6516 07 Dec 21 nicklas 930                 <%
6516 07 Dec 21 nicklas 931               }
6516 07 Dec 21 nicklas 932               %>
5374 18 Apr 19 nicklas 933               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/mbaf_start.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 934                 >Start mBAF analysis</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 935                 <span class="counter" data-counter="aligned-sequences-for-mbaf" 
5374 18 Apr 19 nicklas 936                   title="Number of aligned sequences waiting for mBAF analysis">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 937                 <span id="mbaf-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
5683 22 Oct 19 nicklas 938                 
5374 18 Apr 19 nicklas 939               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/stringtie_start.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 940                 >Start StringTie</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 941                 <span class="counter" data-counter="aligned-sequences-for-stringtie"
5374 18 Apr 19 nicklas 942                   title="Number of aligned sequences waiting for StringTie">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 943                 <span id="stringtie-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 944   
5374 18 Apr 19 nicklas 945               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/stringtie_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 946                 >Confirm StringTie completed</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 947                 <span class="counter" data-counter="stringtie-not-confirmed" 
5374 18 Apr 19 nicklas 948                   title="Number of StringTie jobs waiting for confirmation">∙</span>
5922 27 Apr 20 nicklas 949                   
5922 27 Apr 20 nicklas 950               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/ssp_start.jsp?ID=<%=ID%>"
5922 27 Apr 20 nicklas 951                 >Start Single Sample Predictor analysis</span> 
5922 27 Apr 20 nicklas 952                 <span class="counter" data-counter="rawbioassays-for-ssp" 
5922 27 Apr 20 nicklas 953                   title="Number of StringTie raw bioassays waiting for Single Sample predictor analysis">∙</span>
5922 27 Apr 20 nicklas 954                 <span id="ssp-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
5922 27 Apr 20 nicklas 955                 
6024 26 Oct 20 nicklas 956               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/report.jsp?ID=<%=ID%>&report=SCANB_REPORT"
5665 14 Oct 19 nicklas 957                 >SCAN-B report</span> 
5665 14 Oct 19 nicklas 958                 <span class="counter" data-counter="rawbioassys-without-scanbreport" 
5665 14 Oct 19 nicklas 959                   title="Number of rawbioassays without a SCAN-B report PDF">∙</span>
6024 26 Oct 20 nicklas 960                   <span id="scanb-report-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
5737 20 Nov 19 nicklas 961               
5374 18 Apr 19 nicklas 962               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 963             </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 964             
5374 18 Apr 19 nicklas 965             <dt>
5724 13 Nov 19 nicklas 966               <base:icon image="<%=home+"/images/variantcall.png" %>" />
5724 13 Nov 19 nicklas 967               Variant calling pipeline
5724 13 Nov 19 nicklas 968             </dt>
5724 13 Nov 19 nicklas 969             
5724 13 Nov 19 nicklas 970             <dd>
5724 13 Nov 19 nicklas 971               <ul>
5724 13 Nov 19 nicklas 972               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/vcall_start.jsp?ID=<%=ID%>"
5724 13 Nov 19 nicklas 973                 >Start variant calling</span> 
5724 13 Nov 19 nicklas 974                 <span class="counter" data-counter="aligned-sequences-for-variant-calling" 
5724 13 Nov 19 nicklas 975                   title="Number of aligned sequences waiting for variant calling pipeline">∙</span>
5724 13 Nov 19 nicklas 976                 <span id="variant-calling-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
5724 13 Nov 19 nicklas 977               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/vcall_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
5724 13 Nov 19 nicklas 978                 >Confirm variant calling</span> 
5724 13 Nov 19 nicklas 979                 <span class="counter" data-counter="variantcall-not-confirmed" 
5724 13 Nov 19 nicklas 980                   title="Number of VariantCall jobs waiting for confirmation">∙</span>
6387 15 Sep 21 nicklas 981               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/targeted_gt_start.jsp?ID=<%=ID%>"
6387 15 Sep 21 nicklas 982                 >Start targeted genotyping</span> 
6387 15 Sep 21 nicklas 983                 <span class="counter" data-counter="variantcall-for-targeted-genotype" 
6387 15 Sep 21 nicklas 984                   title="Number of variant calls waiting for targeted genotyping">∙</span>
6387 15 Sep 21 nicklas 985                 <span id="targeted-genotype-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
5763 29 Nov 19 nicklas 986               <li><span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="analysis/vcall_build.jsp?ID=<%=ID%>"
5763 29 Nov 19 nicklas 987                 >Build SCAN-B variant database</span> 
5878 24 Mar 20 nicklas 988               <li id="variant-import-wizard"><span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="analysis/vcall_import.jsp?ID=<%=ID%>"
5876 24 Mar 20 nicklas 989                 >Import variants for existing variant call raw bioassays</span>
5876 24 Mar 20 nicklas 990                 <span class="counter" data-counter="variant-calls-needing-import" 
5876 24 Mar 20 nicklas 991                   title="Number of VariantCall item that need to import variants">∙</span>
5724 13 Nov 19 nicklas 992               </ul>
5724 13 Nov 19 nicklas 993             </dd>
5724 13 Nov 19 nicklas 994             
5724 13 Nov 19 nicklas 995             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 996               <base:icon image="<%=home+"/images/pdffile.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 997               Legacy Tophat and Cufflinks pipeline <span id="legacy-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 998             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 999             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1000               <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1001               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/align_start.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1002                 >Start Tophat and Cufflinks</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1003                 <span class="counter" data-counter="merged-sequences-for-legacy-alignment"
5374 18 Apr 19 nicklas 1004                   title="Number of merged sequences waiting for Tophat alignment">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1005                   
