extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/personal/map-external-data.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4627 21 Nov 17 nicklas 1 <%@ page
4627 21 Nov 17 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
4627 21 Nov 17 nicklas 3   session="false"
4627 21 Nov 17 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.Application"
4627 21 Nov 17 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.User"
4627 21 Nov 17 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
4627 21 Nov 17 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
4627 21 Nov 17 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
4627 21 Nov 17 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
4627 21 Nov 17 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
4627 21 Nov 17 nicklas 11   import="net.sf.basedb.util.Values"
4627 21 Nov 17 nicklas 12 %>
4627 21 Nov 17 nicklas 13 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
4627 21 Nov 17 nicklas 14 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
4627 21 Nov 17 nicklas 15 <%
4627 21 Nov 17 nicklas 16 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
4627 21 Nov 17 nicklas 17 final String ID = sc.getId();
4627 21 Nov 17 nicklas 18 final float scale = Base.getScale(sc);
4627 21 Nov 17 nicklas 19 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
4627 21 Nov 17 nicklas 20
4627 21 Nov 17 nicklas 21 DbControl dc = null;
4627 21 Nov 17 nicklas 22 try
4627 21 Nov 17 nicklas 23 {
4627 21 Nov 17 nicklas 24   dc = sc.newDbControl();
4627 21 Nov 17 nicklas 25   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
4627 21 Nov 17 nicklas 26 %>
4627 21 Nov 17 nicklas 27 <base:page type="default" >
4627 21 Nov 17 nicklas 28 <base:head 
4627 21 Nov 17 nicklas 29   scripts="~../reggie-2.js,~map-external-data.js" 
4627 21 Nov 17 nicklas 30   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
4627 21 Nov 17 nicklas 31 >
4627 21 Nov 17 nicklas 32 <style>
5663 11 Oct 19 nicklas 33 #preview
5663 11 Oct 19 nicklas 34 {
5663 11 Oct 19 nicklas 35   white-space: pre;
5663 11 Oct 19 nicklas 36   font-size: 90%;
5663 11 Oct 19 nicklas 37   color: #444444;
5663 11 Oct 19 nicklas 38   background-color: #f0f0f0;
5663 11 Oct 19 nicklas 39   overflow: hidden;
5663 11 Oct 19 nicklas 40   min-height: 5em;
5663 11 Oct 19 nicklas 41   /* Sizing settings that aims to make it align more or less to the file field */
5663 11 Oct 19 nicklas 42   width: 33rem; 
5663 11 Oct 19 nicklas 43   border-width: 1px;
5663 11 Oct 19 nicklas 44   border-radius: 4px;
5663 11 Oct 19 nicklas 45   padding: 3px 0.5em;
5663 11 Oct 19 nicklas 46   margin: 0 0 0.5em 1px;
5663 11 Oct 19 nicklas 47   box-sizing: content-box;
5663 11 Oct 19 nicklas 48 }
4627 21 Nov 17 nicklas 49
5663 11 Oct 19 nicklas 50 #more-lines
5663 11 Oct 19 nicklas 51 {
5663 11 Oct 19 nicklas 52   border-top-width: 1px;
5663 11 Oct 19 nicklas 53   border-top-style: dotted;
5663 11 Oct 19 nicklas 54   color: #000000;
5663 11 Oct 19 nicklas 55   margin-top: 0.25em;
5663 11 Oct 19 nicklas 56 }
4627 21 Nov 17 nicklas 57 </style>
4627 21 Nov 17 nicklas 58 </base:head>
4627 21 Nov 17 nicklas 59 <base:body>
4627 21 Nov 17 nicklas 60
4627 21 Nov 17 nicklas 61   <p:path><p:pathelement 
4627 21 Nov 17 nicklas 62     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
4627 21 Nov 17 nicklas 63     /><p:pathelement title="Map external data to releases" 
4627 21 Nov 17 nicklas 64     /></p:path>
4627 21 Nov 17 nicklas 65
4627 21 Nov 17 nicklas 66   <div class="content">
4627 21 Nov 17 nicklas 67   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
4627 21 Nov 17 nicklas 68   
4627 21 Nov 17 nicklas 69   <div class="step" id="step-1">
4627 21 Nov 17 nicklas 70     <div class="step-no">1</div>
4627 21 Nov 17 nicklas 71     <div class="step-title">Select a source data file</div>
4627 21 Nov 17 nicklas 72     <div class="step-content">
4627 21 Nov 17 nicklas 73       
4627 21 Nov 17 nicklas 74       <table class="step-form">
4627 21 Nov 17 nicklas 75       <tr class="align-top">
4627 21 Nov 17 nicklas 76         <td class="prompt">File</td>
4627 21 Nov 17 nicklas 77         <td class="input">
4627 21 Nov 17 nicklas 78           <input type="file" name="file" id="file" class="required" style="width: 95%;" accept=".csv,.tsv">
4627 21 Nov 17 nicklas 79         </td>
4627 21 Nov 17 nicklas 80         <td class="status" id="file.status"></td>
5663 11 Oct 19 nicklas 81         <td class="help" rowspan="2"><span id="file.message" class="message"></span>
4627 21 Nov 17 nicklas 82           <ul>
6474 04 Nov 21 nicklas 83           <li>Select a tab-, comma-, or semicolon-separated text file in UTF-8 encoding. 
