extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/mipsanalysis/demux_confirm.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5493 13 Jun 19 nicklas 1 <%@ page
5493 13 Jun 19 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
5493 13 Jun 19 nicklas 3   session="false"
5493 13 Jun 19 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
5493 13 Jun 19 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5493 13 Jun 19 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5493 13 Jun 19 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
5493 13 Jun 19 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
5493 13 Jun 19 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
5493 13 Jun 19 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5493 13 Jun 19 nicklas 11 %>
5493 13 Jun 19 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
5493 13 Jun 19 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
5493 13 Jun 19 nicklas 14 <%
5493 13 Jun 19 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
5493 13 Jun 19 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
5493 13 Jun 19 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
5493 13 Jun 19 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
5493 13 Jun 19 nicklas 19 DbControl dc = null;
5493 13 Jun 19 nicklas 20 try
5493 13 Jun 19 nicklas 21 {
5493 13 Jun 19 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
5493 13 Jun 19 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
5493 13 Jun 19 nicklas 24 %>
5493 13 Jun 19 nicklas 25 <base:page type="default" >
5493 13 Jun 19 nicklas 26 <base:head 
5493 13 Jun 19 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~demux_confirm.js" 
5493 13 Jun 19 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
5493 13 Jun 19 nicklas 29   >
5493 13 Jun 19 nicklas 30 <style>
5493 13 Jun 19 nicklas 31
5493 13 Jun 19 nicklas 32 #fc-info-table
5493 13 Jun 19 nicklas 33 {
5493 13 Jun 19 nicklas 34   border-collapse: collapse;
5493 13 Jun 19 nicklas 35   background-color: #FFFFFF;
5493 13 Jun 19 nicklas 36   border-width: 1px;
5493 13 Jun 19 nicklas 37 }
5493 13 Jun 19 nicklas 38
5493 13 Jun 19 nicklas 39 #fc-info-table td, #fc-info-table th
5493 13 Jun 19 nicklas 40 {
5493 13 Jun 19 nicklas 41   padding: 1px 4px 1px 4px;
5493 13 Jun 19 nicklas 42   text-align: center;
5493 13 Jun 19 nicklas 43   border-left-width: 1px;
5493 13 Jun 19 nicklas 44   border-left-style: dotted;
5493 13 Jun 19 nicklas 45   border-right-width: 1px;
5493 13 Jun 19 nicklas 46   border-right-style: dotted;
5493 13 Jun 19 nicklas 47 }
5493 13 Jun 19 nicklas 48
5493 13 Jun 19 nicklas 49 thead
5493 13 Jun 19 nicklas 50 {
5493 13 Jun 19 nicklas 51   border-bottom-width: 1px;
5493 13 Jun 19 nicklas 52 }
5493 13 Jun 19 nicklas 53
5493 13 Jun 19 nicklas 54 tr.highlight
5493 13 Jun 19 nicklas 55 {
5493 13 Jun 19 nicklas 56   border-top-width: 1px;
5493 13 Jun 19 nicklas 57   border-top-style: dotted;
5493 13 Jun 19 nicklas 58 }
5493 13 Jun 19 nicklas 59
5493 13 Jun 19 nicklas 60
5493 13 Jun 19 nicklas 61 #mergedSequencesTable
5493 13 Jun 19 nicklas 62 {
5493 13 Jun 19 nicklas 63   width: 100%; 
5493 13 Jun 19 nicklas 64   border-collapse: collapse;
5493 13 Jun 19 nicklas 65 }
5493 13 Jun 19 nicklas 66
5493 13 Jun 19 nicklas 67 #mergedSequencesTable thead
5493 13 Jun 19 nicklas 68 {
5493 13 Jun 19 nicklas 69   border-top-width: 1px;
5493 13 Jun 19 nicklas 70 }
5493 13 Jun 19 nicklas 71
5493 13 Jun 19 nicklas 72 #mergedSequencesTable td
5493 13 Jun 19 nicklas 73 {
5493 13 Jun 19 nicklas 74   text-align: center;
5493 13 Jun 19 nicklas 75   min-width: 4em;
5493 13 Jun 19 nicklas 76 }
5493 13 Jun 19 nicklas 77
5493 13 Jun 19 nicklas 78 #mergedSequencesTable tbody td
5493 13 Jun 19 nicklas 79 {
5493 13 Jun 19 nicklas 80   padding-top: 1px;
5493 13 Jun 19 nicklas 81   padding-bottom: 1px;
5493 13 Jun 19 nicklas 82 }
5493 13 Jun 19 nicklas 83
5493 13 Jun 19 nicklas 84 #mergedSequencesTable .warning-col
5493 13 Jun 19 nicklas 85 {
5493 13 Jun 19 nicklas 86   max-width: 20px;
5493 13 Jun 19 nicklas 87   min-width: 0;
5493 13 Jun 19 nicklas 88 }
5493 13 Jun 19 nicklas 89
5493 13 Jun 19 nicklas 90
5493 13 Jun 19 nicklas 91 #mergedSequencesTable .italic
5493 13 Jun 19 nicklas 92 {
5493 13 Jun 19 nicklas 93   font-style: italic;
5493 13 Jun 19 nicklas 94 }
5493 13 Jun 19 nicklas 95
5493 13 Jun 19 nicklas 96 #mergedSequencesTable .comment
5493 13 Jun 19 nicklas 97 {
5493 13 Jun 19 nicklas 98   text-align: left;
5493 13 Jun 19 nicklas 99 }
5493 13 Jun 19 nicklas 100
5493 13 Jun 19 nicklas 101 .comment input
