extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/personal/inca-statistics.js

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3963 20 May 16 olle 1 var Istat = function()
3963 20 May 16 olle 2 {
3963 20 May 16 olle 3   var istat = {};
3963 20 May 16 olle 4   var debug = 0;
3963 20 May 16 olle 5   
5287 08 Feb 19 nicklas 6   var incaFileIsValid = false;
5287 08 Feb 19 nicklas 7
3980 27 May 16 olle 8   var REPORT_TYPE_STATISTICS = 'statistics';
3980 27 May 16 olle 9   var REPORT_TYPE_STATISTICS_CSV = 'statistics_csv';
3963 20 May 16 olle 10   var incaFilesAreValid = false;
3963 20 May 16 olle 11   var incaFileStructuresAreValid = false;
3963 20 May 16 olle 12   var jsonIncaData = {};
3963 20 May 16 olle 13
3963 20 May 16 olle 14   istat.initPage = function()
3963 20 May 16 olle 15   {
3963 20 May 16 olle 16     // Step 1
3963 20 May 16 olle 17     Events.addEventHandler('step-1', 'wizard-validate', istat.validateStep1);
5287 08 Feb 19 nicklas 18     Events.addEventHandler('startDate', 'blur', Wizard.validateDate);
5287 08 Feb 19 nicklas 19     Events.addEventHandler('endDate', 'blur', Wizard.validateDate);
3963 20 May 16 olle 20     Events.addEventHandler('incafile', 'change', istat.incaFileOnChange);
3963 20 May 16 olle 21     
5287 08 Feb 19 nicklas 22     // Step 2
5287 08 Feb 19 nicklas 23     Events.addEventHandler('step-2', 'wizard-initialize', istat.initializeStep2);
5287 08 Feb 19 nicklas 24     
3963 20 May 16 olle 25     // Navigation
3963 20 May 16 olle 26     Buttons.addClickHandler('gocancel', Wizard.cancelWizard);
3963 20 May 16 olle 27     Buttons.addClickHandler('gorestart', Wizard.restartWizard);
5292 12 Feb 19 nicklas 28     Buttons.addClickHandler('simplestatistics', istat.startCheck);
5292 12 Feb 19 nicklas 29     Buttons.addClickHandler('fullstatistics', istat.startCheck);
3963 20 May 16 olle 30     Buttons.addClickHandler('downloadreportfile', istat.downloadReportFile);
5290 11 Feb 19 nicklas 31     Buttons.addClickHandler('downloadoutputfile', istat.downloadReportFile);
3963 20 May 16 olle 32
3963 20 May 16 olle 33     Doc.show('step-1');
5292 12 Feb 19 nicklas 34     Doc.show('simplestatistics');
5292 12 Feb 19 nicklas 35     Doc.show('fullstatistics');
5287 08 Feb 19 nicklas 36     
5287 08 Feb 19 nicklas 37     Doc.element('statisticsDateVar').focus();
5287 08 Feb 19 nicklas 38     Wizard.setInputStatus('incafile', 'invalid', 'Please select a file!');
5287 08 Feb 19 nicklas 39     istat.incaFileOnChange();
3963 20 May 16 olle 40   }
3963 20 May 16 olle 41   
5287 08 Feb 19 nicklas 42   istat.startCheck = function(event)
5287 08 Feb 19 nicklas 43   {
5287 08 Feb 19 nicklas 44     checkType = event.currentTarget.id;
5292 12 Feb 19 nicklas 45     Doc.hide('stat-table');
5287 08 Feb 19 nicklas 46     Doc.hide('downloadreportfile');
5287 08 Feb 19 nicklas 47     Wizard.setCurrentStep(1);
5287 08 Feb 19 nicklas 48     Doc.addClass('step-2', 'disabled');
5287 08 Feb 19 nicklas 49     Wizard.goNext();
5287 08 Feb 19 nicklas 50   }
5287 08 Feb 19 nicklas 51   
3963 20 May 16 olle 52   istat.validateStep1 = function(event)
3963 20 May 16 olle 53   {
5287 08 Feb 19 nicklas 54     var valid = incaFileIsValid;
