extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/sampleproc/rnaqc_baprotocol.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3154 27 Feb 15 nicklas 1 <%@ page
3154 27 Feb 15 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
3154 27 Feb 15 nicklas 3   session="false"
3154 27 Feb 15 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
3154 27 Feb 15 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
3154 27 Feb 15 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
3154 27 Feb 15 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
3154 27 Feb 15 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
3154 27 Feb 15 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
3154 27 Feb 15 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
3154 27 Feb 15 nicklas 11 %>
3154 27 Feb 15 nicklas 12 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
3154 27 Feb 15 nicklas 13 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
3154 27 Feb 15 nicklas 14 <%
3976 26 May 16 nicklas 15 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
3154 27 Feb 15 nicklas 16 final String ID = sc.getId();
3154 27 Feb 15 nicklas 17 final float scale = Base.getScale(sc);
3154 27 Feb 15 nicklas 18 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
3154 27 Feb 15 nicklas 19 DbControl dc = null;
3154 27 Feb 15 nicklas 20 try
3154 27 Feb 15 nicklas 21 {
3154 27 Feb 15 nicklas 22   dc = sc.newDbControl();
3154 27 Feb 15 nicklas 23   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
3154 27 Feb 15 nicklas 24 %>
3154 27 Feb 15 nicklas 25 <base:page type="default" >
3154 27 Feb 15 nicklas 26 <base:head 
3154 27 Feb 15 nicklas 27   scripts="~../reggie-2.js,~rnaqc_baprotocol.js" 
3154 27 Feb 15 nicklas 28   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
3154 27 Feb 15 nicklas 29 >
3154 27 Feb 15 nicklas 30 <style>
3154 27 Feb 15 nicklas 31 tr.highlight
3154 27 Feb 15 nicklas 32 {
3154 27 Feb 15 nicklas 33   border-top-width: 1px;
3154 27 Feb 15 nicklas 34   border-top-style: dotted;
3154 27 Feb 15 nicklas 35 }
3154 27 Feb 15 nicklas 36
3154 27 Feb 15 nicklas 37 #rnaQcTable
3154 27 Feb 15 nicklas 38 {
3154 27 Feb 15 nicklas 39   width: 100%; 
3154 27 Feb 15 nicklas 40   border-collapse: collapse;
3154 27 Feb 15 nicklas 41 }
3154 27 Feb 15 nicklas 42
3154 27 Feb 15 nicklas 43 #rnaQcTable th
3154 27 Feb 15 nicklas 44 {
3154 27 Feb 15 nicklas 45   padding: 4px 2px 4px 2px;
3154 27 Feb 15 nicklas 46 }
3154 27 Feb 15 nicklas 47
3154 27 Feb 15 nicklas 48 #rnaQcTable td
3154 27 Feb 15 nicklas 49 {
3154 27 Feb 15 nicklas 50   padding-top: 3px;
3154 27 Feb 15 nicklas 51   padding-bottom: 3px;
3154 27 Feb 15 nicklas 52   text-align: center;
3154 27 Feb 15 nicklas 53 }
3154 27 Feb 15 nicklas 54
3154 27 Feb 15 nicklas 55 #rnaQcTable .comments
3154 27 Feb 15 nicklas 56 {
3154 27 Feb 15 nicklas 57   text-align: left;
3154 27 Feb 15 nicklas 58   width: 50%;
3154 27 Feb 15 nicklas 59 }
3154 27 Feb 15 nicklas 60
3154 27 Feb 15 nicklas 61 #rnaQcTable .comments input
3154 27 Feb 15 nicklas 62 {
3154 27 Feb 15 nicklas 63   width: 95%;
3154 27 Feb 15 nicklas 64 }
3154 27 Feb 15 nicklas 65
3154 27 Feb 15 nicklas 66
3154 27 Feb 15 nicklas 67 </style>
3154 27 Feb 15 nicklas 68 </base:head>
3154 27 Feb 15 nicklas 69 <base:body>
