extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/reports/case-summary.js

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2370 22 Apr 14 nicklas 1 var CaseSummary = function()
2370 22 Apr 14 nicklas 2 {
2370 22 Apr 14 nicklas 3   var cs = {};
2593 19 Aug 14 nicklas 4   var debug = 0;
2919 11 Nov 14 nicklas 5   var home;
2370 22 Apr 14 nicklas 6   var TRUNCATE_SIZE = [-1, 30, 20, 15];
3758 19 Feb 16 nicklas 7   var defaultColClass = null;
5011 05 Oct 18 nicklas 8   var chainedItems = [];
2370 22 Apr 14 nicklas 9
2370 22 Apr 14 nicklas 10   cs.initPage = function()
2370 22 Apr 14 nicklas 11   {
2370 22 Apr 14 nicklas 12     Events.addEventHandler('showConfidential', 'change', cs.showConfidentialOnChange);
5022 11 Oct 18 nicklas 13     Events.addEventHandler('columnBalance', 'change', cs.columnBalance);
2370 22 Apr 14 nicklas 14     Events.doOnEnter('caseName', cs.caseSummary);
2370 22 Apr 14 nicklas 15     Buttons.addClickHandler('btnCaseSummary', cs.caseSummary);
2370 22 Apr 14 nicklas 16     Buttons.addClickHandler('printButton', cs.goPrint);
2370 22 Apr 14 nicklas 17     Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
2370 22 Apr 14 nicklas 18     
2919 11 Nov 14 nicklas 19     home = Data.get('page-data', 'home-reggie');
2370 22 Apr 14 nicklas 20     var caseName = Data.get('page-data', 'case-name');
2370 22 Apr 14 nicklas 21     var isAdmin = Data.int('page-data', 'admin');
2370 22 Apr 14 nicklas 22     var isPatientCurator = Data.int('page-data', 'patient-curator');
2370 22 Apr 14 nicklas 23
2370 22 Apr 14 nicklas 24     var url = '../CaseSummary.servlet?ID='+App.getSessionId();
2370 22 Apr 14 nicklas 25     url += '&cmd=GetCaseInfo';
2370 22 Apr 14 nicklas 26     url += '&caseName='+encodeURIComponent(caseName);
2610 28 Aug 14 nicklas 27     Wizard.showLoadingAnimation('Loading information about case: ' + Strings.encodeTags(caseName));
2610 28 Aug 14 nicklas 28     Wizard.asyncJsonRequest(url, cs.caseInfoLoaded);
2610 28 Aug 14 nicklas 29   }
2610 28 Aug 14 nicklas 30   
2610 28 Aug 14 nicklas 31   cs.caseInfoLoaded = function(response)
2610 28 Aug 14 nicklas 32   {
2610 28 Aug 14 nicklas 33     Doc.show('all-info');
2370 22 Apr 14 nicklas 34     
2370 22 Apr 14 nicklas 35     var caseInfo = response.caseInfo;
2370 22 Apr 14 nicklas 36     var site = response.site;
2592 19 Aug 14 nicklas 37     var patient = response.patient;
2370 22 Apr 14 nicklas 38     cs.initSections(response.sections);
5022 11 Oct 18 nicklas 39     
5022 11 Oct 18 nicklas 40     var maxItemsInLeftCol = 1;
5022 11 Oct 18 nicklas 41     var maxItemsInRightCol = 1;
2370 22 Apr 14 nicklas 42
6835 05 Sep 22 nicklas 43     // Update title base on returned case name since the search may be something else (eg. personal number, pad, ...)
6835 05 Sep 22 nicklas 44     var caseName = response.caseName;
6835 05 Sep 22 nicklas 45     Data.set('page-data', 'case-name', caseName);
6835 05 Sep 22 nicklas 46     // Update header text to use the potentially changed case name
6835 05 Sep 22 nicklas 47     if (Doc.element('path-case-summary'))
2370 22 Apr 14 nicklas 48     {
6835 05 Sep 22 nicklas 49       var title = 'Case summary - ' + Strings.encodeTags(caseName);
6835 05 Sep 22 nicklas 50       var originalCaseName = Data.get('page-data', 'original-case-name');
6835 05 Sep 22 nicklas 51       if (response.matchedBy && caseName != originalCaseName)
2370 22 Apr 14 nicklas 52       {
6835 05 Sep 22 nicklas 53         title += ' <span class="itemsubtype">(matched by '+Strings.encodeTags(response.matchedBy)+')</span>';
2370 22 Apr 14 nicklas 54       }
6835 05 Sep 22 nicklas 55       Doc.element('path-case-summary').innerHTML = title;
6835 05 Sep 22 nicklas 56     }
6835 05 Sep 22 nicklas 57
6835 05 Sep 22 nicklas 58     if (caseInfo)
6835 05 Sep 22 nicklas 59     {
3179 09 Mar 15 nicklas 60       try
3179 09 Mar 15 nicklas 61       {
3179 09 Mar 15 nicklas 62         cs.addColumn('case.name', cs.asLink('SAMPLE', caseInfo));
3179 09 Mar 15 nicklas 63         cs.addColumn('case.registrationDate', cs.asDate(caseInfo.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 64         cs.addColumn('case.site', site ? site.name : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 65         cs.addColumn('case.consent', cs.asConsent(caseInfo.consent, cs.asDate(caseInfo.consentDate)));
4496 10 May 17 nicklas 66         cs.addColumn('case.laterality', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(caseInfo.laterality)));
4798 08 May 18 nicklas 67         cs.addColumn('case.frozenTissueDate', cs.asDate(caseInfo.frozenTissueDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 68         cs.addColumn('case.comment', Strings.encodeTags(caseInfo.comment));
3179 09 Mar 15 nicklas 69       }
3179 09 Mar 15 nicklas 70       catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 71       {
3179 09 Mar 15 nicklas 72         cs.logError('case-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 73       }
2370 22 Apr 14 nicklas 74     }
2370 22 Apr 14 nicklas 75     else
2370 22 Apr 14 nicklas 76     {
2370 22 Apr 14 nicklas 77       cs.addColumn('case.name', cs.asNoInfo('No case information has been registered'));
2370 22 Apr 14 nicklas 78       Doc.hide('case-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 79     }
6835 05 Sep 22 nicklas 80     
2370 22 Apr 14 nicklas 81     if (patient)
2370 22 Apr 14 nicklas 82     {
4496 10 May 17 nicklas 83       try
2370 22 Apr 14 nicklas 84       {
4496 10 May 17 nicklas 85         cs.addColumn('patient.name', cs.asLink('BIOSOURCE', patient));
4496 10 May 17 nicklas 86         cs.addColumn('patient.registrationDate', cs.asDate(patient.registrationDate));
4496 10 May 17 nicklas 87         cs.addColumn('patient.personalNumber', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(patient.personalNumber)));
4496 10 May 17 nicklas 88         cs.addColumn('patient.allFirstNames', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(patient.allFirstNames)));
4496 10 May 17 nicklas 89         cs.addColumn('patient.familyName', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(patient.familyName)));
4496 10 May 17 nicklas 90         cs.addColumn('patient.gender', Strings.encodeTags(patient.gender));
4496 10 May 17 nicklas 91         cs.addColumn('patient.allCases', cs.asCaseList(patient.allCases, caseName));
2370 22 Apr 14 nicklas 92       }
4496 10 May 17 nicklas 93       catch (e)
2370 22 Apr 14 nicklas 94       {
4496 10 May 17 nicklas 95         cs.logError('patient-info', e);
2370 22 Apr 14 nicklas 96       }
2370 22 Apr 14 nicklas 97     }
2370 22 Apr 14 nicklas 98     else
2370 22 Apr 14 nicklas 99     {
2370 22 Apr 14 nicklas 100       cs.addColumn('patient.name', cs.asNoInfo('No patient information has been registered'));
2370 22 Apr 14 nicklas 101       Doc.hide('patient-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 102     }
2370 22 Apr 14 nicklas 103
4496 10 May 17 nicklas 104     var blood = response.blood;
2370 22 Apr 14 nicklas 105     if (blood && blood.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 106     {
6425 29 Sep 21 nicklas 107       blood.sort(cs.sortByIdDescending);
5022 11 Oct 18 nicklas 108       maxItemsInLeftCol = Math.max(maxItemsInLeftCol, blood.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 109       for (var i = 0; i < blood.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 110       {
3179 09 Mar 15 nicklas 111         try
3179 09 Mar 15 nicklas 112         {
3179 09 Mar 15 nicklas 113           var b = blood[i];
6479 09 Nov 21 nicklas 114           cs.addColumn('blood.name', cs.asLink('SAMPLE', b, 0, true));
3179 09 Mar 15 nicklas 115           cs.addColumn('blood.registrationDate', cs.asDate(b.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 116           cs.addColumn('blood.consent', cs.asConsent(b.consent, cs.asDate(b.consentDate)));
3179 09 Mar 15 nicklas 117           cs.addColumn('blood.bloodSample', Strings.encodeTags(b.bloodSample));
3179 09 Mar 15 nicklas 118           cs.addColumn('blood.samplingDate', cs.warnIfMissing(cs.asDateTime(b.samplingDate)));
3179 09 Mar 15 nicklas 119           cs.addColumn('blood.freezerDate', cs.warnIfMissing(cs.asDateTime(b.freezerDate, b.samplingDate)));
3179 09 Mar 15 nicklas 120           cs.addColumn('blood.serum', Strings.encodeTags(b.serum));
3179 09 Mar 15 nicklas 121           cs.addColumn('blood.comment', Strings.encodeTags(b.comment));
3179 09 Mar 15 nicklas 122         }
3179 09 Mar 15 nicklas 123         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 124         {
3179 09 Mar 15 nicklas 125           cs.logError('blood-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 126         }
2370 22 Apr 14 nicklas 127       }
2370 22 Apr 14 nicklas 128     }
2370 22 Apr 14 nicklas 129     else
2370 22 Apr 14 nicklas 130     {
4496 10 May 17 nicklas 131       cs.addColumn('blood.name', cs.asNoInfo('No blood information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 132       Doc.hide('blood-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 133     }
2370 22 Apr 14 nicklas 134
3356 28 May 15 nicklas 135     // Blood DNA
4496 10 May 17 nicklas 136     var bdna = response.bdna;
3356 28 May 15 nicklas 137     if (bdna && bdna.length > 0)
3356 28 May 15 nicklas 138     {
6425 29 Sep 21 nicklas 139       bdna.sort(cs.sortByIdDescending);
3356 28 May 15 nicklas 140       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(bdna.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 141       //maxItemsInLeftCol = Math.max(maxItemsInLeftCol, bdna.length);
3356 28 May 15 nicklas 142       for (var i = 0; i < bdna.length; i++)
3356 28 May 15 nicklas 143       {
3356 28 May 15 nicklas 144         try
3356 28 May 15 nicklas 145         {
3356 28 May 15 nicklas 146           var d = bdna[i];
6479 09 Nov 21 nicklas 147           cs.addColumn('bdna.name', cs.asLink('EXTRACT', d, 0, true));
3356 28 May 15 nicklas 148           cs.addColumn('bdna.registrationDate', cs.asDate(d.registrationDate));
3356 28 May 15 nicklas 149           cs.addColumn('bdna.storageBox', cs.asBioPlateLocation(d.bioWell));
3356 28 May 15 nicklas 150           cs.addColumn('bdna.remainingQuantity', cs.asQuantity(d.remainingQuantity, ' µg'));
3356 28 May 15 nicklas 151           cs.addColumn('bdna.originalQuantity', cs.asQuantity(d.originalQuantity, ' µg'));
3356 28 May 15 nicklas 152           cs.addColumn('bdna.ndConc', cs.asQuantity(d.ndConc, ' ng/µl'));
3356 28 May 15 nicklas 153           cs.addColumn('bdna.comment', cs.truncate(d.comment, truncateAt));
3356 28 May 15 nicklas 154         }
3356 28 May 15 nicklas 155         catch (e)
3356 28 May 15 nicklas 156         {
3356 28 May 15 nicklas 157           cs.logError('bdna-info', e);
3356 28 May 15 nicklas 158         }
3356 28 May 15 nicklas 159       }
3356 28 May 15 nicklas 160     }
3356 28 May 15 nicklas 161     else
3356 28 May 15 nicklas 162     {
4496 10 May 17 nicklas 163       cs.addColumn('bdna.name', cs.asNoInfo('No Blood DNA information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 164       Doc.hide('bdna-details');
3356 28 May 15 nicklas 165     }
3356 28 May 15 nicklas 166     
6479 09 Nov 21 nicklas 167     // GenotypeCall
6479 09 Nov 21 nicklas 168     var gtCall = response.genotypecall;
6479 09 Nov 21 nicklas 169     if (gtCall && gtCall.length > 0)
6479 09 Nov 21 nicklas 170     {
6479 09 Nov 21 nicklas 171       gtCall.sort(cs.sortByIdDescending);
6479 09 Nov 21 nicklas 172       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(gtCall.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
6479 09 Nov 21 nicklas 173       for (var i = 0; i < gtCall.length; i++)
6479 09 Nov 21 nicklas 174       {
6479 09 Nov 21 nicklas 175         try
6479 09 Nov 21 nicklas 176         {
6479 09 Nov 21 nicklas 177           var gtc = gtCall[i];
6479 09 Nov 21 nicklas 178           var scan = gtc.scan || {};
6479 09 Nov 21 nicklas 179           var beadChip = gtc.beadChip || {};
6479 09 Nov 21 nicklas 180           cs.addColumn('genotypecall.name', cs.asLink('DERIVEDBIOASSAY', gtc, 0, [gtc.name, gtc.bloodDna.name]));
6479 09 Nov 21 nicklas 181           cs.addColumn('genotypecall.chip', cs.asLink('PHYSICALBIOASSAY', beadChip));
6479 09 Nov 21 nicklas 182           cs.addColumn('genotypecall.chipType', Strings.encodeTags(beadChip.chipType));
6479 09 Nov 21 nicklas 183           cs.addColumn('genotypecall.scanDate', cs.asDateTime(scan.scanDate));
6479 09 Nov 21 nicklas 184           cs.addColumn('genotypecall.callDate', cs.asDateTime(gtc.callDate));
6479 09 Nov 21 nicklas 185           cs.addColumn('genotypecall.numCalls', cs.asCount(gtc.numCalls));
6479 09 Nov 21 nicklas 186           cs.addColumn('genotypecall.callRate', cs.asPercent(gtc.callRate, true, 2));
6479 09 Nov 21 nicklas 187           cs.addColumn('genotypecall.gcScore', (cs.asQuantity(gtc.gc50)||'-')+'/'+(cs.asQuantity(gtc.gc10)||'-'));
6517 07 Dec 21 nicklas 188           cs.addColumn('genotypecall.genotypeQc', cs.asGenotypeQc(gtc));
6479 09 Nov 21 nicklas 189           cs.addColumn('genotypecall.comment', cs.truncate(gtc.comment, truncateAt));
6479 09 Nov 21 nicklas 190         }
6479 09 Nov 21 nicklas 191         catch (e)
6479 09 Nov 21 nicklas 192         {
6479 09 Nov 21 nicklas 193           cs.logError('genotypecall-info', e);
6479 09 Nov 21 nicklas 194         }
6479 09 Nov 21 nicklas 195       }
6479 09 Nov 21 nicklas 196     }
6479 09 Nov 21 nicklas 197     else
6479 09 Nov 21 nicklas 198     {
6479 09 Nov 21 nicklas 199       cs.addColumn('genotypecall.name', cs.asNoInfo('No GenotypeCall information has been registered'));
6479 09 Nov 21 nicklas 200       Doc.hide('genotypecall-details');
6479 09 Nov 21 nicklas 201     }
6479 09 Nov 21 nicklas 202
6882 22 Nov 22 nicklas 203     // Methyltion
6882 22 Nov 22 nicklas 204     var methylation = response.methylation;
6882 22 Nov 22 nicklas 205     if (methylation && methylation.length > 0)
6882 22 Nov 22 nicklas 206     {
6882 22 Nov 22 nicklas 207       methylation.sort(cs.sortByIdDescending);
6882 22 Nov 22 nicklas 208       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(methylation.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
6882 22 Nov 22 nicklas 209       for (var i = 0; i < methylation.length; i++)
6882 22 Nov 22 nicklas 210       {
6882 22 Nov 22 nicklas 211         try
6882 22 Nov 22 nicklas 212         {
6882 22 Nov 22 nicklas 213           var meth = methylation[i];
6882 22 Nov 22 nicklas 214           var scan = meth.scan || {};
6882 22 Nov 22 nicklas 215           var beadChip = meth.beadChip || {};
6882 22 Nov 22 nicklas 216           var job = meth.job;
6882 22 Nov 22 nicklas 217           var adjustmentPlots = meth.adjustmentPlots;
6882 22 Nov 22 nicklas 218           var probes = [];
6882 22 Nov 22 nicklas 219           if (meth.ProbesI != null) probes[probes.length] = cs.asCount(meth.ProbesI)+' (I)';
6882 22 Nov 22 nicklas 220           if (meth.ProbesII != null) probes[probes.length] = cs.asCount(meth.ProbesII)+' (II)';
6882 22 Nov 22 nicklas 221           cs.addColumn('methylation.name', cs.asLink('DERIVEDBIOASSAY', meth, 0, [meth.name, meth.dna.name]));
6882 22 Nov 22 nicklas 222           cs.addColumn('methylation.donotuse', cs.asDoNotUse(meth));
6882 22 Nov 22 nicklas 223           cs.addColumn('methylation.chip', cs.asLink('PHYSICALBIOASSAY', beadChip));
6882 22 Nov 22 nicklas 224           cs.addColumn('methylation.chipType', Strings.encodeTags(beadChip.chipType));
6882 22 Nov 22 nicklas 225           cs.addColumn('methylation.scanDate', cs.asDateTime(scan.scanDate));
6882 22 Nov 22 nicklas 226           cs.addColumn('methylation.date', cs.asJob(job, truncateAt, 'Analyzing'));