5374 18 Apr 19 nicklas 1006               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/cufflinks_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1007                 >Confirm Cufflinks completed</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1008                 <span class="counter" data-counter="cufflinks-not-confirmed" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1009                   title="Number of Cufflinks jobs waiting for confirmation">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1010               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/report.jsp?ID=<%=ID%>&report=GENE_REPORT"
5374 18 Apr 19 nicklas 1011                 >Gene report</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1012                 <span class="counter" data-counter="rawbioassys-without-genereport" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1013                   title="Number of rawbioassays without a Gene report PDF">∙</span>
6024 26 Oct 20 nicklas 1014                   <span id="gene-report-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1015               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="analysis/report.jsp?ID=<%=ID%>&report=PILOT_REPORT"
5374 18 Apr 19 nicklas 1016                 >Pilot report</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1017                 <span class="counter" data-counter="rawbioassys-without-pilotreport" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1018                   title="Number of rawbioassays without a Pilot report PDF">∙</span>
6024 26 Oct 20 nicklas 1019                   <span id="pilot-report-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1020               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1021             </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1022             
5374 18 Apr 19 nicklas 1023           </dl>      
6436 07 Oct 21 nicklas 1024         
5374 18 Apr 19 nicklas 1025         </div>
3322 11 May 15 nicklas 1026         
7082 28 Mar 23 nicklas 1027         <div id="dnaseq-analysis-section" class="wizard-group">
7082 28 Mar 23 nicklas 1028           <h3>Secondary analysis wizards</h3>
7082 28 Mar 23 nicklas 1029           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
7082 28 Mar 23 nicklas 1030             <dt>
7082 28 Mar 23 nicklas 1031               <base:icon image="<%=home+"/images/align.png" %>" />
7082 28 Mar 23 nicklas 1032               Alignment
7082 28 Mar 23 nicklas 1033             </dt>
7082 28 Mar 23 nicklas 1034             <dd>
7082 28 Mar 23 nicklas 1035               <ul>
7082 28 Mar 23 nicklas 1036               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="dnaseq-analysis/bwamem2_start.jsp?ID=<%=ID%>"
7082 28 Mar 23 nicklas 1037                 >Start Bwa-mem2 alignment</span>
7082 28 Mar 23 nicklas 1038                 <span class="counter" data-counter="merged-sequences-for-bwamem2-alignment"
7082 28 Mar 23 nicklas 1039                   title="Number of merged sequences waiting for Bwa-mem2 alignment">∙</span>
7082 28 Mar 23 nicklas 1040                 <span id="bwamem2-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
7082 28 Mar 23 nicklas 1041                   
7082 28 Mar 23 nicklas 1042               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="dnaseq-analysis/bwamem2_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
7082 28 Mar 23 nicklas 1043                 >Confirm Bwa-mem2 alignment</span> 
7082 28 Mar 23 nicklas 1044                 <span class="counter" data-counter="bwamem2-aligned-sequences-not-confirmed" 
7082 28 Mar 23 nicklas 1045                   title="Number of Bwa-mem2 aligned sequences waiting for confirmation">∙</span>
7211 29 May 23 nicklas 1046
7217 30 May 23 nicklas 1047               <li><span id="genotype-qc" class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="dnaseq-analysis/genotype_qc.jsp?ID=<%=ID%>&pipeline=DNA/Normal/WGS"
7217 30 May 23 nicklas 1048                 >Genotype quality control (Normal)</span> 
7211 29 May 23 nicklas 1049                 <span class="counter" data-counter="wgs-normal-alignments-for-genotype-qc" 
7211 29 May 23 nicklas 1050                   title="Number of WGS/Normal alignments with VCF files that has not been checked">∙</span>
7211 29 May 23 nicklas 1051
7217 30 May 23 nicklas 1052               <li><span id="genotype-qc" class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="dnaseq-analysis/genotype_qc.jsp?ID=<%=ID%>&pipeline=DNA/Tumor/WGS"
7217 30 May 23 nicklas 1053                 >Genotype quality control (Tumor)</span> 
7217 30 May 23 nicklas 1054                 <span class="counter" data-counter="wgs-tumor-alignments-for-genotype-qc" 
7217 30 May 23 nicklas 1055                   title="Number of WGS/Tumor alignments with VCF files that has not been checked">∙</span>
7217 30 May 23 nicklas 1056
7217 30 May 23 nicklas 1057               </ul>
7082 28 Mar 23 nicklas 1058             </dd>
7266 19 Jun 23 nicklas 1059             
7266 19 Jun 23 nicklas 1060             <dt>
7266 19 Jun 23 nicklas 1061               <base:icon image="<%=home+"/images/copy_number.png" %>" />
7266 19 Jun 23 nicklas 1062               Copy-number analysis
7266 19 Jun 23 nicklas 1063             </dt>
7266 19 Jun 23 nicklas 1064             <dd>
7266 19 Jun 23 nicklas 1065               <ul>
7266 19 Jun 23 nicklas 1066               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="dnaseq-analysis/ascat_start.jsp?ID=<%=ID%>"
7266 19 Jun 23 nicklas 1067                 >Start ASCAT</span>
7266 19 Jun 23 nicklas 1068                 <span class="counter" data-counter="aligned-sequences-for-ascat"
7266 19 Jun 23 nicklas 1069                   title="Number of aligned sequences waiting for ASCAT analysis">∙</span>
7266 19 Jun 23 nicklas 1070                 <span id="ascat-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
7266 19 Jun 23 nicklas 1071               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="dnaseq-analysis/ascat_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
7266 19 Jun 23 nicklas 1072                 >Confirm ASCAT</span>
7266 19 Jun 23 nicklas 1073                 <span class="counter" data-counter="ascat-not-confirmed"
7266 19 Jun 23 nicklas 1074                   title="Number of ASCAT analysis waiting for confirmation">∙</span>
7266 19 Jun 23 nicklas 1075               </ul>
7266 19 Jun 23 nicklas 1076             </dd>
7082 28 Mar 23 nicklas 1077
7387 31 Oct 23 nicklas 1078             <dt>
7387 31 Oct 23 nicklas 1079               <base:icon image="<%=home+"/images/variantcall.png" %>" />
7387 31 Oct 23 nicklas 1080               Variant calling pipeline
7387 31 Oct 23 nicklas 1081             </dt>
7387 31 Oct 23 nicklas 1082             <dd>
7387 31 Oct 23 nicklas 1083               <ul>
7398 07 Nov 23 nicklas 1084               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="dnaseq-analysis/vcall_start.jsp?ID=<%=ID%>"
7387 31 Oct 23 nicklas 1085                 >Start variant calling</span>
