extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/sampleproc/reextract_picklist.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3145 25 Feb 15 nicklas 1 <%@ page
3145 25 Feb 15 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
3145 25 Feb 15 nicklas 3   session="false"
3145 25 Feb 15 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
3145 25 Feb 15 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
3145 25 Feb 15 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
3145 25 Feb 15 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
6721 03 May 22 nicklas 8   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
6721 03 May 22 nicklas 9   import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
6721 03 May 22 nicklas 10   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
3145 25 Feb 15 nicklas 11   import="net.sf.basedb.core.Sample"
3145 25 Feb 15 nicklas 12   import="net.sf.basedb.core.Hardware"
3145 25 Feb 15 nicklas 13   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
3145 25 Feb 15 nicklas 14   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
3145 25 Feb 15 nicklas 15   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
3145 25 Feb 15 nicklas 16   import="net.sf.basedb.util.Values"
3145 25 Feb 15 nicklas 17   import="net.sf.basedb.util.extensions.Extension"
3145 25 Feb 15 nicklas 18   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
3145 25 Feb 15 nicklas 19   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
3145 25 Feb 15 nicklas 20   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
3145 25 Feb 15 nicklas 21   import="java.util.List"
3145 25 Feb 15 nicklas 22   import="java.util.ArrayList"
3145 25 Feb 15 nicklas 23 %>
3145 25 Feb 15 nicklas 24 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
3145 25 Feb 15 nicklas 25 <%
3976 26 May 16 nicklas 26 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
3145 25 Feb 15 nicklas 27 final String ID = sc.getId();
3145 25 Feb 15 nicklas 28 final float scale = Base.getScale(sc);
3145 25 Feb 15 nicklas 29 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
3145 25 Feb 15 nicklas 30 final int BLOCKS_PER_PAGE = 3;
3145 25 Feb 15 nicklas 31 DbControl dc = null;
3145 25 Feb 15 nicklas 32 try
3145 25 Feb 15 nicklas 33 {
3145 25 Feb 15 nicklas 34   dc = sc.newDbControl();
3145 25 Feb 15 nicklas 35   final Extension reggie = ExtensionsControl.get(dc).getExtension("net.sf.basedb.reggie");
3145 25 Feb 15 nicklas 36   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
3145 25 Feb 15 nicklas 37   List<Sample> specimen = new ArrayList<Sample>();
6721 03 May 22 nicklas 38   int tubeLabelId = Values.getInt(request.getParameter("tubeLabelAnnotationType"));
6721 03 May 22 nicklas 39   AnnotationType labelType = null;
6721 03 May 22 nicklas 40   if (tubeLabelId > 0)
6721 03 May 22 nicklas 41   {
6721 03 May 22 nicklas 42     labelType = AnnotationType.getById(dc, tubeLabelId);
6721 03 May 22 nicklas 43   }
3145 25 Feb 15 nicklas 44   for (String id : request.getParameter("specimen").split(","))
3145 25 Feb 15 nicklas 45   {
3145 25 Feb 15 nicklas 46     specimen.add(Sample.getById(dc, Values.getInt(id)));
3145 25 Feb 15 nicklas 47   }
3145 25 Feb 15 nicklas 48 %>
3145 25 Feb 15 nicklas 49 <base:page id="protocol" type="iframe" noskin="true"
3145 25 Feb 15 nicklas 50   favicon="<%=home+"/images/partition.png"%>" 
3145 25 Feb 15 nicklas 51   title="Pick list protocol for specimen re-extraction">
3145 25 Feb 15 nicklas 52 <base:head
3145 25 Feb 15 nicklas 53   scripts="~../reggie-2.js,~reextract_picklist.js" 
3145 25 Feb 15 nicklas 54   styles="~../css/reggie-2.css,~../css/printable.css"
3145 25 Feb 15 nicklas 55   >
3145 25 Feb 15 nicklas 56   <style>
3145 25 Feb 15 nicklas 57   
3145 25 Feb 15 nicklas 58   table.samplelist
3145 25 Feb 15 nicklas 59   {
3145 25 Feb 15 nicklas 60     width: 100%;
3145 25 Feb 15 nicklas 61     border-collapse: collapse;
3145 25 Feb 15 nicklas 62     border: 1px solid #000000;
3145 25 Feb 15 nicklas 63   }
3145 25 Feb 15 nicklas 64   
3145 25 Feb 15 nicklas 65   table.samplelist > tbody > tr
