extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/mipsanalysis/demux_start.jsp

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5801 19 Dec 19 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
5801 19 Dec 19 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
5801 19 Dec 19 nicklas 19 final String pipeline = request.getParameter("pipeline");
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5801 19 Dec 19 nicklas 75     <div class="step-title">Select sequencing runs</div>
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5801 19 Dec 19 nicklas 79       <tr class="align-top">
5801 19 Dec 19 nicklas 80         <td class="prompt">Sequencing runs</td>
5801 19 Dec 19 nicklas 81         <td class="input">
5801 19 Dec 19 nicklas 82           <select class="required" name="seqRuns" id="seqRuns"
5801 19 Dec 19 nicklas 83              multiple size="8"></select>
5801 19 Dec 19 nicklas 84             
5801 19 Dec 19 nicklas 85           <base:buttongroup style="margin-top: 0.5em;">
5801 19 Dec 19 nicklas 86             <base:button title="Select manually&hellip;" id="btnSelectSeqRuns" />
5801 19 Dec 19 nicklas 87           </base:buttongroup>
5801 19 Dec 19 nicklas 88         </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 89         <td class="status" id="seqRuns.status"></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 90         <td class="help">
5801 19 Dec 19 nicklas 91           <span id="seqRuns.message" class="message"></span>
5801 19 Dec 19 nicklas 92           Select the sequencing runs that should be demuxed. Data for libraries that are found
5801 19 Dec 19 nicklas 93           in multiple places are merged to a single item for that library. 
5801 19 Dec 19 nicklas 94         </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 95       </tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 96       </table>
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5801 19 Dec 19 nicklas 100   <div class="step" id="step-2">
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5801 19 Dec 19 nicklas 102     <div class="step-title">Demux information</div>
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5801 19 Dec 19 nicklas 106       <tbody>
5801 19 Dec 19 nicklas 107         <tr class="section-header">
5801 19 Dec 19 nicklas 108           <td colspan="4">Demux</td>
5801 19 Dec 19 nicklas 109         </tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 110         <tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 111           <td class="subprompt">Protocol</td>
5801 19 Dec 19 nicklas 112           <td class="input">
5801 19 Dec 19 nicklas 113             <select name="demuxProtocol" id="demuxProtocol"></select>
5801 19 Dec 19 nicklas 114           </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 115           <td class="status" id="demuxProtocol.status"></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 116           <td class="help">
5801 19 Dec 19 nicklas 117             <span id="demuxProtocol.message" class="message"></span>
5801 19 Dec 19 nicklas 118             Select the protocol used for demuxing.
5801 19 Dec 19 nicklas 119           </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 120         </tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 121         <tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 122           <td class="subprompt">Software</td>
5801 19 Dec 19 nicklas 123           <td class="input">
5801 19 Dec 19 nicklas 124             <select name="demuxSoftware" id="demuxSoftware"></select>
5801 19 Dec 19 nicklas 125           </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 126           <td class="status" id="demuxSoftware.status"></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 127           <td class="help">
5801 19 Dec 19 nicklas 128             <span id="demuxSoftware.message" class="message"></span>
5801 19 Dec 19 nicklas 129             Select the software to use for demuxing.
5801 19 Dec 19 nicklas 130           </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 131         </tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 132       </tbody>
5801 19 Dec 19 nicklas 133         <tbody class="info-section">
5801 19 Dec 19 nicklas 134         <tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 135           <td class="subprompt">Parameter set</td>
5801 19 Dec 19 nicklas 136           <td class="info" colspan="2">
5801 19 Dec 19 nicklas 137             <span id="demuxSoftware.parameterSet"></span>
5801 19 Dec 19 nicklas 138             <div id="demuxSoftware.description" class="item-description"></div>
5801 19 Dec 19 nicklas 139           </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 140           <td class="help">
5801 19 Dec 19 nicklas 141             This step uses Picard to extract barcodes and extract sequence information to FASTQ files.