7398 07 Nov 23 nicklas 1086                 <span class="counter" data-counter="aligned-sequences-for-wgs-variant-calling" 
7387 31 Oct 23 nicklas 1087                   title="Number of WGS aligned sequences waiting for variant calling pipeline">∙</span>
7387 31 Oct 23 nicklas 1088                 <span id="wgs-variant-calling-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
7436 15 Nov 23 nicklas 1089               <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="dnaseq-analysis/vcall_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
7387 31 Oct 23 nicklas 1090                 >Confirm variant calling</span>
7387 31 Oct 23 nicklas 1091                 <span class="counter" data-counter="wgs-variantcall-not-confirmed" 
7387 31 Oct 23 nicklas 1092                   title="Number of WGS VariantCall jobs waiting for confirmation">∙</span>
7387 31 Oct 23 nicklas 1093
7387 31 Oct 23 nicklas 1094               <li style="margin-top: 0.25em;">Panel-of-normals
7387 31 Oct 23 nicklas 1095                 <ul>
7387 31 Oct 23 nicklas 1096                 <li><span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="dnaseq-analysis/pon_vcall.jsp?ID=<%=ID%>"
7387 31 Oct 23 nicklas 1097                   >Raw variant calling of normals</span>
7392 03 Nov 23 nicklas 1098                 <li><span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="dnaseq-analysis/pon_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
7387 31 Oct 23 nicklas 1099                   >Confirm variant calling of normals</span>
7392 03 Nov 23 nicklas 1100                   <span class="counter" data-counter="wgs-panel-of-normals-not-confirmed" 
7392 03 Nov 23 nicklas 1101                     title="Number of WGS Panel-of-normal jobs waiting for confirmation">∙</span>
7395 06 Nov 23 nicklas 1102                 <li><span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="dnaseq-analysis/pon_build.jsp?ID=<%=ID%>"
7387 31 Oct 23 nicklas 1103                   >Build panel-of-normals</span>
7387 31 Oct 23 nicklas 1104                 </ul>
7387 31 Oct 23 nicklas 1105                 
7387 31 Oct 23 nicklas 1106               </ul>
7387 31 Oct 23 nicklas 1107             </dd>
7387 31 Oct 23 nicklas 1108
7387 31 Oct 23 nicklas 1109           </dl>
7082 28 Mar 23 nicklas 1110         
7082 28 Mar 23 nicklas 1111         </div>
7082 28 Mar 23 nicklas 1112         
6867 15 Nov 22 nicklas 1113         <div id="misc-analysis-section" class="wizard-group">
6867 15 Nov 22 nicklas 1114           <h3>Methylation wizards</h3>
6867 15 Nov 22 nicklas 1115           
6867 15 Nov 22 nicklas 1116           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
6867 15 Nov 22 nicklas 1117           <dt>
6867 15 Nov 22 nicklas 1118             <base:icon image="<%=home+"/images/methylation.png" %>" />
6867 15 Nov 22 nicklas 1119             Beta-values
6867 15 Nov 22 nicklas 1120           </dt>
6867 15 Nov 22 nicklas 1121           <dd>
6867 15 Nov 22 nicklas 1122             <ul>
6867 15 Nov 22 nicklas 1123             <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="methylation/beta_start.jsp?ID=<%=ID%>"
6867 15 Nov 22 nicklas 1124               >Start beta-value analysis</span> 
6867 15 Nov 22 nicklas 1125               <span class="counter" data-counter="methylation-for-beta-analysis"
6867 15 Nov 22 nicklas 1126                 title="Number of methylation items waiting for beta analysis">∙</span>
6867 15 Nov 22 nicklas 1127             <li><span class="require-permission" data-role="SecondaryAnalysis" data-link="methylation/beta_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
6867 15 Nov 22 nicklas 1128               >Confirm beta-value analysis</span> 
6867 15 Nov 22 nicklas 1129               <span class="counter" data-counter="methylation-beta-not-confirmed" 
6867 15 Nov 22 nicklas 1130                 title="Number of beta-analysis jobs waiting for confirmation">∙</span>
6867 15 Nov 22 nicklas 1131             </ul>
6867 15 Nov 22 nicklas 1132           </dd>
6867 15 Nov 22 nicklas 1133           </dl>
6867 15 Nov 22 nicklas 1134         </div>
6867 15 Nov 22 nicklas 1135         
5389 29 Apr 19 nicklas 1136         <div id="mips-libprep-section" class="wizard-group">
5389 29 Apr 19 nicklas 1137           <h3>Library preparation wizards</h3>
5389 29 Apr 19 nicklas 1138           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
5389 29 Apr 19 nicklas 1139         
5389 29 Apr 19 nicklas 1140           <dt>
5389 29 Apr 19 nicklas 1141             <base:icon image="<%=home+"/images/libprep.png" %>" />
5389 29 Apr 19 nicklas 1142             MIPs plate design wizards
5389 29 Apr 19 nicklas 1143           </dt>
5389 29 Apr 19 nicklas 1144           <dd>
5389 29 Apr 19 nicklas 1145             <ul>
5389 29 Apr 19 nicklas 1146             <li><span class="require-permission" data-role="MIPsPlateDesigner" data-link="mipsprep/import_plates.jsp?ID=<%=ID%>"
5389 29 Apr 19 nicklas 1147               >Import DNA aliquot plates</span>
5389 29 Apr 19 nicklas 1148               
5390 29 Apr 19 nicklas 1149             <li><span class="require-permission" data-role="MIPsPlateDesigner" data-link="mipsprep/design_mipsplate.jsp?ID=<%=ID%>"
5389 29 Apr 19 nicklas 1150               >Design MIPs plate</span>
5456 29 May 19 nicklas 1151               <span class="counter more" data-counter="prenormalized-designmips"
5456 29 May 19 nicklas 1152                 title="Number of aliquot plates with DNA waiting for MIPs">∙</span><span 
5456 29 May 19 nicklas 1153               class="counter" data-counter="prenormalized-addaliquots"
5456 29 May 19 nicklas 1154                 title="Number of aliquot plates in the SCAN-B lab">∙</span>
5389 29 Apr 19 nicklas 1155             </ul>
5389 29 Apr 19 nicklas 1156           </dd>
5389 29 Apr 19 nicklas 1157           
5389 29 Apr 19 nicklas 1158           <dt>
5389 29 Apr 19 nicklas 1159             <base:icon image="<%=home+"/images/pipette.png" %>" />
5389 29 Apr 19 nicklas 1160             MIPs library preparation wizards
5389 29 Apr 19 nicklas 1161           </dt>
5389 29 Apr 19 nicklas 1162           <dd>
5389 29 Apr 19 nicklas 1163             <ul>
5424 13 May 19 nicklas 1164             <li><span class="require-permission" data-role="MIPsLibraryPrep" data-link="mipsprep/mips_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
5389 29 Apr 19 nicklas 1165               >Lab protocols for MIPs library preparation</span> 
5389 29 Apr 19 nicklas 1166               <span class="counter" data-counter="mips-plates-for-libprep" 
5389 29 Apr 19 nicklas 1167                 title="Number of MIPs plates waiting for registration">∙</span>
5389 29 Apr 19 nicklas 1168             
5389 29 Apr 19 nicklas 1169             <li><span class="require-permission" data-role="MIPsLibraryPrep" data-link="mipsprep/lib_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
5389 29 Apr 19 nicklas 1170               >MIPs library registration</span> 
5389 29 Apr 19 nicklas 1171               <span class="counter" data-counter="mips-plates-for-libprep"
