extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/autoconfirm/CufflinksAutoConfirmer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3034 12 Dec 14 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.autoconfirm;
3034 12 Dec 14 nicklas 2
3055 19 Dec 14 nicklas 3 import java.util.Collections;
3618 23 Nov 15 nicklas 4 import java.util.HashMap;
3618 23 Nov 15 nicklas 5 import java.util.Map;
3055 19 Dec 14 nicklas 6
3034 12 Dec 14 nicklas 7 import net.sf.basedb.core.DbControl;
4547 29 Jun 17 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
6023 26 Oct 20 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.ItemList;
3034 12 Dec 14 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.Job;
3034 12 Dec 14 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
3055 19 Dec 14 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.SessionControl;
3618 23 Nov 15 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.Software;
5384 26 Apr 19 nicklas 14 import net.sf.basedb.reggie.activity.ActivityDef;
3049 17 Dec 14 nicklas 15 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
6023 26 Oct 20 nicklas 16 import net.sf.basedb.reggie.dao.BiomaterialList;
4541 26 Jun 17 nicklas 17 import net.sf.basedb.reggie.dao.Datafiletype;
5544 06 Aug 19 nicklas 18 import net.sf.basedb.reggie.dao.Pipeline;
3049 17 Dec 14 nicklas 19 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rawbioassay;
4547 29 Jun 17 nicklas 20 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rna;
3618 23 Nov 15 nicklas 21 import net.sf.basedb.reggie.dao.Subtype;
3055 19 Dec 14 nicklas 22 import net.sf.basedb.reggie.plugins.GeneReportPlugin;
3034 12 Dec 14 nicklas 23
3034 12 Dec 14 nicklas 24 /**
3051 17 Dec 14 nicklas 25   Auto-confirm implementation for raw bioassays after cufflinks has been run.
3034 12 Dec 14 nicklas 26   The rules are simple:
3034 12 Dec 14 nicklas 27   
3571 30 Oct 15 nicklas 28    * {@link RawBioAssay#getJob()} job status must be {@link net.sf.basedb.core.Job.Status#DONE}.
4541 26 Jun 17 nicklas 29    * A {@link Datafiletype#FPKM} file must be attached to the {@link RawBioAssay}.
3034 12 Dec 14 nicklas 30   
4541 26 Jun 17 nicklas 31   Auto-confirmation will then continue with generating a Gene/Pilot report
4541 26 Jun 17 nicklas 32   for all cases.
3049 17 Dec 14 nicklas 33   
3034 12 Dec 14 nicklas 34   @author nicklas
3045 16 Dec 14 nicklas 35   @since 3.0
3034 12 Dec 14 nicklas 36 */
3051 17 Dec 14 nicklas 37 public class CufflinksAutoConfirmer 
3034 12 Dec 14 nicklas 38   extends AutoConfirmer<RawBioAssay> 
3034 12 Dec 14 nicklas 39 {
3034 12 Dec 14 nicklas 40   
4547 29 Jun 17 nicklas 41   /**
4547 29 Jun 17 nicklas 42     At least 5 million aligned pairs is required for
4547 29 Jun 17 nicklas 43     alignment to pass without flagging.
4547 29 Jun 17 nicklas 44   */
4547 29 Jun 17 nicklas 45   public static final long MIN_ALIGNED_PAIRS_FLAG = 5*M;
4547 29 Jun 17 nicklas 46   
4547 29 Jun 17 nicklas 47   /**
4547 29 Jun 17 nicklas 48     At least 1 million aligned pairs is required for
4547 29 Jun 17 nicklas 49     alignment to pass but with flagging RNA.
4547 29 Jun 17 nicklas 50   */
4547 29 Jun 17 nicklas 51   public static final long MIN_ALIGNED_PAIRS_STOP = 1*M;
4547 29 Jun 17 nicklas 52   
4547 29 Jun 17 nicklas 53   public static final long MIN_ALIGNED_PAIRS_FLAG_DEBUG = 200*k;
4547 29 Jun 17 nicklas 54   public static final long MIN_ALIGNED_PAIRS_STOP_DEBUG = 150*k;
4547 29 Jun 17 nicklas 55
3051 17 Dec 14 nicklas 56   public CufflinksAutoConfirmer(RawBioAssay raw)
3034 12 Dec 14 nicklas 57   {
3055 19 Dec 14 nicklas 58     super(raw, raw.getJob());
3034 12 Dec 14 nicklas 59   }
3034 12 Dec 14 nicklas 60
3055 19 Dec 14 nicklas 61   /**
4541 26 Jun 17 nicklas 62     Passes if the job ended successfully.
