extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/autoconfirm/HisatAlignAutoConfirmer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4600 28 Sep 17 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.autoconfirm;
4600 28 Sep 17 nicklas 2
4662 29 Jan 18 nicklas 3 import java.util.Collections;
4662 29 Jan 18 nicklas 4 import java.util.List;
4662 29 Jan 18 nicklas 5
4600 28 Sep 17 nicklas 6 import org.slf4j.LoggerFactory;
4600 28 Sep 17 nicklas 7
4662 29 Jan 18 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.Annotatable;
4600 28 Sep 17 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.DbControl;
4600 28 Sep 17 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
4660 29 Jan 18 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.ItemList;
4600 28 Sep 17 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.Job;
4662 29 Jan 18 nicklas 13 import net.sf.basedb.core.Protocol;
4600 28 Sep 17 nicklas 14 import net.sf.basedb.core.SessionControl;
4662 29 Jan 18 nicklas 15 import net.sf.basedb.core.Software;
4662 29 Jan 18 nicklas 16 import net.sf.basedb.opengrid.JobDefinition;
4662 29 Jan 18 nicklas 17 import net.sf.basedb.opengrid.OpenGridCluster;
6674 11 Apr 22 nicklas 18 import net.sf.basedb.opengrid.config.BatchConfig;
4662 29 Jan 18 nicklas 19 import net.sf.basedb.opengrid.service.OpenGridService;
5384 26 Apr 19 nicklas 20 import net.sf.basedb.reggie.activity.ActivityDef;
4600 28 Sep 17 nicklas 21 import net.sf.basedb.reggie.dao.AlignedSequences;
4600 28 Sep 17 nicklas 22 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
4662 29 Jan 18 nicklas 23 import net.sf.basedb.reggie.dao.Arraydesign;
4660 29 Jan 18 nicklas 24 import net.sf.basedb.reggie.dao.BiomaterialList;
6812 25 Aug 22 nicklas 25 import net.sf.basedb.reggie.dao.Pipeline;
4667 01 Feb 18 nicklas 26 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rawdatatype;
4600 28 Sep 17 nicklas 27 import net.sf.basedb.reggie.dao.Rna;
4662 29 Jan 18 nicklas 28 import net.sf.basedb.reggie.dao.Subtype;
5037 17 Oct 18 nicklas 29 import net.sf.basedb.reggie.grid.MBafJobCreator;
4662 29 Jan 18 nicklas 30 import net.sf.basedb.reggie.grid.ScriptUtil;
4663 29 Jan 18 nicklas 31 import net.sf.basedb.reggie.grid.StringTieJobCreator;
5684 25 Oct 19 nicklas 32 import net.sf.basedb.reggie.grid.VariantCallingJobCreator;
7077 27 Mar 23 nicklas 33 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLog;
7077 27 Mar 23 nicklas 34 import net.sf.basedb.util.extensions.logging.ExtensionsLogger;
4662 29 Jan 18 nicklas 35 import net.sf.basedb.util.filter.Filter;
4600 28 Sep 17 nicklas 36
4600 28 Sep 17 nicklas 37 /**
4600 28 Sep 17 nicklas 38   Auto-confirm implementation for sequences aligned with Hisat.
4600 28 Sep 17 nicklas 39   The rules are simple:
4600 28 Sep 17 nicklas 40
4600 28 Sep 17 nicklas 41   * {@link DerivedBioAssay#getJob()} job status must be {@link net.sf.basedb.core.Job.Status#DONE}.
4600 28 Sep 17 nicklas 42
4663 29 Jan 18 nicklas 43   Auto-confirmation will then continue with StringTie if the number of aligned
4600 28 Sep 17 nicklas 44   pairs is higher than 1 million. If the number of aligned pairs is less than
4600 28 Sep 17 nicklas 45   5 millions the RNA is flagged.