5493 13 Jun 19 nicklas 102 {
5493 13 Jun 19 nicklas 103   width: 95%;
5493 13 Jun 19 nicklas 104   min-width: 20em;
5493 13 Jun 19 nicklas 105 }
5493 13 Jun 19 nicklas 106
5493 13 Jun 19 nicklas 107 </style>
5493 13 Jun 19 nicklas 108 </base:head>
5493 13 Jun 19 nicklas 109 <base:body>
5493 13 Jun 19 nicklas 110
5493 13 Jun 19 nicklas 111   <p:path><p:pathelement 
5493 13 Jun 19 nicklas 112     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
5788 13 Dec 19 nicklas 113     /><p:pathelement title="Confirm demux ended" 
5493 13 Jun 19 nicklas 114     /></p:path>
5493 13 Jun 19 nicklas 115
5493 13 Jun 19 nicklas 116   <div class="content">
5493 13 Jun 19 nicklas 117   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
5493 13 Jun 19 nicklas 118   
5493 13 Jun 19 nicklas 119   <div class="step auto-hide" id="step-1">
5493 13 Jun 19 nicklas 120     <div class="step-no">1</div>
5493 13 Jun 19 nicklas 121     <div class="step-title">Select demux job</div>
5493 13 Jun 19 nicklas 122     <div class="step-content">
5493 13 Jun 19 nicklas 123
5493 13 Jun 19 nicklas 124       <table class="step-form">
5493 13 Jun 19 nicklas 125       <tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 126         <td class="prompt">Demux jobs</td>
5493 13 Jun 19 nicklas 127         <td class="input">
5493 13 Jun 19 nicklas 128           <select class="required" name="seqRuns" id="demuxJobs"></select>
5493 13 Jun 19 nicklas 129         </td>
5493 13 Jun 19 nicklas 130         <td class="status" id="demuxJobs.status"></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 131         <td class="help">
5493 13 Jun 19 nicklas 132           <span id="demuxJobs.message" class="message"></span>
5493 13 Jun 19 nicklas 133           Select a demux job. The list contains all demux jobs that has
5493 13 Jun 19 nicklas 134           ended but has not been confirmed (determined by the absense 
5493 13 Jun 19 nicklas 135           of AnalysisResult annotation on demuxed sequences items). 
5493 13 Jun 19 nicklas 136           <b>Partially confirmed</b> entries include libraries that
5493 13 Jun 19 nicklas 137           have already been confirmed by the auto-confirm wizard.
5493 13 Jun 19 nicklas 138         </td>
5493 13 Jun 19 nicklas 139       </tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 140       <tbody class="info-section">
5493 13 Jun 19 nicklas 141       <tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 142         <td class="prompt">Start date</td>
5493 13 Jun 19 nicklas 143         <td class="info" id="startDate" colspan="3"></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 144
5493 13 Jun 19 nicklas 145       </tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 146       <tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 147         <td class="prompt">End date</td>
5493 13 Jun 19 nicklas 148         <td class="info" id="endDate" colspan="3"></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 149
5493 13 Jun 19 nicklas 150       </tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 151       <tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 152         <td class="prompt">Status</td>
5493 13 Jun 19 nicklas 153         <td class="info" id="jobStatus" colspan="3"></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 154       </tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 155       <tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 156         <td class="prompt">Flow cells</td>
5493 13 Jun 19 nicklas 157         <td class="info" id="flowCellsInDemux" colspan="3"></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 158       </tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 159       <tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 160         <td class="prompt">Pools</td>
5493 13 Jun 19 nicklas 161         <td class="info" id="pools" colspan="3"></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 162       </tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 163       <tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 164         <td class="prompt">LibPlates</td>
5493 13 Jun 19 nicklas 165         <td class="info" id="libPlates" colspan="3"></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 166       </tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 167       <tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 168         <td class="prompt">Comments</td>