6882 22 Nov 22 nicklas 227           cs.addColumn('methylation.probes', probes.join(' + '));
6882 22 Nov 22 nicklas 228           cs.addColumn('methylation.warnings', meth.AnalysisFlag != null ? cs.asWarning(meth.AnalysisFlag) : null);
6882 22 Nov 22 nicklas 229           cs.addColumn('methylation.adjustmentPlots', adjustmentPlots && adjustmentPlots.type == 'FILE' ? 'Yes '+cs.asFileLink(adjustmentPlots, 'pdffile.png') : 'No');
6882 22 Nov 22 nicklas 230           cs.addColumn('methylation.comment', cs.truncate(meth.comment, truncateAt));
6882 22 Nov 22 nicklas 231         }
6882 22 Nov 22 nicklas 232         catch (e)
6882 22 Nov 22 nicklas 233         {
6882 22 Nov 22 nicklas 234           cs.logError('methylation-info', e);
6882 22 Nov 22 nicklas 235         }
6882 22 Nov 22 nicklas 236       }
6882 22 Nov 22 nicklas 237     }
6882 22 Nov 22 nicklas 238     else
6882 22 Nov 22 nicklas 239     {
6882 22 Nov 22 nicklas 240       cs.addColumn('methylation.name', cs.asNoInfo('No Methylation information has been registered'));
6882 22 Nov 22 nicklas 241       Doc.hide('methylation-details');
6882 22 Nov 22 nicklas 242     }
6479 09 Nov 21 nicklas 243     
4496 10 May 17 nicklas 244     var specimen = response.specimen;
4496 10 May 17 nicklas 245     var noSpecimen = response.noSpecimen;
6154 26 Feb 21 nicklas 246     var numSpecimenOfAnyType = 0;
3758 19 Feb 16 nicklas 247     var yellowPrefixes = {};
2370 22 Apr 14 nicklas 248     if (specimen && specimen.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 249     {
6425 29 Sep 21 nicklas 250       specimen.sort(cs.sortByIdDescending);
2370 22 Apr 14 nicklas 251       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(specimen.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 252       maxItemsInLeftCol = Math.max(maxItemsInLeftCol, specimen.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 253       for (var i = 0; i < specimen.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 254       {
3179 09 Mar 15 nicklas 255         try
3179 09 Mar 15 nicklas 256         {
3179 09 Mar 15 nicklas 257           var s = specimen[i];
5009 04 Oct 18 nicklas 258           yellowPrefixes[s.name] = s.YellowLabel != null ? 'yellow-specimen' : null;
5009 04 Oct 18 nicklas 259           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(s, yellowPrefixes);
5011 05 Oct 18 nicklas 260           cs.addColumn('specimen.name', cs.asLink('SAMPLE', s, 0, true));
7152 09 May 23 nicklas 261           if (s.ExternalRef) cs.addColumn('specimen.externalRef', s.ExternalRef+cs.asImportJsonFile(s.importFile));
5009 04 Oct 18 nicklas 262           cs.addColumn('specimen.donotuse', cs.asDoNotUse(s));
3179 09 Mar 15 nicklas 263           cs.addColumn('specimen.registrationDate', cs.asDate(s.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 264           cs.addColumn('specimen.storageBox', cs.asBioPlateLocation(s.bioWell));
3179 09 Mar 15 nicklas 265           cs.addColumn('specimen.laterality', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(s.laterality)));
3179 09 Mar 15 nicklas 266           cs.addColumn('specimen.samplingDate', cs.warnIfMissing(cs.asDateTime(s.samplingDate)));
3179 09 Mar 15 nicklas 267           cs.addColumn('specimen.rnaLaterDate', cs.warnIfMissing(cs.asDateTime(s.rnaLaterDate, s.samplingDate)));
3179 09 Mar 15 nicklas 268           cs.addColumn('specimen.pad', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(s.pad)));
3179 09 Mar 15 nicklas 269           cs.addColumn('specimen.biopsyType', s.biopsyType);
3179 09 Mar 15 nicklas 270           cs.addColumn('specimen.remainingQuantity', cs.asQuantity(s.remainingQuantity, ' mg', 1000));
3179 09 Mar 15 nicklas 271           cs.addColumn('specimen.originalQuantity', cs.asQuantity(s.originalQuantity, ' mg', 1000));
3179 09 Mar 15 nicklas 272           cs.addColumn('specimen.nofPieces', s.nofPieces);
7146 08 May 23 nicklas 273           cs.addColumn('specimen.pathNote', cs.truncate(s.OtherPathNote, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 274           cs.addColumn('specimen.partitionComment', cs.truncate(s.partitionComment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 275           cs.addColumn('specimen.comment', cs.truncate(s.comment, truncateAt));
6154 26 Feb 21 nicklas 276           numSpecimenOfAnyType++;
3179 09 Mar 15 nicklas 277         }
3179 09 Mar 15 nicklas 278         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 279         {
3179 09 Mar 15 nicklas 280           cs.logError('specimen-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 281         }
2370 22 Apr 14 nicklas 282       }
5019 10 Oct 18 nicklas 283       defaultColClass = null;
2370 22 Apr 14 nicklas 284     }
2370 22 Apr 14 nicklas 285     if (noSpecimen && noSpecimen.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 286     {
6425 29 Sep 21 nicklas 287       noSpecimen.sort(cs.sortByIdDescending);
5022 11 Oct 18 nicklas 288       maxItemsInLeftCol = Math.max(maxItemsInLeftCol, noSpecimen.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 289       for (var i = 0; i < noSpecimen.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 290       {
3179 09 Mar 15 nicklas 291         try
3179 09 Mar 15 nicklas 292         {
3179 09 Mar 15 nicklas 293           var s = noSpecimen[i];
5011 05 Oct 18 nicklas 294           cs.addColumn('nospecimen.name', cs.asLink('SAMPLE', s, 0, true));
3179 09 Mar 15 nicklas 295           cs.addColumn('nospecimen.registrationDate', cs.asDate(s.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 296           cs.addColumn('nospecimen.laterality', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(s.laterality)));
3179 09 Mar 15 nicklas 297           cs.addColumn('nospecimen.samplingDate', cs.warnIfMissing(cs.asDate(s.samplingDate)));
3179 09 Mar 15 nicklas 298           cs.addColumn('nospecimen.pad', cs.warnIfMissing(Strings.encodeTags(s.pad)));
3179 09 Mar 15 nicklas 299           cs.addColumn('nospecimen.reasonIfNoSpecimen', Strings.encodeTags(s.reasonIfNoSpecimen));
3179 09 Mar 15 nicklas 300           cs.addColumn('nospecimen.comment', cs.truncate(s.comment, truncateAt));
6579 10 Feb 22 nicklas 301           var specimenExists = s.externalSpecimenExists=='Yes';
6579 10 Feb 22 nicklas 302           cs.addColumn('nospecimen.externalSpecimenExists', specimenExists ? s.externalOperator || s.externalSpecimenExists : null);
6579 10 Feb 22 nicklas 303           cs.addColumn('nospecimen.liasonComment', specimenExists ? cs.truncate(s.liasonComment || '', truncateAt) : null);
7146 08 May 23 nicklas 304           cs.addColumn('nospecimen.pathNote', cs.truncate(s.OtherPathNote , truncateAt));
6579 10 Feb 22 nicklas 305           
6154 26 Feb 21 nicklas 306           numSpecimenOfAnyType++;
3179 09 Mar 15 nicklas 307         }
3179 09 Mar 15 nicklas 308         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 309         {
3179 09 Mar 15 nicklas 310           cs.logError('nospecimen-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 311         }
2370 22 Apr 14 nicklas 312       }
5019 10 Oct 18 nicklas 313       defaultColClass = null;
6154 26 Feb 21 nicklas 314     }
6154 26 Feb 21 nicklas 315     
6154 26 Feb 21 nicklas 316     if (numSpecimenOfAnyType == 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 317     {
4496 10 May 17 nicklas 318       cs.addColumn('specimen.name', cs.asNoInfo('No specimen information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 319       Doc.hide('specimen-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 320       Doc.hide('nospecimen-info');
2370 22 Apr 14 nicklas 321     }
6154 26 Feb 21 nicklas 322     else
6154 26 Feb 21 nicklas 323     {
6154 26 Feb 21 nicklas 324       if (!specimen || specimen.length == 0)
6154 26 Feb 21 nicklas 325       {
6154 26 Feb 21 nicklas 326         cs.addColumn('specimen.name', cs.asNoInfo('No specimen received; see below for details'));
6154 26 Feb 21 nicklas 327         Doc.hide('specimen-details');
6154 26 Feb 21 nicklas 328       }
6154 26 Feb 21 nicklas 329       if (!noSpecimen || noSpecimen.length == 0) Doc.hide('nospecimen-info');
6154 26 Feb 21 nicklas 330     }
2370 22 Apr 14 nicklas 331     
4496 10 May 17 nicklas 332     var histology = response.histology;
2370 22 Apr 14 nicklas 333     if (histology && histology.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 334     {
6425 29 Sep 21 nicklas 335       histology.sort(cs.sortByIdDescending);
2370 22 Apr 14 nicklas 336       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(histology.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 337       maxItemsInLeftCol = Math.max(maxItemsInLeftCol, histology.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 338       for (var i = 0; i < histology.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 339       {
3179 09 Mar 15 nicklas 340         try
3179 09 Mar 15 nicklas 341         {
3179 09 Mar 15 nicklas 342           var h = histology[i];
5009 04 Oct 18 nicklas 343           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(h, yellowPrefixes);
5011 05 Oct 18 nicklas 344           cs.addColumn('histology.name', cs.asLink('SAMPLE', h, 0, true));
5009 04 Oct 18 nicklas 345           cs.addColumn('histology.donotuse', cs.asDoNotUse(h));
3179 09 Mar 15 nicklas 346           cs.addColumn('histology.registrationDate', cs.asDate(h.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 347           cs.addColumn('histology.partitionDate', cs.asDate(h.partitionDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 348           cs.addColumn('histology.usedQuantity', cs.asQuantity(h.originalQuantity, ' mg', 1000));
3179 09 Mar 15 nicklas 349   
3179 09 Mar 15 nicklas 350           var embedded = h.embedDate ? true : false;
3179 09 Mar 15 nicklas 351           cs.addColumn('histology.embedded', embedded ? cs.asDate(h.embedDate) : 'No');
3179 09 Mar 15 nicklas 352           cs.addColumn('histology.embedProtocol', embedded ? cs.asLink('PROTOCOL', h.embedProtocol, truncateAt) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 353           cs.addColumn('histology.paraffinBlock', embedded ? cs.asBioPlateLocation(h.bioWell) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 354           cs.addColumn('histology.storageBox', embedded ? null : cs.asBioPlateLocation(h.bioWell));
3179 09 Mar 15 nicklas 355   
3179 09 Mar 15 nicklas 356           var stained = h.stainDate ? true : false;
3179 09 Mar 15 nicklas 357           var bestStain = stained ? h.bestStain : null;
3179 09 Mar 15 nicklas 358           var scored = bestStain && bestStain.ScoreComplete != null ? true : false;
3179 09 Mar 15 nicklas 359             
3179 09 Mar 15 nicklas 360           cs.addColumn('histology.stained', stained ? cs.asDate(h.stainDate) : 'No');
3179 09 Mar 15 nicklas 361           cs.addColumn('histology.nofSlides', stained ? h.numStains : null);
6018 09 Oct 20 nicklas 362           cs.addColumn('histology.heGlass', bestStain ? cs.asBioPlateLocation(bestStain.bioWell) + cs.asFileLink(bestStain.ndpiImage, 'ndpi.png', 'View NanoZoomer Digital Pathology Image') : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 363           cs.addColumn('histology.stainProtocol', stained ? cs.asLink('PROTOCOL', h.stainProtocol, truncateAt) : null);
3373 09 Jun 15 nicklas 364
3419 24 Jun 15 nicklas 365           cs.addColumn('histology.scored', (scored ? (bestStain.ScoreComplete ? 'Complete' : 'In progress') : 'No')+cs.asFileLink(bestStain ? bestStain.image : null, 'picture.png'));
3179 09 Mar 15 nicklas 366           cs.addColumn('histology.scoreInvasiveCancer', scored ? cs.asPercent(bestStain.ScoreInvasiveCancer) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 367           cs.addColumn('histology.scoreInsituCancer', scored ? cs.asPercent(bestStain.ScoreInsituCancer) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 368           cs.addColumn('histology.scoreLymphocytes', scored ? cs.asPercent(bestStain.ScoreLymphocytes) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 369           cs.addColumn('histology.scoreNormal', scored ? cs.asPercent(bestStain.ScoreNormal) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 370           cs.addColumn('histology.scoreStroma', scored ? cs.asPercent(bestStain.ScoreStroma) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 371           cs.addColumn('histology.scoreFat', scored ? cs.asPercent(bestStain.ScoreFat) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 372           cs.addColumn('histology.scoreComments', scored ? cs.truncate(bestStain.comments, truncateAt) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 373         }
3179 09 Mar 15 nicklas 374         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 375         {
3179 09 Mar 15 nicklas 376           cs.logError('histology-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 377         }
2370 22 Apr 14 nicklas 378       }
5019 10 Oct 18 nicklas 379       defaultColClass = null;
2370 22 Apr 14 nicklas 380     }
2370 22 Apr 14 nicklas 381     else
2370 22 Apr 14 nicklas 382     {
4496 10 May 17 nicklas 383       cs.addColumn('histology.name', cs.asNoInfo('No histology information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 384       Doc.hide('histology-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 385     }
2370 22 Apr 14 nicklas 386
4496 10 May 17 nicklas 387     var lysate = response.lysate;
2370 22 Apr 14 nicklas 388     if (lysate && lysate.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 389     {
6425 29 Sep 21 nicklas 390       lysate.sort(cs.sortByIdDescending);
2370 22 Apr 14 nicklas 391       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(lysate.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 392       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, lysate.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 393       for (var i = 0; i < lysate.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 394       {
3179 09 Mar 15 nicklas 395         try
3179 09 Mar 15 nicklas 396         {
3179 09 Mar 15 nicklas 397           var lys = lysate[i];
5009 04 Oct 18 nicklas 398           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(lys, yellowPrefixes);
5011 05 Oct 18 nicklas 399           cs.addColumn('lysate.name', cs.asLink('EXTRACT', lys, 0, true));
5009 04 Oct 18 nicklas 400           cs.addColumn('lysate.donotuse', cs.asDoNotUse(lys));
3179 09 Mar 15 nicklas 401           cs.addColumn('lysate.registrationDate', cs.asDate(lys.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 402           cs.addColumn('lysate.partitionDate', cs.asDate(lys.partitionDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 403           cs.addColumn('lysate.usedQuantity', cs.asQuantity(lys.usedQuantity, ' mg', 1000));
3179 09 Mar 15 nicklas 404           cs.addColumn('lysate.multiplePieces', lys.multiplePieces ? 'Yes' : 'No');
3179 09 Mar 15 nicklas 405           cs.addColumn('lysate.comment', cs.truncate(lys.comment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 406           
3179 09 Mar 15 nicklas 407           var lysis = lys.lysisDate ? true : false;
3179 09 Mar 15 nicklas 408           cs.addColumn('lysate.lysisDate', lysis ? cs.asDate(lys.lysisDate) : 'No');
3179 09 Mar 15 nicklas 409           cs.addColumn('lysate.storageBox', lysis ? cs.asBioPlateLocation(lys.bioWell) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 410           cs.addColumn('lysate.lysisProtocol', lysis ? cs.asLink('PROTOCOL', lys.lysisProtocol, truncateAt) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 411           cs.addColumn('lysate.remainingQuantity', lysis ? cs.asQuantity(lys.remainingQuantity, ' µg') : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 412           cs.addColumn('lysate.originalQuantity', lysis ? cs.asQuantity(lys.originalQuantity, ' µg') : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 413         }