3055 19 Dec 14 nicklas 63   */
3034 12 Dec 14 nicklas 64   @Override
3049 17 Dec 14 nicklas 65   public boolean checkRules(DbControl dc, AutoConfirmManager manager) 
3034 12 Dec 14 nicklas 66   {
3034 12 Dec 14 nicklas 67     RawBioAssay raw = item(dc);
3034 12 Dec 14 nicklas 68     Job job = raw.getJob();
4541 26 Jun 17 nicklas 69     return job.getStatus() == Job.Status.DONE;
3034 12 Dec 14 nicklas 70   }
3034 12 Dec 14 nicklas 71
3055 19 Dec 14 nicklas 72   /**
4547 29 Jun 17 nicklas 73     Flag RNA if aligned pairs is less than 5 million.
4547 29 Jun 17 nicklas 74     Continue with Gene report if aligned pairs is more than 1 million
4547 29 Jun 17 nicklas 75     and a FPKM file is found.
3055 19 Dec 14 nicklas 76   */
3049 17 Dec 14 nicklas 77   @Override
3049 17 Dec 14 nicklas 78   public boolean autoConfirm(DbControl dc, AutoConfirmManager manager) 
3049 17 Dec 14 nicklas 79   {
3049 17 Dec 14 nicklas 80     RawBioAssay raw = item(dc);
4541 26 Jun 17 nicklas 81     Rawbioassay rba = Rawbioassay.get(raw);
4547 29 Jun 17 nicklas 82     Job job = raw.getJob();
4547 29 Jun 17 nicklas 83     DerivedBioAssay aligned = raw.getParentBioAssay();
4547 29 Jun 17 nicklas 84     boolean debug = Boolean.TRUE.equals(job.getParameterValue("debug"));
4541 26 Jun 17 nicklas 85     
4547 29 Jun 17 nicklas 86     long minAlignedPairsFlag = debug ? MIN_ALIGNED_PAIRS_FLAG_DEBUG : MIN_ALIGNED_PAIRS_FLAG;
4547 29 Jun 17 nicklas 87     long minAlignedPairsStop = debug ? MIN_ALIGNED_PAIRS_STOP_DEBUG : MIN_ALIGNED_PAIRS_STOP;
4547 29 Jun 17 nicklas 88
4547 29 Jun 17 nicklas 89     Long alignedPairs = (Long)Annotationtype.ALIGNED_PAIRS.getAnnotationValue(dc, aligned);
4547 29 Jun 17 nicklas 90     
4547 29 Jun 17 nicklas 91     boolean flagRNA = false;
4547 29 Jun 17 nicklas 92     boolean stop = false;
4547 29 Jun 17 nicklas 93     if (alignedPairs == null || alignedPairs < minAlignedPairsStop)
4547 29 Jun 17 nicklas 94     {
4547 29 Jun 17 nicklas 95       // Flag and stop
4547 29 Jun 17 nicklas 96       flagRNA = true;
4547 29 Jun 17 nicklas 97       stop = true;
4547 29 Jun 17 nicklas 98     }
4547 29 Jun 17 nicklas 99     else if (alignedPairs < minAlignedPairsFlag)
4547 29 Jun 17 nicklas 100     {
4547 29 Jun 17 nicklas 101       // Flag and continue
4547 29 Jun 17 nicklas 102       flagRNA = true;
4547 29 Jun 17 nicklas 103     }
4547 29 Jun 17 nicklas 104     
4547 29 Jun 17 nicklas 105     if (rba.getFile(dc, Datafiletype.FPKM) == null) stop = true;
4547 29 Jun 17 nicklas 106     
4547 29 Jun 17 nicklas 107     if (flagRNA)
4547 29 Jun 17 nicklas 108     {
4547 29 Jun 17 nicklas 109       manager.flagRna(dc, raw.getParentExtract(), Rna.FLAG_ALIGN_FAILED);
4547 29 Jun 17 nicklas 110     }
4547 29 Jun 17 nicklas 111   
4541 26 Jun 17 nicklas 112     if (stop)
4541 26 Jun 17 nicklas 113     {
4541 26 Jun 17 nicklas 114       Annotationtype.ANALYSIS_RESULT.setAnnotationValue(dc, raw, Rawbioassay.FEATURE_EXTRACTION_FAILED);
4541 26 Jun 17 nicklas 115     }
4541 26 Jun 17 nicklas 116     else
4541 26 Jun 17 nicklas 117     {
4541 26 Jun 17 nicklas 118       Annotationtype.ANALYSIS_RESULT.setAnnotationValue(dc, raw, Rawbioassay.FEATURE_EXTRACTION_SUCCESSFUL);
5421 13 May 19 nicklas 119       ActivityDef.LEGACY_PIPELINE_AUTOCONFIRMED.merge(dc, 1).setUser("Auto-confirm");
6023 26 Oct 20 nicklas 120       BiomaterialList.GENE_REPORT_CREATE.load(dc).add(raw);
6023 26 Oct 20 nicklas 121       BiomaterialList.PILOT_REPORT_CREATE.load(dc).add(raw);
4541 26 Jun 17 nicklas 122     }
4541 26 Jun 17 nicklas 123     return !stop;
3049 17 Dec 14 nicklas 124   }
3034 12 Dec 14 nicklas 125
3055 19 Dec 14 nicklas 126   /**
3055 19 Dec 14 nicklas 127     Start the  {@link GeneReportPlugin} with this raw bioassay.