3145 25 Feb 15 nicklas 66   {
3145 25 Feb 15 nicklas 67     height: 1.25cm;
3145 25 Feb 15 nicklas 68   }
3145 25 Feb 15 nicklas 69   
3145 25 Feb 15 nicklas 70   table.samplelist > tbody > tr > th
3145 25 Feb 15 nicklas 71   {
3155 27 Feb 15 nicklas 72     background-color: #F0F0F0;
3145 25 Feb 15 nicklas 73     border: 1px solid #000000;
3145 25 Feb 15 nicklas 74     font-size: 1em;
3145 25 Feb 15 nicklas 75   }
3145 25 Feb 15 nicklas 76   
3145 25 Feb 15 nicklas 77   table.samplelist > tbody > tr > td
3145 25 Feb 15 nicklas 78   {
3145 25 Feb 15 nicklas 79     border: 1px solid #000000;
3145 25 Feb 15 nicklas 80     vertical-align: middle;
3145 25 Feb 15 nicklas 81     font-size: 1em;
3145 25 Feb 15 nicklas 82     padding: 0.5em;
3145 25 Feb 15 nicklas 83   }
3145 25 Feb 15 nicklas 84   
6721 03 May 22 nicklas 85   .name, td.label
3145 25 Feb 15 nicklas 86   {
3145 25 Feb 15 nicklas 87     font-weight: bold;
6721 03 May 22 nicklas 88     width: 12%;
3145 25 Feb 15 nicklas 89   }
3145 25 Feb 15 nicklas 90   .freezer
3145 25 Feb 15 nicklas 91   {
3145 25 Feb 15 nicklas 92     width: 30%;
3145 25 Feb 15 nicklas 93   }
3145 25 Feb 15 nicklas 94   .box
3145 25 Feb 15 nicklas 95   {
3145 25 Feb 15 nicklas 96     width: 15%;
3145 25 Feb 15 nicklas 97     text-align: center;
3145 25 Feb 15 nicklas 98   }
3145 25 Feb 15 nicklas 99   .remain
3145 25 Feb 15 nicklas 100   {
6721 03 May 22 nicklas 101     width: 10%;
3145 25 Feb 15 nicklas 102     text-align: center;
3145 25 Feb 15 nicklas 103   }
3145 25 Feb 15 nicklas 104   .remark
3145 25 Feb 15 nicklas 105   {
6721 03 May 22 nicklas 106     width: 20%;
3145 25 Feb 15 nicklas 107   }
6721 03 May 22 nicklas 108   .nolabels .label
6721 03 May 22 nicklas 109   {
6721 03 May 22 nicklas 110     display: none;
6721 03 May 22 nicklas 111   }
3145 25 Feb 15 nicklas 112   </style>
3145 25 Feb 15 nicklas 113 </base:head>
3145 25 Feb 15 nicklas 114 <base:body>
3145 25 Feb 15 nicklas 115
3145 25 Feb 15 nicklas 116   <div class="paper">
3145 25 Feb 15 nicklas 117
3145 25 Feb 15 nicklas 118   <form name="reggie" id="wizard">
3145 25 Feb 15 nicklas 119
3145 25 Feb 15 nicklas 120   <div id="wizard-status"></div>
3145 25 Feb 15 nicklas 121
6721 03 May 22 nicklas 122   <div id="all-protocol" style="display: none;" class="nolabels">
3145 25 Feb 15 nicklas 123
3145 25 Feb 15 nicklas 124   <div id="print-instructions" class="noprint fullwidth">
3145 25 Feb 15 nicklas 125     <base:button id="print-button" image="<%=home+"/images/print.png"%>" title="Print&hellip;" />
3145 25 Feb 15 nicklas 126     <br clear="all">
3145 25 Feb 15 nicklas 127   </div>
3145 25 Feb 15 nicklas 128
3145 25 Feb 15 nicklas 129   <h1>Pick list protocol for specimen re-extraction <span class="reggie">Reggie <%=reggie.getAbout().getVersion() %></span></h1>
3145 25 Feb 15 nicklas 130
3145 25 Feb 15 nicklas 131   <table style="width: 100%;" class="samplelist">
3145 25 Feb 15 nicklas 132   <tr>
3145 25 Feb 15 nicklas 133     <th class="name">Sample</th>
6721 03 May 22 nicklas 134     <th class="label">Label¹</th>
3145 25 Feb 15 nicklas 135     <th class="freezer">Freezer</th>
3145 25 Feb 15 nicklas 136     <th class="box">Box</th>
3145 25 Feb 15 nicklas 137     <th class="remain">Remaining quantity</th>
3145 25 Feb 15 nicklas 138     <th class="remark">Remark</th>
3145 25 Feb 15 nicklas 139   </tr>
3145 25 Feb 15 nicklas 140   <%
6721 03 May 22 nicklas 141   int numSamples = 0;
6721 03 May 22 nicklas 142   int numWithLabel = 0;
3145 25 Feb 15 nicklas 143   for (Sample s : specimen)
3145 25 Feb 15 nicklas 144   {
6721 03 May 22 nicklas 145     numSamples++;
3145 25 Feb 15 nicklas 146     Float reminingQuantity = s.getRemainingQuantity();
3145 25 Feb 15 nicklas 147     BioWell well = s.getBioWell();
5782 11 Dec 19 nicklas 148     BioPlate plate = well == null ? null : well.getPlate();
5782 11 Dec 19 nicklas 149     Hardware freezer = plate == null ? null : plate.getFreezer();
5783 12 Dec 19 nicklas 150     List<String> remarks = new ArrayList<>();