5389 29 Apr 19 nicklas 1172                 title="Number of MIPs plates waiting for registration">∙</span>
5389 29 Apr 19 nicklas 1173             
5389 29 Apr 19 nicklas 1174             <li><span class="require-permission" data-role="MIPsLibraryPrep" data-link="mipsprep/pool_registration.jsp?ID=<%=ID%>"
5389 29 Apr 19 nicklas 1175               >Register pooled libraries</span> 
5389 29 Apr 19 nicklas 1176               <span class="counter" data-counter="mips-plates-for-pooling" 
5389 29 Apr 19 nicklas 1177                 title="Number of MIPs library plates waiting for pooling">∙</span>
5389 29 Apr 19 nicklas 1178             </ul>
5389 29 Apr 19 nicklas 1179           </dd>
5389 29 Apr 19 nicklas 1180
5389 29 Apr 19 nicklas 1181           </dl>
5389 29 Apr 19 nicklas 1182           
5389 29 Apr 19 nicklas 1183           <h3>Sequencing wizards</h3>
5389 29 Apr 19 nicklas 1184           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
5389 29 Apr 19 nicklas 1185           
5389 29 Apr 19 nicklas 1186           <dt>
5389 29 Apr 19 nicklas 1187             <base:icon image="<%=home+"/images/flowcell.png" %>" />
5462 03 Jun 19 nicklas 1188             Sequencing wizards
5389 29 Apr 19 nicklas 1189           </dt>
5389 29 Apr 19 nicklas 1190           <dd>
5389 29 Apr 19 nicklas 1191             <ul>
5389 29 Apr 19 nicklas 1192             <li><span class="require-permission" data-role="MIPsLibraryPrep" data-link="mipsprep/create_flowcells.jsp?ID=<%=ID%>"
5389 29 Apr 19 nicklas 1193               >Create flow cells</span> 
5435 17 May 19 nicklas 1194               <span class="counter" data-counter="pools-not-used-mips" 
5389 29 Apr 19 nicklas 1195                 title="Number of MIPs pools waiting for sequencing">∙</span>
5389 29 Apr 19 nicklas 1196             
5389 29 Apr 19 nicklas 1197             <li><span class="require-permission" data-role="MIPsLibraryPrep" data-link="mipsprep/flowcell_protocol.jsp?ID=<%=ID%>"
5462 03 Jun 19 nicklas 1198               >Lab protocol for sequencing</span> 
5441 21 May 19 nicklas 1199               <span class="counter" data-counter="flow-cells-not-sequenced-mips" 
5389 29 Apr 19 nicklas 1200                 title="Number of MIPs flow cells waiting to be sequenced">∙</span>
5389 29 Apr 19 nicklas 1201             
5470 05 Jun 19 nicklas 1202             <li><span class="require-permission" data-role="MIPsLibraryPrep" data-link="sequencing/sequencing_started.jsp?ID=<%=ID%>&pipeline=MIPS"
5389 29 Apr 19 nicklas 1203               >Register sequencing started</span> 
5441 21 May 19 nicklas 1204               <span class="counter" data-counter="flow-cells-not-sequenced-mips" 
5389 29 Apr 19 nicklas 1205                 title="Number of MIPs flow cells waiting to be sequenced">∙</span>
5389 29 Apr 19 nicklas 1206   
5471 05 Jun 19 nicklas 1207             <li><span class="require-permission" data-role="MIPsLibraryPrep" data-link="sequencing/sequencing_ended.jsp?ID=<%=ID%>&pipeline=MIPS"
5389 29 Apr 19 nicklas 1208               >Register sequencing ended</span> 
5472 05 Jun 19 nicklas 1209               <span class="counter" data-counter="sequencing-runs-active-mips" 
5389 29 Apr 19 nicklas 1210                 title="Number of active MIPs sequencing runs">∙</span>
5389 29 Apr 19 nicklas 1211             </ul>
5389 29 Apr 19 nicklas 1212           </dd>
5389 29 Apr 19 nicklas 1213           
5389 29 Apr 19 nicklas 1214           </dl>
5389 29 Apr 19 nicklas 1215           
5389 29 Apr 19 nicklas 1216           <h3>Secondary analysis wizards</h3>
5389 29 Apr 19 nicklas 1217           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
5389 29 Apr 19 nicklas 1218             <dt>
5389 29 Apr 19 nicklas 1219               <base:icon image="<%=home+"/images/server.png" %>" />
5788 13 Dec 19 nicklas 1220               Demux wizards
5389 29 Apr 19 nicklas 1221             </dt>
5389 29 Apr 19 nicklas 1222             <dd>
5389 29 Apr 19 nicklas 1223               <ul>
5488 12 Jun 19 nicklas 1224               <li><span class="require-permission" data-role="MIPsSecondaryAnalysis" data-link="sequencing/sequencing_confirm.jsp?ID=<%=ID%>&pipeline=MIPS"
5389 29 Apr 19 nicklas 1225                 >Confirm sequencing completed</span> 
5478 10 Jun 19 nicklas 1226                 <span class="counter" data-counter="sequencing-runs-unconfirmed-mips" 
5389 29 Apr 19 nicklas 1227                   title="Number of ended but not confirmed MIPs sequencing runs">∙</span>
5389 29 Apr 19 nicklas 1228               
5801 19 Dec 19 nicklas 1229               <li><span class="require-permission" data-role="MIPsSecondaryAnalysis" data-link="mipsanalysis/demux_start.jsp?ID=<%=ID%>&pipeline=MIPS"
5788 13 Dec 19 nicklas 1230                 >Start demux</span> 
5479 10 Jun 19 nicklas 1231                 <span class="counter" data-counter="sequencing-runs-for-demux-mips" 
5389 29 Apr 19 nicklas 1232                   title="Number of confirmed MIPs sequencing runs waiting to be demuxed">∙</span>
5389 29 Apr 19 nicklas 1233               
5485 12 Jun 19 nicklas 1234               <li><span class="require-permission" data-role="MIPsSecondaryAnalysis" data-link="mipsanalysis/demux_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
5788 13 Dec 19 nicklas 1235                 >Confirm demux completed</span> 
5493 13 Jun 19 nicklas 1236                 <span class="counter" data-counter="demux-jobs-not-confirmed-mips"
5389 29 Apr 19 nicklas 1237                   title="Number of MIPs demux jobs waiting for confirmation">∙</span>
5389 29 Apr 19 nicklas 1238               </ul>
5389 29 Apr 19 nicklas 1239             </dd>
5826 18 Feb 20 nicklas 1240             
5826 18 Feb 20 nicklas 1241             <dt>
5826 18 Feb 20 nicklas 1242               <base:icon image="<%=home+"/images/align.png" %>" />
5826 18 Feb 20 nicklas 1243               Alignment pipeline
5826 18 Feb 20 nicklas 1244             </dt>
5826 18 Feb 20 nicklas 1245             <dd>
5826 18 Feb 20 nicklas 1246               <ul>
5845 26 Feb 20 nicklas 1247               <li><span class="require-permission" data-role="MIPsSecondaryAnalysis" data-link="mipsanalysis/align_start.jsp?ID=<%=ID%>"
5826 18 Feb 20 nicklas 1248                 >Start MIPs alignment</span>
5826 18 Feb 20 nicklas 1249                 <span class="counter" data-counter="merged-sequences-for-mips-alignment"
5826 18 Feb 20 nicklas 1250                   title="Number of merged sequences waiting for MIPs alignment">∙</span>
5826 18 Feb 20 nicklas 1251                 <span id="mips-align-pipeline-disabled" class="info-warning">auto-processing is disabled</span>
5845 26 Feb 20 nicklas 1252
5845 26 Feb 20 nicklas 1253               <li><span class="require-permission" data-role="MIPsSecondaryAnalysis" data-link="mipsanalysis/align_confirm.jsp?ID=<%=ID%>"
5845 26 Feb 20 nicklas 1254                 >Confirm MIPs alignment</span> 
5845 26 Feb 20 nicklas 1255                 <span class="counter" data-counter="mips-aligned-sequences-not-confirmed" 
5845 26 Feb 20 nicklas 1256                   title="Number of MIPs aligned sequences waiting for confirmation">∙</span>