5287 08 Feb 19 nicklas 55     valid &= Wizard.isValid('startDate');
5287 08 Feb 19 nicklas 56     valid &= Wizard.isValid('endDate');
3963 20 May 16 olle 57     if (!valid) event.preventDefault();
3963 20 May 16 olle 58   }
3963 20 May 16 olle 59
3963 20 May 16 olle 60   istat.incaFileOnChange = function()
3963 20 May 16 olle 61   {
5287 08 Feb 19 nicklas 62     incaFileIsValid = false;
5287 08 Feb 19 nicklas 63     Wizard.setInputStatus('incafile');
5287 08 Feb 19 nicklas 64     
3963 20 May 16 olle 65     var frm = document.forms['reggie'];
3963 20 May 16 olle 66     var files = frm.incafile.files;
3963 20 May 16 olle 67
5287 08 Feb 19 nicklas 68     if (files.length == 1)
3963 20 May 16 olle 69     {
5287 08 Feb 19 nicklas 70       incaFileIsValid = true;
5287 08 Feb 19 nicklas 71       Wizard.setInputStatus('incafile', 'valid');
3963 20 May 16 olle 72     }
3963 20 May 16 olle 73     else
3963 20 May 16 olle 74     {
5287 08 Feb 19 nicklas 75       Wizard.setInputStatus('incafile', 'invalid', 'A file must be selected.');
3963 20 May 16 olle 76     }
3963 20 May 16 olle 77   }
3963 20 May 16 olle 78
3963 20 May 16 olle 79
5287 08 Feb 19 nicklas 80   istat.initializeStep2 = function()
3963 20 May 16 olle 81   {
5292 12 Feb 19 nicklas 82     Doc.hide('explainFileCheck');
3963 20 May 16 olle 83     var frm = document.forms['reggie'];
3968 23 May 16 olle 84     var statDateVar = frm.statisticsDateVar.value;
3963 20 May 16 olle 85     var startDate = frm.startDate.value;
3963 20 May 16 olle 86     var endDate = frm.endDate.value;
3972 25 May 16 olle 87     var cancerType = frm.cancerType.value;
3963 20 May 16 olle 88
3963 20 May 16 olle 89     var formData = new FormData();
3963 20 May 16 olle 90     var files = frm.incafile.files;
3963 20 May 16 olle 91     for (var i = 0; i < files.length; i++)
3963 20 May 16 olle 92     {
3963 20 May 16 olle 93       var file = files[i];
3963 20 May 16 olle 94       formData.append('incafiles[]', file, file.name);
3963 20 May 16 olle 95     }
3963 20 May 16 olle 96
3963 20 May 16 olle 97     var url = '../Inca.servlet?ID='+App.getSessionId();
3963 20 May 16 olle 98     url += '&cmd=IncaStatistics';
3968 23 May 16 olle 99     url += '&statdatevar='+encodeURIComponent(statDateVar);
3963 20 May 16 olle 100     url += '&startdate='+encodeURIComponent(startDate);
3963 20 May 16 olle 101     url += '&enddate='+encodeURIComponent(endDate);
3972 25 May 16 olle 102     url += '&cancertype='+encodeURIComponent(cancerType);
5287 08 Feb 19 nicklas 103     url += '&checkType=' + checkType;
3963 20 May 16 olle 104
3963 20 May 16 olle 105     // POST
3963 20 May 16 olle 106     Wizard.showLoadingAnimation('Checking INCA data...', 'inca-stat-progress');
5287 08 Feb 19 nicklas 107     Wizard.asyncJsonRequest(url, istat.checkCompleted, 'POST', formData);
3963 20 May 16 olle 108   }
3963 20 May 16 olle 109
5287 08 Feb 19 nicklas 110   istat.checkCompleted = function(response)
3963 20 May 16 olle 111   {
3963 20 May 16 olle 112     var frm = document.forms['reggie'];
3963 20 May 16 olle 113
5287 08 Feb 19 nicklas 114     var fileInfo = response.fileInfo;
5287 08 Feb 19 nicklas 115     var headers = fileInfo.headers;
5287 08 Feb 19 nicklas 116     var checkType = response.checkType;