4600 28 Sep 17 nicklas 46
4600 28 Sep 17 nicklas 47   @author nicklas
4600 28 Sep 17 nicklas 48   @since 4.12
4600 28 Sep 17 nicklas 49 */
4600 28 Sep 17 nicklas 50 public class HisatAlignAutoConfirmer 
4600 28 Sep 17 nicklas 51   extends AutoConfirmer<DerivedBioAssay>
4600 28 Sep 17 nicklas 52 {
4600 28 Sep 17 nicklas 53   
7077 27 Mar 23 nicklas 54   private static final ExtensionsLogger logger = 
7077 27 Mar 23 nicklas 55     ExtensionsLog.getLogger(AutoConfirmService.ID, true).wrap(LoggerFactory.getLogger(HisatAlignAutoConfirmer.class));
4600 28 Sep 17 nicklas 56
4600 28 Sep 17 nicklas 57
4600 28 Sep 17 nicklas 58   /**
4600 28 Sep 17 nicklas 59     At least 5 million aligned pairs is required for
4600 28 Sep 17 nicklas 60     alignment to pass without flagging.
4600 28 Sep 17 nicklas 61   */
4600 28 Sep 17 nicklas 62   public static final long MIN_ALIGNED_PAIRS_FLAG = 5*M;
4600 28 Sep 17 nicklas 63   
4600 28 Sep 17 nicklas 64   /**
4600 28 Sep 17 nicklas 65     At least 1 million aligned pairs is required for
4600 28 Sep 17 nicklas 66     alignment to pass but with flagging RNA.
4600 28 Sep 17 nicklas 67   */
4600 28 Sep 17 nicklas 68   public static final long MIN_ALIGNED_PAIRS_STOP = 1*M;
4600 28 Sep 17 nicklas 69   
4658 26 Jan 18 nicklas 70   /**
4658 26 Jan 18 nicklas 71     A higher HET percentage may indicate contamination.
4658 26 Jan 18 nicklas 72     @since 4.15
4658 26 Jan 18 nicklas 73   */
4658 26 Jan 18 nicklas 74   public static final float MAX_HET_PERCENTAGE = 65f;
4658 26 Jan 18 nicklas 75   
4600 28 Sep 17 nicklas 76   public static final long MIN_ALIGNED_PAIRS_FLAG_DEBUG = 200*k;
4600 28 Sep 17 nicklas 77   public static final long MIN_ALIGNED_PAIRS_STOP_DEBUG = 150*k;
4600 28 Sep 17 nicklas 78   
4600 28 Sep 17 nicklas 79   public HisatAlignAutoConfirmer(DerivedBioAssay aligned)
4600 28 Sep 17 nicklas 80   {
4600 28 Sep 17 nicklas 81     super(aligned, aligned.getJob());
4600 28 Sep 17 nicklas 82   }
4600 28 Sep 17 nicklas 83
4600 28 Sep 17 nicklas 84   /**
4675 08 Feb 18 nicklas 85     Passes if the job ended successfully and HET percentage is below the
4675 08 Feb 18 nicklas 86     limit.
4600 28 Sep 17 nicklas 87   */
4600 28 Sep 17 nicklas 88   @Override
4600 28 Sep 17 nicklas 89   public boolean checkRules(DbControl dc, AutoConfirmManager manager) 
4600 28 Sep 17 nicklas 90   {
4600 28 Sep 17 nicklas 91     DerivedBioAssay aligned = item(dc);
4600 28 Sep 17 nicklas 92     Job job = aligned.getJob();
4675 08 Feb 18 nicklas 93     
4675 08 Feb 18 nicklas 94     if (job.getStatus() != Job.Status.DONE) return false;
4675 08 Feb 18 nicklas 95     
4675 08 Feb 18 nicklas 96     Float hetPercentage = (Float)Annotationtype.QC_GENOTYPE_HET_PCT.getAnnotationValue(dc, aligned);
4675 08 Feb 18 nicklas 97     return hetPercentage != null && hetPercentage <= MAX_HET_PERCENTAGE;
4600 28 Sep 17 nicklas 98   }
4600 28 Sep 17 nicklas 99
4600 28 Sep 17 nicklas 100   /**
4675 08 Feb 18 nicklas 101     Flag RNA if aligned pairs is less than 5 million or HET percentage is
4675 08 Feb 18 nicklas 102     higher than the limit. Continue with StringTie if aligned pairs is more 
4675 08 Feb 18 nicklas 103     than 1 million.