5783 12 Dec 19 nicklas 151     if (!s.getName().matches("\\d+\\.\\d.*")) remarks.add("External specimen");
5335 28 Mar 19 nicklas 152     List<String> freezerLocation = new ArrayList<>();
5782 11 Dec 19 nicklas 153     if (plate != null)
5782 11 Dec 19 nicklas 154     {
5783 12 Dec 19 nicklas 155       if (plate.getName().startsWith("PSp")) remarks.add("Paused specimen");
5782 11 Dec 19 nicklas 156       if (plate.getSection() != null) freezerLocation.add("Section " + plate.getSection());
5782 11 Dec 19 nicklas 157       if (plate.getTray() != null) freezerLocation.add("Tray " + plate.getTray());
5782 11 Dec 19 nicklas 158       if (plate.getPosition() != null) freezerLocation.add("Position " + plate.getPosition());
5782 11 Dec 19 nicklas 159     }
6721 03 May 22 nicklas 160     String label = null;
6721 03 May 22 nicklas 161     if (labelType != null)
6721 03 May 22 nicklas 162     {
6721 03 May 22 nicklas 163       AnnotationSet as = s.getAnnotationSet();
6721 03 May 22 nicklas 164       if (as.hasAnnotation(labelType, Annotation.Source.PRIMARY))
6721 03 May 22 nicklas 165       {
6721 03 May 22 nicklas 166         label = (String)as.getAnnotation(labelType).getValues().get(0);
6721 03 May 22 nicklas 167         if (label != null) numWithLabel++;
6721 03 May 22 nicklas 168       }
6721 03 May 22 nicklas 169     }
3145 25 Feb 15 nicklas 170     %>
3145 25 Feb 15 nicklas 171     <tr>
3145 25 Feb 15 nicklas 172       <td class="name"><%=HTML.encodeTags(s.getName()) %></td>
6721 03 May 22 nicklas 173       <td class="label"><%=HTML.encodeTags(label)%></td>
3145 25 Feb 15 nicklas 174       <td class="freezer">
5335 28 Mar 19 nicklas 175         <%
5335 28 Mar 19 nicklas 176         if (freezer == null)
5335 28 Mar 19 nicklas 177         {
5335 28 Mar 19 nicklas 178           %><i>- unknown -</i><br><%
5335 28 Mar 19 nicklas 179         }
5335 28 Mar 19 nicklas 180         else
5335 28 Mar 19 nicklas 181         {
5335 28 Mar 19 nicklas 182           %>
5335 28 Mar 19 nicklas 183           <%=HTML.encodeTags(freezer.getName()) %><br>
5335 28 Mar 19 nicklas 184           <%
5335 28 Mar 19 nicklas 185         }
5335 28 Mar 19 nicklas 186         %>
5335 28 Mar 19 nicklas 187         <%=Values.getString(freezerLocation, ", ", true) %>
3145 25 Feb 15 nicklas 188       </td>
5782 11 Dec 19 nicklas 189       <td class="box">
5782 11 Dec 19 nicklas 190         <%
5782 11 Dec 19 nicklas 191         if (well == null)
5782 11 Dec 19 nicklas 192         {
5782 11 Dec 19 nicklas 193           %><i>- unknown -</i><%
5782 11 Dec 19 nicklas 194         }
5782 11 Dec 19 nicklas 195         else
5782 11 Dec 19 nicklas 196         {
5782 11 Dec 19 nicklas 197           %>
5782 11 Dec 19 nicklas 198           <%=HTML.encodeTags(plate.getName()) %> <%=well.getCoordinate() %>
5782 11 Dec 19 nicklas 199           <%
5782 11 Dec 19 nicklas 200         }
5782 11 Dec 19 nicklas 201         %>
5782 11 Dec 19 nicklas 202       </td>
5335 28 Mar 19 nicklas 203       <td class="remain"><%=reminingQuantity == null ? "<i>n/a</i>" : Values.formatNumber(reminingQuantity / 1000, 0, "mg") %></td>
5783 12 Dec 19 nicklas 204       <td class="remark"><%=Values.getString(remarks, "; ", true) %></td>
3145 25 Feb 15 nicklas 205     </tr>
3145 25 Feb 15 nicklas 206     <%
3145 25 Feb 15 nicklas 207   }
3145 25 Feb 15 nicklas 208   %>
3145 25 Feb 15 nicklas 209   </table>
6721 03 May 22 nicklas 210   <div id="protocol-footer" class="label" data-num-with-labels="<%=numWithLabel%>"
6721 03 May 22 nicklas 211     style="margin-top: 0.5em;">¹ Some SCAN-B tubes have a non-standard label.</div>
3145 25 Feb 15 nicklas 212 </div>
3145 25 Feb 15 nicklas 213 </form>
3145 25 Feb 15 nicklas 214 </div>
3145 25 Feb 15 nicklas 215 </base:body>
3145 25 Feb 15 nicklas 216 </base:page>
3145 25 Feb 15 nicklas 217 <%
3145 25 Feb 15 nicklas 218 }
3145 25 Feb 15 nicklas 219 finally
3145 25 Feb 15 nicklas 220 {
3145 25 Feb 15 nicklas 221   if (dc != null) dc.close();
3145 25 Feb 15 nicklas 222 }
3145 25 Feb 15 nicklas 223 %>

Generated on Tue Nov 21 03:32:03 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)