5287 08 Feb 19 nicklas 117     var fileCanBeUsed = true;
3963 20 May 16 olle 118
5287 08 Feb 19 nicklas 119     Doc.element('filename').innerHTML = Strings.encodeTags(fileInfo.filename);
5287 08 Feb 19 nicklas 120     Doc.element('isFollowUp').innerHTML = fileInfo.isFollowUp ? 'Yes' : 'No';
5287 08 Feb 19 nicklas 121     if (fileInfo.isFollowUp)
3963 20 May 16 olle 122     {
5287 08 Feb 19 nicklas 123       fileCanBeUsed = false;
5287 08 Feb 19 nicklas 124       Wizard.setInputStatus('isFollowUp', 'invalid', 'A follow-up file can\'t be used for statistics.');
3963 20 May 16 olle 125     }
5287 08 Feb 19 nicklas 126     Doc.element('headerCount').innerHTML = headers.count;
5287 08 Feb 19 nicklas 127     
5287 08 Feb 19 nicklas 128     Doc.element('headerMissing').innerHTML = headers.missing;
5287 08 Feb 19 nicklas 129     if (headers.missing > 0)
5287 08 Feb 19 nicklas 130     {
5287 08 Feb 19 nicklas 131       fileCanBeUsed = false;
5287 08 Feb 19 nicklas 132       Wizard.setInputStatus('headerMissing', 'invalid', 'One ore more required headers are missing: <b>' + Strings.encodeTags(headers.missingNames.join(', ')) + '</b>');
5287 08 Feb 19 nicklas 133     }
5287 08 Feb 19 nicklas 134     else
5287 08 Feb 19 nicklas 135     {
5287 08 Feb 19 nicklas 136       Wizard.setInputStatus('headerMissing', 'valid');
5287 08 Feb 19 nicklas 137     }
5288 08 Feb 19 nicklas 138     
5288 08 Feb 19 nicklas 139     Doc.element('headerMissingAnnotationTypes').innerHTML = headers.missingAnnotationTypes;
5288 08 Feb 19 nicklas 140     if (headers.missingAnnotationTypes > 0)
5288 08 Feb 19 nicklas 141     {
5288 08 Feb 19 nicklas 142       fileCanBeUsed = false;
5288 08 Feb 19 nicklas 143       Wizard.setInputStatus('headerMissingAnnotationTypes', 'invalid', 'One ore more required INCA annotations are missing in BASE: <b>' + Strings.encodeTags(headers.missingAnnotationTypeNames.join(', ')) + '</b>');
5288 08 Feb 19 nicklas 144     }
5288 08 Feb 19 nicklas 145     else
5288 08 Feb 19 nicklas 146     {
5288 08 Feb 19 nicklas 147       Wizard.setInputStatus('headerMissingAnnotationTypes', 'valid');
5288 08 Feb 19 nicklas 148     }
5288 08 Feb 19 nicklas 149     
5287 08 Feb 19 nicklas 150     Doc.element('headerDuplicates').innerHTML = headers.duplicates;
5287 08 Feb 19 nicklas 151     if (headers.duplicates > 0)
5287 08 Feb 19 nicklas 152     {
5287 08 Feb 19 nicklas 153       fileCanBeUsed = false;
5287 08 Feb 19 nicklas 154       Wizard.setInputStatus('headerDuplicates', 'invalid', 'Duplicate headers must be removed before the file can be imported: <b>' + Strings.encodeTags(headers.duplicateNames.join(', ')) + '</b>');
5287 08 Feb 19 nicklas 155     }
5287 08 Feb 19 nicklas 156     else
5287 08 Feb 19 nicklas 157     {
5287 08 Feb 19 nicklas 158       Wizard.setInputStatus('headerDuplicates', 'valid');
5287 08 Feb 19 nicklas 159     }
5287 08 Feb 19 nicklas 160     
5287 08 Feb 19 nicklas 161     var statisticsLineCount = fileInfo.data.count - fileInfo.data.totalExcluded;
5287 08 Feb 19 nicklas 162     Doc.element('lineCount').innerHTML = fileInfo.data.count;
5287 08 Feb 19 nicklas 163     Doc.element('statisticsLineCount').innerHTML = statisticsLineCount;