4675 08 Feb 18 nicklas 104     
4675 08 Feb 18 nicklas 105     NOTE! Since the HET percentage is checked in the checkRules() method also
4675 08 Feb 18 nicklas 106     we never get here if the percentage is higher than the limit, but we keep
4675 08 Feb 18 nicklas 107     the flagging code here just in case we need it in the future.
4600 28 Sep 17 nicklas 108   */
4600 28 Sep 17 nicklas 109   @Override
4600 28 Sep 17 nicklas 110   public boolean autoConfirm(DbControl dc, AutoConfirmManager manager) 
4600 28 Sep 17 nicklas 111   {
4600 28 Sep 17 nicklas 112     DerivedBioAssay aligned = item(dc);
4600 28 Sep 17 nicklas 113     Job job = aligned.getJob();
4600 28 Sep 17 nicklas 114     boolean debug = Boolean.TRUE.equals(job.getParameterValue("debug"));
4600 28 Sep 17 nicklas 115     
4600 28 Sep 17 nicklas 116     long minAlignedPairsFlag = debug ? MIN_ALIGNED_PAIRS_FLAG_DEBUG : MIN_ALIGNED_PAIRS_FLAG;
4600 28 Sep 17 nicklas 117     long minAlignedPairsStop = debug ? MIN_ALIGNED_PAIRS_STOP_DEBUG : MIN_ALIGNED_PAIRS_STOP;
4600 28 Sep 17 nicklas 118
4600 28 Sep 17 nicklas 119     // Reset auto-processing so that it shows up in the manual wizard if
4600 28 Sep 17 nicklas 120     // starting the next step fails
4600 28 Sep 17 nicklas 121     Annotationtype.AUTO_PROCESSING.setAnnotationValue(dc, aligned, null);
4600 28 Sep 17 nicklas 122     Long alignedPairs = (Long)Annotationtype.ALIGNED_PAIRS.getAnnotationValue(dc, aligned);
4658 26 Jan 18 nicklas 123     Float hetPercentage = (Float)Annotationtype.QC_GENOTYPE_HET_PCT.getAnnotationValue(dc, aligned);
4600 28 Sep 17 nicklas 124     
4658 26 Jan 18 nicklas 125     String flagRNA = null;
4600 28 Sep 17 nicklas 126     boolean stop = false;
4600 28 Sep 17 nicklas 127     if (alignedPairs == null || alignedPairs < minAlignedPairsStop)
4600 28 Sep 17 nicklas 128     {
4600 28 Sep 17 nicklas 129       // Flag and stop
4658 26 Jan 18 nicklas 130       flagRNA = Rna.FLAG_ALIGN_FAILED;
4600 28 Sep 17 nicklas 131       stop = true;
4600 28 Sep 17 nicklas 132     }
4600 28 Sep 17 nicklas 133     else if (alignedPairs < minAlignedPairsFlag)
4600 28 Sep 17 nicklas 134     {
4600 28 Sep 17 nicklas 135       // Flag and continue
4658 26 Jan 18 nicklas 136       flagRNA = Rna.FLAG_ALIGN_FAILED;
4600 28 Sep 17 nicklas 137     }
4658 26 Jan 18 nicklas 138     else if (hetPercentage != null && hetPercentage > MAX_HET_PERCENTAGE)
4658 26 Jan 18 nicklas 139     {
4658 26 Jan 18 nicklas 140       flagRNA = Rna.FLAG_HIGH_HET;
4658 26 Jan 18 nicklas 141     }
4600 28 Sep 17 nicklas 142     
4658 26 Jan 18 nicklas 143     if (flagRNA != null)
4600 28 Sep 17 nicklas 144     {
4658 26 Jan 18 nicklas 145       manager.flagRna(dc, aligned.getExtract(), flagRNA);
4600 28 Sep 17 nicklas 146     }
4600 28 Sep 17 nicklas 147     
4600 28 Sep 17 nicklas 148     if (stop)
4600 28 Sep 17 nicklas 149     {
4600 28 Sep 17 nicklas 150       Annotationtype.ANALYSIS_RESULT.setAnnotationValue(dc, aligned, AlignedSequences.ALIGN_FAILED);
