extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/libprep/libprep_protocol.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1814 30 Jan 13 nicklas 1 <%@ page
1814 30 Jan 13 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
1814 30 Jan 13 nicklas 3   session="false"
1814 30 Jan 13 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
1814 30 Jan 13 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1814 30 Jan 13 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1814 30 Jan 13 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
1814 30 Jan 13 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
1814 30 Jan 13 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
1814 30 Jan 13 nicklas 10 %>
1814 30 Jan 13 nicklas 11 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1814 30 Jan 13 nicklas 12 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
1814 30 Jan 13 nicklas 13 <%
3976 26 May 16 nicklas 14 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
1814 30 Jan 13 nicklas 15 final String ID = sc.getId();
1814 30 Jan 13 nicklas 16 final float scale = Base.getScale(sc);
1814 30 Jan 13 nicklas 17 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
1814 30 Jan 13 nicklas 18 DbControl dc = null;
1814 30 Jan 13 nicklas 19 try
1814 30 Jan 13 nicklas 20 {
1814 30 Jan 13 nicklas 21   dc = sc.newDbControl();
1814 30 Jan 13 nicklas 22   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
1814 30 Jan 13 nicklas 23 %>
1814 30 Jan 13 nicklas 24 <base:page type="default" >
2673 16 Sep 14 nicklas 25 <base:head 
2673 16 Sep 14 nicklas 26   scripts="~../reggie-2.js,~libprep_protocol.js" 
2673 16 Sep 14 nicklas 27   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
2673 16 Sep 14 nicklas 28   >
1900 07 Mar 13 nicklas 29 <style>
1900 07 Mar 13 nicklas 30 #export div
1900 07 Mar 13 nicklas 31 {
1900 07 Mar 13 nicklas 32   margin-left: 1em;
1900 07 Mar 13 nicklas 33 }
1900 07 Mar 13 nicklas 34 </style>
1814 30 Jan 13 nicklas 35 </base:head>
2673 16 Sep 14 nicklas 36 <base:body>
1814 30 Jan 13 nicklas 37
1814 30 Jan 13 nicklas 38   <p:path><p:pathelement 
1814 30 Jan 13 nicklas 39     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
1894 04 Mar 13 nicklas 40     /><p:pathelement title="Lab protocols for library preparation" 
1814 30 Jan 13 nicklas 41     /></p:path>
1814 30 Jan 13 nicklas 42
1814 30 Jan 13 nicklas 43   <div class="content">
1814 30 Jan 13 nicklas 44
2673 16 Sep 14 nicklas 45   <form name="reggie" action="libprep_protocol2.jsp" method="post" target="_blank" id="wizard" class="wizard">
1814 30 Jan 13 nicklas 46   <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
1814 30 Jan 13 nicklas 47   <input type="hidden" name="view" value="list">
1814 30 Jan 13 nicklas 48   <input type="hidden" name="poolSchema" value="4by24">
1814 30 Jan 13 nicklas 49   <input type="hidden" name="barcodeVariant" value="">
1814 30 Jan 13 nicklas 50   
2673 16 Sep 14 nicklas 51   <div class="step" id="step-1">
2673 16 Sep 14 nicklas 52     <div class="step-no">1</div>
2673 16 Sep 14 nicklas 53     <div class="step-title">Select Library bioplate</div>
2673 16 Sep 14 nicklas 54     <div class="step-content">
2673 16 Sep 14 nicklas 55
2673 16 Sep 14 nicklas 56       <table class="step-form">
2673 16 Sep 14 nicklas 57       <tr>
1894 04 Mar 13 nicklas 58         <td class="prompt">Library bioplate</td>
2673 16 Sep 14 nicklas 59         <td class="input">
2673 16 Sep 14 nicklas 60           <select name="bioplate" id="bioplate"></select>
1814 30 Jan 13 nicklas 61         </td>
1814 30 Jan 13 nicklas 62         <td class="status" id="bioplate.status"></td>
2673 16 Sep 14 nicklas 63         <td class="help">
2673 16 Sep 14 nicklas 64           <span id="bioplate.message" class="message"></span>
1894 04 Mar 13 nicklas 65           Select an existing Library bioplate. The list contain all Library bioplates that
1894 04 Mar 13 nicklas 66           has not yet been processed (determined by the absence of a 'creation' date).