5826 18 Feb 20 nicklas 1257               </ul>
5826 18 Feb 20 nicklas 1258             </dd>
5826 18 Feb 20 nicklas 1259             
5389 29 Apr 19 nicklas 1260           </dl>
5389 29 Apr 19 nicklas 1261           
5374 18 Apr 19 nicklas 1262         </div>
3322 11 May 15 nicklas 1263         
5374 18 Apr 19 nicklas 1264         <div id="personal-information-section" class="wizard-group">
5374 18 Apr 19 nicklas 1265           <%
5374 18 Apr 19 nicklas 1266           if (isPatientCurator || isAdmin)
5374 18 Apr 19 nicklas 1267           {
5374 18 Apr 19 nicklas 1268             %>
5374 18 Apr 19 nicklas 1269             <h3>Personal information wizards</h3>
5374 18 Apr 19 nicklas 1270             <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
5374 18 Apr 19 nicklas 1271             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1272               <base:icon image="<%=home + "/images/personal.png" %>"/>
5374 18 Apr 19 nicklas 1273               Referral form registration wizards
5374 18 Apr 19 nicklas 1274             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1275             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1276               <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1277               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/persinfo.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1278                 >Pathology referral form registration</span>
6510 03 Dec 21 nicklas 1279                 <span class="counter more" data-counter="specimen-local-without-case" 
6510 03 Dec 21 nicklas 1280                   title="Number of (local) specimen tubes not linked to a case">∙</span><span 
6510 03 Dec 21 nicklas 1281                   class="counter" data-counter="specimen-external-without-case" 
6510 03 Dec 21 nicklas 1282                   title="Number of (external) specimen tubes not linked to a case">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1283   
5374 18 Apr 19 nicklas 1284               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/bloodform.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1285                 >Blood referral forms registration</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1286                 
5374 18 Apr 19 nicklas 1287               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/bloodfollowupform.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1288                 >Follow-up blood referral form registration</span>
5910 17 Apr 20 nicklas 1289
5910 17 Apr 20 nicklas 1290               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/import_followup_blood.jsp?ID=<%=ID%>"
5910 17 Apr 20 nicklas 1291                 >Batch-import follow-up blood referral forms</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1292   
5374 18 Apr 19 nicklas 1293               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/consentform.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1294                 >Consent form registration</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1295                 <span class="counter" data-counter="case-or-blood-without-consent" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1296                   title="Number of cases and blood samples without consent">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1297               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1298             </dd>
2226 13 Feb 14 nicklas 1299             
5374 18 Apr 19 nicklas 1300             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1301               <base:icon image="<%=home+"/images/report.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 1302               Referral forms
5374 18 Apr 19 nicklas 1303             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1304             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1305               <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1306               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/generate-referral-forms.jsp?ID=<%=ID%>"
6277 03 Jun 21 nicklas 1307                 >Referral ID generator</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1308               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1309             </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1310   
5374 18 Apr 19 nicklas 1311             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1312               <base:icon image="<%=home+"/images/delete.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 1313               Retraction wizard
5374 18 Apr 19 nicklas 1314             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1315             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1316               <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1317               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/retractionform.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1318                 >Mark extracts for retraction</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1319   
5374 18 Apr 19 nicklas 1320               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/retraction_followup_form.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1321                 >Retraction follow-up and destruction</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1322                 <span class="counter more" data-counter="patientitems-ready-for-retraction-followup" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1323                   title="Number of patient items ready for retraction follow-up">∙</span><span 
5374 18 Apr 19 nicklas 1324                   class="counter" data-counter="patientitems-ready-for-destruction" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1325                   title="Number of patient items ready for destruction">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1326   
5374 18 Apr 19 nicklas 1327               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1328             </dd>
2369 22 Apr 14 nicklas 1329             
5374 18 Apr 19 nicklas 1330             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1331               <base:icon image="<%=home+"/images/export_import.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 1332               Import and export wizards
5374 18 Apr 19 nicklas 1333             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1334             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1335               <ul>
6177 23 Mar 21 nicklas 1336               <li><span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="batch/import-external-specimen.jsp?ID=<%=ID%>"
6177 23 Mar 21 nicklas 1337                 >Import externally processed samples</span>
6671 07 Apr 22 nicklas 1338                 <span class="counter more merge" data-counter="import-files-json" 
6671 07 Apr 22 nicklas 1339                   title="Number JSON files waiting to be imported">∙</span><span
6671 07 Apr 22 nicklas 1340                   class="counter more" data-counter="import-files-fastq"