4600 28 Sep 17 nicklas 151     }
4600 28 Sep 17 nicklas 152     else
4600 28 Sep 17 nicklas 153     {
4600 28 Sep 17 nicklas 154       Annotationtype.ANALYSIS_RESULT.setAnnotationValue(dc, aligned, AlignedSequences.ALIGN_SUCCESSFUL);
4660 29 Jan 18 nicklas 155
4660 29 Jan 18 nicklas 156       // Pipelines for further processing
5015 08 Oct 18 nicklas 157       BiomaterialList.STRINGTIE_PIPELINE.load(dc).add(aligned);
5015 08 Oct 18 nicklas 158       BiomaterialList.MBAF_PIPELINE.load(dc).add(aligned);
5683 22 Oct 19 nicklas 159       BiomaterialList.VARIANT_CALLING_PIPELINE.load(dc).add(aligned);
5421 13 May 19 nicklas 160       ActivityDef.HISAT_AUTOCONFIRMED.merge(dc, 1).setUser("Auto-confirm");
4600 28 Sep 17 nicklas 161     }
4600 28 Sep 17 nicklas 162     
4600 28 Sep 17 nicklas 163     return !stop;
4600 28 Sep 17 nicklas 164   }
4600 28 Sep 17 nicklas 165
4600 28 Sep 17 nicklas 166   /**
5684 25 Oct 19 nicklas 167     Schedule StringTie/mBAF/VariantCall analysis to run on the cluster.
4600 28 Sep 17 nicklas 168   */
4600 28 Sep 17 nicklas 169   @Override
4600 28 Sep 17 nicklas 170   public boolean startNextStep(SessionControl sc, AutoConfirmManager manager) 
4600 28 Sep 17 nicklas 171   {
4662 29 Jan 18 nicklas 172     DbControl dc = null;
4662 29 Jan 18 nicklas 173     try
4662 29 Jan 18 nicklas 174     {
6599 22 Feb 22 nicklas 175       dc = sc.newDbControl("Reggie: Auto-confirm Hisat");
5037 17 Oct 18 nicklas 176   
4662 29 Jan 18 nicklas 177       DerivedBioAssay aligned = item(dc);
4662 29 Jan 18 nicklas 178       Job job = aligned.getJob();
5037 17 Oct 18 nicklas 179   
4662 29 Jan 18 nicklas 180       boolean debug = Boolean.TRUE.equals(job.getParameterValue("debug"));
4662 29 Jan 18 nicklas 181       Integer priority = (Integer)job.getParameterValue("priority");
6982 17 Jan 23 nicklas 182       String partition = job.getParameterValue("partition");
4662 29 Jan 18 nicklas 183       
4662 29 Jan 18 nicklas 184       String clusterId = job.getServer();
4662 29 Jan 18 nicklas 185       OpenGridCluster cluster = OpenGridService.getInstance().getClusterById(dc, clusterId);
4662 29 Jan 18 nicklas 186       if (cluster == null)
4662 29 Jan 18 nicklas 187       {
4662 29 Jan 18 nicklas 188         // If we don't have required items, abort and revert to manual start
4662 29 Jan 18 nicklas 189         return false;
4662 29 Jan 18 nicklas 190       }
4662 29 Jan 18 nicklas 191       
5037 17 Oct 18 nicklas 192       // Pipelines for further processing
5037 17 Oct 18 nicklas 193       ItemList stringtiePipeline = BiomaterialList.STRINGTIE_PIPELINE.load(dc);
5037 17 Oct 18 nicklas 194       boolean stringtieDisabled = "Disable".equals(Annotationtype.AUTO_PROCESSING.getAnnotationValue(dc, stringtiePipeline));
5037 17 Oct 18 nicklas 195       ItemList mBafPipeline = BiomaterialList.MBAF_PIPELINE.load(dc);
5037 17 Oct 18 nicklas 196       boolean mBafDisabled = "Disable".equals(Annotationtype.AUTO_PROCESSING.getAnnotationValue(dc, mBafPipeline));
