extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/libprep/cdna_registration.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1762 03 Dec 12 nicklas 1 <%@ page
1762 03 Dec 12 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
1762 03 Dec 12 nicklas 3   session="false"
1762 03 Dec 12 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
1762 03 Dec 12 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1762 03 Dec 12 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1762 03 Dec 12 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
1762 03 Dec 12 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
1762 03 Dec 12 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
1762 03 Dec 12 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
1762 03 Dec 12 nicklas 11 %>
1762 03 Dec 12 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1762 03 Dec 12 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
1762 03 Dec 12 nicklas 14 <%
3976 26 May 16 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
1762 03 Dec 12 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
1762 03 Dec 12 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
1762 03 Dec 12 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
1762 03 Dec 12 nicklas 19 DbControl dc = null;
1762 03 Dec 12 nicklas 20 try
1762 03 Dec 12 nicklas 21 {
1762 03 Dec 12 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
1762 03 Dec 12 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
1762 03 Dec 12 nicklas 24 %>
1762 03 Dec 12 nicklas 25 <base:page type="default" >
2667 15 Sep 14 nicklas 26 <base:head 
2667 15 Sep 14 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~cdna_registration.js" 
2667 15 Sep 14 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
2667 15 Sep 14 nicklas 29   >
2667 15 Sep 14 nicklas 30 <style>
2667 15 Sep 14 nicklas 31 .date-col
1762 03 Dec 12 nicklas 32 {
2667 15 Sep 14 nicklas 33   width: 12em;
1890 01 Mar 13 nicklas 34 }
1762 03 Dec 12 nicklas 35
2667 15 Sep 14 nicklas 36 .operator-col input
1890 01 Mar 13 nicklas 37 {
3026 11 Dec 14 nicklas 38   width: 95%;
1890 01 Mar 13 nicklas 39 }
2667 15 Sep 14 nicklas 40 </style>
1890 01 Mar 13 nicklas 41
1762 03 Dec 12 nicklas 42 </base:head>
2667 15 Sep 14 nicklas 43 <base:body>
1762 03 Dec 12 nicklas 44
1762 03 Dec 12 nicklas 45   <p:path><p:pathelement 
1762 03 Dec 12 nicklas 46     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
1762 03 Dec 12 nicklas 47     /><p:pathelement title="cDNA registration" 
1762 03 Dec 12 nicklas 48     /></p:path>
1762 03 Dec 12 nicklas 49
1762 03 Dec 12 nicklas 50   <div class="content">
1762 03 Dec 12 nicklas 51
2667 15 Sep 14 nicklas 52   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
2667 15 Sep 14 nicklas 53
2667 15 Sep 14 nicklas 54   <div class="step" id="step-1">
2667 15 Sep 14 nicklas 55     <div class="step-no">1</div>
2667 15 Sep 14 nicklas 56     <div class="step-title">Select cDNA bioplate</div>
2667 15 Sep 14 nicklas 57     <div class="step-content">
1762 03 Dec 12 nicklas 58   
2667 15 Sep 14 nicklas 59       <table class="step-form">
1762 03 Dec 12 nicklas 60       <tr valign="top">
1762 03 Dec 12 nicklas 61         <td class="prompt">cDNA bioplate</td>
2667 15 Sep 14 nicklas 62         <td class="input">
2667 15 Sep 14 nicklas 63           <select class="required" name="bioplate" id="bioplate"></select>
1762 03 Dec 12 nicklas 64         </td>
1762 03 Dec 12 nicklas 65         <td class="status" id="bioplate.status"></td>
2667 15 Sep 14 nicklas 66         <td class="help">
2667 15 Sep 14 nicklas 67           <span id="bioplate.message" class="message"></span>
1762 03 Dec 12 nicklas 68           Select an existing cDNA bioplate. The list contain all cDNA bioplates that
1762 03 Dec 12 nicklas 69           has not yet been processed (determined by the absence of a 'creation' date).
