extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/sampleproc/rnaqc_baprotocol2.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3154 27 Feb 15 nicklas 1 <%@ page
3154 27 Feb 15 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
3154 27 Feb 15 nicklas 3   session="false"
3154 27 Feb 15 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
3154 27 Feb 15 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
3154 27 Feb 15 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
3154 27 Feb 15 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
3154 27 Feb 15 nicklas 8   import="net.sf.basedb.core.Extract"
3742 12 Feb 16 nicklas 9   import="net.sf.basedb.core.Sample"
3742 12 Feb 16 nicklas 10   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
3742 12 Feb 16 nicklas 11   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
3154 27 Feb 15 nicklas 12   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
3154 27 Feb 15 nicklas 13   import="net.sf.basedb.core.BioWell"
3154 27 Feb 15 nicklas 14   import="net.sf.basedb.core.Hardware"
3154 27 Feb 15 nicklas 15   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
3154 27 Feb 15 nicklas 16   import="net.sf.basedb.core.Include"
3154 27 Feb 15 nicklas 17   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
3154 27 Feb 15 nicklas 18   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
3154 27 Feb 15 nicklas 19   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
3154 27 Feb 15 nicklas 20   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
3154 27 Feb 15 nicklas 21   import="net.sf.basedb.util.Values"
3154 27 Feb 15 nicklas 22   import="net.sf.basedb.util.extensions.Extension"
3154 27 Feb 15 nicklas 23   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
3154 27 Feb 15 nicklas 24   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
3154 27 Feb 15 nicklas 25   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
3154 27 Feb 15 nicklas 26   import="java.util.List"
3154 27 Feb 15 nicklas 27   import="java.util.ArrayList"
3154 27 Feb 15 nicklas 28 %>
3154 27 Feb 15 nicklas 29 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
3154 27 Feb 15 nicklas 30 <%
3976 26 May 16 nicklas 31 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
3154 27 Feb 15 nicklas 32 final String ID = sc.getId();
3154 27 Feb 15 nicklas 33 final float scale = Base.getScale(sc);
3154 27 Feb 15 nicklas 34 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
3154 27 Feb 15 nicklas 35 DbControl dc = null;
3154 27 Feb 15 nicklas 36 try
3154 27 Feb 15 nicklas 37 {
3154 27 Feb 15 nicklas 38   dc = sc.newDbControl();
3154 27 Feb 15 nicklas 39   final Extension reggie = ExtensionsControl.get(dc).getExtension("net.sf.basedb.reggie");
3154 27 Feb 15 nicklas 40   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
3154 27 Feb 15 nicklas 41   int plateId = Values.getInt(request.getParameter("bioPlates"));
3742 12 Feb 16 nicklas 42   int yellowLabelId = Values.getInt(request.getParameter("YellowLabel"));
3742 12 Feb 16 nicklas 43   AnnotationType yellowLabelType = yellowLabelId > 0 ? AnnotationType.getById(dc, yellowLabelId) : null;
3154 27 Feb 15 nicklas 44   BioPlate baPlate = BioPlate.getById(dc, plateId);
3154 27 Feb 15 nicklas 45   ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
3154 27 Feb 15 nicklas 46   query.include(Include.ALL);