5683 22 Oct 19 nicklas 197       ItemList variantCallingPipeline = BiomaterialList.VARIANT_CALLING_PIPELINE.load(dc);
5683 22 Oct 19 nicklas 198       boolean variantCallingDisabled = "Disable".equals(Annotationtype.AUTO_PROCESSING.getAnnotationValue(dc, variantCallingPipeline));
5037 17 Oct 18 nicklas 199       
5683 22 Oct 19 nicklas 200       if (stringtieDisabled && mBafDisabled && variantCallingDisabled) return false;
5037 17 Oct 18 nicklas 201       dc.close();
5037 17 Oct 18 nicklas 202       
6674 11 Apr 22 nicklas 203       BatchConfig batchConfig = new BatchConfig();
5684 25 Oct 19 nicklas 204       // Create StringTie/mBaf/VariantCall jobs
5037 17 Oct 18 nicklas 205       // We use separate transactions so that if one pipeline can fail without affecting the other
5037 17 Oct 18 nicklas 206       if (!stringtieDisabled)
5037 17 Oct 18 nicklas 207       {
5037 17 Oct 18 nicklas 208         try
5037 17 Oct 18 nicklas 209         {
6599 22 Feb 22 nicklas 210           dc = sc.newDbControl("Reggie: Auto-confirm Hisat - start StringTie");
4662 29 Jan 18 nicklas 211   
6819 26 Aug 22 nicklas 212           Filter<Annotatable> pipelineFilter = Annotationtype.PIPELINE.createFilter(Pipeline.RNASEQ_HISAT_STRINGTIE.getName());
6819 26 Aug 22 nicklas 213           Arraydesign design = Arraydesign.getLatestProjectDefault(dc, Rawdatatype.STRINGTIE.getVariantId(), pipelineFilter);
6819 26 Aug 22 nicklas 214           Protocol protocol = (Protocol)Subtype.FEATURE_EXTRACTION_PROTOCOL.getLatestProjectDefault(dc, pipelineFilter);
6819 26 Aug 22 nicklas 215           Software software = (Software)Subtype.FEATURE_EXTRACTION_SOFTWARE.getLatestProjectDefault(dc, pipelineFilter);
5037 17 Oct 18 nicklas 216     
5037 17 Oct 18 nicklas 217           if (logger.isDebugEnabled())
5037 17 Oct 18 nicklas 218           {
5037 17 Oct 18 nicklas 219             logger.debug("Starting StringTie jobs on cluster: " + clusterId);
5037 17 Oct 18 nicklas 220             logger.debug("StringTie Software/protocol: " + software + "/" + protocol);
5037 17 Oct 18 nicklas 221             logger.debug("Array design: " + design);
5037 17 Oct 18 nicklas 222           }
5037 17 Oct 18 nicklas 223           
6982 17 Jan 23 nicklas 224           OpenGridCluster stringtieCluster = ScriptUtil.autoSelectClusterWithConfig(dc, "stringtie", cluster);
5037 17 Oct 18 nicklas 225           StringTieJobCreator jobCreator = new StringTieJobCreator();
5037 17 Oct 18 nicklas 226           jobCreator.setArrayDesign(design == null ? null : design.getItem());
5037 17 Oct 18 nicklas 227           jobCreator.setProtocol(protocol);
5037 17 Oct 18 nicklas 228           jobCreator.setSoftware(software);
5037 17 Oct 18 nicklas 229           jobCreator.setAutoConfirm(true);
5037 17 Oct 18 nicklas 230           jobCreator.setDebug(debug);
5037 17 Oct 18 nicklas 231           jobCreator.setPriority(priority);
6982 17 Jan 23 nicklas 232           if (cluster == stringtieCluster) jobCreator.setPartition(partition);
