extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/resources/yellowlabel/list.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3779 10 Mar 16 nicklas 1 <%@ page
3779 10 Mar 16 nicklas 2   pageEncoding="UTF-8"
3779 10 Mar 16 nicklas 3   session="false"
3779 10 Mar 16 nicklas 4   import="net.sf.basedb.core.User"
3779 10 Mar 16 nicklas 5   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
3779 10 Mar 16 nicklas 6   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
3779 10 Mar 16 nicklas 7   import="net.sf.basedb.core.Application"
3779 10 Mar 16 nicklas 8   import="net.sf.basedb.util.formatter.DateFormatter"
3779 10 Mar 16 nicklas 9   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
3779 10 Mar 16 nicklas 10   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"  
3782 11 Mar 16 nicklas 11   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
3779 10 Mar 16 nicklas 12   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
3779 10 Mar 16 nicklas 13   import="java.util.Date"
3779 10 Mar 16 nicklas 14 %>
3779 10 Mar 16 nicklas 15 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
3779 10 Mar 16 nicklas 16 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
3779 10 Mar 16 nicklas 17 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
3779 10 Mar 16 nicklas 18 <%
3976 26 May 16 nicklas 19 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(request, "net.sf.basedb.reggie", true);
3779 10 Mar 16 nicklas 20 final String ID = sc.getId();
3779 10 Mar 16 nicklas 21 final float scale = Base.getScale(sc);
3779 10 Mar 16 nicklas 22 final String home = ExtensionsControl.getHomeUrl("net.sf.basedb.reggie");
3779 10 Mar 16 nicklas 23 DbControl dc = null;
3779 10 Mar 16 nicklas 24 try
3779 10 Mar 16 nicklas 25 {
3779 10 Mar 16 nicklas 26   dc = sc.newDbControl();
3779 10 Mar 16 nicklas 27   final User user = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
3779 10 Mar 16 nicklas 28 %>
3779 10 Mar 16 nicklas 29 <base:page type="default" title="YellowLabel tracking and reporting">
3779 10 Mar 16 nicklas 30 <base:head 
3790 17 Mar 16 nicklas 31   scripts="~../reggie-2.js,~list.js" 
3779 10 Mar 16 nicklas 32   styles="path.css,toolbar.css,~../css/reggie-2.css"
3779 10 Mar 16 nicklas 33   >
3779 10 Mar 16 nicklas 34 <style>
3779 10 Mar 16 nicklas 35 #specimenTable
3779 10 Mar 16 nicklas 36 {
3779 10 Mar 16 nicklas 37   width: 100%; 
3779 10 Mar 16 nicklas 38   border-collapse: collapse;
3779 10 Mar 16 nicklas 39 }
3779 10 Mar 16 nicklas 40
3779 10 Mar 16 nicklas 41 #specimenTable thead
3779 10 Mar 16 nicklas 42 {
3779 10 Mar 16 nicklas 43   border-bottom-width: 1px;
3779 10 Mar 16 nicklas 44 }
3779 10 Mar 16 nicklas 45
3779 10 Mar 16 nicklas 46 #specimenTable .highlight
3779 10 Mar 16 nicklas 47 {
3779 10 Mar 16 nicklas 48   border-top-width: 1px;
3779 10 Mar 16 nicklas 49   border-top-style: dotted;
3779 10 Mar 16 nicklas 50 }
3779 10 Mar 16 nicklas 51
3779 10 Mar 16 nicklas 52 #specimenTable td
3779 10 Mar 16 nicklas 53 {
3779 10 Mar 16 nicklas 54   text-align: center;
3779 10 Mar 16 nicklas 55 }
3779 10 Mar 16 nicklas 56
3779 10 Mar 16 nicklas 57 #specimenTable tbody td
3779 10 Mar 16 nicklas 58 {
3811 23 Mar 16 nicklas 59   padding-top: 3px;
3811 23 Mar 16 nicklas 60   padding-bottom: 3px;
3779 10 Mar 16 nicklas 61 }
3779 10 Mar 16 nicklas 62
3779 10 Mar 16 nicklas 63 #specimenTable tr td:first-child, #specimenTable tr th:first-child
3779 10 Mar 16 nicklas 64 {
3822 04 Apr 16 nicklas 65   width: 6em;
3779 10 Mar 16 nicklas 66   text-align: right;
3812 23 Mar 16 nicklas 67   padding-right: 3px;
3779 10 Mar 16 nicklas 68   white-space: nowrap;
3779 10 Mar 16 nicklas 69   font-weight: bold;