3179 09 Mar 15 nicklas 414         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 415         {
3179 09 Mar 15 nicklas 416           cs.logError('lysate-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 417         }
2370 22 Apr 14 nicklas 418       }
5019 10 Oct 18 nicklas 419       defaultColClass = null;
2370 22 Apr 14 nicklas 420     }
2370 22 Apr 14 nicklas 421     else
2370 22 Apr 14 nicklas 422     {
4496 10 May 17 nicklas 423       cs.addColumn('lysate.name', cs.asNoInfo('No lysate information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 424       Doc.hide('lysate-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 425     }
2370 22 Apr 14 nicklas 426
4496 10 May 17 nicklas 427     var rna = response.rna;
2370 22 Apr 14 nicklas 428     if (rna && rna.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 429     {
6425 29 Sep 21 nicklas 430       rna.sort(cs.sortByIdDescending);
2370 22 Apr 14 nicklas 431       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(rna.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 432       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, rna.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 433       for (var i = 0; i < rna.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 434       {
3179 09 Mar 15 nicklas 435         try
3179 09 Mar 15 nicklas 436         {
3179 09 Mar 15 nicklas 437           var r = rna[i];
5009 04 Oct 18 nicklas 438           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(r, yellowPrefixes);
5011 05 Oct 18 nicklas 439           cs.addColumn('rna.name', cs.asLink('EXTRACT', r, 0, true));
3179 09 Mar 15 nicklas 440           cs.addColumn('rna.flag', r.flag ? cs.asFlagInfo(r.flag, 'flag.png') : null);
5009 04 Oct 18 nicklas 441           cs.addColumn('rna.donotuse', cs.asDoNotUse(r));
3179 09 Mar 15 nicklas 442           cs.addColumn('rna.registrationDate', cs.asDate(r.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 443           cs.addColumn('rna.storageBox', cs.asBioPlateLocation(r.bioWell));
3179 09 Mar 15 nicklas 444           cs.addColumn('rna.usedQuantity', cs.asQuantity(r.usedQuantity, ' µg'));
3179 09 Mar 15 nicklas 445           cs.addColumn('rna.extractionDate', cs.asDate(r.extractionDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', r.extractionDate, 'RNA extraction: ' + r.name, 'thermometer.png'));
3179 09 Mar 15 nicklas 446           cs.addColumn('rna.extractionProtocol', cs.asLink('PROTOCOL', r.extractionProtocol, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 447           cs.addColumn('rna.remainingQuantity', cs.asQuantity(r.remainingQuantity, ' µg'));
3179 09 Mar 15 nicklas 448           cs.addColumn('rna.originalQuantity', cs.asQuantity(r.originalQuantity, ' µg'));
6220 20 Apr 21 nicklas 449           cs.addColumn('rna.conc', cs.asQuantity(r.conc, ' ng/µl'));
3179 09 Mar 15 nicklas 450           cs.addColumn('rna.comment', cs.truncate(r.comment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 451           
3179 09 Mar 15 nicklas 452           var hasQc = r.nofQc ? true : false;
3179 09 Mar 15 nicklas 453           cs.addColumn('rna.qc', hasQc ? (r.qcDate ? cs.asDate(r.qcDate) : cs.asNoInfo('Waiting for Caliper...')) : 'No');
3179 09 Mar 15 nicklas 454           cs.addColumn('rna.nofQc', hasQc ? r.nofQc : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 455           cs.addColumn('rna.qcProtocol', hasQc ? cs.asLink('PROTOCOL', r.qcProtocol, truncateAt) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 456           cs.addColumn('rna.qcPlate', hasQc ? cs.asBioPlateLocation(r.qcPlate)+cs.asFileLink(r.qcPdf, 'pdffile.png') : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 457           cs.addColumn('rna.qcRqs', hasQc && r.qcRqs ? Reggie.formatNumber(r.qcRqs, null, 1) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 458           cs.addColumn('rna.qcRin', hasQc && r.qcRin ? Reggie.formatNumber(r.qcRin, null, 1) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 459           cs.addColumn('rna.qcComment', hasQc ? cs.truncate(r.qcComment, truncateAt) : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 460         }
3179 09 Mar 15 nicklas 461         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 462         {
3179 09 Mar 15 nicklas 463           cs.logError('rna-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 464         }
2370 22 Apr 14 nicklas 465       }
5019 10 Oct 18 nicklas 466       defaultColClass = null;
2370 22 Apr 14 nicklas 467     }
2370 22 Apr 14 nicklas 468     else
2370 22 Apr 14 nicklas 469     {
4496 10 May 17 nicklas 470       cs.addColumn('rna.name', cs.asNoInfo('No RNA information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 471       Doc.hide('rna-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 472     }
2370 22 Apr 14 nicklas 473
4496 10 May 17 nicklas 474     var dna = response.dna;
2370 22 Apr 14 nicklas 475     if (dna && dna.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 476     {
6425 29 Sep 21 nicklas 477       dna.sort(cs.sortByIdDescending);
2370 22 Apr 14 nicklas 478       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(dna.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 479       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, dna.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 480       for (var i = 0; i < dna.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 481       {
3179 09 Mar 15 nicklas 482         try
3179 09 Mar 15 nicklas 483         {
3179 09 Mar 15 nicklas 484           var d = dna[i];
5009 04 Oct 18 nicklas 485           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(d, yellowPrefixes);
5011 05 Oct 18 nicklas 486           cs.addColumn('dna.name', cs.asLink('EXTRACT', d, 0, true));
5009 04 Oct 18 nicklas 487           cs.addColumn('dna.donotuse', cs.asDoNotUse(d));
3179 09 Mar 15 nicklas 488           cs.addColumn('dna.registrationDate', cs.asDate(d.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 489           cs.addColumn('dna.storageBox', cs.asBioPlateLocation(d.bioWell));
3179 09 Mar 15 nicklas 490           cs.addColumn('dna.extractionDate', cs.asDate(d.extractionDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', d.extractionDate, 'DNA extraction: ' + d.name, 'thermometer.png'));
3179 09 Mar 15 nicklas 491           cs.addColumn('dna.extractionProtocol', cs.asLink('PROTOCOL', d.extractionProtocol, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 492           cs.addColumn('dna.remainingQuantity', cs.asQuantity(d.remainingQuantity, ' µg'));
3179 09 Mar 15 nicklas 493           cs.addColumn('dna.originalQuantity', cs.asQuantity(d.originalQuantity, ' µg'));
6220 20 Apr 21 nicklas 494           cs.addColumn('dna.conc', cs.asQuantity(d.conc, ' ng/µl'));
3179 09 Mar 15 nicklas 495           cs.addColumn('dna.comment', cs.truncate(d.comment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 496         }
3179 09 Mar 15 nicklas 497         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 498         {
3179 09 Mar 15 nicklas 499           cs.logError('dna-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 500         }
2370 22 Apr 14 nicklas 501       }
5019 10 Oct 18 nicklas 502       defaultColClass = null;
2370 22 Apr 14 nicklas 503     }
2370 22 Apr 14 nicklas 504     else
2370 22 Apr 14 nicklas 505     {
4496 10 May 17 nicklas 506       cs.addColumn('dna.name', cs.asNoInfo('No DNA information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 507       Doc.hide('dna-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 508     }
2370 22 Apr 14 nicklas 509
4496 10 May 17 nicklas 510     var ft = response.flowThrough;
2370 22 Apr 14 nicklas 511     if (ft && ft.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 512     {
6425 29 Sep 21 nicklas 513       ft.sort(cs.sortByIdDescending);
2370 22 Apr 14 nicklas 514       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(ft.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 515       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, ft.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 516       for (var i = 0; i < ft.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 517       {
3179 09 Mar 15 nicklas 518         try
3179 09 Mar 15 nicklas 519         {
3179 09 Mar 15 nicklas 520           var f = ft[i];
5009 04 Oct 18 nicklas 521           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(f, yellowPrefixes);
5011 05 Oct 18 nicklas 522           cs.addColumn('ft.name', cs.asLink('EXTRACT', f, 0, true));
5009 04 Oct 18 nicklas 523           cs.addColumn('ft.donotuse', cs.asDoNotUse(f));
3179 09 Mar 15 nicklas 524           cs.addColumn('ft.registrationDate', cs.asDate(f.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 525           cs.addColumn('ft.storageBox', cs.asBioPlateLocation(f.bioWell));
3179 09 Mar 15 nicklas 526           cs.addColumn('ft.extractionDate', cs.asDate(f.extractionDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', f.extractionDate, 'FlowThrough extraction: ' + f.name, 'thermometer.png'));
3179 09 Mar 15 nicklas 527           cs.addColumn('ft.extractionProtocol', cs.asLink('PROTOCOL', f.extractionProtocol, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 528           cs.addColumn('ft.remainingQuantity', cs.asQuantity(f.remainingQuantity, ' µg'));
3179 09 Mar 15 nicklas 529           cs.addColumn('ft.originalQuantity', cs.asQuantity(f.originalQuantity, ' µg'));
3179 09 Mar 15 nicklas 530           cs.addColumn('ft.comment', cs.truncate(f.comment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 531         }
3179 09 Mar 15 nicklas 532         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 533         {
3179 09 Mar 15 nicklas 534           cs.logError('ft-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 535         }
2370 22 Apr 14 nicklas 536       }
5019 10 Oct 18 nicklas 537       defaultColClass = null;
2370 22 Apr 14 nicklas 538     }
2370 22 Apr 14 nicklas 539     else
2370 22 Apr 14 nicklas 540     {
4496 10 May 17 nicklas 541       cs.addColumn('ft.name', cs.asNoInfo('No FlowThrough information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 542       Doc.hide('ft-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 543     }
2370 22 Apr 14 nicklas 544
4496 10 May 17 nicklas 545     var mrna = response.mrna;
2370 22 Apr 14 nicklas 546     if (mrna && mrna.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 547     {
6425 29 Sep 21 nicklas 548       mrna.sort(cs.sortByIdDescending);
2370 22 Apr 14 nicklas 549       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(mrna.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 550       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, mrna.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 551       for (var i = 0; i < mrna.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 552       {
3179 09 Mar 15 nicklas 553         try
3179 09 Mar 15 nicklas 554         {
3179 09 Mar 15 nicklas 555           var r = mrna[i];
5009 04 Oct 18 nicklas 556           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(r, yellowPrefixes);
5011 05 Oct 18 nicklas 557           cs.addColumn('mrna.name', cs.asLink('EXTRACT', r, 0, true));
5009 04 Oct 18 nicklas 558           cs.addColumn('mrna.donotuse', cs.asDoNotUse(r));
3179 09 Mar 15 nicklas 559           cs.addColumn('mrna.registrationDate', cs.asDate(r.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 560           cs.addColumn('mrna.storageBox', cs.asBioPlateLocation(r.bioWell)+cs.asFileLink(r.platePdf, 'pdffile.png'));
3179 09 Mar 15 nicklas 561           cs.addColumn('mrna.result', (r.result && r.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(r.result, 'error.png') : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 562           cs.addColumn('mrna.cleanupDate', cs.asDate(r.cleanupDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', r.cleanupDate, 'mRNA cleanup: ' + r.name, 'thermometer.png'));
3179 09 Mar 15 nicklas 563           cs.addColumn('mrna.usedQuantity', cs.asQuantity(r.usedQuantity, ' µg'));
3179 09 Mar 15 nicklas 564           cs.addColumn('mrna.comment', cs.truncate(r.comment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 565         }
3179 09 Mar 15 nicklas 566         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 567         {
3179 09 Mar 15 nicklas 568           cs.logError('mrna-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 569         }
2370 22 Apr 14 nicklas 570       }
5019 10 Oct 18 nicklas 571       defaultColClass = null;
2370 22 Apr 14 nicklas 572     }
2370 22 Apr 14 nicklas 573     else
2370 22 Apr 14 nicklas 574     {
4496 10 May 17 nicklas 575       cs.addColumn('mrna.name', cs.asNoInfo('No mRNA information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 576       Doc.hide('mrna-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 577     }
2370 22 Apr 14 nicklas 578
4496 10 May 17 nicklas 579     var cdna = response.cdna;
2370 22 Apr 14 nicklas 580     if (cdna && cdna.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 581     {
6425 29 Sep 21 nicklas 582       cdna.sort(cs.sortByIdDescending);
2370 22 Apr 14 nicklas 583       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(cdna.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 584       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, cdna.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 585       for (var i = 0; i < cdna.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 586       {
3179 09 Mar 15 nicklas 587         try
3179 09 Mar 15 nicklas 588         {
3179 09 Mar 15 nicklas 589           var r = cdna[i];
5009 04 Oct 18 nicklas 590           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(r, yellowPrefixes);
5011 05 Oct 18 nicklas 591           cs.addColumn('cdna.name', cs.asLink('EXTRACT', r, 0, true));
5009 04 Oct 18 nicklas 592           cs.addColumn('cdna.donotuse', cs.asDoNotUse(r));
3179 09 Mar 15 nicklas 593           cs.addColumn('cdna.registrationDate', cs.asDate(r.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 594           cs.addColumn('cdna.storageBox', cs.asBioPlateLocation(r.bioWell));
3179 09 Mar 15 nicklas 595           cs.addColumn('cdna.result', (r.result && r.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(r.result, 'error.png') : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 596           cs.addColumn('cdna.synthesisDate', cs.asDate(r.synthesisDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', r.synthesisDate, 'cDNA synthesis: ' + r.name, 'thermometer.png'));
3179 09 Mar 15 nicklas 597           cs.addColumn('cdna.comment', cs.truncate(r.comment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 598         }
3179 09 Mar 15 nicklas 599         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 600         {
3179 09 Mar 15 nicklas 601           cs.logError('cdna-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 602         }
2370 22 Apr 14 nicklas 603       }
5019 10 Oct 18 nicklas 604       defaultColClass = null;
2370 22 Apr 14 nicklas 605     }
2370 22 Apr 14 nicklas 606     else
2370 22 Apr 14 nicklas 607     {
4496 10 May 17 nicklas 608       cs.addColumn('cdna.name', cs.asNoInfo('No cDNA information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 609       Doc.hide('cdna-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 610     }