1762 03 Dec 12 nicklas 70         </td>
1762 03 Dec 12 nicklas 71       </tr>
1762 03 Dec 12 nicklas 72       <tr valign="top">
1890 01 Mar 13 nicklas 73         <td class="prompt">Outcome</td>
1890 01 Mar 13 nicklas 74         <td class="input">
2667 15 Sep 14 nicklas 75           <label><input type="radio" name="outcome" id="outcomeSuccess" 
2667 15 Sep 14 nicklas 76             onchange="outcomeOnChange()" checked>Success</label> - continue with library preparation<br>
2667 15 Sep 14 nicklas 77           <label><input type="radio" name="outcome" id="outcomeFailed" 
2667 15 Sep 14 nicklas 78             onchange="outcomeOnChange()">Failure</label> - no further processing to libraries
1890 01 Mar 13 nicklas 79         </td>
1890 01 Mar 13 nicklas 80         <td class="status"></td>
1890 01 Mar 13 nicklas 81         <td class="help">
1890 01 Mar 13 nicklas 82           Select the <b>Failure</b> option if further processing to cDNA is not possible.
1890 01 Mar 13 nicklas 83           No child cDNA plate will be created and existing RNA will be flagged and added
1890 01 Mar 13 nicklas 84           to the <b>Flagged RNA</b> list.
1890 01 Mar 13 nicklas 85         </td>
1890 01 Mar 13 nicklas 86       </tr>
1890 01 Mar 13 nicklas 87       </table>
2667 15 Sep 14 nicklas 88     </div>
1890 01 Mar 13 nicklas 89   </div>
2667 15 Sep 14 nicklas 90         
2667 15 Sep 14 nicklas 91   <div class="step" id="step-2">
2667 15 Sep 14 nicklas 92     <div class="step-no">2</div>
2667 15 Sep 14 nicklas 93     <div class="step-title">cDNA preparation information</div>
2667 15 Sep 14 nicklas 94     <div class="step-content">
2667 15 Sep 14 nicklas 95     
2667 15 Sep 14 nicklas 96       <table class="step-form">
2667 15 Sep 14 nicklas 97       <tr>
1999 29 May 13 nicklas 98         <td class="prompt">Step</td>
2667 15 Sep 14 nicklas 99         <td class="date-col"><b>Date</b></td>
2667 15 Sep 14 nicklas 100         <td class="operator-col"><b>Operator</b></td>
1999 29 May 13 nicklas 101         <td class="status"></td>
1999 29 May 13 nicklas 102         <td class="help" rowspan="2">
1999 29 May 13 nicklas 103           Enter date and operator for each step in the cDNA preparation.
1999 29 May 13 nicklas 104           (YYYYMMDD or MMDD)
1762 03 Dec 12 nicklas 105         </td>
1999 29 May 13 nicklas 106       </tr>
1999 29 May 13 nicklas 107       <tr>
1999 29 May 13 nicklas 108         <td class="subprompt">Synthesis</td>
2667 15 Sep 14 nicklas 109         <td class="date-col">
2667 15 Sep 14 nicklas 110           <input type="text" name="synthesisDate" id="synthesisDate"
2667 15 Sep 14 nicklas 111             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="synthesisOperator"
2667 15 Sep 14 nicklas 112             style="width: 8em;" maxlength="10">
1999 29 May 13 nicklas 113             <base:icon 
2667 15 Sep 14 nicklas 114               id="synthesisDateCalendar"
2667 15 Sep 14 nicklas 115               subclass="auto-init"
2667 15 Sep 14 nicklas 116               data-auto-init="calendar"
2667 15 Sep 14 nicklas 117               data-textarea-id="synthesisDate"
2667 15 Sep 14 nicklas 118               data-date-format="yyyyMMdd"
2667 15 Sep 14 nicklas 119               data-title="Synthesis date"
1999 29 May 13 nicklas 120               image="calendar.png" 
1999 29 May 13 nicklas 121               tooltip="Select a date from a calendar" 
1999 29 May 13 nicklas 122               tabindex="-1"
1999 29 May 13 nicklas 123             />
1762 03 Dec 12 nicklas 124         </td>
