extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/sampleproc/allprep_protocol.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1637 07 May 12 nicklas 1 <%@ page
1637 07 May 12 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
1637 07 May 12 nicklas 3   session="false"
1637 07 May 12 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
1637 07 May 12 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1637 07 May 12 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1637 07 May 12 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
1637 07 May 12 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
3469 27 Aug 15 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
1637 07 May 12 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
1637 07 May 12 nicklas 11 %>
1637 07 May 12 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1637 07 May 12 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
1637 07 May 12 nicklas 14 <%
3976 26 May 16 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
1637 07 May 12 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
1637 07 May 12 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
1637 07 May 12 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
1637 07 May 12 nicklas 19 DbControl dc = null;
1637 07 May 12 nicklas 20 try
1637 07 May 12 nicklas 21 {
1637 07 May 12 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
1637 07 May 12 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
1637 07 May 12 nicklas 24 %>
1637 07 May 12 nicklas 25 <base:page type="default" >
2686 22 Sep 14 nicklas 26 <base:head 
2686 22 Sep 14 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~allprep_protocol.js" 
2686 22 Sep 14 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
2686 22 Sep 14 nicklas 29 />
2686 22 Sep 14 nicklas 30 <base:body>
1637 07 May 12 nicklas 31
1637 07 May 12 nicklas 32   <p:path><p:pathelement 
1915 21 Mar 13 nicklas 33     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
1639 09 May 12 nicklas 34     /><p:pathelement title="Lab Tracking Protocol for Allprep isolation" 
1637 07 May 12 nicklas 35     /></p:path>
1637 07 May 12 nicklas 36
1637 07 May 12 nicklas 37   <div class="content">
1637 07 May 12 nicklas 38
2686 22 Sep 14 nicklas 39   <form name="reggie" action="allprep_protocol2.jsp" method="post" target="_blank" id="wizard" class="wizard">
2686 22 Sep 14 nicklas 40   <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
3740 11 Feb 16 nicklas 41   <input type="hidden" name="YellowLabel" value="0" id="YellowLabel">
4093 12 Sep 16 nicklas 42   <input type="hidden" name="AutoProcessing" value="0" id="AutoProcessing">
6723 04 May 22 nicklas 43   <input type="hidden" name="TubeLabel" value="0" id="TubeLabel">
1637 07 May 12 nicklas 44   
1637 07 May 12 nicklas 45   <!-- 1. Case name-->
2686 22 Sep 14 nicklas 46   <div class="step" id="step-1">
2686 22 Sep 14 nicklas 47     <div class="step-no">1</div>
4097 13 Sep 16 nicklas 48     <div class="step-title">Select lysate items</div>
2686 22 Sep 14 nicklas 49     <div class="step-content">
2686 22 Sep 14 nicklas 50
2686 22 Sep 14 nicklas 51       <table class="step-form">
4097 13 Sep 16 nicklas 52       <tr class="align-top" id="regularFlowRow">
4097 13 Sep 16 nicklas 53         <td class="prompt">Lysates<div style="font-weight: normal;">(regular flow)</div></td>
4097 13 Sep 16 nicklas 54         <td class="input">
3740 11 Feb 16 nicklas 55           <select name="lysates" id="lysates" class="yellow-label-support" multiple size="15" data-current-user="<%=HTML.encodeTags(user.getName())%>"></select>
1637 07 May 12 nicklas 56         </td>
4097 13 Sep 16 nicklas 57         <td class="status" id="lysates.status"></td>
2686 22 Sep 14 nicklas 58         <td class="help">
4097 13 Sep 16 nicklas 59           <span id="lysates.message" class="message"></span>
3466 25 Aug 15 nicklas 60           Select 1-12 items. The list contain Lysate items that has not yet been processed