2370 22 Apr 14 nicklas 611     
4496 10 May 17 nicklas 612     var lib = response.lib;
2370 22 Apr 14 nicklas 613     if (lib && lib.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 614     {
6425 29 Sep 21 nicklas 615       lib.sort(cs.sortByIdDescending);
2370 22 Apr 14 nicklas 616       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(lib.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 617       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, lib.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 618       for (var i = 0; i < lib.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 619       {
3179 09 Mar 15 nicklas 620         try
3179 09 Mar 15 nicklas 621         {
3179 09 Mar 15 nicklas 622           var r = lib[i];
5009 04 Oct 18 nicklas 623           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(r, yellowPrefixes);
5011 05 Oct 18 nicklas 624           cs.addColumn('lib.name', cs.asLink('EXTRACT', r, 0, true));
5009 04 Oct 18 nicklas 625           cs.addColumn('lib.donotuse', cs.asDoNotUse(r));
5522 24 Jun 19 nicklas 626           cs.addColumn('lib.pipeline', r.pipeline);
3179 09 Mar 15 nicklas 627           cs.addColumn('lib.registrationDate', cs.asDate(r.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 628           cs.addColumn('lib.storageBox', cs.asBioPlateLocation(r.bioWell));
3179 09 Mar 15 nicklas 629           cs.addColumn('lib.result', (r.result && r.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(r.result, 'error.png') : null);
5895 14 Apr 20 nicklas 630           var libDate = r.cleanupDate || r.neoPrepDate || r.creationDate;
3321 11 May 15 nicklas 631           cs.addColumn('lib.libDate', cs.asDate(libDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', libDate, 'Library date: ' + r.name, 'thermometer.png'));
3179 09 Mar 15 nicklas 632           cs.addColumn('lib.remainingQuantity', cs.asQuantity(r.remainingQuantity, ' ng', 0.001));
3179 09 Mar 15 nicklas 633           cs.addColumn('lib.originalQuantity', cs.asQuantity(r.originalQuantity, ' ng', 0.001));
3179 09 Mar 15 nicklas 634           cs.addColumn('lib.barcode.name', r.barcode.name);
3320 11 May 15 nicklas 635           cs.addColumn('lib.size', cs.asQuantity(r.ca_size || r.library_size_est, ''));
3179 09 Mar 15 nicklas 636           cs.addColumn('lib.molarity', cs.asQuantity(r.library_molarity_est, ' nM'));
3179 09 Mar 15 nicklas 637           cs.addColumn('lib.adapterFrac', cs.asPercent(r.library_frac_adpt));
7286 15 Aug 23 nicklas 638           cs.addColumn('lib.conc', cs.asQuantity(r.conc, ' ng/µl'));
3179 09 Mar 15 nicklas 639           cs.addColumn('lib.comment', cs.truncate(r.comment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 640         }
3179 09 Mar 15 nicklas 641         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 642         {
3179 09 Mar 15 nicklas 643           cs.logError('lib-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 644         }
2370 22 Apr 14 nicklas 645       }
5019 10 Oct 18 nicklas 646       defaultColClass = null;
2370 22 Apr 14 nicklas 647     }
2370 22 Apr 14 nicklas 648     else
2370 22 Apr 14 nicklas 649     {
4496 10 May 17 nicklas 650       cs.addColumn('lib.name', cs.asNoInfo('No library information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 651       Doc.hide('lib-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 652     }
2370 22 Apr 14 nicklas 653
4496 10 May 17 nicklas 654     var pooledLib = response.pooledlib;
2370 22 Apr 14 nicklas 655     if (pooledLib && pooledLib.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 656     {
6425 29 Sep 21 nicklas 657       pooledLib.sort(cs.sortByIdDescending);
2370 22 Apr 14 nicklas 658       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(pooledLib.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 659       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, pooledLib.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 660       for (var i = 0; i < pooledLib.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 661       {
3179 09 Mar 15 nicklas 662         try
3179 09 Mar 15 nicklas 663         {
3179 09 Mar 15 nicklas 664           var r = pooledLib[i];
5012 05 Oct 18 nicklas 665           cs.addColumn('pooledlib.name', cs.asLink('EXTRACT', r, 0, r.libNames));
5522 24 Jun 19 nicklas 666           cs.addColumn('pooledlib.pipeline', r.pipeline);
3179 09 Mar 15 nicklas 667           cs.addColumn('pooledlib.registrationDate', cs.asDate(r.registrationDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 668           cs.addColumn('pooledlib.poolDate', cs.asDate(r.poolDate)+cs.asLabEnvLink('http://givare2.onk.lu.se/', r.poolDate, 'Pooled library pooling: ' + r.name, 'thermometer.png'));
3179 09 Mar 15 nicklas 669           cs.addColumn('pooledlib.remainingQuantity', cs.asQuantity(r.remainingQuantity, ' ng', 0.001));
3179 09 Mar 15 nicklas 670           cs.addColumn('pooledlib.originalQuantity', cs.asQuantity(r.originalQuantity, ' ng', 0.001));
3179 09 Mar 15 nicklas 671           cs.addColumn('pooledlib.poolMolarity', cs.asQuantity(r.poolMolarity, ' nM'));
3179 09 Mar 15 nicklas 672           cs.addColumn('pooledlib.poolConc', cs.asQuantity(r.poolConc, ' ng/µl'));
3179 09 Mar 15 nicklas 673           cs.addColumn('pooledlib.comment', cs.truncate(r.comment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 674         }
3179 09 Mar 15 nicklas 675         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 676         {
3179 09 Mar 15 nicklas 677           cs.logError('pooledlib-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 678         }
2370 22 Apr 14 nicklas 679       }
5019 10 Oct 18 nicklas 680       defaultColClass = null;
2370 22 Apr 14 nicklas 681     }
2370 22 Apr 14 nicklas 682     else
2370 22 Apr 14 nicklas 683     {
4496 10 May 17 nicklas 684       cs.addColumn('pooledlib.name', cs.asNoInfo('No pooled library information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 685       Doc.hide('pooledlib-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 686     }
2370 22 Apr 14 nicklas 687
4496 10 May 17 nicklas 688     var sequencingRuns = response.sequencingRun;
2370 22 Apr 14 nicklas 689     if (sequencingRuns && sequencingRuns.length > 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 690     {
6425 29 Sep 21 nicklas 691       sequencingRuns.sort(cs.sortByIdDescending);
2370 22 Apr 14 nicklas 692       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(sequencingRuns.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 693       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, sequencingRuns.length);
2370 22 Apr 14 nicklas 694       for (var i = 0; i < sequencingRuns.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 695       {
3179 09 Mar 15 nicklas 696         try
3179 09 Mar 15 nicklas 697         {
3179 09 Mar 15 nicklas 698           var sr = sequencingRuns[i];
3179 09 Mar 15 nicklas 699           var fc = sr.flowCell;
5012 05 Oct 18 nicklas 700           cs.addColumn('sequencingRun.name', cs.asLink('DERIVEDBIOASSAY', sr, 0, sr.libNames));
3179 09 Mar 15 nicklas 701           cs.addColumn('sequencingRun.flowCell', cs.asLink('PHYSICALBIOASSAY', fc));
5522 24 Jun 19 nicklas 702           cs.addColumn('sequencingRun.pipeline', sr.pipeline);
3179 09 Mar 15 nicklas 703           cs.addColumn('sequencingRun.result', (sr.result && sr.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(sr.result, 'error.png') : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 704           cs.addColumn('sequencingRun.clusterDate', cs.asDate(fc.clusterDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 705           cs.addColumn('sequencingRun.startDate', cs.asDate(sr.startDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 706           cs.addColumn('sequencingRun.endDate', cs.asDate(sr.endDate));
3179 09 Mar 15 nicklas 707           cs.addColumn('sequencingRun.comment', cs.truncate(sr.comment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 708         }
3179 09 Mar 15 nicklas 709         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 710         {
3179 09 Mar 15 nicklas 711           cs.logError('sequencingRun-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 712         }
2370 22 Apr 14 nicklas 713       }
5019 10 Oct 18 nicklas 714       defaultColClass = null;
2370 22 Apr 14 nicklas 715     }
2370 22 Apr 14 nicklas 716     else
2370 22 Apr 14 nicklas 717     {
4496 10 May 17 nicklas 718       cs.addColumn('sequencingRun.name', cs.asNoInfo('No sequencing information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 719       Doc.hide('sequencingRun-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 720     }
2370 22 Apr 14 nicklas 721
7308 28 Aug 23 nicklas 722     var mergedSequencesRNA = response.mergedSequencesRNA;
7308 28 Aug 23 nicklas 723     if (mergedSequencesRNA && mergedSequencesRNA.length > 0)
2914 11 Nov 14 nicklas 724     {
7308 28 Aug 23 nicklas 725       mergedSequencesRNA.sort(cs.sortByIdDescending);
7308 28 Aug 23 nicklas 726       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(mergedSequencesRNA.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
7308 28 Aug 23 nicklas 727       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, mergedSequencesRNA.length);
7308 28 Aug 23 nicklas 728       for (var i = 0; i < mergedSequencesRNA.length; i++)
2914 11 Nov 14 nicklas 729       {
3179 09 Mar 15 nicklas 730         try
3179 09 Mar 15 nicklas 731         {
7308 28 Aug 23 nicklas 732           var m = mergedSequencesRNA[i];
5009 04 Oct 18 nicklas 733           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(m, yellowPrefixes);
7308 28 Aug 23 nicklas 734           cs.addColumn('mergedSequencesRNA.name', cs.asLink('DERIVEDBIOASSAY', m, 0, true));
7308 28 Aug 23 nicklas 735           cs.addColumn('mergedSequencesRNA.donotuse', cs.asDoNotUse(m));
7308 28 Aug 23 nicklas 736           cs.addColumn('mergedSequencesRNA.pipeline', m.pipeline);
3179 09 Mar 15 nicklas 737           var job = m.job;
7308 28 Aug 23 nicklas 738           cs.addColumn('mergedSequencesRNA.date', cs.asJob(job, truncateAt, 'Demuxing'));
7308 28 Aug 23 nicklas 739           cs.addColumn('mergedSequencesRNA.result', (m.result && m.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(m.result, 'error.png') : null);
7308 28 Aug 23 nicklas 740           cs.addColumn('mergedSequencesRNA.pfReads', cs.asCount(m.PF_READS));
7308 28 Aug 23 nicklas 741           cs.addColumn('mergedSequencesRNA.ptReads', cs.asCount(m.PT_READS));
7308 28 Aug 23 nicklas 742           cs.addColumn('mergedSequencesRNA.adapterReads', cs.asCount(m.ADAPTER_READS));
7308 28 Aug 23 nicklas 743           cs.addColumn('mergedSequencesRNA.comment', cs.truncate(m.comment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 744         }
3179 09 Mar 15 nicklas 745         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 746         {
7308 28 Aug 23 nicklas 747           cs.logError('mergedSequencesRNA-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 748         }
2914 11 Nov 14 nicklas 749       }
5019 10 Oct 18 nicklas 750       defaultColClass = null;
2914 11 Nov 14 nicklas 751     }
2914 11 Nov 14 nicklas 752     else
2914 11 Nov 14 nicklas 753     {
7308 28 Aug 23 nicklas 754       cs.addColumn('mergedSequencesRNA.name', cs.asNoInfo('No demux information has been registered'));
7308 28 Aug 23 nicklas 755       Doc.hide('mergedSequencesRNA-details');
2914 11 Nov 14 nicklas 756     }
2914 11 Nov 14 nicklas 757     
7308 28 Aug 23 nicklas 758     var alignedSequencesRNA = response.alignedSequencesRNA;
7308 28 Aug 23 nicklas 759     if (alignedSequencesRNA && alignedSequencesRNA.length > 0)
2914 11 Nov 14 nicklas 760     {
7308 28 Aug 23 nicklas 761       alignedSequencesRNA.sort(cs.sortByIdDescending);
7308 28 Aug 23 nicklas 762       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(alignedSequencesRNA.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
7308 28 Aug 23 nicklas 763       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, alignedSequencesRNA.length);
7308 28 Aug 23 nicklas 764       for (var i = 0; i < alignedSequencesRNA.length; i++)
2914 11 Nov 14 nicklas 765       {
3179 09 Mar 15 nicklas 766         try
3179 09 Mar 15 nicklas 767         {
7308 28 Aug 23 nicklas 768           var a = alignedSequencesRNA[i];
5009 04 Oct 18 nicklas 769           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(a, yellowPrefixes);
7308 28 Aug 23 nicklas 770           cs.addColumn('alignedSequencesRNA.name', cs.asLink('DERIVEDBIOASSAY', a, 0, true));
7308 28 Aug 23 nicklas 771           cs.addColumn('alignedSequencesRNA.donotuse', cs.asDoNotUse(a));
7308 28 Aug 23 nicklas 772           cs.addColumn('alignedSequencesRNA.pipeline', a.pipeline);
3179 09 Mar 15 nicklas 773           var job = a.job;
7308 28 Aug 23 nicklas 774           cs.addColumn('alignedSequencesRNA.software', cs.asLink('SOFTWARE', a.software, truncateAt));
7308 28 Aug 23 nicklas 775           cs.addColumn('alignedSequencesRNA.date', cs.asJob(job, truncateAt, 'Aligning'));
7308 28 Aug 23 nicklas 776           cs.addColumn('alignedSequencesRNA.result', (a.result && a.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(a.result, 'error.png') : null);
7308 28 Aug 23 nicklas 777           cs.addColumn('alignedSequencesRNA.alignedPairs', cs.asCount(a.ALIGNED_PAIRS));
7308 28 Aug 23 nicklas 778           cs.addColumn('alignedSequencesRNA.fractionDuplication', cs.asPercent(a.FRACTION_DUPLICATION, true));
7308 28 Aug 23 nicklas 779           cs.addColumn('alignedSequencesRNA.genotypeQc', cs.asGenotypeQc(a));
7308 28 Aug 23 nicklas 780           cs.addColumn('alignedSequencesRNA.comment', cs.truncate(a.comment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 781         }
3179 09 Mar 15 nicklas 782         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 783         {
7308 28 Aug 23 nicklas 784           cs.logError('alignedSequencesRNA-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 785         }
2914 11 Nov 14 nicklas 786       }
5019 10 Oct 18 nicklas 787       defaultColClass = null;
2914 11 Nov 14 nicklas 788     }
2914 11 Nov 14 nicklas 789     else
2914 11 Nov 14 nicklas 790     {
7308 28 Aug 23 nicklas 791       cs.addColumn('alignedSequencesRNA.name', cs.asNoInfo('No aligned information has been registered'));
7308 28 Aug 23 nicklas 792       Doc.hide('alignedSequencesRNA-details');
2914 11 Nov 14 nicklas 793     }
2914 11 Nov 14 nicklas 794
4496 10 May 17 nicklas 795     var rawBioAssays = response.rawBioAssays;
2918 11 Nov 14 nicklas 796     if (rawBioAssays && rawBioAssays.length > 0)
2918 11 Nov 14 nicklas 797     {
6425 29 Sep 21 nicklas 798       rawBioAssays.sort(cs.sortByIdDescending);
2918 11 Nov 14 nicklas 799       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(rawBioAssays.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
5022 11 Oct 18 nicklas 800       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, rawBioAssays.length);
2918 11 Nov 14 nicklas 801       for (var i = 0; i < rawBioAssays.length; i++)
2918 11 Nov 14 nicklas 802       {
3179 09 Mar 15 nicklas 803         try
3179 09 Mar 15 nicklas 804         {
3179 09 Mar 15 nicklas 805           var raw = rawBioAssays[i];
5009 04 Oct 18 nicklas 806           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(raw, yellowPrefixes);
5011 05 Oct 18 nicklas 807           cs.addColumn('rawBioAssays.name', cs.asLink('RAWBIOASSAY', raw, 0, true));
5009 04 Oct 18 nicklas 808           cs.addColumn('rawBioAssays.donotuse', cs.asDoNotUse(raw));
5548 08 Aug 19 nicklas 809           cs.addColumn('rawBioAssays.pipeline', raw.pipeline);