4627 21 Nov 17 nicklas 84           <li>The first line should contain column headers.
5663 11 Oct 19 nicklas 85           <li>The first column should contain the personal number, or a release id value as specified by the <b>Map from</b> option.
5663 11 Oct 19 nicklas 86           <li>The wizard will replace the first column with the value or values specified by the <b>Map to</b> option.
5331 20 Mar 19 nicklas 87           <li>If no matching patient can be found the line is skipped.
4627 21 Nov 17 nicklas 88           </ul>
4627 21 Nov 17 nicklas 89         </td>
4627 21 Nov 17 nicklas 90       </tr>
5663 11 Oct 19 nicklas 91       <tr class="align-top">
5663 11 Oct 19 nicklas 92         <td class="subprompt">preview</td>
5663 11 Oct 19 nicklas 93         <td>
5663 11 Oct 19 nicklas 94           <div id="preview"><i>No file loaded...</i></div>
5663 11 Oct 19 nicklas 95         </td>
5663 11 Oct 19 nicklas 96         <td></td>
5663 11 Oct 19 nicklas 97       </tr>
5663 11 Oct 19 nicklas 98       <tr>
6474 04 Nov 21 nicklas 99         <td class="prompt">Separator</td>
6474 04 Nov 21 nicklas 100         <td>
6474 04 Nov 21 nicklas 101           <select name="separator" id="separator">
6474 04 Nov 21 nicklas 102             <option value="tab">Tab
6474 04 Nov 21 nicklas 103             <option value="comma">Comma
6474 04 Nov 21 nicklas 104             <option value="semicolon">Semi-colon
6474 04 Nov 21 nicklas 105           </select>
6474 04 Nov 21 nicklas 106         </td>
6474 04 Nov 21 nicklas 107         <td></td>
6474 04 Nov 21 nicklas 108       </tr>
6474 04 Nov 21 nicklas 109       <tr>
5663 11 Oct 19 nicklas 110         <td class="prompt">Map from</td>
5663 11 Oct 19 nicklas 111         <td class="input">
5663 11 Oct 19 nicklas 112           <select name="mapFrom" id="mapFrom">
5663 11 Oct 19 nicklas 113             <option value="PersonalNo">Personal number
5740 20 Nov 19 nicklas 114             <option value="PAD">PAD
5663 11 Oct 19 nicklas 115             <option value="PatientId">Patient release ID
5663 11 Oct 19 nicklas 116             <option value="CaseId">Case release ID
5663 11 Oct 19 nicklas 117             <option value="SpecimenId">Specimen release ID
5663 11 Oct 19 nicklas 118           </select>
5663 11 Oct 19 nicklas 119         </td>
5663 11 Oct 19 nicklas 120         <td class="status" id="mapFrom.status"></td>
5663 11 Oct 19 nicklas 121         <td class="help"><span id="mapFrom.message" class="message"></span>
5663 11 Oct 19 nicklas 122           Select the kind of values that are found in the first column.