3779 10 Mar 16 nicklas 70 }
3779 10 Mar 16 nicklas 71
3779 10 Mar 16 nicklas 72 #specimenTable input[type="text"], #specimenTable select
3779 10 Mar 16 nicklas 73 {
3779 10 Mar 16 nicklas 74   width: calc(100% - 10px);
3779 10 Mar 16 nicklas 75 }
3779 10 Mar 16 nicklas 76
3828 05 Apr 16 nicklas 77 .in-progress
3828 05 Apr 16 nicklas 78 {
3828 05 Apr 16 nicklas 79   color: #808080;
3828 05 Apr 16 nicklas 80   font-style: italic;
3828 05 Apr 16 nicklas 81 }
3828 05 Apr 16 nicklas 82
3828 05 Apr 16 nicklas 83 .missing
3828 05 Apr 16 nicklas 84 {
3828 05 Apr 16 nicklas 85   color: #E80000;
3828 05 Apr 16 nicklas 86   font-weight: bold;
3828 05 Apr 16 nicklas 87 }
3828 05 Apr 16 nicklas 88
3784 16 Mar 16 nicklas 89 .completed
3784 16 Mar 16 nicklas 90 {
3784 16 Mar 16 nicklas 91   color: #666666;
3784 16 Mar 16 nicklas 92   font-style: italic;
3800 18 Mar 16 nicklas 93   background-color: #F0F0F0;
3784 16 Mar 16 nicklas 94 }
3800 18 Mar 16 nicklas 95
3800 18 Mar 16 nicklas 96 .pilotreport
3800 18 Mar 16 nicklas 97 {
3826 05 Apr 16 nicklas 98   /* Makes the text appear bold without changing the width => better alignement between rows */
4359 15 Feb 17 nicklas 99   text-shadow: -1px 0px 0px; 
3800 18 Mar 16 nicklas 100   background-color: #F8F0FF;
3800 18 Mar 16 nicklas 101 }
3811 23 Mar 16 nicklas 102
4993 02 Oct 18 nicklas 103 .pilotreport .missing, #specimenTable tr.pilotreport td:first-child
4359 15 Feb 17 nicklas 104 {
4359 15 Feb 17 nicklas 105   /* The missing font is already bold, we don't need any text shadow */
4359 15 Feb 17 nicklas 106   text-shadow: none;
4359 15 Feb 17 nicklas 107 }
4359 15 Feb 17 nicklas 108
3822 04 Apr 16 nicklas 109 .iconcol-1
3811 23 Mar 16 nicklas 110 {
3822 04 Apr 16 nicklas 111   width: 20px;
3822 04 Apr 16 nicklas 112 }
3822 04 Apr 16 nicklas 113
3822 04 Apr 16 nicklas 114 .iconcol-2
3822 04 Apr 16 nicklas 115 {
3822 04 Apr 16 nicklas 116   width: 40px;
3822 04 Apr 16 nicklas 117 }
3822 04 Apr 16 nicklas 118
3822 04 Apr 16 nicklas 119 .iconcol-1 img, .iconcol-2 img
3822 04 Apr 16 nicklas 120 {
3811 23 Mar 16 nicklas 121   float: right;
3811 23 Mar 16 nicklas 122   padding-right: 3px;
3811 23 Mar 16 nicklas 123 }
3811 23 Mar 16 nicklas 124
4993 02 Oct 18 nicklas 125 .donotuse
4993 02 Oct 18 nicklas 126 {
4993 02 Oct 18 nicklas 127   color: #E80000;
4993 02 Oct 18 nicklas 128 }
4993 02 Oct 18 nicklas 129
3779 10 Mar 16 nicklas 130 </style>
3779 10 Mar 16 nicklas 131 </base:head>
3779 10 Mar 16 nicklas 132 <base:body>
3779 10 Mar 16 nicklas 133
3779 10 Mar 16 nicklas 134   <p:path><p:pathelement 
3779 10 Mar 16 nicklas 135     title="Reggie" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
3779 10 Mar 16 nicklas 136     /><p:pathelement title="YellowLabel tracking and reporting" 
3779 10 Mar 16 nicklas 137     /></p:path>
3779 10 Mar 16 nicklas 138
3779 10 Mar 16 nicklas 139   <div class="content">
3779 10 Mar 16 nicklas 140
3782 11 Mar 16 nicklas 141   <div id="page-data" class="datacontainer"
3782 11 Mar 16 nicklas 142     data-home-reggie="<%=HTML.encodeTags(home) %>"
3782 11 Mar 16 nicklas 143   ></div>
3782 11 Mar 16 nicklas 144
3779 10 Mar 16 nicklas 145   <form name="reggie" id="wizard" class="wizard">
3779 10 Mar 16 nicklas 146   
3779 10 Mar 16 nicklas 147   <div class="step auto-hide" id="step-1">
3779 10 Mar 16 nicklas 148     <div class="step-no">1</div>
3785 16 Mar 16 nicklas 149     <div class="step-title">YellowLabel specimen (found <span id="num-active">?</span> active and <span id="num-completed">?</span> completed)</div>
3779 10 Mar 16 nicklas 150     <div class="step-content">
3779 10 Mar 16 nicklas 151   