6671 07 Apr 22 nicklas 1341                   title="Number FASTQ pairs waiting to be imported">∙</span><span 
6582 11 Feb 22 nicklas 1342                   class="counter" data-counter="nospecimen-with-external-specimen" 
7223 31 May 23 nicklas 1343                   title="Number of NoSpecimen with ExternalSpecimenExists=Yes"></span>
7223 31 May 23 nicklas 1344                   <span id="json-auto-import-disabled" class="info-warning">auto-import is disabled</span>
6177 23 Mar 21 nicklas 1345               
5374 18 Apr 19 nicklas 1346               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/export-inca.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1347                 >INCA export</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1348   
5374 18 Apr 19 nicklas 1349               <li><span id="inca-import" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1350                 class="require-permission" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1351                 data-role="PatientCurator"
5374 18 Apr 19 nicklas 1352                 data-link="personal/import-inca.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1353                 >INCA import</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1354   
5374 18 Apr 19 nicklas 1355               <li><span id="inca-statistics" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1356                 class="require-permission" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1357                 data-role="PatientCurator"
5374 18 Apr 19 nicklas 1358                 data-link="personal/inca-statistics.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1359                 >INCA statistics</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1360   
5374 18 Apr 19 nicklas 1361               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/export-monthly-oplist.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1362                 >Export monthly operation list</span>
4659 26 Jan 18 nicklas 1363                 
5374 18 Apr 19 nicklas 1364               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/export_missing_data_sample_list.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1365                 >Export missing data sample list</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1366   
5374 18 Apr 19 nicklas 1367               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/export_missing_consent_data_sample_list.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1368                 >Export missing consent data sample list</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1369                 
5374 18 Apr 19 nicklas 1370               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="batch/frozen-tissue-date.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1371                 >Import frozen tissue date</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1372                 
5374 18 Apr 19 nicklas 1373               <li><span class="require-permission" data-role="PatientCurator" data-link="personal/map-external-data.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1374                 >Map external data to releases</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1375               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1376             </dd>
4659 26 Jan 18 nicklas 1377             
5374 18 Apr 19 nicklas 1378             </dl>
5374 18 Apr 19 nicklas 1379             <%
5374 18 Apr 19 nicklas 1380           }
5374 18 Apr 19 nicklas 1381           %>
5374 18 Apr 19 nicklas 1382           <h3>Sample curation and outtake wizards</h3>
5374 18 Apr 19 nicklas 1383           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
5374 18 Apr 19 nicklas 1384             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1385               <base:icon image="<%=home+"/images/flag.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 1386               Re-processing wizards
5374 18 Apr 19 nicklas 1387             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1388             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1389               <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1390               <li><span class="require-permission" data-role="PrepCurator" data-link="flaggedrna/search.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1391                 >Flagged RNA</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1392                 <span class="counter" data-counter="flagged-rna" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1393                   title="Number of flagged RNA items">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1394               <li><span class="require-permission" data-role="PrepCurator" data-link="flaggedalignment/search.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1395                 >Flagged alignment</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1396                 <span class="counter" data-counter="flagged-alignment" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1397                   title="Number of flagged alignment items">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1398               <li><span class="require-permission" data-role="PrepCurator" data-link="sampleproc/paused-specimen.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1399                 >Paused specimen</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1400                 <span class="counter" data-counter="paused-specimen" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1401                   title="Number of paused+scheduled specimen items">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1402               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1403             </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1404   
5374 18 Apr 19 nicklas 1405             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1406               <base:icon image="<%=home+"/images/smile.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 1407               Batch update wizards
5374 18 Apr 19 nicklas 1408             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1409             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1410               <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1411               <li><span class="require-permission" data-role="PrepCurator" data-link="batch/linked-specimen.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1412                 >Linked specimen</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1413               <li><span class="require-permission" data-role="PrepCurator" data-link="batch/reference-date.jsp?ID=<%=ID%>"
6098 11 Jan 21 nicklas 1414                 >Reference date and linked cases</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1415               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1416             </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1417             