5287 08 Feb 19 nicklas 164     Doc.element('totalExcluded').innerHTML = fileInfo.data.totalExcluded;
5287 08 Feb 19 nicklas 165     if (fileInfo.data.count == 0)
5287 08 Feb 19 nicklas 166     {
5287 08 Feb 19 nicklas 167       fileCanBeUsed = false;
5287 08 Feb 19 nicklas 168       Wizard.setInputStatus('lineCount', 'invalid', 'The file contains no data.');
5287 08 Feb 19 nicklas 169     }
5287 08 Feb 19 nicklas 170     else if (statisticsLineCount == 0)
5287 08 Feb 19 nicklas 171     {
5287 08 Feb 19 nicklas 172       fileCanBeUsed = false;
5287 08 Feb 19 nicklas 173       Wizard.setInputStatus('statisticsLineCount', 'invalid', 'The file contains no data that can be used for statistics.');
5287 08 Feb 19 nicklas 174     }
5287 08 Feb 19 nicklas 175     else 
5287 08 Feb 19 nicklas 176     {
5287 08 Feb 19 nicklas 177       Wizard.setInputStatus('statisticsLineCount', 'valid');
5287 08 Feb 19 nicklas 178     }
5287 08 Feb 19 nicklas 179     
5287 08 Feb 19 nicklas 180     if (istat.setExcludedLines('tooManyColumns', fileInfo.data.TOO_MANY_COLUMNS) > 0)
5287 08 Feb 19 nicklas 181     {
5287 08 Feb 19 nicklas 182       fileCanBeUsed = false;
5287 08 Feb 19 nicklas 183       Wizard.setInputStatus('tooManyColumns', 'invalid', 'All data lines must have the same number of columns.');
5287 08 Feb 19 nicklas 184     }
5287 08 Feb 19 nicklas 185     
5287 08 Feb 19 nicklas 186     if (istat.setExcludedLines('tooFewColumns', fileInfo.data.TOO_FEW_COLUMNS) > 0)
5287 08 Feb 19 nicklas 187     {
5287 08 Feb 19 nicklas 188       fileCanBeUsed = false;
5287 08 Feb 19 nicklas 189       Wizard.setInputStatus('tooFewColumns', 'invalid', 'All data lines must have the same number of columns.');
5287 08 Feb 19 nicklas 190     }
5288 08 Feb 19 nicklas 191     
5288 08 Feb 19 nicklas 192     if (istat.setExcludedLines('missingLaterality', fileInfo.data.MISSING_LATERALITY) > 0)
5288 08 Feb 19 nicklas 193     {
5288 08 Feb 19 nicklas 194       Wizard.setInputStatus('missingLaterality', 'warning', 'Lines without laterality are skipped.');
5288 08 Feb 19 nicklas 195     }
5288 08 Feb 19 nicklas 196     
5288 08 Feb 19 nicklas 197     if (istat.setExcludedLines('duplicateLaterality', fileInfo.data.DUPLICATE_LATERALITY) > 0)
5288 08 Feb 19 nicklas 198     {
5288 08 Feb 19 nicklas 199       Wizard.setInputStatus('duplicateLaterality', 'warning', 'Lines with same personal number/id and laterality are skipped.');
5288 08 Feb 19 nicklas 200     }
3963 20 May 16 olle 201
5288 08 Feb 19 nicklas 202     if (istat.setExcludedLines('invalidDataValue', fileInfo.data.INVALID_DATA_VALUE) > 0)
5288 08 Feb 19 nicklas 203     {
5288 08 Feb 19 nicklas 204       Wizard.setInputStatus('invalidDataValue', 'warning', 'Lines with invalid values are skipped.');
5288 08 Feb 19 nicklas 205     }
5288 08 Feb 19 nicklas 206     
5288 08 Feb 19 nicklas 207     if (istat.setExcludedLines('filteredByDate', fileInfo.data.FILTERED_BY_DATE) > 0)
5288 08 Feb 19 nicklas 208     {
5288 08 Feb 19 nicklas 209       var opt = frm.statisticsDateVar[frm.statisticsDateVar.selectedIndex];
5288 08 Feb 19 nicklas 210       Wizard.setInputStatus('filteredByDate', 'valid', 'Only lines with <b>' + opt.text + '</b> between <b>' + Reggie.reformatDate(frm.startDate.value) + '</b> and <b>' + Reggie.reformatDate(frm.endDate.value) + '</b> are included.');
