extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/autoconfirm/BwaMem2AutoConfirmer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7119 19 Apr 23 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.autoconfirm;
7119 19 Apr 23 nicklas 2
7119 19 Apr 23 nicklas 3
7119 19 Apr 23 nicklas 4 import org.slf4j.LoggerFactory;
7119 19 Apr 23 nicklas 5
7119 19 Apr 23 nicklas 6 import net.sf.basedb.core.DbControl;
7119 19 Apr 23 nicklas 7 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
7119 19 Apr 23 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.Job;
7119 19 Apr 23 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.SessionControl;
7119 19 Apr 23 nicklas 10 import net.sf.basedb.reggie.activity.ActivityDef;
7119 19 Apr 23 nicklas 11 import net.sf.basedb.reggie.dao.AlignedSequences;
7119 19 Apr 23 nicklas 12 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
7294 23 Aug 23 nicklas 13 import net.sf.basedb.reggie.dao.BiomaterialList;
7294 23 Aug 23 nicklas 14 import net.sf.basedb.reggie.dao.Pipeline;
7119 19 Apr 23 nicklas 15 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLog;
7119 19 Apr 23 nicklas 16 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLogger;
7119 19 Apr 23 nicklas 17
7119 19 Apr 23 nicklas 18 /**
7119 19 Apr 23 nicklas 19   Auto-confirm implementation for sequences aligned with BwaMem2.
7119 19 Apr 23 nicklas 20   The rules are:
7119 19 Apr 23 nicklas 21
7119 19 Apr 23 nicklas 22   * {@link DerivedBioAssay#getJob()} job status must be {@link net.sf.basedb.core.Job.Status#DONE}.
7119 19 Apr 23 nicklas 23   * Number of aligned pairs must be over 400 millions.
7119 19 Apr 23 nicklas 24   * HET percentage must be below 65%
7119 19 Apr 23 nicklas 25   * Duplication percentage must be below 30%
7132 24 Apr 23 nicklas 26   * Mean coverage must be over 25
7119 19 Apr 23 nicklas 27   
7119 19 Apr 23 nicklas 28   @author nicklas
7119 19 Apr 23 nicklas 29   @since 4.46
7119 19 Apr 23 nicklas 30 */
7119 19 Apr 23 nicklas 31 public class BwaMem2AutoConfirmer 
7119 19 Apr 23 nicklas 32   extends AutoConfirmer<DerivedBioAssay>
7119 19 Apr 23 nicklas 33 {
7119 19 Apr 23 nicklas 34   
7119 19 Apr 23 nicklas 35   private static final ExtensionsLogger logger = 
7119 19 Apr 23 nicklas 36     ExtensionsLog.getLogger(AutoConfirmService.ID, true).wrap(LoggerFactory.getLogger(BwaMem2AutoConfirmer.class));
7119 19 Apr 23 nicklas 37
7119 19 Apr 23 nicklas 38
7119 19 Apr 23 nicklas 39   /**
7119 19 Apr 23 nicklas 40     At least 400 million aligned pairs is required for
7119 19 Apr 23 nicklas 41     alignment to be auto-confirmed.
7119 19 Apr 23 nicklas 42   */
7119 19 Apr 23 nicklas 43   public static final long MIN_ALIGNED_PAIRS = 400*M;
7119 19 Apr 23 nicklas 44   
7119 19 Apr 23 nicklas 45   /**
7119 19 Apr 23 nicklas 46     At most 30 percent duplication rate.
7119 19 Apr 23 nicklas 47   */
7119 19 Apr 23 nicklas 48   public static final float MAX_FRACTION_DUPLICATION = 0.3f;
7119 19 Apr 23 nicklas 49   
7119 19 Apr 23 nicklas 50   /**
7119 19 Apr 23 nicklas 51     At least 20 in mean coverage.
7119 19 Apr 23 nicklas 52   */
7132 24 Apr 23 nicklas 53   public static final float MIN_MEAN_COVERAGE = 25f;
7119 19 Apr 23 nicklas 54   
7119 19 Apr 23 nicklas 55   /**
7119 19 Apr 23 nicklas 56     A higher HET percentage may indicate contamination.
7119 19 Apr 23 nicklas 57   */
7119 19 Apr 23 nicklas 58   public static final float MAX_HET_PERCENTAGE = 65f;
7119 19 Apr 23 nicklas 59   
7119 19 Apr 23 nicklas 60   
7119 19 Apr 23 nicklas 61   public BwaMem2AutoConfirmer(DerivedBioAssay aligned)
7119 19 Apr 23 nicklas 62   {
7119 19 Apr 23 nicklas 63     super(aligned, aligned.getJob());
7119 19 Apr 23 nicklas 64   }
7119 19 Apr 23 nicklas 65
7119 19 Apr 23 nicklas 66   /**
7119 19 Apr 23 nicklas 67     Passes if the job ended successfully and HET percentage is below the
7119 19 Apr 23 nicklas 68     limit.