3154 27 Feb 15 nicklas 47   query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("bioWell.bioPlate"), Hql.entity(baPlate)));
3154 27 Feb 15 nicklas 48   query.order(Orders.asc(Hql.property("bioWell.column")));
3154 27 Feb 15 nicklas 49   List<Extract> rnaqc = query.list(dc);
3154 27 Feb 15 nicklas 50 %>
3154 27 Feb 15 nicklas 51 <base:page id="protocol" type="iframe" noskin="true"
3154 27 Feb 15 nicklas 52   favicon="<%=home+"/images/rnaqc.png"%>" 
3154 27 Feb 15 nicklas 53   title="<%="Lab protocol for BioAnalyzer RNAQC " + HTML.encodeTags(baPlate.getName())%>"
3154 27 Feb 15 nicklas 54   >
3154 27 Feb 15 nicklas 55 <base:head
3154 27 Feb 15 nicklas 56   scripts="~../reggie-2.js,~rnaqc_baprotocol.js" 
3154 27 Feb 15 nicklas 57   styles="~../css/reggie-2.css,~../css/printable.css"
3154 27 Feb 15 nicklas 58   >
3154 27 Feb 15 nicklas 59   <style>
3154 27 Feb 15 nicklas 60   
3154 27 Feb 15 nicklas 61   table.protocolheader
3154 27 Feb 15 nicklas 62   {
3154 27 Feb 15 nicklas 63     width: 100%;
3154 27 Feb 15 nicklas 64     border: 1px solid #000000;
3154 27 Feb 15 nicklas 65     border-collapse: collapse;
3154 27 Feb 15 nicklas 66     margin-bottom: 1em;
3154 27 Feb 15 nicklas 67   }
3154 27 Feb 15 nicklas 68
3154 27 Feb 15 nicklas 69   table.protocolheader tr
3154 27 Feb 15 nicklas 70   {
3154 27 Feb 15 nicklas 71     border-bottom: 1px solid #000000;
3154 27 Feb 15 nicklas 72   }
3154 27 Feb 15 nicklas 73   
3154 27 Feb 15 nicklas 74   table.protocolheader > tbody > tr > th
3154 27 Feb 15 nicklas 75   {
3154 27 Feb 15 nicklas 76     text-align: left;
3154 27 Feb 15 nicklas 77     font-size: 100%;
3154 27 Feb 15 nicklas 78     background-color: #F0F0F0;
3154 27 Feb 15 nicklas 79     padding: 4px;
3154 27 Feb 15 nicklas 80     border-right: 1px solid #000000;
3154 27 Feb 15 nicklas 81     width: 25%;
3154 27 Feb 15 nicklas 82   }
3154 27 Feb 15 nicklas 83   
3154 27 Feb 15 nicklas 84   table.protocolheader > tbody > tr > td
3154 27 Feb 15 nicklas 85   {
3154 27 Feb 15 nicklas 86     border-right: 1px solid #000000;
3154 27 Feb 15 nicklas 87     width: 75%;
3154 27 Feb 15 nicklas 88     padding: 4px;
3154 27 Feb 15 nicklas 89   }
3154 27 Feb 15 nicklas 90   
3154 27 Feb 15 nicklas 91   table.samplelist
3154 27 Feb 15 nicklas 92   {
3154 27 Feb 15 nicklas 93     width: 100%;
3154 27 Feb 15 nicklas 94     border-collapse: collapse;
3154 27 Feb 15 nicklas 95     border: 1px solid #000000;
3154 27 Feb 15 nicklas 96   }
3154 27 Feb 15 nicklas 97   
3154 27 Feb 15 nicklas 98   table.samplelist
3154 27 Feb 15 nicklas 99   {
3154 27 Feb 15 nicklas 100     width: 100%;
3154 27 Feb 15 nicklas 101     border-collapse: collapse;
3154 27 Feb 15 nicklas 102     border: 1px solid #000000;
3154 27 Feb 15 nicklas 103   }
3154 27 Feb 15 nicklas 104   
3154 27 Feb 15 nicklas 105   table.samplelist > tbody > tr
3154 27 Feb 15 nicklas 106   {
3154 27 Feb 15 nicklas 107     height: 1.25cm;
3154 27 Feb 15 nicklas 108   }
3154 27 Feb 15 nicklas 109   
3154 27 Feb 15 nicklas 110   table.samplelist > tbody > tr > th
3154 27 Feb 15 nicklas 111   {
3154 27 Feb 15 nicklas 112     border: 1px solid #000000;
3154 27 Feb 15 nicklas 113     font-size: 1em;
3154 27 Feb 15 nicklas 114     background-color: #F0F0F0;
3154 27 Feb 15 nicklas 115   }
3154 27 Feb 15 nicklas 116   
3154 27 Feb 15 nicklas 117   table.samplelist > tbody > tr > td
3154 27 Feb 15 nicklas 118   {