5801 19 Dec 19 nicklas 142             Parameters are configured in the &lt;demux&gt; section in reggie-config.xml but note that the
5801 19 Dec 19 nicklas 143             Bowtie and Trimmomatic parameters are for the merge step.
5801 19 Dec 19 nicklas 144           </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 145         </tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 146       </tbody>
5801 19 Dec 19 nicklas 147       <tbody id="SequencingRun-section"></tbody>
5801 19 Dec 19 nicklas 148       <tbody>
5801 19 Dec 19 nicklas 149         <tr class="section-header">
6735 09 May 22 nicklas 150           <td colspan="4">Job scheduler &amp; job options</td>
5801 19 Dec 19 nicklas 151         </tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 152         <tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 153           <td class="subprompt">Cluster</td>
5801 19 Dec 19 nicklas 154           <td class="input">
5801 19 Dec 19 nicklas 155             <select name="clusters" id="clusters" class="required"></select>
5801 19 Dec 19 nicklas 156           </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 157           <td class="status" id="clusters.status"></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 158           <td class="help">
5801 19 Dec 19 nicklas 159             <span id="clusters.message" class="message"></span>
5801 19 Dec 19 nicklas 160             Select the cluster to use for running the software.
5801 19 Dec 19 nicklas 161           </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 162         </tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 163         <tr id="job-priority" style="display: none;">
5801 19 Dec 19 nicklas 164           <td class="subprompt">Job priority</td>
5801 19 Dec 19 nicklas 165           <td class="input">
5801 19 Dec 19 nicklas 166             <select name="priority" id="priority"></select>
5801 19 Dec 19 nicklas 167           </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 168           <td class="status" id="priority.status"></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 169           <td class="help">
5801 19 Dec 19 nicklas 170             <span id="priority.message" class="message"></span>
5801 19 Dec 19 nicklas 171             Select the priority of the job.
5801 19 Dec 19 nicklas 172           </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 173         </tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 174         <tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 175           <td class="subprompt">Auto-confirm</td>
5801 19 Dec 19 nicklas 176           <td class="input"><input type="checkbox" name="autoConfirm" checked></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 177           <td class="status" id="autoConfirm.status"></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 178           <td class="help">
5801 19 Dec 19 nicklas 179             <span id="autoConfirm.message" class="message"></span>
5801 19 Dec 19 nicklas 180             If the demux is successful, without warnings, it is automatically confirmed 
5801 19 Dec 19 nicklas 181             and alignement is started.
5801 19 Dec 19 nicklas 182           </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 183         </tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 184         <tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 185           <td class="subprompt">Debug</td>
5801 19 Dec 19 nicklas 186           <td class="input"><input type="checkbox" name="debug"></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 187           <td class="status" id="debug.status"></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 188           <td class="help">
5801 19 Dec 19 nicklas 189             <span id="debug.message" class="message"></span>
5801 19 Dec 19 nicklas 190             When running in debug mode only part of the sequenced data is used and
5801 19 Dec 19 nicklas 191             temporary files are not removed from the cluster node.
5801 19 Dec 19 nicklas 192           </td>
5801 19 Dec 19 nicklas 193         </tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 194       </tbody>
5801 19 Dec 19 nicklas 195       </table>
5801 19 Dec 19 nicklas 196     </div>
5801 19 Dec 19 nicklas 197   </div>
5801 19 Dec 19 nicklas 198     
5801 19 Dec 19 nicklas 199     <div id="wizard-status"></div>
5801 19 Dec 19 nicklas 200   
5801 19 Dec 19 nicklas 201     <table class="navigation" id="navigation">
5801 19 Dec 19 nicklas 202     <tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 203       <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 204       <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 205       <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 206       <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 207       <td id="gonext-message" class="message"></td>
5801 19 Dec 19 nicklas 208     </tr>
5801 19 Dec 19 nicklas 209     </table>
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