1814 30 Jan 13 nicklas 67         </td>
1814 30 Jan 13 nicklas 68       </tr>
2673 16 Sep 14 nicklas 69       <tbody class="info-section">
2673 16 Sep 14 nicklas 70       <tr>
2673 16 Sep 14 nicklas 71         <td class="prompt">Comments</td>
2673 16 Sep 14 nicklas 72         <td class="info" id="comments"></td>
1814 30 Jan 13 nicklas 73         <td class="status" id="comments.status"></td>
2673 16 Sep 14 nicklas 74         <td class="help"></td>
1814 30 Jan 13 nicklas 75       </tr>
2673 16 Sep 14 nicklas 76       </tbody>
2673 16 Sep 14 nicklas 77       <tr class="align-top">
1814 30 Jan 13 nicklas 78         <td class="prompt">Lab protocols</td>
2673 16 Sep 14 nicklas 79         <td class="input">
2673 16 Sep 14 nicklas 80           <span id="listview" class="link" data-protocol-type="list"><img src="../images/listview.png">&nbsp;List layout</span><br>
2673 16 Sep 14 nicklas 81           <span id="plateview" class="link" data-protocol-type="plate"><img src="../images/plateview.png">&nbsp;Plate layout</span><br>
1814 30 Jan 13 nicklas 82         </td>
1814 30 Jan 13 nicklas 83         <td class="status" id="protocol.status"></td>
2673 16 Sep 14 nicklas 84         <td class="help">
2673 16 Sep 14 nicklas 85           <span id="protocol.message" class="message"></span>
1814 30 Jan 13 nicklas 86           The 'list layout' generates a table with one row for each well on the work plate.
1814 30 Jan 13 nicklas 87           The 'plate layout' generates a grid with wells arranged according to row and column coordinates.
1814 30 Jan 13 nicklas 88         </td>
1814 30 Jan 13 nicklas 89       </tr>
2673 16 Sep 14 nicklas 90       <tr class="align-top">
1814 30 Jan 13 nicklas 91         <td class="prompt">Export files</td>
1814 30 Jan 13 nicklas 92         <td class="input" id="export" style="white-space: nowrap; line-height: 1.5em;">
1925 11 Apr 13 nicklas 93           <i>Qubit</i>
1925 11 Apr 13 nicklas 94           <div id="exportQubit"></div>
1925 11 Apr 13 nicklas 95           <i>Caliper - 96 wells</i>
1900 07 Mar 13 nicklas 96           <div id="exportCaliper96"></div>
1814 30 Jan 13 nicklas 97         </td>
1814 30 Jan 13 nicklas 98         <td class="status" id="export.status"></td>
2673 16 Sep 14 nicklas 99         <td class="help">
2673 16 Sep 14 nicklas 100           <span id="protocol.message" class="message"></span>
1900 07 Mar 13 nicklas 101           <p>
5297 13 Feb 19 nicklas 102           Select what to export. Typically, you'll need the all of the
5297 13 Feb 19 nicklas 103           <b>Caliper</b> files and either the Excel or tab-separated text version of the <b>Qubit</b>
5297 13 Feb 19 nicklas 104           file.
1900 07 Mar 13 nicklas 105           <p>
1896 05 Mar 13 nicklas 106           Tip! You can run the exporters for any bioplate as a regular plug-in by selecting 
1896 05 Mar 13 nicklas 107           a bioplate from the list at <a 
1896 05 Mar 13 nicklas 108           href="<%=request.getContextPath()%>/biomaterials/bioplates/index.jsp?ID=<%=ID%>"
1896 05 Mar 13 nicklas 109           >Biomaterial LIMS › Bioplates</a> and then use the <b>Export</b> button. 
1814 30 Jan 13 nicklas 110         </td>
1814 30 Jan 13 nicklas 111       </tr>
1814 30 Jan 13 nicklas 112       </table>
2673 16 Sep 14 nicklas 113     </div>
2673 16 Sep 14 nicklas 114   </div>
1814 30 Jan 13 nicklas 115   
2673 16 Sep 14 nicklas 116   <div id="wizard-status"></div>
1814 30 Jan 13 nicklas 117   
1814 30 Jan 13 nicklas 118   </form>
1814 30 Jan 13 nicklas 119   </div>
1814 30 Jan 13 nicklas 120   
1814 30 Jan 13 nicklas 121 </base:body>
1814 30 Jan 13 nicklas 122 </base:page>
1814 30 Jan 13 nicklas 123 <%
1814 30 Jan 13 nicklas 124 }
1814 30 Jan 13 nicklas 125 finally
1814 30 Jan 13 nicklas 126 {
1814 30 Jan 13 nicklas 127   if (dc != null) dc.close();
1814 30 Jan 13 nicklas 128 }
1814 30 Jan 13 nicklas 129 %>

Generated on Tue Nov 21 03:30:55 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)