5374 18 Apr 19 nicklas 1418             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1419               <base:icon image="<%=home+"/images/outtake.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 1420               Sample outtake wizards
5374 18 Apr 19 nicklas 1421             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1422             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1423               <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1424               <li><span class="require-permission" data-role="PrepCurator" data-link="outtake/define.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1425                 >Define a new sample outtake</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1426               <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="outtake/picklist.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1427                 >Protocols and labels for sample outtakes</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1428                 <span class="counter" data-counter="active-outtake-lists" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1429                   title="Number of sample outtakes waiting to be processed">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1430               <li><span class="require-permission" data-role="SamplePrep" data-link="outtake/register.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1431                 >Register sample outtake</span> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1432                 <span class="counter" data-counter="active-outtake-lists" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1433                   title="Number of sample outtakes waiting to be processed">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1434               <li><span class="require-permission" data-role="PrepCurator" data-link="outtake/delivery_export.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1435                 >Export delivery data file for sample outtake</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1436                 <span class="counter" data-counter="undelivered-outtake-lists" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1437                   title="Number of sample outtakes not delivered">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1438               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1439             </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1440   
5374 18 Apr 19 nicklas 1441           </dl>
5374 18 Apr 19 nicklas 1442         </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 1443         
5374 18 Apr 19 nicklas 1444         <div id="statistics-section" class="wizard-group">
5374 18 Apr 19 nicklas 1445           <h3>Statistics and reporting wizards</h3>
5374 18 Apr 19 nicklas 1446           <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
5374 18 Apr 19 nicklas 1447             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1448               <base:icon image="<%=home+"/images/report.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 1449               <span class="require-permission" data-role="" data-link="reports/samplereportgenerator.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1450                 >Sample source report</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1451             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1452             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1453               <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1454               <li>Sample count report</li> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1455               <li>Consent count report</li> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1456               <li>Patient count report</li> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1457               <li>Overview report</li> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1458               <li>Missing sample data report</li> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1459               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1460             </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1461             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1462               <base:icon image="<%=home+"/images/chart_bar.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 1463               <span class="require-permission" data-role="" data-link="reports/scanbquartermonthreportgenerator.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1464                 >Sample processing statistics</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1465             </dt>        
5374 18 Apr 19 nicklas 1466             <dd>        
5374 18 Apr 19 nicklas 1467               <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1468               <li>SCAN-B quarter/month report</li> 
5374 18 Apr 19 nicklas 1469               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1470             </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1471             <dt style="margin-bottom: 0.5em;">
5374 18 Apr 19 nicklas 1472               <base:icon image="<%=home+"/images/yellow-label.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 1473               <span class="require-permission" data-role="" data-link="yellowlabel/list.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1474                 >YellowLabel tracking and reporting</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1475                 <span class="counter" data-counter="specimen-active-yellow-label" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1476                   title="Number of active YellowLabel specimen">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1477             </dt>  
5374 18 Apr 19 nicklas 1478           </dl>
5374 18 Apr 19 nicklas 1479         </div>
4659 26 Jan 18 nicklas 1480
5374 18 Apr 19 nicklas 1481         <div id="administration-section" class="wizard-group">
5374 18 Apr 19 nicklas 1482           <%
5374 18 Apr 19 nicklas 1483           if (isAdmin)
5374 18 Apr 19 nicklas 1484           {
5374 18 Apr 19 nicklas 1485             %>
5374 18 Apr 19 nicklas 1486             <h3>Server administrator wizards</h3>
5374 18 Apr 19 nicklas 1487             <dl class="leftborder rightborder bottomborder">
5374 18 Apr 19 nicklas 1488             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1489               <base:icon image="<%=home + "/images/install.png" %>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 1490               <span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="admin/install.jsp?ID=<%=ID%>">Installation wizard</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1491             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1492             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1493               <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1494               <li>Check that items needed by Reggie exists in BASE.
5374 18 Apr 19 nicklas 1495               <li>Create and fix items.