5288 08 Feb 19 nicklas 211     }
5288 08 Feb 19 nicklas 212     
5288 08 Feb 19 nicklas 213     if (istat.setExcludedLines('filteredByCancerType', fileInfo.data.FILTERED_BY_CANCER_TYPE) > 0)
5288 08 Feb 19 nicklas 214     {
5288 08 Feb 19 nicklas 215       var opt = frm.cancerType[frm.cancerType.selectedIndex];
5288 08 Feb 19 nicklas 216       Wizard.setInputStatus('filteredByCancerType', 'valid', 'Only lines with <b>'+opt.text+'</b> are included.');
5288 08 Feb 19 nicklas 217     }
5291 11 Feb 19 nicklas 218     
5291 11 Feb 19 nicklas 219     if (fileCanBeUsed)
5291 11 Feb 19 nicklas 220     {
5291 11 Feb 19 nicklas 221       var statistics = fileInfo.statistics;
5291 11 Feb 19 nicklas 222       var statHtml = '';
5291 11 Feb 19 nicklas 223       for (var i = 0; i < statistics.length; i++)
5291 11 Feb 19 nicklas 224       {
5291 11 Feb 19 nicklas 225         var statVar = statistics[i];
5302 15 Feb 19 nicklas 226         var notNa = statVar.notNa;
5291 11 Feb 19 nicklas 227         for (var g = 0; g < statVar.groups.length; g++)
5291 11 Feb 19 nicklas 228         {
5291 11 Feb 19 nicklas 229           var grp = statVar.groups[g];
5302 15 Feb 19 nicklas 230           var noPct = grp.isNa || !statVar.hasNaGroup;
5292 12 Feb 19 nicklas 231
5292 12 Feb 19 nicklas 232           if (g == 0)
5291 11 Feb 19 nicklas 233           {
5292 12 Feb 19 nicklas 234             statHtml += '<tr class="stat-var">';
5292 12 Feb 19 nicklas 235             statHtml += '<td class="stat-var-name">'+Strings.encodeTags(statVar.name)+'</td>';
5291 11 Feb 19 nicklas 236           }
5292 12 Feb 19 nicklas 237           else
5292 12 Feb 19 nicklas 238           {
5292 12 Feb 19 nicklas 239             statHtml += '<tr>';
5292 12 Feb 19 nicklas 240             if (g == 1 && statVar.unit)
5292 12 Feb 19 nicklas 241             {
5292 12 Feb 19 nicklas 242               statHtml += '<td class="stat-var-unit">('+statVar.unit+')</td>';
5292 12 Feb 19 nicklas 243             }
5292 12 Feb 19 nicklas 244             else
5292 12 Feb 19 nicklas 245             {
5292 12 Feb 19 nicklas 246               statHtml += '<td></td>';
5292 12 Feb 19 nicklas 247             }
5292 12 Feb 19 nicklas 248           }
5292 12 Feb 19 nicklas 249           statHtml += '<td class="stat-grp-name">'+Strings.encodeTags(grp.name)+'</td>';
5302 15 Feb 19 nicklas 250           statHtml += '<td class="count">'+grp.total+'</td>';
5302 15 Feb 19 nicklas 251           statHtml += '<td class="percentage">'+(noPct ? '' : Reggie.formatNumber(100*grp.total/notNa.total, '%', 1))+'</td>';
5302 15 Feb 19 nicklas 252           statHtml += '<td class="fullstatistics count">'+grp.accruedSpecimen+'</td>';
5302 15 Feb 19 nicklas 253           statHtml += '<td class="fullstatistics percentage">'+(noPct ? '' : Reggie.formatNumber(100*grp.accruedSpecimen/notNa.accruedSpecimen, '%', 1))+'</td>';
5302 15 Feb 19 nicklas 254           statHtml += '<td class="count">'+grp.accruedNoSpecimen+'</td>';
5302 15 Feb 19 nicklas 255           statHtml += '<td class="percentage">'+(noPct ? '' : Reggie.formatNumber(100*grp.accruedNoSpecimen/notNa.accruedNoSpecimen, '%', 1))+'</td>';