6674 11 Apr 22 nicklas 233           jobCreator.setBatchConfig(batchConfig);
5037 17 Oct 18 nicklas 234         
6637 09 Mar 22 nicklas 235           List<JobDefinition> jobDefs = jobCreator.createStringTieJobs(dc, stringtieCluster, Collections.singletonList(AlignedSequences.getById(dc, aligned.getId())));
6637 09 Mar 22 nicklas 236           ScriptUtil.submitJobs(dc, stringtieCluster, jobDefs);
5037 17 Oct 18 nicklas 237           dc.commit();
5037 17 Oct 18 nicklas 238         }
5037 17 Oct 18 nicklas 239         catch (RuntimeException ex)
5037 17 Oct 18 nicklas 240         {
5037 17 Oct 18 nicklas 241           logger.error("Could not create StringTie job", ex);
5037 17 Oct 18 nicklas 242         }
5037 17 Oct 18 nicklas 243       }
5037 17 Oct 18 nicklas 244   
5037 17 Oct 18 nicklas 245       if (!mBafDisabled)
4662 29 Jan 18 nicklas 246       {
5037 17 Oct 18 nicklas 247         try
5037 17 Oct 18 nicklas 248         {
6599 22 Feb 22 nicklas 249           dc = sc.newDbControl("Reggie: Auto-confirm Hisat - start mBAF analysis");
5037 17 Oct 18 nicklas 250   
5057 29 Oct 18 nicklas 251           Filter<Annotatable> mBafFilter = Annotationtype.VARIANT_CALL_TYPE.createFilter("mBAF");
5057 29 Oct 18 nicklas 252           Software software = (Software)Subtype.VARIANT_CALLING_SOFTWARE.getLatestProjectDefault(dc, mBafFilter);
5037 17 Oct 18 nicklas 253     
5037 17 Oct 18 nicklas 254           if (logger.isDebugEnabled())
5037 17 Oct 18 nicklas 255           {
5037 17 Oct 18 nicklas 256             logger.debug("Starting mBAF analysis jobs on cluster: " + clusterId);
5057 29 Oct 18 nicklas 257             logger.debug("mBAF Software: " + software);
5037 17 Oct 18 nicklas 258           }
5037 17 Oct 18 nicklas 259           
6982 17 Jan 23 nicklas 260           OpenGridCluster mbafCluster = ScriptUtil.autoSelectClusterWithConfig(dc, "mbaf", cluster);
5037 17 Oct 18 nicklas 261           MBafJobCreator jobCreator = new MBafJobCreator();
5057 29 Oct 18 nicklas 262           jobCreator.setSoftware(software);
5037 17 Oct 18 nicklas 263           jobCreator.setAutoConfirm(true);
5037 17 Oct 18 nicklas 264           jobCreator.setDebug(debug);
5037 17 Oct 18 nicklas 265           jobCreator.setPriority(priority);
6982 17 Jan 23 nicklas 266           if (cluster == mbafCluster) jobCreator.setPartition(partition);
6674 11 Apr 22 nicklas 267           jobCreator.setBatchConfig(batchConfig);
5037 17 Oct 18 nicklas 268         
6637 09 Mar 22 nicklas 269           List<JobDefinition> jobDefs = jobCreator.createMBafJobs(dc, mbafCluster, Collections.singletonList(AlignedSequences.getById(dc, aligned.getId())));
6637 09 Mar 22 nicklas 270           ScriptUtil.submitJobs(dc, mbafCluster, jobDefs);
5037 17 Oct 18 nicklas 271           dc.commit();
5037 17 Oct 18 nicklas 272         }
5037 17 Oct 18 nicklas 273         catch (RuntimeException ex)
5037 17 Oct 18 nicklas 274         {
5037 17 Oct 18 nicklas 275           logger.error("Could not create mBAF analysis job", ex);