3740 11 Feb 16 nicklas 61           (determined by absence of a 'creation' date).<br>
3740 11 Feb 16 nicklas 62           <base:icon image="<%=home+"/images/yellow-label.png"%>" /> = YellowLabel specimen
1637 07 May 12 nicklas 63         </td>
1637 07 May 12 nicklas 64       </tr>
4097 13 Sep 16 nicklas 65       <tr class="align-top" id="reExtractionRow" style="display: none;">
4097 13 Sep 16 nicklas 66         <td class="prompt">Lysates<div style="font-weight: normal;">(re-extraction)</div></td>
3469 27 Aug 15 nicklas 67         <td class="input">
4097 13 Sep 16 nicklas 68           <select name="reextraction" id="reextraction" multiple size="12" class="yellow-label-support"></select>
5304 15 Feb 19 nicklas 69           <b>Download labels</b>
5304 15 Feb 19 nicklas 70           <base:icon subclass="link" id="downloadLabelsCsv" image="<%=home + "/images/download.png"%>" 
5304 15 Feb 19 nicklas 71             data-format="csv" title="Download labels as a tab-separated text file (csv)">CSV</base:icon>
5304 15 Feb 19 nicklas 72           <base:icon subclass="link" id="downloadLabelsXlsx" image="<%=home + "/images/download.png"%>" 
5304 15 Feb 19 nicklas 73             data-format="xlsx" title="Download lables as an Excel worksheet file (xlsx)">Excel</base:icon>
5304 15 Feb 19 nicklas 74
3469 27 Aug 15 nicklas 75         </td>
4097 13 Sep 16 nicklas 76         <td class="status" id="reextraction.status"></td>
3469 27 Aug 15 nicklas 77         <td class="help">
4097 13 Sep 16 nicklas 78           <span id="reextraction.message" class="message"></span>
4097 13 Sep 16 nicklas 79           Select lysates that have been marked for re-extraction to include in this extraction.
5304 15 Feb 19 nicklas 80           <b>Download labels</b> in either <b>CSV</b> or <b>Excel</b> format for creating labels.
3469 27 Aug 15 nicklas 81         </td>
3469 27 Aug 15 nicklas 82       </tr>
4098 13 Sep 16 nicklas 83       <tr>
4098 13 Sep 16 nicklas 84         <td class="prompt">Reserve selected lysates</td>
4098 13 Sep 16 nicklas 85         <td class="input">
4098 13 Sep 16 nicklas 86           <label><input type="checkbox" checked name="reserve" id="reserve" value="0">
4098 13 Sep 16 nicklas 87           Yes</label>
4098 13 Sep 16 nicklas 88         </td>
4098 13 Sep 16 nicklas 89         <td class="status" id="reserve.status"></td>
4098 13 Sep 16 nicklas 90         <td class="help">
4098 13 Sep 16 nicklas 91           <span id="reserve.message" class="message"></span>
4098 13 Sep 16 nicklas 92           If checked, the selected lysates will be marked as reserved by the current user.<br>
4098 13 Sep 16 nicklas 93           Note that this is an aid only and it will not prevent them from being selected
4098 13 Sep 16 nicklas 94           by other users.
4098 13 Sep 16 nicklas 95         </td>
4098 13 Sep 16 nicklas 96       </tr>
1637 07 May 12 nicklas 97       </table>
2686 22 Sep 14 nicklas 98     </div>
2686 22 Sep 14 nicklas 99   </div>
2686 22 Sep 14 nicklas 100     
2686 22 Sep 14 nicklas 101   <div id="wizard-status"></div>
2686 22 Sep 14 nicklas 102   
2686 22 Sep 14 nicklas 103   <table class="navigation" id="navigation">
2686 22 Sep 14 nicklas 104   <tr>
2686 22 Sep 14 nicklas 105     <td><base:button id="gocreate" title="Finish" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
2686 22 Sep 14 nicklas 106     <td id="gonext-message" class="message"></td>
1637 07 May 12 nicklas 107   </tr>
1637 07 May 12 nicklas 108   </table>
1637 07 May 12 nicklas 109   
1637 07 May 12 nicklas 110   </form>
1637 07 May 12 nicklas 111   </div>
1637 07 May 12 nicklas 112   
1637 07 May 12 nicklas 113 </base:body>
1637 07 May 12 nicklas 114 </base:page>
1637 07 May 12 nicklas 115 <%
1637 07 May 12 nicklas 116 }
1637 07 May 12 nicklas 117 finally
1637 07 May 12 nicklas 118 {
1637 07 May 12 nicklas 119   if (dc != null) dc.close();
1637 07 May 12 nicklas 120 }
1637 07 May 12 nicklas 121 %>