3154 27 Feb 15 nicklas 119     border: 1px solid #000000;
3154 27 Feb 15 nicklas 120     vertical-align: middle;
3154 27 Feb 15 nicklas 121     font-size: 1em;
3154 27 Feb 15 nicklas 122     padding: 0.5em;
3154 27 Feb 15 nicklas 123   }
3154 27 Feb 15 nicklas 124   
3154 27 Feb 15 nicklas 125   .name
3154 27 Feb 15 nicklas 126   {
3154 27 Feb 15 nicklas 127     font-weight: bold;
3154 27 Feb 15 nicklas 128     width: 15%;
3742 12 Feb 16 nicklas 129     white-space: nowrap;
3154 27 Feb 15 nicklas 130   }
3154 27 Feb 15 nicklas 131   .freezer
3154 27 Feb 15 nicklas 132   {
3154 27 Feb 15 nicklas 133     width: 30%;
3154 27 Feb 15 nicklas 134   }
3154 27 Feb 15 nicklas 135   .box
3154 27 Feb 15 nicklas 136   {
3154 27 Feb 15 nicklas 137     width: 15%;
3154 27 Feb 15 nicklas 138     text-align: center;
3154 27 Feb 15 nicklas 139   }
3154 27 Feb 15 nicklas 140   .bapos
3154 27 Feb 15 nicklas 141   {
3154 27 Feb 15 nicklas 142     width: 8%;
3154 27 Feb 15 nicklas 143     text-align: center;
3154 27 Feb 15 nicklas 144   }
3154 27 Feb 15 nicklas 145   .rin
3154 27 Feb 15 nicklas 146   {
3154 27 Feb 15 nicklas 147     width: 12%;
3154 27 Feb 15 nicklas 148     text-align: center;
3154 27 Feb 15 nicklas 149   }
3154 27 Feb 15 nicklas 150   .remark
3154 27 Feb 15 nicklas 151   {
3154 27 Feb 15 nicklas 152     width: 20%;
3154 27 Feb 15 nicklas 153   }
3154 27 Feb 15 nicklas 154   
3154 27 Feb 15 nicklas 155   </style>
3154 27 Feb 15 nicklas 156 </base:head>
3154 27 Feb 15 nicklas 157 <base:body>
3154 27 Feb 15 nicklas 158
3154 27 Feb 15 nicklas 159   <div class="paper">
3154 27 Feb 15 nicklas 160
3154 27 Feb 15 nicklas 161   <form name="reggie" id="wizard">
3154 27 Feb 15 nicklas 162
3154 27 Feb 15 nicklas 163   <div id="wizard-status"></div>
3154 27 Feb 15 nicklas 164
3154 27 Feb 15 nicklas 165   <div id="all-protocol" style="display: none;">
3154 27 Feb 15 nicklas 166
3154 27 Feb 15 nicklas 167   <div id="print-instructions" class="noprint fullwidth">
3154 27 Feb 15 nicklas 168     <base:button id="print-button" image="<%=home+"/images/print.png"%>" title="Print&hellip;" />
3154 27 Feb 15 nicklas 169     <br clear="all">
3154 27 Feb 15 nicklas 170   </div>
3154 27 Feb 15 nicklas 171
3154 27 Feb 15 nicklas 172   <h1>Lab protocol for BioAnalyzer RNAQC plate <span class="reggie">Reggie <%=reggie.getAbout().getVersion() %></span></h1>
3154 27 Feb 15 nicklas 173
3154 27 Feb 15 nicklas 174   <table class="protocolheader">
3154 27 Feb 15 nicklas 175   <tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 176     <th>BioAnalyzer plate</th>
3154 27 Feb 15 nicklas 177     <td><%=HTML.encodeTags(baPlate.getName())%></td>
3154 27 Feb 15 nicklas 178   </tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 179   <tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 180     <th>QC date</th>
3154 27 Feb 15 nicklas 181     <td></td>
3154 27 Feb 15 nicklas 182   </tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 183   <tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 184     <th>Operator</th>
3154 27 Feb 15 nicklas 185     <td></td>
3154 27 Feb 15 nicklas 186   </tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 187   <tr style="height: 4em; vertical-align: top;">
3154 27 Feb 15 nicklas 188     <th>Comments</th>
3154 27 Feb 15 nicklas 189     <td></td>
3154 27 Feb 15 nicklas 190   </tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 191   </tbody>