3787 17 Mar 16 nicklas 152       <tbl:toolbar id="yellow-toolbar" subclass="bg-filled-50 bottomborder" style="display: none;">
3787 17 Mar 16 nicklas 153         <tbl:button
3787 17 Mar 16 nicklas 154           id="btnMarkAsCompleted"
3787 17 Mar 16 nicklas 155           image="<%=home + "/images/validate.png"%>"
3787 17 Mar 16 nicklas 156           title="Mark completed&hellip;"
3779 10 Mar 16 nicklas 157         />
3789 17 Mar 16 nicklas 158         <tbl:button 
3825 05 Apr 16 nicklas 159           id="btnCreatePilotReportPdf"
3825 05 Apr 16 nicklas 160           image="<%=home+"/images/pdffile.png"%>"
3825 05 Apr 16 nicklas 161           title="Re-create report PDFs&hellip;"
3825 05 Apr 16 nicklas 162         />
3825 05 Apr 16 nicklas 163         <tbl:button 
3789 17 Mar 16 nicklas 164           id="btnCreatePilotReportZip"
3789 17 Mar 16 nicklas 165           image="file_compressed.png"
3825 05 Apr 16 nicklas 166           title="Create report ZIP archive&hellip;"
3789 17 Mar 16 nicklas 167         />
4028 26 Jul 16 nicklas 168         <tbl:button 
4028 26 Jul 16 nicklas 169           id="btnPublishForDelivery"
4028 26 Jul 16 nicklas 170           image="<%=home+"/images/pdffile.png"%>"
4028 26 Jul 16 nicklas 171           title="Publish for delivery&hellip;"
4028 26 Jul 16 nicklas 172         />
3779 10 Mar 16 nicklas 173       </tbl:toolbar>
3779 10 Mar 16 nicklas 174
3779 10 Mar 16 nicklas 175       <table id="specimenTable">
3779 10 Mar 16 nicklas 176       <thead class="bg-filled-100">
3779 10 Mar 16 nicklas 177         <tr>
3784 16 Mar 16 nicklas 178           <th class="index"></th>
3826 05 Apr 16 nicklas 179           <th class="dottedleft" colspan="6">Specimen</th>
3827 05 Apr 16 nicklas 180           <th class="dottedleft" colspan="3">RNA</th>
3822 04 Apr 16 nicklas 181           <th class="dottedleft" colspan="2">Library</th>
3822 04 Apr 16 nicklas 182           <th class="dottedleft" colspan="2">Raw bioassay</th>
3822 04 Apr 16 nicklas 183           <th class="dottedleft" colspan="2">Reports</th>
4188 28 Oct 16 nicklas 184           <th class="dottedleft" colspan="1">Completed</th>
4188 28 Oct 16 nicklas 185           <th class="dottedleft" colspan="1">Downloaded</th>
3779 10 Mar 16 nicklas 186         </tr>
3779 10 Mar 16 nicklas 187     
3779 10 Mar 16 nicklas 188         <tr>
3779 10 Mar 16 nicklas 189           <th></th>
3826 05 Apr 16 nicklas 190           <th class="dottedleft" colspan="2" style="width: 10em;">Name</th>
3779 10 Mar 16 nicklas 191           <th>Site</th>
3779 10 Mar 16 nicklas 192           <th>Sampling date</th>
3779 10 Mar 16 nicklas 193           <th>Arrival date</th>
3826 05 Apr 16 nicklas 194           <th>Consent date</th>
3822 04 Apr 16 nicklas 195           <th class="dottedleft" colspan="2">Extraction date</th>
3827 05 Apr 16 nicklas 196           <th>RQS/RIN</th>
3822 04 Apr 16 nicklas 197           <th class="dottedleft" colspan="2">Created date</th>
3822 04 Apr 16 nicklas 198           <th class="dottedleft" colspan="2">Created date</th>
3822 04 Apr 16 nicklas 199           <th class="dottedleft" colspan="2">Pilot report</th>
3812 23 Mar 16 nicklas 200           <th class="dottedleft">Date</th>
4188 28 Oct 16 nicklas 201           <th class="dottedleft">Date (Count)</th>
3779 10 Mar 16 nicklas 202         </tr>
3779 10 Mar 16 nicklas 203         
3779 10 Mar 16 nicklas 204         <tr>
3784 16 Mar 16 nicklas 205           <th><base:icon image="check_uncheck.png" id="check_uncheck" /></th>
4183 27 Oct 16 nicklas 206           <th class="dottedleft" colspan="2"><input type="text" name="nameFilter" id="nameFilter"></th>
3787 17 Mar 16 nicklas 207           <th>
3787 17 Mar 16 nicklas 208             <select name="siteFilter" id="siteFilter">
