extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/sampleproc/rnaqc_plate_export.jsp

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1545 01 Mar 12 nicklas 3   session="false"
1545 01 Mar 12 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
1545 01 Mar 12 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1545 01 Mar 12 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1545 01 Mar 12 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
1545 01 Mar 12 nicklas 8   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
1545 01 Mar 12 nicklas 9   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
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1545 01 Mar 12 nicklas 11 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1545 01 Mar 12 nicklas 12 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
1545 01 Mar 12 nicklas 13 <%
3976 26 May 16 nicklas 14 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
1545 01 Mar 12 nicklas 15 final String ID = sc.getId();
1545 01 Mar 12 nicklas 16 final float scale = Base.getScale(sc);
1545 01 Mar 12 nicklas 17 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
1545 01 Mar 12 nicklas 18 DbControl dc = null;
1545 01 Mar 12 nicklas 19 try
1545 01 Mar 12 nicklas 20 {
1545 01 Mar 12 nicklas 21   dc = sc.newDbControl();
1545 01 Mar 12 nicklas 22   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
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1545 01 Mar 12 nicklas 24 <base:page type="default" >
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2694 24 Sep 14 nicklas 26   scripts="~../reggie-2.js,~rnaqc_plate_export.js" 
2694 24 Sep 14 nicklas 27   styles="path.css,~../css/reggie-2.css"
2694 24 Sep 14 nicklas 28 />
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1545 01 Mar 12 nicklas 31   <p:path><p:pathelement 
1915 21 Mar 13 nicklas 32     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
1564 16 Mar 12 nicklas 33     /><p:pathelement title="RNA quality control - Export Caliper sample names and run parameters" 
1545 01 Mar 12 nicklas 34     /></p:path>
1545 01 Mar 12 nicklas 35
1545 01 Mar 12 nicklas 36   <div class="content">
1545 01 Mar 12 nicklas 37
2694 24 Sep 14 nicklas 38   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
1545 01 Mar 12 nicklas 39   
1545 01 Mar 12 nicklas 40   <!-- 1. Select bioplate -->
2694 24 Sep 14 nicklas 41   <div class="step auto-hide" id="step-1">
2694 24 Sep 14 nicklas 42     <div class="step-no">1</div>
2694 24 Sep 14 nicklas 43     <div class="step-title">Select RNA QC plate</div>
2694 24 Sep 14 nicklas 44     <div class="step-content">
2694 24 Sep 14 nicklas 45     
2694 24 Sep 14 nicklas 46       <table class="step-form">
2694 24 Sep 14 nicklas 47       <tr class="align-top">
1545 01 Mar 12 nicklas 48         <td class="prompt">Active bioplates</td>
1545 01 Mar 12 nicklas 49         <td class="input">
2694 24 Sep 14 nicklas 50           <select name="bioPlates" id="bioPlates"></select>
1545 01 Mar 12 nicklas 51         </td>
1545 01 Mar 12 nicklas 52         <td class="status" id="bioplates.status"></td>
2694 24 Sep 14 nicklas 53         <td class="help">
2694 24 Sep 14 nicklas 54           <span id="bioplates.message" class="message"></span>
1564 16 Mar 12 nicklas 55           Select the bioplate to export sample names or run parameters from. 
1548 06 Mar 12 nicklas 56           <p>
1550 06 Mar 12 nicklas 57           The list contain RNAQC bioplates without quality score data (determined by 
1564 16 Mar 12 nicklas 58           absence of QCRunDate annotation).
1548 06 Mar 12 nicklas 59           <p>
1548 06 Mar 12 nicklas 60           Tip! You can run the exporter for any bioplate as a regular plug-in by selecting 
1548 06 Mar 12 nicklas 61           a bioplate from the list at <a 
1548 06 Mar 12 nicklas 62           href="<%=request.getContextPath()%>/biomaterials/bioplates/index.jsp?ID=<%=ID%>"
1564 16 Mar 12 nicklas 63           >Biomaterial LIMS › Bioplates</a> and then use the <b>Export</b> button. 
1545 01 Mar 12 nicklas 64         </td>
1545 01 Mar 12 nicklas 65       </tr>
1564 16 Mar 12 nicklas 66       
2694 24 Sep 14 nicklas 67       <tr class="align-top">
1564 16 Mar 12 nicklas 68         <td class="prompt">Export</td>
1564 16 Mar 12 nicklas 69         <td class="input" id="export" style="white-space: nowrap;">
1564 16 Mar 12 nicklas 70           
1564 16 Mar 12 nicklas 71         </td>
1564 16 Mar 12 nicklas 72         <td class="status" id="export.status"></td>
2694 24 Sep 14 nicklas 73         <td class="help">
2694 24 Sep 14 nicklas 74           <span id="export.message" class="message"></span>
1564 16 Mar 12 nicklas 75           Select what to export. Typically, you'll need the sample name file and the standard and
1564 16 Mar 12 nicklas 76           high sensitivity run files.
1564 16 Mar 12 nicklas 77         </td>
1564 16 Mar 12 nicklas 78       </tr>
1545 01 Mar 12 nicklas 79       </table>
2694 24 Sep 14 nicklas 80     </div>
2694 24 Sep 14 nicklas 81   </div>
2694 24 Sep 14 nicklas 82   
2694 24 Sep 14 nicklas 83   <div id="wizard-status"></div>
2694 24 Sep 14 nicklas 84   
2694 24 Sep 14 nicklas 85   <table class="navigation" id="navigation">
2694 24 Sep 14 nicklas 86   <tr>
2694 24 Sep 14 nicklas 87     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
2694 24 Sep 14 nicklas 88     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
2694 24 Sep 14 nicklas 89     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
2694 24 Sep 14 nicklas 90     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
2694 24 Sep 14 nicklas 91     <td id="gonext-message" class="message"></td>
1545 01 Mar 12 nicklas 92   </tr>
1545 01 Mar 12 nicklas 93   </table>
1564 16 Mar 12 nicklas 94
1545 01 Mar 12 nicklas 95   </form>
1545 01 Mar 12 nicklas 96   </div>
1545 01 Mar 12 nicklas 97   
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1545 01 Mar 12 nicklas 101 }
1545 01 Mar 12 nicklas 102 finally
1545 01 Mar 12 nicklas 103 {
1545 01 Mar 12 nicklas 104   if (dc != null) dc.close();
1545 01 Mar 12 nicklas 105 }
1545 01 Mar 12 nicklas 106 %>

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