3154 27 Feb 15 nicklas 192   </table>
3154 27 Feb 15 nicklas 193
3154 27 Feb 15 nicklas 194   <table style="width: 100%;" class="samplelist">
3154 27 Feb 15 nicklas 195   <tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 196     <th class="name">RNA</th>
3154 27 Feb 15 nicklas 197     <th class="freezer">Freezer</th>
3154 27 Feb 15 nicklas 198     <th class="box">Box</th>
3154 27 Feb 15 nicklas 199     <th class="bapos">BA pos.</th>
3154 27 Feb 15 nicklas 200     <th class="rin">RIN</th>
3154 27 Feb 15 nicklas 201     <th class="remark">Remark</th>
3154 27 Feb 15 nicklas 202   </tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 203   <%
3154 27 Feb 15 nicklas 204   for (Extract qc : rnaqc)
3154 27 Feb 15 nicklas 205   {
3154 27 Feb 15 nicklas 206     BioWell baWell = qc.getBioWell();
3154 27 Feb 15 nicklas 207     Extract rna = (Extract)qc.getParent();
3742 12 Feb 16 nicklas 208     boolean isYellow = false;
3742 12 Feb 16 nicklas 209     if (yellowLabelType != null)
3742 12 Feb 16 nicklas 210     {
3742 12 Feb 16 nicklas 211       Extract lysate = (Extract)rna.getParent();
3742 12 Feb 16 nicklas 212       Sample specimen = lysate != null ? (Sample)lysate.getParent() : null;
3742 12 Feb 16 nicklas 213       if (specimen != null) 
3742 12 Feb 16 nicklas 214       {
3742 12 Feb 16 nicklas 215         isYellow = specimen.getAnnotationSet().hasAnnotation(yellowLabelType, Annotation.Source.PRIMARY);
3742 12 Feb 16 nicklas 216       }
3742 12 Feb 16 nicklas 217     }
3154 27 Feb 15 nicklas 218     BioWell well = rna.getBioWell();
3154 27 Feb 15 nicklas 219     BioPlate plate = well.getPlate();
3154 27 Feb 15 nicklas 220     Hardware freezer = plate.getFreezer();
3742 12 Feb 16 nicklas 221     String img = isYellow ? "<img src=\"../images/yellow-label.png\">" : "";
3154 27 Feb 15 nicklas 222     %>
3742 12 Feb 16 nicklas 223     <tr class="<%=isYellow ? "yellow-specimen" : "" %>">
3742 12 Feb 16 nicklas 224       <td class="name if-yellow"><%=img%><%=HTML.encodeTags(rna.getName()) %></td>
3154 27 Feb 15 nicklas 225       <td class="freezer">
3154 27 Feb 15 nicklas 226         <%=HTML.encodeTags(freezer.getName()) %><br>
3154 27 Feb 15 nicklas 227         Section <%=plate.getSection() %>, Tray <%=plate.getTray() %>, Position <%=plate.getPosition() %>
3154 27 Feb 15 nicklas 228       </td>
3154 27 Feb 15 nicklas 229       <td class="box"><%=HTML.encodeTags(plate.getName()) %> <%=well.getCoordinate() %></td>
3154 27 Feb 15 nicklas 230       <td class="bapos"><%=baWell.getColumn()+1%></td>
3154 27 Feb 15 nicklas 231       <td class="rin"></td>
3154 27 Feb 15 nicklas 232       <td class="remark"></td>
3154 27 Feb 15 nicklas 233     </tr>
3154 27 Feb 15 nicklas 234     <%
3154 27 Feb 15 nicklas 235   }
3154 27 Feb 15 nicklas 236   %>
3154 27 Feb 15 nicklas 237   </table>
3154 27 Feb 15 nicklas 238 </div>
3154 27 Feb 15 nicklas 239 </form>
3154 27 Feb 15 nicklas 240 </div>
3154 27 Feb 15 nicklas 241 </base:body>
3154 27 Feb 15 nicklas 242 </base:page>
3154 27 Feb 15 nicklas 243 <%
3154 27 Feb 15 nicklas 244 }
3154 27 Feb 15 nicklas 245 finally
3154 27 Feb 15 nicklas 246 {
3154 27 Feb 15 nicklas 247   if (dc != null) dc.close();
3154 27 Feb 15 nicklas 248 }
3154 27 Feb 15 nicklas 249 %>

Generated on Tue Nov 21 03:32:06 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)