3787 17 Mar 16 nicklas 209               <option value="">&nbsp;
3787 17 Mar 16 nicklas 210             </select>
3787 17 Mar 16 nicklas 211           </th>
3779 10 Mar 16 nicklas 212           <th><input type="text" name="samplingDateFilter" id="samplingDateFilter"></th>
3779 10 Mar 16 nicklas 213           <th><input type="text" name="arrivalDateFilter" id="arrivalDateFilter"></th>
3826 05 Apr 16 nicklas 214           <th><input type="text" name="consentDateFilter" id="consentDateFilter"></th>
3822 04 Apr 16 nicklas 215           <th class="dottedleft" colspan="2"><input type="text" name="extractionDateFilter" id="extractionDateFilter"></th>
3827 05 Apr 16 nicklas 216           <th><input type="text" name="rnaqcFilter" id="rnaqcFilter"></th>
3822 04 Apr 16 nicklas 217           <th class="dottedleft" colspan="2"><input type="text" name="libraryDateFilter" id="libraryDateFilter"></th>
3822 04 Apr 16 nicklas 218           <th class="dottedleft" colspan="2"><input type="text" name="rawBioAssayDateFilter" id="rawBioAssayDateFilter"></th>
3822 04 Apr 16 nicklas 219           <th class="dottedleft" colspan="2"><input type="text" name="pilotReportDateFilter" id="pilotReportDateFilter"></th>
3812 23 Mar 16 nicklas 220           <th class="dottedleft"><input type="text" name="completedDateFilter" id="completedDateFilter"></th>
4188 28 Oct 16 nicklas 221           <th class="dottedleft"><input type="text" name="downloadedDateFilter" id="downloadedDateFilter"></th>
3779 10 Mar 16 nicklas 222         </tr>
3779 10 Mar 16 nicklas 223       </thead>
3779 10 Mar 16 nicklas 224       <tbody id="specimen-list">
3779 10 Mar 16 nicklas 225       </tbody>
3787 17 Mar 16 nicklas 226       <tbody id="no-matching-specimen" style="display: none;">
3787 17 Mar 16 nicklas 227         <tr>
3787 17 Mar 16 nicklas 228           <th></th>
3787 17 Mar 16 nicklas 229           <td class="dottedleft" colspan="8" style="text-align: left; font-weight: bold; padding: 1em;">
3787 17 Mar 16 nicklas 230             No specimen matches the filter
3787 17 Mar 16 nicklas 231           </td>
3787 17 Mar 16 nicklas 232         </tr>
3787 17 Mar 16 nicklas 233       </tbody>
3779 10 Mar 16 nicklas 234       </table>
3779 10 Mar 16 nicklas 235     </div>
3779 10 Mar 16 nicklas 236   </div>
3779 10 Mar 16 nicklas 237   
3779 10 Mar 16 nicklas 238   <div id="wizard-status"></div>
3779 10 Mar 16 nicklas 239
3779 10 Mar 16 nicklas 240   <table class="navigation" id="navigation">
3779 10 Mar 16 nicklas 241   <tr>
3779 10 Mar 16 nicklas 242     <td><base:button id="gocancel" title="Cancel" /></td>
3779 10 Mar 16 nicklas 243     <td><base:button id="gonext" title="Next" image="<%=home+"/images/gonext.png"%>" /></td>
3779 10 Mar 16 nicklas 244     <td><base:button id="goregister" title="Register" image="<%=home+"/images/import.png"%>"  /></td>
3779 10 Mar 16 nicklas 245     <td><base:button id="gorestart" title="Restart" image="<%=home+"/images/goback.png"%>" /></td>
3779 10 Mar 16 nicklas 246     <td id="gonext-message" class="message"></td>
3779 10 Mar 16 nicklas 247   </tr>
3779 10 Mar 16 nicklas 248   </table>
3779 10 Mar 16 nicklas 249   
3779 10 Mar 16 nicklas 250   </form>
3779 10 Mar 16 nicklas 251   </div>
3779 10 Mar 16 nicklas 252   
3779 10 Mar 16 nicklas 253 </base:body>
3779 10 Mar 16 nicklas 254 </base:page>
3779 10 Mar 16 nicklas 255 <%
3779 10 Mar 16 nicklas 256 }
3779 10 Mar 16 nicklas 257 finally
3779 10 Mar 16 nicklas 258 {
3779 10 Mar 16 nicklas 259   if (dc != null) dc.close();
3779 10 Mar 16 nicklas 260 }
3779 10 Mar 16 nicklas 261 %>

Generated on Tue Nov 21 03:32:20 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)