2667 15 Sep 14 nicklas 125         <td class="operator-col">
2667 15 Sep 14 nicklas 126           <input type="text" name="synthesisOperator" id="synthesisOperator" 
2667 15 Sep 14 nicklas 127             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="cdnaProtocol"
2667 15 Sep 14 nicklas 128             value="<%=HTML.encodeTags(user.getName())%>" maxlength="255">
1999 29 May 13 nicklas 129         </td>
1999 29 May 13 nicklas 130         <td class="status" id="synthesisDate.status"></td>
1762 03 Dec 12 nicklas 131       </tr>
2667 15 Sep 14 nicklas 132
2667 15 Sep 14 nicklas 133       <tr>
1762 03 Dec 12 nicklas 134         <td class="prompt">Protocol</td>
2667 15 Sep 14 nicklas 135         <td class="input" colspan="2">
2667 15 Sep 14 nicklas 136           <select name="cdnaProtocol" id="cdnaProtocol" 
2667 15 Sep 14 nicklas 137             class="auto-init" data-auto-init="focus-on-enter" data-next-focus="comments"
2667 15 Sep 14 nicklas 138             ></select>
2667 15 Sep 14 nicklas 139         </td>
1762 03 Dec 12 nicklas 140         <td class="status" id="cdnaProtocol.status"></td>
2667 15 Sep 14 nicklas 141         <td class="help">
2667 15 Sep 14 nicklas 142           <span id="cdnaProtocol.message" class="message"></span>
1999 29 May 13 nicklas 143           Select the protocol which was used in the cDNA preparation.
1762 03 Dec 12 nicklas 144         </td>
1762 03 Dec 12 nicklas 145       </tr>
2667 15 Sep 14 nicklas 146       <tr class="align-top">
1762 03 Dec 12 nicklas 147         <td class="prompt">Comments</td>
2667 15 Sep 14 nicklas 148         <td class="input" colspan="2">
2667 15 Sep 14 nicklas 149           <textarea name="comments" id="comments" rows="4"></textarea></td>
1890 01 Mar 13 nicklas 150         <td class="status" id="comments.status"></td>
2667 15 Sep 14 nicklas 151         <td class="help">
2667 15 Sep 14 nicklas 152           <span id="comments.message" class="message"></span>
2667 15 Sep 14 nicklas 153           Comments about the cDNA preparation.
2667 15 Sep 14 nicklas 154         </td>
1762 03 Dec 12 nicklas 155       </tr>
1762 03 Dec 12 nicklas 156       </table>
2667 15 Sep 14 nicklas 157     </div>
1890 01 Mar 13 nicklas 158   </div>
1762 03 Dec 12 nicklas 159   
2667 15 Sep 14 nicklas 160   <div id="wizard-status"></div>
1762 03 Dec 12 nicklas 161   
2667 15 Sep 14 nicklas 162   <table class="navigation" id="navigation">
2667 15 Sep 14 nicklas 163   <tr>
2667 15 Sep 14 nicklas 164     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
2667 15 Sep 14 nicklas 165     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
2667 15 Sep 14 nicklas 166     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
2667 15 Sep 14 nicklas 167     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
2667 15 Sep 14 nicklas 168     <td id="gonext-message" class="message"></td>
2667 15 Sep 14 nicklas 169   </tr>
1762 03 Dec 12 nicklas 170   </table>
1762 03 Dec 12 nicklas 171   
1762 03 Dec 12 nicklas 172   </form>
1762 03 Dec 12 nicklas 173   </div>
1762 03 Dec 12 nicklas 174   
1762 03 Dec 12 nicklas 175 </base:body>
1762 03 Dec 12 nicklas 176 </base:page>
1762 03 Dec 12 nicklas 177 <%
1762 03 Dec 12 nicklas 178 }
1762 03 Dec 12 nicklas 179 finally
1762 03 Dec 12 nicklas 180 {
1762 03 Dec 12 nicklas 181   if (dc != null) dc.close();
1762 03 Dec 12 nicklas 182 }
1762 03 Dec 12 nicklas 183 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:47 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)