3179 09 Mar 15 nicklas 810           var job = raw.job;
3179 09 Mar 15 nicklas 811           var geneReport = raw.geneReport;
3534 08 Oct 15 nicklas 812           var pilotReport = raw.pilotReport;
6094 14 Dec 20 nicklas 813           var scanbReport = raw.scanbReport;
4674 08 Feb 18 nicklas 814           cs.addColumn('rawBioAssays.type', Strings.encodeTags(raw.rawDataType));
3179 09 Mar 15 nicklas 815           cs.addColumn('rawBioAssays.date', cs.asJob(job, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 816           cs.addColumn('rawBioAssays.result', (raw.result && raw.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(raw.result, 'error.png') : null);
3179 09 Mar 15 nicklas 817           cs.addColumn('rawBioAssays.geneReport', geneReport && geneReport.type == 'FILE' ? 'Yes '+cs.asFileLink(geneReport, 'pdffile.png') : 'No');
3534 08 Oct 15 nicklas 818           cs.addColumn('rawBioAssays.pilotReport', pilotReport && pilotReport.type == 'FILE' ? 'Yes '+cs.asFileLink(pilotReport, 'pdffile.png') : 'No');
6094 14 Dec 20 nicklas 819           cs.addColumn('rawBioAssays.scanbReport', scanbReport && scanbReport.type == 'FILE' ? 'Yes '+cs.asFileLink(scanbReport, 'pdffile.png') : 'No');
5731 19 Nov 19 nicklas 820           cs.addColumn('rawBioAssays.comment', cs.truncate(raw.comment, truncateAt));
3179 09 Mar 15 nicklas 821         }
3179 09 Mar 15 nicklas 822         catch (e)
3179 09 Mar 15 nicklas 823         {
3179 09 Mar 15 nicklas 824           cs.logError('rawBioAssays-info', e);
3179 09 Mar 15 nicklas 825         }
2918 11 Nov 14 nicklas 826       }
5019 10 Oct 18 nicklas 827       defaultColClass = null;
2918 11 Nov 14 nicklas 828     }
2918 11 Nov 14 nicklas 829     else
2918 11 Nov 14 nicklas 830     {
4496 10 May 17 nicklas 831       cs.addColumn('rawBioAssays.name', cs.asNoInfo('No raw bioassay information has been registered'));
4496 10 May 17 nicklas 832       Doc.hide('rawBioAssays-details');
2918 11 Nov 14 nicklas 833     }
2914 11 Nov 14 nicklas 834     
7411 10 Nov 23 nicklas 835     var variantCallingRNA = response.variantCallingRNA;
7411 10 Nov 23 nicklas 836     if (variantCallingRNA && variantCallingRNA.length > 0)
5731 19 Nov 19 nicklas 837     {
7411 10 Nov 23 nicklas 838       variantCallingRNA.sort(cs.sortByIdDescending);
7411 10 Nov 23 nicklas 839       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(variantCallingRNA.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
7411 10 Nov 23 nicklas 840       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, variantCallingRNA.length);
7411 10 Nov 23 nicklas 841       for (var i = 0; i < variantCallingRNA.length; i++)
5731 19 Nov 19 nicklas 842       {
5731 19 Nov 19 nicklas 843         try
5731 19 Nov 19 nicklas 844         {
7411 10 Nov 23 nicklas 845           var vcall = variantCallingRNA[i];
5731 19 Nov 19 nicklas 846           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(vcall, yellowPrefixes);
7411 10 Nov 23 nicklas 847           cs.addColumn('variantCallingRNA.name', cs.asLink('RAWBIOASSAY', vcall, 0, true));
7411 10 Nov 23 nicklas 848           cs.addColumn('variantCallingRNA.donotuse', cs.asDoNotUse(vcall));
7411 10 Nov 23 nicklas 849           cs.addColumn('variantCallingRNA.pipeline', vcall.pipeline);
5760 26 Nov 19 nicklas 850           var job = vcall.job;
7411 10 Nov 23 nicklas 851           cs.addColumn('variantCallingRNA.date', cs.asJob(job, truncateAt));
7411 10 Nov 23 nicklas 852           cs.addColumn('variantCallingRNA.result', (vcall.result && vcall.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(vcall.result, 'error.png') : null);
7411 10 Nov 23 nicklas 853           cs.addColumn('variantCallingRNA.variants', cs.asVariantsFile(vcall));
6393 16 Sep 21 nicklas 854           
6393 16 Sep 21 nicklas 855           var genotypingHtml = '';
6393 16 Sep 21 nicklas 856           if (vcall.targetedGenotyping)
6393 16 Sep 21 nicklas 857           {
6393 16 Sep 21 nicklas 858             for (var gtNo = 0; gtNo < vcall.targetedGenotyping.length; gtNo++)
6393 16 Sep 21 nicklas 859             {
6393 16 Sep 21 nicklas 860               var gt = vcall.targetedGenotyping[gtNo];
6393 16 Sep 21 nicklas 861               genotypingHtml += cs.asTargetedGenotypeFile(vcall, gt);
6393 16 Sep 21 nicklas 862             }
6393 16 Sep 21 nicklas 863           }
7411 10 Nov 23 nicklas 864           cs.addColumn('variantCallingRNA.genotyping', genotypingHtml);
7411 10 Nov 23 nicklas 865           cs.addColumn('variantCallingRNA.comment', cs.truncate(vcall.comment, truncateAt));
5731 19 Nov 19 nicklas 866         }
5731 19 Nov 19 nicklas 867         catch (e)
5731 19 Nov 19 nicklas 868         {
7411 10 Nov 23 nicklas 869           cs.logError('variantCallingRNA-info', e);
5731 19 Nov 19 nicklas 870         }
5731 19 Nov 19 nicklas 871       }
5731 19 Nov 19 nicklas 872       defaultColClass = null;
5731 19 Nov 19 nicklas 873     }
5731 19 Nov 19 nicklas 874     else
5731 19 Nov 19 nicklas 875     {
7411 10 Nov 23 nicklas 876       cs.addColumn('variantCallingRNA.name', cs.asNoInfo('No variant calling information has been registered'));
7411 10 Nov 23 nicklas 877       Doc.hide('variantCallingRNA-details');
5731 19 Nov 19 nicklas 878     }
7308 28 Aug 23 nicklas 879     
7308 28 Aug 23 nicklas 880     var mergedSequencesDNA = response.mergedSequencesDNA;
7308 28 Aug 23 nicklas 881     if (mergedSequencesDNA && mergedSequencesDNA.length > 0)
7308 28 Aug 23 nicklas 882     {
7308 28 Aug 23 nicklas 883       mergedSequencesDNA.sort(cs.sortByIdDescending);
7308 28 Aug 23 nicklas 884       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(mergedSequencesDNA.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
7308 28 Aug 23 nicklas 885       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, mergedSequencesDNA.length);
7308 28 Aug 23 nicklas 886       for (var i = 0; i < mergedSequencesDNA.length; i++)
7308 28 Aug 23 nicklas 887       {
7308 28 Aug 23 nicklas 888         try
7308 28 Aug 23 nicklas 889         {
7308 28 Aug 23 nicklas 890           var m = mergedSequencesDNA[i];
7308 28 Aug 23 nicklas 891           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(m, yellowPrefixes);
7308 28 Aug 23 nicklas 892           cs.addColumn('mergedSequencesDNA.name', cs.asLink('DERIVEDBIOASSAY', m, 0, true));
7308 28 Aug 23 nicklas 893           cs.addColumn('mergedSequencesDNA.donotuse', cs.asDoNotUse(m));
7308 28 Aug 23 nicklas 894           cs.addColumn('mergedSequencesDNA.pipeline', m.pipeline);
7308 28 Aug 23 nicklas 895           var job = m.job;
7308 28 Aug 23 nicklas 896           cs.addColumn('mergedSequencesDNA.date', cs.asJob(job, truncateAt, 'Demuxing'));
7308 28 Aug 23 nicklas 897           cs.addColumn('mergedSequencesDNA.result', (m.result && m.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(m.result, 'error.png') : null);
7308 28 Aug 23 nicklas 898           cs.addColumn('mergedSequencesDNA.reads', cs.asCount(m.READS));
7308 28 Aug 23 nicklas 899           cs.addColumn('mergedSequencesDNA.comment', cs.truncate(m.comment, truncateAt));
7308 28 Aug 23 nicklas 900         }
7308 28 Aug 23 nicklas 901         catch (e)
7308 28 Aug 23 nicklas 902         {
7308 28 Aug 23 nicklas 903           cs.logError('mergedSequencesDNA-info', e);
7308 28 Aug 23 nicklas 904         }
7308 28 Aug 23 nicklas 905       }
7308 28 Aug 23 nicklas 906       defaultColClass = null;
7308 28 Aug 23 nicklas 907     }
7308 28 Aug 23 nicklas 908     else
7308 28 Aug 23 nicklas 909     {
7308 28 Aug 23 nicklas 910       cs.addColumn('mergedSequencesDNA.name', cs.asNoInfo('No demux information has been registered'));
7308 28 Aug 23 nicklas 911       Doc.hide('mergedSequencesDNA-details');
7308 28 Aug 23 nicklas 912     }
7308 28 Aug 23 nicklas 913     
7308 28 Aug 23 nicklas 914     var alignedSequencesDNA = response.alignedSequencesDNA;
7308 28 Aug 23 nicklas 915     if (alignedSequencesDNA && alignedSequencesDNA.length > 0)
7308 28 Aug 23 nicklas 916     {
7308 28 Aug 23 nicklas 917       alignedSequencesDNA.sort(cs.sortByIdDescending);
7308 28 Aug 23 nicklas 918       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(alignedSequencesDNA.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
7308 28 Aug 23 nicklas 919       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, alignedSequencesDNA.length);
7308 28 Aug 23 nicklas 920       for (var i = 0; i < alignedSequencesDNA.length; i++)
7308 28 Aug 23 nicklas 921       {
7308 28 Aug 23 nicklas 922         try
7308 28 Aug 23 nicklas 923         {
7308 28 Aug 23 nicklas 924           var a = alignedSequencesDNA[i];
7308 28 Aug 23 nicklas 925           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(a, yellowPrefixes);
7308 28 Aug 23 nicklas 926           cs.addColumn('alignedSequencesDNA.name', cs.asLink('DERIVEDBIOASSAY', a, 0, true));
7308 28 Aug 23 nicklas 927           cs.addColumn('alignedSequencesDNA.donotuse', cs.asDoNotUse(a));
7308 28 Aug 23 nicklas 928           cs.addColumn('alignedSequencesDNA.pipeline', a.pipeline);
7308 28 Aug 23 nicklas 929           var job = a.job;
7308 28 Aug 23 nicklas 930           cs.addColumn('alignedSequencesDNA.software', cs.asLink('SOFTWARE', a.software, truncateAt));
7308 28 Aug 23 nicklas 931           cs.addColumn('alignedSequencesDNA.date', cs.asJob(job, truncateAt, 'Aligning'));
7308 28 Aug 23 nicklas 932           cs.addColumn('alignedSequencesDNA.result', (a.result && a.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(a.result, 'error.png') : null);
7308 28 Aug 23 nicklas 933           cs.addColumn('alignedSequencesDNA.alignedPairs', cs.asCount(a.ALIGNED_PAIRS));
7308 28 Aug 23 nicklas 934           cs.addColumn('alignedSequencesDNA.coverage', Reggie.formatNumber(a.MEAN_COVERAGE)+'&thinsp;±&thinsp;'+Reggie.formatNumber(a.SD_COVERAGE));
7308 28 Aug 23 nicklas 935           cs.addColumn('alignedSequencesDNA.fractionDuplication', cs.asPercent(a.FRACTION_DUPLICATION, true)+' (<span title="Optical duplicates">'+cs.asPercent(a.FRACTION_OPTICAL_DUPLICATION, true)+'</span>)');
7308 28 Aug 23 nicklas 936           cs.addColumn('alignedSequencesDNA.genotypeQc', cs.asGenotypeQc(a));
7308 28 Aug 23 nicklas 937           cs.addColumn('alignedSequencesDNA.comment', cs.truncate(a.comment, truncateAt));
7308 28 Aug 23 nicklas 938         }
7308 28 Aug 23 nicklas 939         catch (e)
7308 28 Aug 23 nicklas 940         {
7308 28 Aug 23 nicklas 941           cs.logError('alignedSequencesDNA-info', e);
7308 28 Aug 23 nicklas 942         }
7308 28 Aug 23 nicklas 943       }
7308 28 Aug 23 nicklas 944       defaultColClass = null;
7308 28 Aug 23 nicklas 945     }
7308 28 Aug 23 nicklas 946     else
7308 28 Aug 23 nicklas 947     {
7308 28 Aug 23 nicklas 948       cs.addColumn('alignedSequencesDNA.name', cs.asNoInfo('No aligned information has been registered'));
7308 28 Aug 23 nicklas 949       Doc.hide('alignedSequencesDNA-details');
7308 28 Aug 23 nicklas 950     }
5731 19 Nov 19 nicklas 951
7296 23 Aug 23 nicklas 952     var copyNumber = response.copyNumber;
7296 23 Aug 23 nicklas 953     if (copyNumber && copyNumber.length > 0)
7296 23 Aug 23 nicklas 954     {
7296 23 Aug 23 nicklas 955       copyNumber.sort(cs.sortByIdDescending);
7296 23 Aug 23 nicklas 956       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(copyNumber.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
7296 23 Aug 23 nicklas 957       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, copyNumber.length);
7296 23 Aug 23 nicklas 958       for (var i = 0; i < copyNumber.length; i++)
7296 23 Aug 23 nicklas 959       {
7296 23 Aug 23 nicklas 960         try
7296 23 Aug 23 nicklas 961         {
7296 23 Aug 23 nicklas 962           var cn = copyNumber[i];
7296 23 Aug 23 nicklas 963           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(cn, yellowPrefixes);
7296 23 Aug 23 nicklas 964           cs.addColumn('copyNumber.name', cs.asLink('DERIVEDBIOASSAY', cn, 0, true));
7296 23 Aug 23 nicklas 965           cs.addColumn('copyNumber.donotuse', cs.asDoNotUse(cn));
7296 23 Aug 23 nicklas 966           cs.addColumn('copyNumber.pipeline', cn.pipeline);
7296 23 Aug 23 nicklas 967           var job = cn.job;
7296 23 Aug 23 nicklas 968           cs.addColumn('copyNumber.date', cs.asJob(job, truncateAt));
7298 24 Aug 23 nicklas 969           var parameters = [];
7341 11 Sep 23 nicklas 970           if (cn.ImbalanceTest) parameters[parameters.length] = Strings.encodeTags(cn.ImbalanceTest);
7341 11 Sep 23 nicklas 971           if (cn.Penalty) parameters[parameters.length] = 'p='+cn.Penalty;
7341 11 Sep 23 nicklas 972           if (cn.MinDepth) parameters[parameters.length] = 'dp='+cn.MinDepth;
7298 24 Aug 23 nicklas 973           if (cn.TauManual) parameters[parameters.length] = 'τ='+cn.TauManual;
7298 24 Aug 23 nicklas 974           if (cn.RhoManual) parameters[parameters.length] = 'ρ='+cn.RhoManual;
7298 24 Aug 23 nicklas 975           if (cn.PsiManual) parameters[parameters.length] = 'ψ='+cn.PsiManual;
7298 24 Aug 23 nicklas 976           cs.addColumn('copyNumber.parameters', parameters.join(', '));
7296 23 Aug 23 nicklas 977           cs.addColumn('copyNumber.result', cn.AscatResult);
7341 11 Sep 23 nicklas 978           cs.addColumn('copyNumber.ploidy', Reggie.formatNumber(cn.Ploidy, null, 2)+(cn.NonAberrant=='Yes'?'; Non-aberrant':''));
7296 23 Aug 23 nicklas 979           cs.addColumn('copyNumber.purity', cs.asPercent(cn.Purity, true, 0));
7296 23 Aug 23 nicklas 980           cs.addColumn('copyNumber.gof', cs.asPercent(cn.GoodnessOfFit, false, 2));
7296 23 Aug 23 nicklas 981           var plots = [];
7296 23 Aug 23 nicklas 982           if (cn.sunrisePlot) plots[plots.length] = cs.asFileLink(cn.sunrisePlot, 'ascatsunrise.png', 'Sunrise plot', 800, 800);
7296 23 Aug 23 nicklas 983           if (cn.ascatProfile) plots[plots.length] = cs.asFileLink(cn.ascatProfile, 'ascatprofile.png', 'ASCAT profile plot', 1500, 800);
7296 23 Aug 23 nicklas 984           if (cn.segmentationPlot) plots[plots.length] = cs.asFileLink(cn.segmentationPlot, 'aspcf.png', 'Segmentation plot', 1200, 800);
7296 23 Aug 23 nicklas 985           
7296 23 Aug 23 nicklas 986           cs.addColumn('copyNumber.plots', plots.join(' '));
7296 23 Aug 23 nicklas 987           cs.addColumn('copyNumber.comment', cs.truncate(cn.comment, truncateAt));
7296 23 Aug 23 nicklas 988         }
7296 23 Aug 23 nicklas 989         catch (e)
7296 23 Aug 23 nicklas 990         {
7296 23 Aug 23 nicklas 991           cs.logError('copyNumber-info', e);
7296 23 Aug 23 nicklas 992         }
7296 23 Aug 23 nicklas 993       }
7296 23 Aug 23 nicklas 994       defaultColClass = null;
7296 23 Aug 23 nicklas 995     }
7296 23 Aug 23 nicklas 996     else
7296 23 Aug 23 nicklas 997     {
7296 23 Aug 23 nicklas 998       cs.addColumn('copyNumber.name', cs.asNoInfo('No copy number information has been registered'));
7296 23 Aug 23 nicklas 999       Doc.hide('copyNumber-details');
7296 23 Aug 23 nicklas 1000     }
7296 23 Aug 23 nicklas 1001
7411 10 Nov 23 nicklas 1002     var variantCallingDNA = response.variantCallingDNA;
7411 10 Nov 23 nicklas 1003     if (variantCallingDNA && variantCallingDNA.length > 0)
7411 10 Nov 23 nicklas 1004     {
7411 10 Nov 23 nicklas 1005       variantCallingDNA.sort(cs.sortByIdDescending);
7411 10 Nov 23 nicklas 1006       var truncateAt = TRUNCATE_SIZE[Math.min(variantCallingDNA.length-1, TRUNCATE_SIZE.length)];
7411 10 Nov 23 nicklas 1007       maxItemsInRightCol = Math.max(maxItemsInRightCol, variantCallingDNA.length);
7411 10 Nov 23 nicklas 1008       for (var i = 0; i < variantCallingDNA.length; i++)