5374 18 Apr 19 nicklas 1496               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1497             </dd>
6684 20 Apr 22 nicklas 1498
6684 20 Apr 22 nicklas 1499             <div id="reload-config-wizard" style="display: none;">
6684 20 Apr 22 nicklas 1500               <dt class="high-alert">Reggie configuration has been modified</dt>
6684 20 Apr 22 nicklas 1501               <dd>
6684 20 Apr 22 nicklas 1502               <ul>
6684 20 Apr 22 nicklas 1503               <li><span id="reload-config" class="require-permission" data-role="Administrator"
6684 20 Apr 22 nicklas 1504                 >Reload reggie-config.xml</span>
6684 20 Apr 22 nicklas 1505               </ul>
6684 20 Apr 22 nicklas 1506               </dd>
6684 20 Apr 22 nicklas 1507             </div>
6684 20 Apr 22 nicklas 1508           
5374 18 Apr 19 nicklas 1509             <dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1510               <base:icon image="<%=home + "/images/ogs-cluster.png"%>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 1511               Other tasks
5374 18 Apr 19 nicklas 1512             </dt>
5374 18 Apr 19 nicklas 1513             <dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1514               <ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1515               <li><span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="admin/remote/list-hosts.jsp?ID=<%=ID%>"
6682 20 Apr 22 nicklas 1516                 >Job scheduler hosts</span>
4542 26 Jun 17 nicklas 1517                 
5374 18 Apr 19 nicklas 1518               <li><span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="admin/stray-files.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1519                 >Stray files wizard</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1520                 <span class="counter" data-counter="stray-folders" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1521                   title="Number of stray folders">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1522                   
5374 18 Apr 19 nicklas 1523               <li><span class="require-permission" data-role="Administrator" data-link="admin/analysis-cleanup.jsp?ID=<%=ID%>"
5374 18 Apr 19 nicklas 1524                 >Secondary analysis cleanup</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1525                 <span class="counter more" data-counter="analysis-cleanup-dba"
5374 18 Apr 19 nicklas 1526                   title="Number of derived bioassay items to cleanup">∙</span><span 
5374 18 Apr 19 nicklas 1527                   class="counter" data-counter="analysis-cleanup-rba" 
5374 18 Apr 19 nicklas 1528                   title="Number of raw bioassay items to cleanup">∙</span>
5374 18 Apr 19 nicklas 1529               </ul>
5374 18 Apr 19 nicklas 1530             </dd>
5374 18 Apr 19 nicklas 1531             </dl>
5374 18 Apr 19 nicklas 1532             <%
5374 18 Apr 19 nicklas 1533           }
5374 18 Apr 19 nicklas 1534           %>
5374 18 Apr 19 nicklas 1535         </div>
2620 01 Sep 14 nicklas 1536         
2196 13 Jan 14 nicklas 1537       </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 1538     </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 1539     
5442 21 May 19 nicklas 1540     <div class="absolutefull" style="width: 30%; left: auto;">
5378 23 Apr 19 nicklas 1541       <div class="absolutefull" style="left: 0.5em; bottom: 2em;">
5378 23 Apr 19 nicklas 1542         <div class="absolutefull" style="right: 1em; height: 4em;">
5378 23 Apr 19 nicklas 1543           <b>Case summary</b><br>
5378 23 Apr 19 nicklas 1544           <input type="text" class="text auto-init" data-auto-init="focus" 
5378 23 Apr 19 nicklas 1545             name="caseName" id="caseName" title="Please enter a SCAN-B case id, personal number, release id, PAD, etc." 
5378 23 Apr 19 nicklas 1546             style="width: 15em;">
5378 23 Apr 19 nicklas 1547           <base:button id="btnCaseSummary" title="Go" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" />
5374 18 Apr 19 nicklas 1548         </div>
5378 23 Apr 19 nicklas 1549         <div class="absolutefull" style="top: 4em; padding-right: 0.5em;">
5378 23 Apr 19 nicklas 1550           <div id="summary-stats">
5378 23 Apr 19 nicklas 1551             <div class="counter" data-counter="patients-all" 
5378 23 Apr 19 nicklas 1552               title="Total number of patients">∙</div> Patients<br>
5378 23 Apr 19 nicklas 1553             <div class="counter" data-counter="specimen-all" 
5378 23 Apr 19 nicklas 1554               title="Total number of specimen tubes">∙</div> Specimen Tubes<br>
5378 23 Apr 19 nicklas 1555             <div class="counter" data-counter="rna-all-extracted" 
5378 23 Apr 19 nicklas 1556               title="Total number of extracted RNA">∙</div> Extracted Rna<br>
5378 23 Apr 19 nicklas 1557             <div class="counter" data-counter="libraries-all-aligned" 
5378 23 Apr 19 nicklas 1558               title="Total number of aligned libraries">∙</div> Aligned Libraries<br>
5378 23 Apr 19 nicklas 1559             <div class="counter" data-counter="rawbioassys-all-with-genereport"
5378 23 Apr 19 nicklas 1560               title="Total number of generated gene reports">∙</div> Gene Reports<br>
5378 23 Apr 19 nicklas 1561             <div class="counter" data-counter="stained-score-complete"
5378 23 Apr 19 nicklas 1562               title="Total number of completely scored histology samples">∙</div> Scored Histology Samples
5378 23 Apr 19 nicklas 1563           </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 1564
5404 08 May 19 nicklas 1565           <div id="activity-log">
5761 28 Nov 19 nicklas 1566             <div id="quote-of-the-day"></div>
5404 08 May 19 nicklas 1567             <a id="activity-log-rss" href="<%=servletHome%>/ActivityLog.rss" 
5404 08 May 19 nicklas 1568               title="Get the activity log as an RSS feed"><img src="images/rss.png"></a>
5404 08 May 19 nicklas 1569             <div id="activity-log-entries"></div>
5404 08 May 19 nicklas 1570           </div>
5378 23 Apr 19 nicklas 1571         </div>
5374 18 Apr 19 nicklas 1572       </div>
4691 13 Mar 18 nicklas 1573       <div id="counter-age-control">
4691 13 Mar 18 nicklas 1574         <b>Counters last updated</b> <span id="counter-age"></span><base:icon id="counter-refresh" 
4691 13 Mar 18 nicklas 1575           image="<%=home+"/images/refresh-small.png"%>" style="display:none;" title="Force update of counters" 
4691 13 Mar 18 nicklas 1576           /><base:icon id="counter-loading" image="<%=home+"/images/loading-small.gif"%>" />
4691 13 Mar 18 nicklas 1577       </div>
1538 21 Feb 12 nicklas 1578     </div>
1821 06 Feb 13 nicklas 1579     </form>
3127 10 Feb 15 nicklas 1580     
1538 21 Feb 12 nicklas 1581   </div>
1472 23 Nov 11 martin 1582   
1282 25 Jan 11 nicklas 1583 </base:body>
1282 25 Jan 11 nicklas 1584 </base:page>
1282 25 Jan 11 nicklas 1585 <%
1282 25 Jan 11 nicklas 1586 }
1282 25 Jan 11 nicklas 1587 finally
1282 25 Jan 11 nicklas 1588 {
1282 25 Jan 11 nicklas 1589   if (dc != null) dc.close();
1282 25 Jan 11 nicklas 1590 }
1282 25 Jan 11 nicklas 1591 %>

Generated on Tue Nov 21 03:32:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)