7119 19 Apr 23 nicklas 69   */
7119 19 Apr 23 nicklas 70   @Override
7119 19 Apr 23 nicklas 71   public boolean checkRules(DbControl dc, AutoConfirmManager manager) 
7119 19 Apr 23 nicklas 72   {
7119 19 Apr 23 nicklas 73     DerivedBioAssay aligned = item(dc);
7119 19 Apr 23 nicklas 74     Job job = aligned.getJob();
7119 19 Apr 23 nicklas 75     
7119 19 Apr 23 nicklas 76     if (job.getStatus() != Job.Status.DONE) return false;
7119 19 Apr 23 nicklas 77     boolean debug = Boolean.TRUE.equals(job.getParameterValue("debug"));
7119 19 Apr 23 nicklas 78     if (debug) return true; // All numbers will be messed up so we continue in all cases
7119 19 Apr 23 nicklas 79     
7119 19 Apr 23 nicklas 80     Long alignedPairs = (Long)Annotationtype.ALIGNED_PAIRS.getAnnotationValue(dc, aligned);
7119 19 Apr 23 nicklas 81     Float hetPercentage = (Float)Annotationtype.QC_GENOTYPE_HET_PCT.getAnnotationValue(dc, aligned);
7119 19 Apr 23 nicklas 82     Float duplicates = (Float)Annotationtype.FRACTION_DUPLICATION.getAnnotationValue(dc, aligned);
7119 19 Apr 23 nicklas 83     Float meanCoverage = (Float)Annotationtype.MEAN_COVERAGE.getAnnotationValue(dc, aligned);
7119 19 Apr 23 nicklas 84     
7119 19 Apr 23 nicklas 85     if (alignedPairs == null || alignedPairs < MIN_ALIGNED_PAIRS) return false;
7119 19 Apr 23 nicklas 86     if (hetPercentage == null || hetPercentage > MAX_HET_PERCENTAGE) return false;
7119 19 Apr 23 nicklas 87     if (duplicates == null || duplicates > MAX_FRACTION_DUPLICATION) return false;
7119 19 Apr 23 nicklas 88     if (meanCoverage == null || meanCoverage < MIN_MEAN_COVERAGE) return false;
7119 19 Apr 23 nicklas 89     
7119 19 Apr 23 nicklas 90     return true;
7119 19 Apr 23 nicklas 91   }
7119 19 Apr 23 nicklas 92
7119 19 Apr 23 nicklas 93   /**
7119 19 Apr 23 nicklas 94     If we get here, the result should be accepted
7119 19 Apr 23 nicklas 95   */
7119 19 Apr 23 nicklas 96   @Override
7119 19 Apr 23 nicklas 97   public boolean autoConfirm(DbControl dc, AutoConfirmManager manager) 
7119 19 Apr 23 nicklas 98   {
7119 19 Apr 23 nicklas 99     DerivedBioAssay aligned = item(dc);
7119 19 Apr 23 nicklas 100     Annotationtype.ANALYSIS_RESULT.setAnnotationValue(dc, aligned, AlignedSequences.ALIGN_SUCCESSFUL);
7119 19 Apr 23 nicklas 101     ActivityDef.BWA_MEM2_AUTOCONFIRMED.merge(dc, 1).setUser("Auto-confirm");
7294 23 Aug 23 nicklas 102     // Pipelines for further processing
7294 23 Aug 23 nicklas 103     // If it is a tumor item add it to the ASCAT pipeline 
7294 23 Aug 23 nicklas 104     // but note that ASCAT also requires a paired normal so we can't auto-start it
7294 23 Aug 23 nicklas 105     Pipeline pipeline = Pipeline.getByName((String)Annotationtype.PIPELINE.getAnnotationValue(dc, aligned));
7294 23 Aug 23 nicklas 106     if (pipeline == Pipeline.DNA_TUMOR_WGS)
7294 23 Aug 23 nicklas 107     {
7294 23 Aug 23 nicklas 108       BiomaterialList.ASCAT_PIPELINE.load(dc).add(aligned);
7398 07 Nov 23 nicklas 109       BiomaterialList.WGS_VARIANT_CALLING_PIPELINE.load(dc).add(aligned);
7294 23 Aug 23 nicklas 110     }
7119 19 Apr 23 nicklas 111     return true;
7119 19 Apr 23 nicklas 112   }
7119 19 Apr 23 nicklas 113
7119 19 Apr 23 nicklas 114   /**
7119 19 Apr 23 nicklas 115     There is nothing to do (yet).
7119 19 Apr 23 nicklas 116   */
7119 19 Apr 23 nicklas 117   @Override
7119 19 Apr 23 nicklas 118   public boolean startNextStep(SessionControl sc, AutoConfirmManager manager) 
7119 19 Apr 23 nicklas 119   {
7119 19 Apr 23 nicklas 120     return false;
7119 19 Apr 23 nicklas 121   }
7119 19 Apr 23 nicklas 122 }

Generated on Tue Nov 21 03:32:37 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)