7411 10 Nov 23 nicklas 1009       {
7411 10 Nov 23 nicklas 1010         try
7411 10 Nov 23 nicklas 1011         {
7411 10 Nov 23 nicklas 1012           var vcall = variantCallingDNA[i];
7411 10 Nov 23 nicklas 1013           defaultColClass = cs.getDefaultColClass(vcall, yellowPrefixes);
7411 10 Nov 23 nicklas 1014           cs.addColumn('variantCallingDNA.name', cs.asLink('RAWBIOASSAY', vcall, 0, true));
7411 10 Nov 23 nicklas 1015           cs.addColumn('variantCallingDNA.donotuse', cs.asDoNotUse(vcall));
7411 10 Nov 23 nicklas 1016           cs.addColumn('variantCallingDNA.pipeline', vcall.pipeline);
7411 10 Nov 23 nicklas 1017           var job = vcall.job;
7411 10 Nov 23 nicklas 1018           cs.addColumn('variantCallingDNA.date', cs.asJob(job, truncateAt));
7440 16 Nov 23 nicklas 1019           cs.addColumn('variantCallingDNA.pon', vcall.PanelOfNormals);
7411 10 Nov 23 nicklas 1020           cs.addColumn('variantCallingDNA.result', (vcall.result && vcall.result != 'Successful') ? cs.asFailInfo(vcall.result, 'error.png') : null);
7423 14 Nov 23 nicklas 1021           cs.addColumn('variantCallingDNA.variants', cs.asWgsVariantsFile(vcall));
7411 10 Nov 23 nicklas 1022           cs.addColumn('variantCallingDNA.callableBases', cs.asCount(vcall.CallableBases));
7411 10 Nov 23 nicklas 1023           cs.addColumn('variantCallingDNA.comment', cs.truncate(vcall.comment, truncateAt));
7411 10 Nov 23 nicklas 1024         }
7411 10 Nov 23 nicklas 1025         catch (e)
7411 10 Nov 23 nicklas 1026         {
7411 10 Nov 23 nicklas 1027           cs.logError('variantCallingRNA-info', e);
7411 10 Nov 23 nicklas 1028         }
7411 10 Nov 23 nicklas 1029       }
7411 10 Nov 23 nicklas 1030       defaultColClass = null;
7411 10 Nov 23 nicklas 1031     }
7411 10 Nov 23 nicklas 1032     else
7411 10 Nov 23 nicklas 1033     {
7411 10 Nov 23 nicklas 1034       cs.addColumn('variantCallingRNA.name', cs.asNoInfo('No variant calling information has been registered'));
7411 10 Nov 23 nicklas 1035       Doc.hide('variantCallingRNA-details');
7411 10 Nov 23 nicklas 1036     }
7411 10 Nov 23 nicklas 1037
5731 19 Nov 19 nicklas 1038     
2370 22 Apr 14 nicklas 1039     var linkedItems = document.getElementsByClassName('linked-item');
2370 22 Apr 14 nicklas 1040     for (var itemNo = 0; itemNo < linkedItems.length; itemNo++)
2370 22 Apr 14 nicklas 1041     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1042       Events.addEventHandler(linkedItems[itemNo], 'click', Items.itemOnClick);
2370 22 Apr 14 nicklas 1043     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1044     
2370 22 Apr 14 nicklas 1045     var linkedFiles = document.getElementsByClassName('linked-file');
2370 22 Apr 14 nicklas 1046     for (var fileNo = 0; fileNo < linkedFiles.length; fileNo++)
2370 22 Apr 14 nicklas 1047     {
7296 23 Aug 23 nicklas 1048       Events.addEventHandler(linkedFiles[fileNo], 'click', Data.get(linkedFiles[fileNo], 'width') ? cs.openFileInPopup : Files.viewFileOnClick);
2370 22 Apr 14 nicklas 1049     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1050     
7151 09 May 23 nicklas 1051     var linkedJson = document.getElementsByClassName('json-import-file');
7151 09 May 23 nicklas 1052     for (var i = 0; i < linkedJson.length; i++)
7151 09 May 23 nicklas 1053     {
7151 09 May 23 nicklas 1054       Events.addEventHandler(linkedJson[i], 'click', cs.jsonImportFileOnClick);
7151 09 May 23 nicklas 1055     }
7151 09 May 23 nicklas 1056     
4621 16 Nov 17 nicklas 1057     var linkedVcf = document.getElementsByClassName('vcf-link');
4621 16 Nov 17 nicklas 1058     for (var i = 0; i < linkedVcf.length; i++)
4621 16 Nov 17 nicklas 1059     {
4621 16 Nov 17 nicklas 1060       Events.addEventHandler(linkedVcf[i], 'click', cs.vcfLinkOnClick);
4621 16 Nov 17 nicklas 1061     }
5731 19 Nov 19 nicklas 1062
5731 19 Nov 19 nicklas 1063     var linkedVcf = document.getElementsByClassName('variants-link');
5731 19 Nov 19 nicklas 1064     for (var i = 0; i < linkedVcf.length; i++)
5731 19 Nov 19 nicklas 1065     {
5731 19 Nov 19 nicklas 1066       Events.addEventHandler(linkedVcf[i], 'click', cs.variantsLinkOnClick);
5731 19 Nov 19 nicklas 1067     }
4621 16 Nov 17 nicklas 1068     
2501 12 Jun 14 olle 1069     var linkedLabEnvs = document.getElementsByClassName('linked-labenv');
2501 12 Jun 14 olle 1070     for (var labEnvNo = 0; labEnvNo < linkedLabEnvs.length; labEnvNo++)
2501 12 Jun 14 olle 1071     {
2501 12 Jun 14 olle 1072       Events.addEventHandler(linkedLabEnvs[labEnvNo], 'click', LabEnvs.viewDataOnClick);
2501 12 Jun 14 olle 1073     }
2501 12 Jun 14 olle 1074     
2370 22 Apr 14 nicklas 1075     var linkedCases = document.getElementsByClassName('linked-case');
2370 22 Apr 14 nicklas 1076     for (var caseNo = 0; caseNo < linkedCases.length; caseNo++)
2370 22 Apr 14 nicklas 1077     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1078       Events.addEventHandler(linkedCases[caseNo], 'click', cs.caseSummary);
2370 22 Apr 14 nicklas 1079     }
5011 05 Oct 18 nicklas 1080     
5011 05 Oct 18 nicklas 1081     chainedItems = document.getElementsByClassName('chained-item');
5011 05 Oct 18 nicklas 1082     for (var itemNo = 0; itemNo < chainedItems.length; itemNo++)
5011 05 Oct 18 nicklas 1083     {
5019 10 Oct 18 nicklas 1084       Events.addEventHandler(chainedItems[itemNo], 'click', cs.chainedItemOnClick);
5011 05 Oct 18 nicklas 1085     }
5019 10 Oct 18 nicklas 1086     
5059 29 Oct 18 nicklas 1087     if (maxItemsInRightCol >= Math.max(3, 2*maxItemsInLeftCol))
5022 11 Oct 18 nicklas 1088     {
5022 11 Oct 18 nicklas 1089       Doc.element('columnBalance').value = 4;
5022 11 Oct 18 nicklas 1090       Events.sendChangeEvent('columnBalance');
5022 11 Oct 18 nicklas 1091     }
5059 29 Oct 18 nicklas 1092     else if (maxItemsInLeftCol >= Math.max(3, 2*maxItemsInRightCol))
5022 11 Oct 18 nicklas 1093     {
5022 11 Oct 18 nicklas 1094       Doc.element('columnBalance').value = 2;
5022 11 Oct 18 nicklas 1095       Events.sendChangeEvent('columnBalance');
5022 11 Oct 18 nicklas 1096     }
5022 11 Oct 18 nicklas 1097     
5019 10 Oct 18 nicklas 1098     var highlight = Data.get('page-data', 'highlight')+'.';
5019 10 Oct 18 nicklas 1099     if (highlight)
5019 10 Oct 18 nicklas 1100     {
5019 10 Oct 18 nicklas 1101       var targetList = highlight.split(',');
5021 11 Oct 18 nicklas 1102       var rootItem = cs.highlightChainedItems(targetList, targetList[0]);
5021 11 Oct 18 nicklas 1103       if (rootItem)
5021 11 Oct 18 nicklas 1104       {
6479 09 Nov 21 nicklas 1105         // Repeat once more if the root item has a list of related chain-id values
6479 09 Nov 21 nicklas 1106         var targetList = Data.get(rootItem, 'chain-id').split(',');
6479 09 Nov 21 nicklas 1107         if (targetList.length > 1) cs.highlightChainedItems(targetList);
5021 11 Oct 18 nicklas 1108         Doc.addClass(rootItem.parentNode, 'rootitem');
5021 11 Oct 18 nicklas 1109       }
5019 10 Oct 18 nicklas 1110     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1111   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1112   
5019 10 Oct 18 nicklas 1113   cs.chainedItemOnClick = function(event)
5019 10 Oct 18 nicklas 1114   {
5019 10 Oct 18 nicklas 1115     // A possible list of 'chain-id' values that should be highlighted
5019 10 Oct 18 nicklas 1116     var targetList = Data.get(event.currentTarget, 'chain-id').split(',');
5019 10 Oct 18 nicklas 1117     cs.highlightChainedItems(targetList);
5021 11 Oct 18 nicklas 1118     Doc.addClass(event.currentTarget.parentNode, 'rootitem');
5019 10 Oct 18 nicklas 1119   }
5011 05 Oct 18 nicklas 1120   
5011 05 Oct 18 nicklas 1121   /**
5011 05 Oct 18 nicklas 1122     Highlight all items that share part of the name with the target
5011 05 Oct 18 nicklas 1123     that was clicked. Note that parent items have a shorter name and
5011 05 Oct 18 nicklas 1124     child items have a longer name so we need two tests.
5011 05 Oct 18 nicklas 1125   */
5019 10 Oct 18 nicklas 1126   cs.highlightChainedItems = function(targetList, scrollTo)
5011 05 Oct 18 nicklas 1127   {
5019 10 Oct 18 nicklas 1128     // 'targetList' is a possible list of 'chain-id' values that should be highlighted
5021 11 Oct 18 nicklas 1129     // 'autoScroll' is used as a marker so that that only the first <td> within the same <table> is scrolled into view
5021 11 Oct 18 nicklas 1130     var autoScroll = new Date().getTime();
5021 11 Oct 18 nicklas 1131     var rootItem = null;
5011 05 Oct 18 nicklas 1132     for (var itemNo = 0; itemNo < chainedItems.length; itemNo++)
5011 05 Oct 18 nicklas 1133     {
5011 05 Oct 18 nicklas 1134       var item = chainedItems[itemNo];
5012 05 Oct 18 nicklas 1135       var chainId = Data.get(item, 'chain-id').split(',');
5012 05 Oct 18 nicklas 1136       var inChain = cs.hasCommonElement(targetList, chainId);
5011 05 Oct 18 nicklas 1137       Doc.addOrRemoveClass(item.parentNode, 'chained', inChain);
5021 11 Oct 18 nicklas 1138       Doc.removeClass(item.parentNode, 'rootitem');
5021 11 Oct 18 nicklas 1139       
5023 12 Oct 18 nicklas 1140       // This handles vertical scrolling to the root item
5023 12 Oct 18 nicklas 1141       if (scrollTo && chainId.indexOf(scrollTo) >= 0) 
5023 12 Oct 18 nicklas 1142       {
5023 12 Oct 18 nicklas 1143         item.parentNode.scrollIntoView();
5023 12 Oct 18 nicklas 1144         scrollTo = null;
5023 12 Oct 18 nicklas 1145         rootItem = item;
5023 12 Oct 18 nicklas 1146       }
5023 12 Oct 18 nicklas 1147       
5021 11 Oct 18 nicklas 1148       if (inChain)
5021 11 Oct 18 nicklas 1149       {
5021 11 Oct 18 nicklas 1150         // Try to scroll the highlighted item into view
5021 11 Oct 18 nicklas 1151         // We need to get the <td> aligned left or right in the <div> that is the 
5021 11 Oct 18 nicklas 1152         // parent to the <table>
5021 11 Oct 18 nicklas 1153         var td = item.parentNode;
5021 11 Oct 18 nicklas 1154         var tbl = td.parentNode.parentNode.parentNode; // Moving: td -> tr -> thead -> table
5021 11 Oct 18 nicklas 1155         var div = tbl.parentNode;
5021 11 Oct 18 nicklas 1156         if (div.autoScroll != autoScroll)
5021 11 Oct 18 nicklas 1157         {
5021 11 Oct 18 nicklas 1158           if (td.offsetLeft < div.scrollLeft) 
5021 11 Oct 18 nicklas 1159           {
5021 11 Oct 18 nicklas 1160             div.scrollLeft = td.offsetLeft;
5021 11 Oct 18 nicklas 1161             div.autoScroll = autoScroll;
5021 11 Oct 18 nicklas 1162           } 
5021 11 Oct 18 nicklas 1163           else if (td.offsetLeft + td.offsetWidth > div.scrollLeft + div.offsetWidth)
5021 11 Oct 18 nicklas 1164           {
5021 11 Oct 18 nicklas 1165             div.scrollLeft = td.offsetLeft + td.offsetWidth - div.offsetWidth;
5021 11 Oct 18 nicklas 1166             div.autoScroll = autoScroll;
5021 11 Oct 18 nicklas 1167           }
5021 11 Oct 18 nicklas 1168         }
5021 11 Oct 18 nicklas 1169       }
5011 05 Oct 18 nicklas 1170     }
5021 11 Oct 18 nicklas 1171     return rootItem;
5011 05 Oct 18 nicklas 1172   }
5011 05 Oct 18 nicklas 1173   
5012 05 Oct 18 nicklas 1174   /**
5012 05 Oct 18 nicklas 1175     Check if the two lists have at least a pair of elements
5012 05 Oct 18 nicklas 1176     were one is a substring of the other.
5012 05 Oct 18 nicklas 1177   */
5012 05 Oct 18 nicklas 1178   cs.hasCommonElement = function(list1, list2)
5012 05 Oct 18 nicklas 1179   {
5012 05 Oct 18 nicklas 1180     for (var i1 = 0; i1 < list1.length; i1++)
5012 05 Oct 18 nicklas 1181     {
5012 05 Oct 18 nicklas 1182       var e1 = list1[i1];
5012 05 Oct 18 nicklas 1183       for (var i2 = 0; i2 < list2.length; i2++)
5012 05 Oct 18 nicklas 1184       {
5012 05 Oct 18 nicklas 1185         var e2 = list2[i2];
5012 05 Oct 18 nicklas 1186         if (e2.indexOf(e1) == 0 || e1.indexOf(e2) == 0) return true;
5012 05 Oct 18 nicklas 1187       }
5012 05 Oct 18 nicklas 1188     }
5012 05 Oct 18 nicklas 1189     return false;
5012 05 Oct 18 nicklas 1190   }
5012 05 Oct 18 nicklas 1191   
2370 22 Apr 14 nicklas 1192   cs.initSections = function(sections)
2370 22 Apr 14 nicklas 1193   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1194     for (var s = 0; s < sections.length; s++)
2370 22 Apr 14 nicklas 1195     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1196       var section = sections[s];
2370 22 Apr 14 nicklas 1197
2370 22 Apr 14 nicklas 1198       var details = Doc.element(section.id+'-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 1199       // If the details section is 'forcibly' hidden (eg. no items of that type), ignore this call
2370 22 Apr 14 nicklas 1200       if (details && details.style.display != 'none')
2370 22 Apr 14 nicklas 1201       {
2370 22 Apr 14 nicklas 1202         var headerDiv = Doc.element(section.id+'-header');
2370 22 Apr 14 nicklas 1203         if (headerDiv)
2370 22 Apr 14 nicklas 1204         {
2370 22 Apr 14 nicklas 1205           Doc.addClass(headerDiv, 'link');
2370 22 Apr 14 nicklas 1206           headerDiv.title = 'Hide/show details';
2370 22 Apr 14 nicklas 1207           headerDiv.sectionId = section.id;
2370 22 Apr 14 nicklas 1208           Events.addEventHandler(headerDiv, 'click', cs.toggleDetails);
2370 22 Apr 14 nicklas 1209         }
2370 22 Apr 14 nicklas 1210         
2370 22 Apr 14 nicklas 1211         var sectionDiv = Doc.element(section.id+'-info');
2370 22 Apr 14 nicklas 1212         Doc.addOrRemoveClass(sectionDiv, 'hide-details', section.hiddenDetails);
2370 22 Apr 14 nicklas 1213       }
2370 22 Apr 14 nicklas 1214     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1215   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1216
2370 22 Apr 14 nicklas 1217   cs.toggleDetails = function(event)
2370 22 Apr 14 nicklas 1218   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1219     var sectionId = event.currentTarget.sectionId;
2370 22 Apr 14 nicklas 1220     var details = Doc.element(sectionId+'-details');
2370 22 Apr 14 nicklas 1221     // If the details section is 'forcibly' hidden (eg. no items of that type), ignore this call
2370 22 Apr 14 nicklas 1222     if (details.style.display == 'none') return;
2370 22 Apr 14 nicklas 1223     
2370 22 Apr 14 nicklas 1224     // Add 'hide-details' class to main <div section-info> if it is visible
2370 22 Apr 14 nicklas 1225     var section = Doc.element(sectionId+'-info');
2370 22 Apr 14 nicklas 1226     var isVisible = section.className.indexOf('hide-details') == -1;
2370 22 Apr 14 nicklas 1227     Doc.addOrRemoveClass(section, 'hide-details', isVisible);
2370 22 Apr 14 nicklas 1228
2370 22 Apr 14 nicklas 1229     // Save to BASE setting
2370 22 Apr 14 nicklas 1230     var url = '../CaseSummary.servlet?ID='+App.getSessionId();
2370 22 Apr 14 nicklas 1231     url += '&cmd=SetSectionVisibility';
2370 22 Apr 14 nicklas 1232     url += '&section='+sectionId+'&hidden='+(isVisible ? 1 : 0);
2610 28 Aug 14 nicklas 1233     Wizard.asyncJsonRequest(url, null, 'POST');
2370 22 Apr 14 nicklas 1234   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1235
5009 04 Oct 18 nicklas 1236   cs.getDefaultColClass = function(item, yellowPrefixes)
5009 04 Oct 18 nicklas 1237   {
5009 04 Oct 18 nicklas 1238     var defaultColClass = yellowPrefixes[item.name.substr(0,9)];
5009 04 Oct 18 nicklas 1239     if (item.DO_NOT_USE)
5009 04 Oct 18 nicklas 1240     {
5009 04 Oct 18 nicklas 1241       defaultColClass = 'donotuse ' + (defaultColClass || '');
5009 04 Oct 18 nicklas 1242     }
5009 04 Oct 18 nicklas 1243     return defaultColClass;
5009 04 Oct 18 nicklas 1244   }
5009 04 Oct 18 nicklas 1245   
3758 19 Feb 16 nicklas 1246   cs.addColumn = function(id, value, className)