3154 27 Feb 15 nicklas 70
3154 27 Feb 15 nicklas 71   <p:path><p:pathelement 
3154 27 Feb 15 nicklas 72     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
3154 27 Feb 15 nicklas 73     /><p:pathelement title="RNA quality control - Lab protocol for BioAnalyzer plate" 
3154 27 Feb 15 nicklas 74     /></p:path>
3154 27 Feb 15 nicklas 75
3154 27 Feb 15 nicklas 76   <div class="content">
3154 27 Feb 15 nicklas 77
3154 27 Feb 15 nicklas 78   <form name="reggie" action="rnaqc_baprotocol2.jsp" method="post" target="_blank" id="wizard" class="wizard">
3154 27 Feb 15 nicklas 79   <input type="hidden" name="ID" value="<%=ID%>">
3742 12 Feb 16 nicklas 80   <input type="hidden" name="YellowLabel" id="YellowLabel" value="0">
3154 27 Feb 15 nicklas 81   
3154 27 Feb 15 nicklas 82   <!-- 1. Select bioplate -->
3154 27 Feb 15 nicklas 83   <div class="step" id="step-1">
3154 27 Feb 15 nicklas 84     <div class="step-no">1</div>
3154 27 Feb 15 nicklas 85     <div class="step-title">Select RNA QC plate</div>
3154 27 Feb 15 nicklas 86     <div class="step-content">
3154 27 Feb 15 nicklas 87     
3154 27 Feb 15 nicklas 88       <table class="step-form">
3154 27 Feb 15 nicklas 89       <tr class="align-top">
3154 27 Feb 15 nicklas 90         <td class="prompt">Active bioplates</td>
3154 27 Feb 15 nicklas 91         <td class="input">
3154 27 Feb 15 nicklas 92           <select name="bioPlates" id="bioPlates"></select>
3154 27 Feb 15 nicklas 93         </td>
3154 27 Feb 15 nicklas 94         <td class="status" id="bioplates.status"></td>
3154 27 Feb 15 nicklas 95         <td class="help">
3154 27 Feb 15 nicklas 96           <span id="bioplates.message" class="message"></span>
3154 27 Feb 15 nicklas 97           Select the bioplate to work with. The list contain RNAQC 
3154 27 Feb 15 nicklas 98           bioplates without quality score data (determined by 
3154 27 Feb 15 nicklas 99           absence of QCRunDate annotation).
3154 27 Feb 15 nicklas 100         </td>
3154 27 Feb 15 nicklas 101       </tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 102       </table>
3154 27 Feb 15 nicklas 103     </div>
3154 27 Feb 15 nicklas 104   </div>
3154 27 Feb 15 nicklas 105   
3154 27 Feb 15 nicklas 106   <div id="wizard-status"></div>
3154 27 Feb 15 nicklas 107   
3154 27 Feb 15 nicklas 108   <table class="navigation" id="navigation">
3154 27 Feb 15 nicklas 109   <tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 110     <td><base:button id="gocreate" title="Finish" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
3154 27 Feb 15 nicklas 111     <td id="gonext-message" class="message"></td>
3154 27 Feb 15 nicklas 112   </tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 113   </table>
3154 27 Feb 15 nicklas 114
3154 27 Feb 15 nicklas 115   </form>
3154 27 Feb 15 nicklas 116   </div>
3154 27 Feb 15 nicklas 117   
3154 27 Feb 15 nicklas 118 </base:body>
3154 27 Feb 15 nicklas 119 </base:page>
3154 27 Feb 15 nicklas 120 <%
3154 27 Feb 15 nicklas 121 }
3154 27 Feb 15 nicklas 122 finally
3154 27 Feb 15 nicklas 123 {
3154 27 Feb 15 nicklas 124   if (dc != null) dc.close();
3154 27 Feb 15 nicklas 125 }
3154 27 Feb 15 nicklas 126 %>

Generated on Tue Nov 21 03:32:05 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)