5493 13 Jun 19 nicklas 169         <td class="info" id="comments" colspan="3"></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 170       </tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 171       <tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 172         <td class="prompt">Warnings</td>
5493 13 Jun 19 nicklas 173         <td class="info" id="warnings" colspan="3"></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 174       </tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 175       <tr id="skippedTilesRow" style="display: none;">
5493 13 Jun 19 nicklas 176         <td class="prompt">Skipped tiles</td>
5493 13 Jun 19 nicklas 177         <td class="info" id="skippedTiles" colspan="3"></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 178       </tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 179       </tbody>
5493 13 Jun 19 nicklas 180       </table>
5493 13 Jun 19 nicklas 181       
5493 13 Jun 19 nicklas 182     </div>
5493 13 Jun 19 nicklas 183   </div>
5493 13 Jun 19 nicklas 184   
5493 13 Jun 19 nicklas 185   <div class="step" id="step-2">
5493 13 Jun 19 nicklas 186     <div class="step-no">2</div>
5493 13 Jun 19 nicklas 187     <div class="step-title" id="step-2-title">Demux job</div>
5493 13 Jun 19 nicklas 188     <div class="step-content">
5493 13 Jun 19 nicklas 189       <table class="step-form">
5493 13 Jun 19 nicklas 190       <tr class="align-top">
5493 13 Jun 19 nicklas 191         <td class="prompt">Outcome</td>
5493 13 Jun 19 nicklas 192         <td class="input">
5493 13 Jun 19 nicklas 193           <label><input type="radio" name="outcome" id="outcomeSuccessful" 
5493 13 Jun 19 nicklas 194             checked>Success</label> - continue with alignment<br>
5493 13 Jun 19 nicklas 195           <label><input type="radio" name="outcome" id="outcomeFailed" 
5493 13 Jun 19 nicklas 196             >Failure</label> - no alignment<br>
5551 12 Aug 19 nicklas 197           <img src="../images/joinbottom.gif"><label id="delete-items"
5493 13 Jun 19 nicklas 198             ><input type="checkbox" name="deleteItemsCreatedByFailedJob" id="deleteItemsCreatedByFailedJob" disabled
5493 13 Jun 19 nicklas 199               >Delete items created by failed job</label><br>
5493 13 Jun 19 nicklas 200           <label id="demux-again" style="padding-left: 18px;"
5493 13 Jun 19 nicklas 201             ><input type="checkbox" name="demuxAgain" id="demuxAgain" disabled
5493 13 Jun 19 nicklas 202               >Re-try demuxing</label>
5493 13 Jun 19 nicklas 203         </td>
5493 13 Jun 19 nicklas 204         <td class="status" id="outcome.status"></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 205         <td class="help">
5493 13 Jun 19 nicklas 206           <span id="outcome.message" class="message"></span>
5493 13 Jun 19 nicklas 207           Select the <b>Success</b> option if the demux was successful 
5493 13 Jun 19 nicklas 208           and it is possible to continue with masking and alignment of 
5493 13 Jun 19 nicklas 209           the sequences. Select the <b>Failure</b> option if it not 
5551 12 Aug 19 nicklas 210           possible to continue.
5493 13 Jun 19 nicklas 211         </td>
5493 13 Jun 19 nicklas 212       </tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 213       </table>
5493 13 Jun 19 nicklas 214
5493 13 Jun 19 nicklas 215       <div id="mergedSequences"></div>
5493 13 Jun 19 nicklas 216     </div>
5493 13 Jun 19 nicklas 217   </div>
5493 13 Jun 19 nicklas 218     
5493 13 Jun 19 nicklas 219   <div id="wizard-status"></div>
5493 13 Jun 19 nicklas 220
5493 13 Jun 19 nicklas 221   <table class="navigation" id="navigation">
5493 13 Jun 19 nicklas 222   <tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 223     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 224     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 225     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 226     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 227     <td id="gonext-message" class="message"></td>
5493 13 Jun 19 nicklas 228   </tr>
5493 13 Jun 19 nicklas 229   </table>
5493 13 Jun 19 nicklas 230   
5493 13 Jun 19 nicklas 231   </form>
5493 13 Jun 19 nicklas 232   </div>
5493 13 Jun 19 nicklas 233   
5493 13 Jun 19 nicklas 234 </base:body>
5493 13 Jun 19 nicklas 235 </base:page>
5493 13 Jun 19 nicklas 236 <%
5493 13 Jun 19 nicklas 237 }
5493 13 Jun 19 nicklas 238 finally
5493 13 Jun 19 nicklas 239 {
5493 13 Jun 19 nicklas 240   if (dc != null) dc.close();
5493 13 Jun 19 nicklas 241 }
5493 13 Jun 19 nicklas 242 %>

Generated on Tue Nov 21 03:31:10 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)