5037 17 Oct 18 nicklas 276         }
4662 29 Jan 18 nicklas 277       }
4662 29 Jan 18 nicklas 278       
5683 22 Oct 19 nicklas 279       if (!variantCallingDisabled)
5683 22 Oct 19 nicklas 280       {
5683 22 Oct 19 nicklas 281         try
5683 22 Oct 19 nicklas 282         {
6599 22 Feb 22 nicklas 283           dc = sc.newDbControl("Reggie: Auto-confirm Hisat - start Variant calling");
5683 22 Oct 19 nicklas 284           
5684 25 Oct 19 nicklas 285           Filter<Annotatable> filter = Annotationtype.VARIANT_CALL_TYPE.createFilter("VariantCall");
5684 25 Oct 19 nicklas 286           Software software = (Software)Subtype.VARIANT_CALLING_SOFTWARE.getLatestProjectDefault(dc, filter);
5684 25 Oct 19 nicklas 287     
5684 25 Oct 19 nicklas 288           if (logger.isDebugEnabled())
5684 25 Oct 19 nicklas 289           {
5684 25 Oct 19 nicklas 290             logger.debug("Starting variant calling jobs on cluster: " + clusterId);
5684 25 Oct 19 nicklas 291             logger.debug("Variant calling software: " + software);
5684 25 Oct 19 nicklas 292           }
5684 25 Oct 19 nicklas 293           
6982 17 Jan 23 nicklas 294           OpenGridCluster vcallCluster = ScriptUtil.autoSelectClusterWithConfig(dc, "variant-call", cluster);
5684 25 Oct 19 nicklas 295           VariantCallingJobCreator jobCreator = new VariantCallingJobCreator();
5713 12 Nov 19 nicklas 296           jobCreator.setSkipRaw(false);
5818 31 Jan 20 nicklas 297           jobCreator.setRawOnly(false);
5684 25 Oct 19 nicklas 298           jobCreator.setSoftware(software);
5684 25 Oct 19 nicklas 299           jobCreator.setAutoConfirm(true);
5684 25 Oct 19 nicklas 300           jobCreator.setDebug(debug);
5684 25 Oct 19 nicklas 301           jobCreator.setPriority(priority);
6982 17 Jan 23 nicklas 302           if (cluster == vcallCluster) jobCreator.setPartition(partition);
6674 11 Apr 22 nicklas 303           jobCreator.setBatchConfig(batchConfig);
5684 25 Oct 19 nicklas 304         
6637 09 Mar 22 nicklas 305           List<JobDefinition> jobDefs = jobCreator.createVariantCallingJobs(dc, vcallCluster, Collections.singletonList(AlignedSequences.getById(dc, aligned.getId())));
6637 09 Mar 22 nicklas 306           ScriptUtil.submitJobs(dc, vcallCluster, jobDefs);
5684 25 Oct 19 nicklas 307           dc.commit();
5683 22 Oct 19 nicklas 308         }
5683 22 Oct 19 nicklas 309         catch (RuntimeException ex)
5683 22 Oct 19 nicklas 310         {
5683 22 Oct 19 nicklas 311           logger.error("Could not create Variant calling job", ex);
6637 09 Mar 22 nicklas 312         }        
5683 22 Oct 19 nicklas 313       }
4662 29 Jan 18 nicklas 314     }
4662 29 Jan 18 nicklas 315     finally
4662 29 Jan 18 nicklas 316     {
4662 29 Jan 18 nicklas 317       if (dc != null) dc.close();
4662 29 Jan 18 nicklas 318     }
4662 29 Jan 18 nicklas 319     return true;
4600 28 Sep 17 nicklas 320   }
4600 28 Sep 17 nicklas 321 }

Generated on Tue Nov 21 03:32:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)