2370 22 Apr 14 nicklas 1247   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1248     var tr = Doc.element(id);
2370 22 Apr 14 nicklas 1249     var td = document.createElement('td');
3758 19 Feb 16 nicklas 1250     if (!className) className = defaultColClass;
3758 19 Feb 16 nicklas 1251     if (className) td.className = className;
2370 22 Apr 14 nicklas 1252     if (tr.hasAddedColumns)
2370 22 Apr 14 nicklas 1253     {
3758 19 Feb 16 nicklas 1254       td.className += ' extra-column';
2370 22 Apr 14 nicklas 1255       tr.childNodes[tr.childNodes.length-1].className += ' fixed-column';
2370 22 Apr 14 nicklas 1256     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1257     tr.hasAddedColumns = true;
2370 22 Apr 14 nicklas 1258     if (value != null)
2370 22 Apr 14 nicklas 1259     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1260       td.innerHTML = value == '' ? '&nbsp;' : value;
2370 22 Apr 14 nicklas 1261       if (tr.className.indexOf('dynamic-column') >= 0)
2370 22 Apr 14 nicklas 1262       {
2370 22 Apr 14 nicklas 1263         tr.style.display = 'table-row';
2370 22 Apr 14 nicklas 1264       }
2370 22 Apr 14 nicklas 1265     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1266     else
2370 22 Apr 14 nicklas 1267     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1268       td.innerHTML = '&nbsp;';
2370 22 Apr 14 nicklas 1269     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1270     tr.appendChild(td);
2370 22 Apr 14 nicklas 1271   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1272
5011 05 Oct 18 nicklas 1273   cs.asLink = function(itemType, item, maxLength, chainable)
2370 22 Apr 14 nicklas 1274   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1275     var link = '';
2370 22 Apr 14 nicklas 1276     if (item)
2370 22 Apr 14 nicklas 1277     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1278       var name = cs.truncate(item.name, maxLength);
5009 04 Oct 18 nicklas 1279       var tooltip = item.DO_NOT_USE ? 'DoNotUse-'+Strings.encodeTags(item.DO_NOT_USE + ': ' + (item.DO_NOT_USE_COMMENT || '')) : '';
2370 22 Apr 14 nicklas 1280       if (item.id)
2370 22 Apr 14 nicklas 1281       {
5009 04 Oct 18 nicklas 1282         link = '<span class="link linked-item" title="'+tooltip+'" data-item-type="'+itemType+'" data-item-id="'+item.id+'" data-no-edit="'+(item.editable ? 0 : 1)+'">';
2708 29 Sep 14 nicklas 1283         link += name + '</span>';
2370 22 Apr 14 nicklas 1284       }
2370 22 Apr 14 nicklas 1285       else
2370 22 Apr 14 nicklas 1286       {
2708 29 Sep 14 nicklas 1287         link = name;
2370 22 Apr 14 nicklas 1288       }
5011 05 Oct 18 nicklas 1289       if (chainable) 
5011 05 Oct 18 nicklas 1290       {
5012 05 Oct 18 nicklas 1291         var chainId = item.name;
5012 05 Oct 18 nicklas 1292         if (chainable.length) chainId = chainable.join('.,');
5011 05 Oct 18 nicklas 1293         // NOTE! 'chain-id' is name of item + '.' to ensure correct matching of substrings ('foo.m2' is NOT in the same chain when starting at 'foo.m')
5012 05 Oct 18 nicklas 1294         link += '<img class="chained-item" data-chain-id="'+Strings.encodeTags(chainId)+'." title="Highlight all parent/child items" src="'+home+'/images/parent-child.png">';
5011 05 Oct 18 nicklas 1295       }
2370 22 Apr 14 nicklas 1296     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1297     return link;
2370 22 Apr 14 nicklas 1298   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1299   
7296 23 Aug 23 nicklas 1300   // Opens a file in a new window. If width and height is given a popup window is used
7296 23 Aug 23 nicklas 1301   cs.asFileLink = function(file, icon, tooltip, width, height)
2370 22 Apr 14 nicklas 1302   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1303     var link = '';
2370 22 Apr 14 nicklas 1304     if (file)
2370 22 Apr 14 nicklas 1305     {
7296 23 Aug 23 nicklas 1306       link = '<span class="link linked-file" data-file-id="'+file.id+'" data-width="'+(width||'')+'" data-height="'+(height||'')+'" title="'+(tooltip || '')+'"><img src="'+home+'/images/'+icon+'" style="margin-left: 2px; margin-bottom: -1px;"></span>';
2370 22 Apr 14 nicklas 1307     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1308     return link;
2370 22 Apr 14 nicklas 1309   }
2914 11 Nov 14 nicklas 1310   
2916 11 Nov 14 nicklas 1311   cs.asJob = function(job, maxLength, taskType)
2914 11 Nov 14 nicklas 1312   {
6453 22 Oct 21 nicklas 1313     if (!job) return '';
2914 11 Nov 14 nicklas 1314     var text = null;
6453 22 Oct 21 nicklas 1315     var tooltip = 'Job on ' + Strings.encodeTags(job.serverNode);
2914 11 Nov 14 nicklas 1316     if (job.status == 'ERROR')
2914 11 Nov 14 nicklas 1317     {
2914 11 Nov 14 nicklas 1318       text = cs.asFailInfo(cs.truncate(job.statusMessage, maxLength), 'error.png');
2914 11 Nov 14 nicklas 1319     }
2914 11 Nov 14 nicklas 1320     else if (!job.started)
2914 11 Nov 14 nicklas 1321     {
2914 11 Nov 14 nicklas 1322       text = 'Waiting since ' + cs.asDateTime(job.scheduled);
2914 11 Nov 14 nicklas 1323     }
2914 11 Nov 14 nicklas 1324     else if (!job.ended)
2914 11 Nov 14 nicklas 1325     {
2915 11 Nov 14 nicklas 1326       text = (taskType || 'Running') + ' ('+cs.asPercent(job.percentComplete) + ' since ' + cs.asDateTime(job.started) + ')';
2914 11 Nov 14 nicklas 1327     }
2916 11 Nov 14 nicklas 1328     else
2916 11 Nov 14 nicklas 1329     {
2916 11 Nov 14 nicklas 1330       text = cs.asDateTime(job.ended);
2916 11 Nov 14 nicklas 1331     }
6453 22 Oct 21 nicklas 1332     text = '<span class="link linked-item" data-item-type="JOB" data-item-id="'+job.id+'" title="'+tooltip+'">' + text + '</span>';
2914 11 Nov 14 nicklas 1333     return text;
2914 11 Nov 14 nicklas 1334   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1335
2501 12 Jun 14 olle 1336   cs.asLabEnvLink = function(sensor, date, title, icon)
2501 12 Jun 14 olle 1337   {
2501 12 Jun 14 olle 1338     var link = '';
2501 12 Jun 14 olle 1339     // Check if BASE extension LabEnv is installed
2501 12 Jun 14 olle 1340     var homeLabEnv = Data.get('page-data', 'home-labenv');
2501 12 Jun 14 olle 1341     if (homeLabEnv)
2501 12 Jun 14 olle 1342     {
2501 12 Jun 14 olle 1343       if (date)
2501 12 Jun 14 olle 1344       {
2501 12 Jun 14 olle 1345         if (sensor)
2501 12 Jun 14 olle 1346         {
2501 12 Jun 14 olle 1347           // Link to pop-up window with lab environment data for the chosen sensor and date
2919 11 Nov 14 nicklas 1348           link = '<span class="link linked-labenv" data-sensor="'+sensor+'" data-date="'+date+'" data-title="'+title+'"><img src="'+home+'/images/'+icon+'"></span>';
2501 12 Jun 14 olle 1349         }
2501 12 Jun 14 olle 1350       }
2501 12 Jun 14 olle 1351     }
2501 12 Jun 14 olle 1352     return link;
2501 12 Jun 14 olle 1353   }
2501 12 Jun 14 olle 1354
2370 22 Apr 14 nicklas 1355   cs.asCaseList = function(allCases, mainCase)
2370 22 Apr 14 nicklas 1356   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1357     var html = '';
2370 22 Apr 14 nicklas 1358     for (var i = 0; i < allCases.length; i++)
2370 22 Apr 14 nicklas 1359     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1360       var cse = allCases[i];
2708 29 Sep 14 nicklas 1361       var cse2 = Strings.encodeTags(cse);
2370 22 Apr 14 nicklas 1362       if (html != '') html += ', ';
2370 22 Apr 14 nicklas 1363       if (cse != mainCase)
2370 22 Apr 14 nicklas 1364       {
2708 29 Sep 14 nicklas 1365         html += '<span class="link linked-case" data-case-name="'+cse2+'" title="Show summary of case #'+cse2+'">'+cse2+'</span>';
2370 22 Apr 14 nicklas 1366       }
2370 22 Apr 14 nicklas 1367       else
2370 22 Apr 14 nicklas 1368       {
2708 29 Sep 14 nicklas 1369         html += '<b>' + cse2 + '</b>';
2370 22 Apr 14 nicklas 1370       }
2370 22 Apr 14 nicklas 1371     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1372     return allCases.length > 1 ? html : null;
2370 22 Apr 14 nicklas 1373   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1374
2370 22 Apr 14 nicklas 1375   
2370 22 Apr 14 nicklas 1376   // Format value as a date
2370 22 Apr 14 nicklas 1377   cs.asDate = function(value)
2370 22 Apr 14 nicklas 1378   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1379     if (!value) return '';
2370 22 Apr 14 nicklas 1380     if (value.length == 8)
2370 22 Apr 14 nicklas 1381     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1382       value = value.substr(0, 4) + '-' + value.substr(4, 2) + '-' + value.substr(6, 2);
2370 22 Apr 14 nicklas 1383     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1384     return value;
2370 22 Apr 14 nicklas 1385   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1386
2370 22 Apr 14 nicklas 1387   // Format as date+time value
2370 22 Apr 14 nicklas 1388   cs.asDateTime = function(value, compareToDate)
2370 22 Apr 14 nicklas 1389   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1390     if (!value) return '';
2370 22 Apr 14 nicklas 1391     if (value.length == 8)
2370 22 Apr 14 nicklas 1392     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1393       value = cs.asDate(value);
2370 22 Apr 14 nicklas 1394     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1395     else if (value.length == 13)
2370 22 Apr 14 nicklas 1396     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1397       // If the compareToDate is the same day as the 'value' date, skip the date and replace with white-space
2370 22 Apr 14 nicklas 1398       if (compareToDate && value.substr(0, 8) == compareToDate.substr(0, 8))
2370 22 Apr 14 nicklas 1399       {
2370 22 Apr 14 nicklas 1400         value = '<span class="invisible">'+cs.asDate(value.substr(0, 8)) + '</span> ' + value.substr(9, 2) + ':'+value.substr(11, 2)
2370 22 Apr 14 nicklas 1401       }
2370 22 Apr 14 nicklas 1402       else
2370 22 Apr 14 nicklas 1403       {
2370 22 Apr 14 nicklas 1404         value = cs.asDate(value.substr(0, 8)) + ' ' + value.substr(9, 2) + ':'+value.substr(11, 2);
2370 22 Apr 14 nicklas 1405       }
2370 22 Apr 14 nicklas 1406     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1407     return value;
2370 22 Apr 14 nicklas 1408   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1409
2370 22 Apr 14 nicklas 1410   // Style the value as a quantity with (optional) unit
2370 22 Apr 14 nicklas 1411   cs.asQuantity = function(value, unit, scale)
2370 22 Apr 14 nicklas 1412   {
6479 09 Nov 21 nicklas 1413     var result = '';
2370 22 Apr 14 nicklas 1414     if (value != null)
2370 22 Apr 14 nicklas 1415     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1416       if (scale) value = value / scale;
2610 28 Aug 14 nicklas 1417       result = Reggie.formatNumber(value, unit, 2);
2370 22 Apr 14 nicklas 1418     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1419     return result;
2370 22 Apr 14 nicklas 1420   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1421   
2370 22 Apr 14 nicklas 1422   // Style the value as a percentage value
6479 09 Nov 21 nicklas 1423   cs.asPercent = function(value, isFraction, decimals)
2370 22 Apr 14 nicklas 1424   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1425     var result = '';
2370 22 Apr 14 nicklas 1426     if (value != null)
2370 22 Apr 14 nicklas 1427     {
2914 11 Nov 14 nicklas 1428       if (isFraction) value = value * 100;
6479 09 Nov 21 nicklas 1429       result = Reggie.formatNumber(value, '%', decimals || 1);
2370 22 Apr 14 nicklas 1430     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1431     return result;
2370 22 Apr 14 nicklas 1432   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1433
5522 24 Jun 19 nicklas 1434   // Style the value as a count; 
5522 24 Jun 19 nicklas 1435   // values > 1 000 000 are given in millions
5522 24 Jun 19 nicklas 1436   // valus > 1000 are given in thousands
2914 11 Nov 14 nicklas 1437   cs.asCount = function(value)
2914 11 Nov 14 nicklas 1438   {
2914 11 Nov 14 nicklas 1439     var result = '';
2914 11 Nov 14 nicklas 1440     if (value != null)
2914 11 Nov 14 nicklas 1441     {
5522 24 Jun 19 nicklas 1442       if (value > 1000000) 
2914 11 Nov 14 nicklas 1443       {
2914 11 Nov 14 nicklas 1444         result = Reggie.formatNumber(value / 1000000, 'M', 1);
2914 11 Nov 14 nicklas 1445       }
5522 24 Jun 19 nicklas 1446       else if (value > 1000)
5522 24 Jun 19 nicklas 1447       {
5522 24 Jun 19 nicklas 1448         result = Reggie.formatNumber(value / 1000, 'k', 1);
5522 24 Jun 19 nicklas 1449       }
2914 11 Nov 14 nicklas 1450       else
2914 11 Nov 14 nicklas 1451       {
2914 11 Nov 14 nicklas 1452         result = value;
2914 11 Nov 14 nicklas 1453       }
2914 11 Nov 14 nicklas 1454     }
2914 11 Nov 14 nicklas 1455     return result;
2914 11 Nov 14 nicklas 1456   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1457
2370 22 Apr 14 nicklas 1458   // Style the message as a warning message
2370 22 Apr 14 nicklas 1459   cs.asWarning = function(message)
2370 22 Apr 14 nicklas 1460   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1461     message = '<span class="warning">' + message + '</span>';
2370 22 Apr 14 nicklas 1462     return message;
2370 22 Apr 14 nicklas 1463   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1464
2370 22 Apr 14 nicklas 1465   // Generate a 'Missing' warning if the value is missing
2370 22 Apr 14 nicklas 1466   cs.warnIfMissing = function(value)
2370 22 Apr 14 nicklas 1467   {
2500 10 Jun 14 nicklas 1468     var message = value ? value : cs.asWarning('Missing');
2370 22 Apr 14 nicklas 1469     return message;
2370 22 Apr 14 nicklas 1470   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1471   
2370 22 Apr 14 nicklas 1472   // Style the message as a 'no information' message
2370 22 Apr 14 nicklas 1473   cs.asNoInfo = function(message)
2370 22 Apr 14 nicklas 1474   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1475     message = '<span class="no-info">' + message + '</span>';
2370 22 Apr 14 nicklas 1476     return message;
2370 22 Apr 14 nicklas 1477   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1478   
2370 22 Apr 14 nicklas 1479   // Style the message as a 'flag information' message
2370 22 Apr 14 nicklas 1480   cs.asFlagInfo = function(message, icon)
2370 22 Apr 14 nicklas 1481   {
2919 11 Nov 14 nicklas 1482     message = '<span class="flag-info">' + message + '&nbsp;' + '<img src="'+home+'/images/'+icon+'"></span>';
2370 22 Apr 14 nicklas 1483     return message;
2370 22 Apr 14 nicklas 1484   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1485
5009 04 Oct 18 nicklas 1486   // Style the message as a 'DoNotUse information' message
5009 04 Oct 18 nicklas 1487   cs.asDoNotUse = function(item)
5009 04 Oct 18 nicklas 1488   {
5009 04 Oct 18 nicklas 1489     var message = null;
5009 04 Oct 18 nicklas 1490     if (item.DO_NOT_USE)
5009 04 Oct 18 nicklas 1491     {
5009 04 Oct 18 nicklas 1492       message = Strings.encodeTags(item.DO_NOT_USE + ': ' + (item.DO_NOT_USE_COMMENT || ''));
5009 04 Oct 18 nicklas 1493     }
5009 04 Oct 18 nicklas 1494     return message;
5009 04 Oct 18 nicklas 1495   }
5009 04 Oct 18 nicklas 1496
5009 04 Oct 18 nicklas 1497   
2370 22 Apr 14 nicklas 1498   // Style the message as a 'fail information' message
2370 22 Apr 14 nicklas 1499   cs.asFailInfo = function(message, icon)
2370 22 Apr 14 nicklas 1500   {
2919 11 Nov 14 nicklas 1501     message = '<span class="fail-info">' + message + '&nbsp;' + '<img src="'+home+'/images/'+icon+'"></span>';
2370 22 Apr 14 nicklas 1502     return message;