5663 11 Oct 19 nicklas 123         </td>
5663 11 Oct 19 nicklas 124       </tr>
5663 11 Oct 19 nicklas 125       <tr>
5663 11 Oct 19 nicklas 126         <td class="prompt">Map to</td>
5663 11 Oct 19 nicklas 127         <td class="input" style="padding-top: 4px; padding-bottom: 4px;">
5663 11 Oct 19 nicklas 128           <div id="exportPersonalNo" style="display: none;"><input type="checkbox" checked disabled>Personal number</div>
5740 20 Nov 19 nicklas 129           <div id="alsoExportPad" style="display: none;"><label><input type="checkbox" name="exportPad" id="exportPad">PAD</label></div>
5663 11 Oct 19 nicklas 130           <div id="exportPatientId" style="display: none;"><input type="checkbox" checked disabled>Patient release ID</div>
5663 11 Oct 19 nicklas 131           <div id="alsoExportCaseId" style="display: none;"><label><input type="checkbox" name="exportCaseId" id="exportCaseId">Case release ID</label></div>
5663 11 Oct 19 nicklas 132           <div id="alsoExportSpecimenId" style="display: none;"><label><input type="checkbox" name="exportSpecimenId" id="exportSpecimenId">Specimen release ID</label></div>
5663 11 Oct 19 nicklas 133         </td>
5663 11 Oct 19 nicklas 134         <td class="status" id="mapTo.status"></td>
5663 11 Oct 19 nicklas 135         <td class="help"><span id="mapTo.message" class="message"></span>
5663 11 Oct 19 nicklas 136           Select the kind of values that should be outputted in the first column and, optionally, in extra columns.
5663 11 Oct 19 nicklas 137         </td>
5663 11 Oct 19 nicklas 138       </tr>
5663 11 Oct 19 nicklas 139       <tr>
5663 11 Oct 19 nicklas 140         <td class="prompt">Output order</td>
5663 11 Oct 19 nicklas 141         <td class="input" style="padding-top: 4px; padding-bottom: 4px;">
5663 11 Oct 19 nicklas 142           <label><input type="radio" name="outputOrder" id="sortOutputOrder" checked>Sort by first column</label><br>
5663 11 Oct 19 nicklas 143           <label><input type="radio" name="outputOrder" id="keepOutputOrder">Same as input file</label>
5663 11 Oct 19 nicklas 144         </td>
5663 11 Oct 19 nicklas 145         <td class="status" id="outputOrder.status"></td>
5663 11 Oct 19 nicklas 146         <td class="help"><span id="outputOrder.message" class="message"></span>
5663 11 Oct 19 nicklas 147           Select if the output file should be sorted by the value in the first column
5663 11 Oct 19 nicklas 148           or keep the same order as the input file.
5663 11 Oct 19 nicklas 149         </td>
5663 11 Oct 19 nicklas 150       </tr>
4627 21 Nov 17 nicklas 151       </table>
4627 21 Nov 17 nicklas 152     </div>
4627 21 Nov 17 nicklas 153   </div>
4627 21 Nov 17 nicklas 154
4627 21 Nov 17 nicklas 155   <div id="wizard-status"></div>
4627 21 Nov 17 nicklas 156   <div id="wizard-progress"></div>
4627 21 Nov 17 nicklas 157
4627 21 Nov 17 nicklas 158   <table class="navigation" id="navigation">
4627 21 Nov 17 nicklas 159   <tr>
4627 21 Nov 17 nicklas 160     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
4627 21 Nov 17 nicklas 161     <td><base:button id="goexport" title="Export" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
4627 21 Nov 17 nicklas 162     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
4627 21 Nov 17 nicklas 163     <td><base:button id="godownload" title="Download" image="<%=home+"/images/download.png"%>" /></td>
4627 21 Nov 17 nicklas 164     <td id="gonext-message" class="message"></td>
4627 21 Nov 17 nicklas 165   </tr>
4627 21 Nov 17 nicklas 166   </table>
4627 21 Nov 17 nicklas 167   
4627 21 Nov 17 nicklas 168   </form>
4627 21 Nov 17 nicklas 169   </div>
4627 21 Nov 17 nicklas 170   
4627 21 Nov 17 nicklas 171 </base:body>
4627 21 Nov 17 nicklas 172 </base:page>
4627 21 Nov 17 nicklas 173 <%
4627 21 Nov 17 nicklas 174 }
4627 21 Nov 17 nicklas 175 finally
4627 21 Nov 17 nicklas 176 {
4627 21 Nov 17 nicklas 177   if (dc != null) dc.close();
4627 21 Nov 17 nicklas 178 }
4627 21 Nov 17 nicklas 179 %>

Generated on Tue Nov 21 03:31:36 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)