3055 19 Dec 14 nicklas 128   */
3055 19 Dec 14 nicklas 129   @Override
3055 19 Dec 14 nicklas 130   public boolean startNextStep(SessionControl sc, AutoConfirmManager manager)
3055 19 Dec 14 nicklas 131   {
3055 19 Dec 14 nicklas 132     DbControl dc = null;
3055 19 Dec 14 nicklas 133     try
3055 19 Dec 14 nicklas 134     {
6599 22 Feb 22 nicklas 135       dc = sc.newDbControl("Reggie: Auto-confirm Cufflinks - start reports");
5544 06 Aug 19 nicklas 136       RawBioAssay cufflinks = item(dc);
5544 06 Aug 19 nicklas 137       
5544 06 Aug 19 nicklas 138       String pipelineName = (String)Annotationtype.PIPELINE.getAnnotationValue(dc, cufflinks);
5544 06 Aug 19 nicklas 139       Pipeline pipeline = Pipeline.getByName(pipelineName);
5546 07 Aug 19 nicklas 140       if (pipeline != Pipeline.RNASEQ_LEGACY) return false;
6023 26 Oct 20 nicklas 141
6023 26 Oct 20 nicklas 142       // Pipelines for further processing
6023 26 Oct 20 nicklas 143       ItemList geneReportList = BiomaterialList.GENE_REPORT_CREATE.load(dc);
6023 26 Oct 20 nicklas 144       boolean geneReportDisabled = "Disable".equals(Annotationtype.AUTO_PROCESSING.getAnnotationValue(dc, geneReportList));
6023 26 Oct 20 nicklas 145       ItemList pilotReportList = BiomaterialList.PILOT_REPORT_CREATE.load(dc);
6023 26 Oct 20 nicklas 146       boolean pilotReportDisabled = "Disable".equals(Annotationtype.AUTO_PROCESSING.getAnnotationValue(dc, pilotReportList));
5544 06 Aug 19 nicklas 147       
6023 26 Oct 20 nicklas 148       if (geneReportDisabled && pilotReportDisabled) return false;
6023 26 Oct 20 nicklas 149       
3618 23 Nov 15 nicklas 150       Map<String, Software> reports = new HashMap<String, Software>();
3618 23 Nov 15 nicklas 151       Software geneReport = Subtype.REPORT_SOFTWARE.getLatestProjectDefault(dc, Annotationtype.REPORT_TEMPLATE.createFilter("GENE_REPORT"));
6023 26 Oct 20 nicklas 152       if (!geneReportDisabled) reports.put("GENE_REPORT", geneReport);
3618 23 Nov 15 nicklas 153       Software pilotReport = Subtype.REPORT_SOFTWARE.getLatestProjectDefault(dc, Annotationtype.REPORT_TEMPLATE.createFilter("PILOT_REPORT"));
6023 26 Oct 20 nicklas 154       if (!pilotReportDisabled) reports.put("PILOT_REPORT", pilotReport);
5615 19 Sep 19 nicklas 155       GeneReportPlugin.createReportJob(dc, Collections.singletonList(cufflinks), reports, true);
3055 19 Dec 14 nicklas 156       dc.commit();
3055 19 Dec 14 nicklas 157     }
3055 19 Dec 14 nicklas 158     finally
3055 19 Dec 14 nicklas 159     {
3055 19 Dec 14 nicklas 160       if (dc != null) dc.close();
3055 19 Dec 14 nicklas 161     }
3055 19 Dec 14 nicklas 162     return true;
3055 19 Dec 14 nicklas 163   }
3034 12 Dec 14 nicklas 164
3034 12 Dec 14 nicklas 165 }

Generated on Tue Nov 21 03:32:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)