2370 22 Apr 14 nicklas 1503   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1504   
2370 22 Apr 14 nicklas 1505   cs.asConsent = function(consent, consentDate)
2370 22 Apr 14 nicklas 1506   {
4496 10 May 17 nicklas 1507     var warn = !consent || !consentDate || consent != 'Yes';
2370 22 Apr 14 nicklas 1508     var message;
2370 22 Apr 14 nicklas 1509     if (!consent)
2370 22 Apr 14 nicklas 1510     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1511       message = 'Missing' + (consentDate ? ', ' + consentDate : '');
2370 22 Apr 14 nicklas 1512     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1513     else
2370 22 Apr 14 nicklas 1514     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1515       message = consent + ', ' + (consentDate ? consentDate : 'Missing date');
2370 22 Apr 14 nicklas 1516       
2370 22 Apr 14 nicklas 1517     }
2500 10 Jun 14 nicklas 1518     return warn ? cs.asWarning(message) : message;
2370 22 Apr 14 nicklas 1519   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1520   
2370 22 Apr 14 nicklas 1521   // A biowell as the location
2370 22 Apr 14 nicklas 1522   cs.asBioPlateLocation = function(well)
2370 22 Apr 14 nicklas 1523   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1524     if (!well) return '';
2370 22 Apr 14 nicklas 1525     var plate = well.bioPlate;
2370 22 Apr 14 nicklas 1526     var text = cs.asLink('BIOPLATE', plate)  + ' ' + well.location;
2370 22 Apr 14 nicklas 1527     if (plate.storage)
2370 22 Apr 14 nicklas 1528     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1529       var storage = plate.storage;
2370 22 Apr 14 nicklas 1530       var tmp = [];
2708 29 Sep 14 nicklas 1531       if (storage.name) tmp[tmp.length] = Strings.encodeTags(storage.name);
2370 22 Apr 14 nicklas 1532       if (storage.section) tmp[tmp.length] = 'section: ' +storage.section;
2370 22 Apr 14 nicklas 1533       if (storage.tray) tmp[tmp.length] = 'tray: ' +storage.tray;
2370 22 Apr 14 nicklas 1534       if (storage.position) tmp[tmp.length] = 'position: ' +storage.position;
2370 22 Apr 14 nicklas 1535
2370 22 Apr 14 nicklas 1536       text = '<span class="more-info" title="' + tmp.join('; ')+'">' + text + ' </span>';
2370 22 Apr 14 nicklas 1537     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1538     return text;
2370 22 Apr 14 nicklas 1539   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1540
4621 16 Nov 17 nicklas 1541   cs.asGenotypeQc = function(alignment)
4621 16 Nov 17 nicklas 1542   {
4621 16 Nov 17 nicklas 1543     var result = cs.asCount(alignment.QC_GENOTYPE_COUNT);
4658 26 Jan 18 nicklas 1544     if (alignment.QC_GENOTYPE_HET_PCT > 0)
4621 16 Nov 17 nicklas 1545     {
4658 26 Jan 18 nicklas 1546       result += ' (' + cs.asPercent(alignment.QC_GENOTYPE_HET_PCT, false) + ' HET)';
4621 16 Nov 17 nicklas 1547     }
4621 16 Nov 17 nicklas 1548     if (alignment.qcVcf)
4621 16 Nov 17 nicklas 1549     {
4621 16 Nov 17 nicklas 1550       result += '<span class="link vcf-link" data-file-id="'+alignment.qcVcf.id+'" data-item-id="'+alignment.id+'"><img src="'+home+'/images/vcf_file.png" style="margin-left: 2px;"></span>';
4621 16 Nov 17 nicklas 1551     }
4621 16 Nov 17 nicklas 1552     return result;
4621 16 Nov 17 nicklas 1553   }
4621 16 Nov 17 nicklas 1554   
7151 09 May 23 nicklas 1555   cs.asImportJsonFile = function(file)
7151 09 May 23 nicklas 1556   {
7151 09 May 23 nicklas 1557     var link = '';
7151 09 May 23 nicklas 1558     if (file)
7151 09 May 23 nicklas 1559     {
7151 09 May 23 nicklas 1560       link = '<span class="link json-import-file" data-file-id="'+file.id+'" data-file-name="'+file.name+'" title="View the JSON file that was imported"><img src="'+home+'/images/download.png" style="margin-left: 2px; margin-bottom: -1px;"></span>';
7151 09 May 23 nicklas 1561     }
7151 09 May 23 nicklas 1562     return link;
7151 09 May 23 nicklas 1563   }
7151 09 May 23 nicklas 1564   
5731 19 Nov 19 nicklas 1565   cs.asVariantsFile = function(vcall)
5731 19 Nov 19 nicklas 1566   {
5731 19 Nov 19 nicklas 1567     var result = cs.asCount(vcall.VariantsPassedFilter);
5731 19 Nov 19 nicklas 1568     if (vcall.vcfFile)
5731 19 Nov 19 nicklas 1569     {
6393 16 Sep 21 nicklas 1570       result += '<span class="link variants-link" data-file-id="'+vcall.vcfFile.id+'" data-item-id="'+vcall.id+'" data-mode="variant-call"><img src="'+home+'/images/vcf_file.png" style="margin-left: 2px;"></span>';
5731 19 Nov 19 nicklas 1571     }
5731 19 Nov 19 nicklas 1572     return result;
5731 19 Nov 19 nicklas 1573   }
5731 19 Nov 19 nicklas 1574   
7423 14 Nov 23 nicklas 1575   cs.asWgsVariantsFile = function(vcall)
7423 14 Nov 23 nicklas 1576   {
7423 14 Nov 23 nicklas 1577     var result = cs.asCount(vcall.VariantsPassedFilter);
7423 14 Nov 23 nicklas 1578     if (vcall.vcfFile)
7423 14 Nov 23 nicklas 1579     {
7423 14 Nov 23 nicklas 1580       result += '<span class="link variants-link" data-file-id="'+vcall.vcfFile.id+'" data-item-id="'+vcall.id+'" data-mode="variant-call-wgs"><img src="'+home+'/images/vcf_file.png" style="margin-left: 2px;"></span>';
7423 14 Nov 23 nicklas 1581     }
7423 14 Nov 23 nicklas 1582     return result;
7423 14 Nov 23 nicklas 1583   }
7423 14 Nov 23 nicklas 1584
7423 14 Nov 23 nicklas 1585   
6393 16 Sep 21 nicklas 1586   cs.asTargetedGenotypeFile = function(vcall, vcf)
6393 16 Sep 21 nicklas 1587   {
6393 16 Sep 21 nicklas 1588     var result = '<div class="genotype-grid" title="'+Strings.encodeTags(vcf.TargetedGenotypeDescription||'')+'">';
6393 16 Sep 21 nicklas 1589     result += '<div>'+vcf.TargetedGenotype+'</div>';
6393 16 Sep 21 nicklas 1590     result += '<div>'+cs.asCount(vcf.NumTargetedVariants)+'/'+cs.asCount(vcf.NumTargetedGenotypes)+'</div>';
6393 16 Sep 21 nicklas 1591     result += '<div><span class="link variants-link" data-file-id="'+vcf.id+'" data-item-id="'+vcall.id+'" data-mode="genotype"><img src="'+home+'/images/vcf_file.png" style="margin-left: 2px;"></span></div>';
6393 16 Sep 21 nicklas 1592     result += '</div>';
6393 16 Sep 21 nicklas 1593     return result;
6393 16 Sep 21 nicklas 1594   }
6393 16 Sep 21 nicklas 1595   
2370 22 Apr 14 nicklas 1596   cs.truncate = function(value, maxLength)
2370 22 Apr 14 nicklas 1597   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1598     if (!value) return value;
2370 22 Apr 14 nicklas 1599     if (maxLength > 2 && value.length > maxLength) 
2370 22 Apr 14 nicklas 1600     {
2708 29 Sep 14 nicklas 1601       var tmp = '<span class="truncated" title="'+value+'">'+Strings.encodeTags(value.substring(0, maxLength-2)) + '...</span>';
2370 22 Apr 14 nicklas 1602       value = tmp;
2370 22 Apr 14 nicklas 1603     }
2708 29 Sep 14 nicklas 1604     else
2708 29 Sep 14 nicklas 1605     {
2708 29 Sep 14 nicklas 1606       value = Strings.encodeTags(value);
2708 29 Sep 14 nicklas 1607     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1608     return value;
2370 22 Apr 14 nicklas 1609   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1610
2370 22 Apr 14 nicklas 1611   cs.showConfidentialOnChange = function()
2370 22 Apr 14 nicklas 1612   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1613     var frm = document.forms['reggie'];
2370 22 Apr 14 nicklas 1614     Doc.addOrRemoveClass('all-info', 'hide-confidential', !frm.showConfidential.checked);
2370 22 Apr 14 nicklas 1615   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1616
2370 22 Apr 14 nicklas 1617   cs.caseSummary = function(event)
2370 22 Apr 14 nicklas 1618   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1619     var frm = document.forms['reggie'];
2370 22 Apr 14 nicklas 1620     var caseName = Data.get(event.currentTarget, 'case-name');
2370 22 Apr 14 nicklas 1621     if (!caseName)
2370 22 Apr 14 nicklas 1622     {
2370 22 Apr 14 nicklas 1623       caseName = frm.caseName.value;
2370 22 Apr 14 nicklas 1624       if (!caseName)
2370 22 Apr 14 nicklas 1625       {
2370 22 Apr 14 nicklas 1626         Forms.showNotification('caseName', 'Please enter a 7-digit case id', null, null, 'left');
2370 22 Apr 14 nicklas 1627         return;
2370 22 Apr 14 nicklas 1628       }
2370 22 Apr 14 nicklas 1629     }
2370 22 Apr 14 nicklas 1630     var url = 'case_summary.jsp?ID='+App.getSessionId();
2370 22 Apr 14 nicklas 1631     url += '&caseName='+encodeURIComponent(caseName);
5019 10 Oct 18 nicklas 1632     url += '&highlight='+encodeURIComponent(caseName);
2370 22 Apr 14 nicklas 1633     url += '&pageType='+Data.get('page-data', 'page-type');
2370 22 Apr 14 nicklas 1634     location.href = url;
2370 22 Apr 14 nicklas 1635   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1636
2370 22 Apr 14 nicklas 1637   cs.goPrint = function()
2370 22 Apr 14 nicklas 1638   {
2370 22 Apr 14 nicklas 1639     var caseName = Data.get('page-data', 'case-name');
2370 22 Apr 14 nicklas 1640     var printNote = '<b>Note!</b> For better printing set page orientation to <i>portrait</i>.<br>';
2370 22 Apr 14 nicklas 1641     printNote += ' You may have to <i>scale down</i> to fit everything on the width of the page.';
2610 28 Aug 14 nicklas 1642     Reggie.openPrintWindow('all-content', 'Case summary - ' + Strings.encodeTags(caseName), 'portrait', printNote, '../', 'case_summary.css');
2370 22 Apr 14 nicklas 1643   }
2370 22 Apr 14 nicklas 1644
3179 09 Mar 15 nicklas 1645   
3179 09 Mar 15 nicklas 1646   cs.logError = function(section, err)
3179 09 Mar 15 nicklas 1647   {
3179 09 Mar 15 nicklas 1648     console.error(err);
3179 09 Mar 15 nicklas 1649     section = Doc.element(section);
3179 09 Mar 15 nicklas 1650     var div = document.createElement('div');
3179 09 Mar 15 nicklas 1651     div.className = 'messagecontainer error';
3179 09 Mar 15 nicklas 1652     div.innerHTML = err;
3179 09 Mar 15 nicklas 1653     section.parentNode.insertBefore(div, section.nextSibling);
3179 09 Mar 15 nicklas 1654   }
3179 09 Mar 15 nicklas 1655   
7151 09 May 23 nicklas 1656   cs.jsonImportFileOnClick = function(event)
7151 09 May 23 nicklas 1657   {
7151 09 May 23 nicklas 1658     var fileId = Data.get(event.currentTarget, 'file-id');
7151 09 May 23 nicklas 1659     var fileName = Data.get(event.currentTarget, 'file-name');
7151 09 May 23 nicklas 1660
7151 09 May 23 nicklas 1661     var url = '../ExternalSpecimen.servlet?ID='+App.getSessionId();
7151 09 May 23 nicklas 1662     url += '&cmd=DownloadJsonFile';
7151 09 May 23 nicklas 1663     url += '&fileId='+fileId;
7151 09 May 23 nicklas 1664     
7151 09 May 23 nicklas 1665     Dialogs.openPopup(url, fileName, 800, 800);
7151 09 May 23 nicklas 1666   }
7151 09 May 23 nicklas 1667   
4621 16 Nov 17 nicklas 1668   cs.vcfLinkOnClick = function(event)
4621 16 Nov 17 nicklas 1669   {
4621 16 Nov 17 nicklas 1670     var fileId = Data.int(event.currentTarget, 'file-id');
4621 16 Nov 17 nicklas 1671     var itemId = Data.get(event.currentTarget, 'item-id');
4621 16 Nov 17 nicklas 1672
4621 16 Nov 17 nicklas 1673     var url = home+'/analysis/view_genotypes.jsp?ID=' + App.getSessionId();
4621 16 Nov 17 nicklas 1674     url += '&fileId='+fileId;
4621 16 Nov 17 nicklas 1675     url += '&itemId='+itemId;
7433 15 Nov 23 nicklas 1676     Dialogs.openPopup(url, 'ViewVcf'+fileId, 750, 500);
4621 16 Nov 17 nicklas 1677   }
4621 16 Nov 17 nicklas 1678   
5731 19 Nov 19 nicklas 1679   cs.variantsLinkOnClick = function(event)
5731 19 Nov 19 nicklas 1680   {
5731 19 Nov 19 nicklas 1681     var fileId = Data.int(event.currentTarget, 'file-id');
5731 19 Nov 19 nicklas 1682     var itemId = Data.get(event.currentTarget, 'item-id');
6393 16 Sep 21 nicklas 1683     var mode = Data.get(event.currentTarget, 'mode');
5731 19 Nov 19 nicklas 1684
7423 14 Nov 23 nicklas 1685     var url;
7423 14 Nov 23 nicklas 1686     if (mode == 'variant-call-wgs') 
7423 14 Nov 23 nicklas 1687     {
7423 14 Nov 23 nicklas 1688       url = home+'/dnaseq-analysis/view_variants.jsp?ID=' + App.getSessionId();
7423 14 Nov 23 nicklas 1689     }
7423 14 Nov 23 nicklas 1690     else
7423 14 Nov 23 nicklas 1691     {
7423 14 Nov 23 nicklas 1692       url = home+'/analysis/view_variants.jsp?ID=' + App.getSessionId();
7423 14 Nov 23 nicklas 1693     }
5731 19 Nov 19 nicklas 1694     url += '&fileId='+fileId;
5731 19 Nov 19 nicklas 1695     url += '&itemId='+itemId;
6393 16 Sep 21 nicklas 1696     url += '&mode='+mode;
7433 15 Nov 23 nicklas 1697     Dialogs.openPopup(url, 'ViewVariants'+fileId, 1100, 700);
5731 19 Nov 19 nicklas 1698   }
5731 19 Nov 19 nicklas 1699
7296 23 Aug 23 nicklas 1700   cs.openFileInPopup = function(event)
7296 23 Aug 23 nicklas 1701   {
7296 23 Aug 23 nicklas 1702     var fileId = Data.get(event.currentTarget, 'file-id');
7296 23 Aug 23 nicklas 1703     var width = Data.get(event.currentTarget, 'width', 900);
7296 23 Aug 23 nicklas 1704     var height = Data.get(event.currentTarget, 'height', 600);
7296 23 Aug 23 nicklas 1705     var controller = Items.getController('FILE');
7296 23 Aug 23 nicklas 1706     var url = App.getRoot() + controller.url;
7296 23 Aug 23 nicklas 1707     url += '?ID='+App.getSessionId();
7296 23 Aug 23 nicklas 1708     url += '&cmd=ViewFile&item_id='+fileId;
7296 23 Aug 23 nicklas 1709
7296 23 Aug 23 nicklas 1710     Dialogs.openPopup(url, 'ViewFile'+fileId, width, height);
7296 23 Aug 23 nicklas 1711   }
7296 23 Aug 23 nicklas 1712
5022 11 Oct 18 nicklas 1713   cs.columnBalance = function(event)
5022 11 Oct 18 nicklas 1714   {
5022 11 Oct 18 nicklas 1715     Data.set('all-content', 'cbal', event.currentTarget.value);
5022 11 Oct 18 nicklas 1716   }
5022 11 Oct 18 nicklas 1717   
6425 29 Sep 21 nicklas 1718   cs.sortByIdDescending = function(a, b)
6425 29 Sep 21 nicklas 1719   {
6425 29 Sep 21 nicklas 1720     return b.id - a.id;
6425 29 Sep 21 nicklas 1721   }
6425 29 Sep 21 nicklas 1722   
2370 22 Apr 14 nicklas 1723   return cs;
2370 22 Apr 14 nicklas 1724 }();
2370 22 Apr 14 nicklas 1725
2501 12 Jun 14 olle 1726 var LabEnvs = function()
2501 12 Jun 14 olle 1727 {
2501 12 Jun 14 olle 1728   var labenvs = {};
2501 12 Jun 14 olle 1729
2501 12 Jun 14 olle 1730   /**
2501 12 Jun 14 olle 1731     Event handler that calls 'labenv.jar/reports/labenvironmentdatabaseeventpopup.jsp'
2501 12 Jun 14 olle 1732     when clicking on the attached target. The sensor id should be stored
2501 12 Jun 14 olle 1733     in attribute 'data-sensor', the date in 'data-date',
2501 12 Jun 14 olle 1734     and the title in 'data-title'.
2501 12 Jun 14 olle 1735   */
2501 12 Jun 14 olle 1736   labenvs.viewDataOnClick = function(event)
2501 12 Jun 14 olle 1737   {
2501 12 Jun 14 olle 1738     var homeLabEnv = Data.get('page-data', 'home-labenv');
2501 12 Jun 14 olle 1739     var title = Data.get(event.currentTarget, 'title');
2501 12 Jun 14 olle 1740     var sensor = Data.get(event.currentTarget, 'sensor');
2501 12 Jun 14 olle 1741     var date = Data.get(event.currentTarget, 'date');
2501 12 Jun 14 olle 1742     var url = homeLabEnv;
2501 12 Jun 14 olle 1743     url += '/reports/labenvironmentdatabaseeventpopup.jsp';
2501 12 Jun 14 olle 1744     url += '?ID='+App.getSessionId();
2501 12 Jun 14 olle 1745     url += '&pageTitle='+encodeURIComponent(title);
2501 12 Jun 14 olle 1746     url += '&labSensorUrl='+encodeURIComponent(sensor);
2501 12 Jun 14 olle 1747     url += '&originDate='+encodeURIComponent(date);
2501 12 Jun 14 olle 1748     Dialogs.openPopup(url, title, 820, 768);
2501 12 Jun 14 olle 1749   }
2501 12 Jun 14 olle 1750   
2501 12 Jun 14 olle 1751   return labenvs;
2501 12 Jun 14 olle 1752 }();
2501 12 Jun 14 olle 1753
2370 22 Apr 14 nicklas 1754 Doc.onLoad(CaseSummary.initPage);

Generated on Tue Nov 21 03:31:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)