5302 15 Feb 19 nicklas 256           statHtml += '<td class="count">'+grp.notAccrued+'</td>';
5302 15 Feb 19 nicklas 257           statHtml += '<td class="percentage">'+(noPct ? '' : Reggie.formatNumber(100*grp.notAccrued/notNa.notAccrued, '%', 1))+'</td>';
5291 11 Feb 19 nicklas 258           statHtml += '</tr>';
5291 11 Feb 19 nicklas 259         }
5291 11 Feb 19 nicklas 260       }
5291 11 Feb 19 nicklas 261       Doc.element('stat-data').innerHTML = statHtml;
5292 12 Feb 19 nicklas 262       Doc.show('stat-table', 'table');
5292 12 Feb 19 nicklas 263       Data.set('stat-table', 'check-type', checkType);
5291 11 Feb 19 nicklas 264     }
5291 11 Feb 19 nicklas 265     
3963 20 May 16 olle 266     Wizard.setCurrentStep(2);
5287 08 Feb 19 nicklas 267     if (fileCanBeUsed)
5287 08 Feb 19 nicklas 268     {
5292 12 Feb 19 nicklas 269       if (checkType == 'simplestatistics')
5292 12 Feb 19 nicklas 270       {
5292 12 Feb 19 nicklas 271         Doc.show('fullstatistics');
5292 12 Feb 19 nicklas 272       }
5293 12 Feb 19 nicklas 273       else
5293 12 Feb 19 nicklas 274       {
5293 12 Feb 19 nicklas 275         Doc.show('downloadoutputfile');
5293 12 Feb 19 nicklas 276       }
5287 08 Feb 19 nicklas 277     }
5287 08 Feb 19 nicklas 278     else
5287 08 Feb 19 nicklas 279     {
5287 08 Feb 19 nicklas 280       Wizard.setWizardStatus('messagecontainer error', 'Statistics is not possible.');
5287 08 Feb 19 nicklas 281     }
5287 08 Feb 19 nicklas 282     
5292 12 Feb 19 nicklas 283     Wizard.setNoConfirm(true);
5292 12 Feb 19 nicklas 284     Doc.show('gorestart');
5287 08 Feb 19 nicklas 285     Doc.show('downloadreportfile');
3963 20 May 16 olle 286   }
3963 20 May 16 olle 287
5287 08 Feb 19 nicklas 288   /**
5287 08 Feb 19 nicklas 289     Set the value for an 'excluded line' variable. If the
5287 08 Feb 19 nicklas 290     number of excluded lines is 0 the entire row is hidden.
5287 08 Feb 19 nicklas 291   */
5287 08 Feb 19 nicklas 292   istat.setExcludedLines = function(elementId, numLines)
5287 08 Feb 19 nicklas 293   {
5287 08 Feb 19 nicklas 294     Doc.element(elementId).innerHTML = numLines;
5287 08 Feb 19 nicklas 295     Doc.showHide(elementId+'.row', numLines > 0);
5287 08 Feb 19 nicklas 296     return numLines;
5287 08 Feb 19 nicklas 297   }
5287 08 Feb 19 nicklas 298
5290 11 Feb 19 nicklas 299   istat.downloadReportFile = function(event)
3963 20 May 16 olle 300   {
3963 20 May 16 olle 301     var frm = document.forms['reggie'];
5290 11 Feb 19 nicklas 302     var reportType = Data.get(event.currentTarget, 'report-type');
3963 20 May 16 olle 303
3963 20 May 16 olle 304     var url = '../Inca.servlet?ID='+App.getSessionId();
3963 20 May 16 olle 305     url += '&cmd=DownloadIncaReportFile';
5290 11 Feb 19 nicklas 306     url += '&reporttype='+encodeURIComponent(reportType);
3963 20 May 16 olle 307     window.open(url);
3963 20 May 16 olle 308   }
3963 20 May 16 olle 309
3963 20 May 16 olle 310   return istat;
3963 20 May 16 olle 311 }();
3963 20 May 16 olle 312
3963 20 May 16 olle 313 Doc.onLoad(Istat.initPage);
3963 20 May 16 olle 314

Generated on Tue Nov 21 03:31:34 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)