extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/autoconfirm/SspAutoConfirmer.java

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6025 26 Oct 20 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.autoconfirm;
6025 26 Oct 20 nicklas 2
6025 26 Oct 20 nicklas 3 import java.util.HashMap;
6025 26 Oct 20 nicklas 4 import java.util.List;
6025 26 Oct 20 nicklas 5 import java.util.Map;
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6025 26 Oct 20 nicklas 7 import net.sf.basedb.core.DbControl;
6025 26 Oct 20 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.ItemList;
6025 26 Oct 20 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.Job;
6025 26 Oct 20 nicklas 10 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
6025 26 Oct 20 nicklas 11 import net.sf.basedb.core.SessionControl;
6025 26 Oct 20 nicklas 12 import net.sf.basedb.core.Software;
6025 26 Oct 20 nicklas 13 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
6025 26 Oct 20 nicklas 14 import net.sf.basedb.reggie.dao.BiomaterialList;
6025 26 Oct 20 nicklas 15 import net.sf.basedb.reggie.dao.Subtype;
6025 26 Oct 20 nicklas 16 import net.sf.basedb.reggie.plugins.GeneReportPlugin;
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6025 26 Oct 20 nicklas 18 /**
6025 26 Oct 20 nicklas 19   Auto-confirm implementation for raw bioassays after running SSP analysis plug-in.
6025 26 Oct 20 nicklas 20   If the calculations succeeded the rawbioassays are scheduled for SCAN-B report
6025 26 Oct 20 nicklas 21   generation. In case of a failure, the raw bioassays are marked for re-processing 
6025 26 Oct 20 nicklas 22   and added to the SSP list.
6025 26 Oct 20 nicklas 23   
6025 26 Oct 20 nicklas 24   @author nicklas
6025 26 Oct 20 nicklas 25   @since 4.28
6025 26 Oct 20 nicklas 26 */
6025 26 Oct 20 nicklas 27 public class SspAutoConfirmer 
6025 26 Oct 20 nicklas 28   extends AutoConfirmer<Job> 
6025 26 Oct 20 nicklas 29 {
6025 26 Oct 20 nicklas 30   public SspAutoConfirmer(Job job)
6025 26 Oct 20 nicklas 31   {
6025 26 Oct 20 nicklas 32     super(job, job);
6025 26 Oct 20 nicklas 33   }
6025 26 Oct 20 nicklas 34
6025 26 Oct 20 nicklas 35   /**
6025 26 Oct 20 nicklas 36     Always TRUE.
6025 26 Oct 20 nicklas 37   */
6025 26 Oct 20 nicklas 38   @Override
6025 26 Oct 20 nicklas 39   public boolean checkRules(DbControl dc, AutoConfirmManager manager) 
6025 26 Oct 20 nicklas 40   {
6025 26 Oct 20 nicklas 41     return true;
6025 26 Oct 20 nicklas 42   }
6025 26 Oct 20 nicklas 43   
6025 26 Oct 20 nicklas 44   /**
6025 26 Oct 20 nicklas 45     Set AutoProcessing to ReProcess on the raw bioassays and add 
6025 26 Oct 20 nicklas 46     them to the correct item list for reporting.
6025 26 Oct 20 nicklas 47   */
6025 26 Oct 20 nicklas 48   @Override
6025 26 Oct 20 nicklas 49   public boolean autoConfirm(DbControl dc, AutoConfirmManager manager) 
6025 26 Oct 20 nicklas 50   {
6025 26 Oct 20 nicklas 51     Job job = job(dc);
6025 26 Oct 20 nicklas 52     List<RawBioAssay> rawBioAssays = job.getParameterValues("rawBioAssays");
6025 26 Oct 20 nicklas 53     
6025 26 Oct 20 nicklas 54     if (job.getStatus() == Job.Status.ERROR)
6025 26 Oct 20 nicklas 55     {
6025 26 Oct 20 nicklas 56       ItemList sspList = BiomaterialList.SSP_PIPELINE.get(dc);
6025 26 Oct 20 nicklas 57       for (RawBioAssay raw : rawBioAssays)
6025 26 Oct 20 nicklas 58       {
6025 26 Oct 20 nicklas 59         Annotationtype.AUTO_PROCESSING.setAnnotationValue(dc, raw, "ReProcess");
6025 26 Oct 20 nicklas 60         sspList.add(raw);
6025 26 Oct 20 nicklas 61       }
6025 26 Oct 20 nicklas 62       return false; // No next step
6025 26 Oct 20 nicklas 63     }
6025 26 Oct 20 nicklas 64
6025 26 Oct 20 nicklas 65     ItemList scanbReportList = BiomaterialList.SCANB_REPORT_CREATE.get(dc);
6025 26 Oct 20 nicklas 66     scanbReportList.add(rawBioAssays.iterator());
6025 26 Oct 20 nicklas 67
6025 26 Oct 20 nicklas 68     return true;
6025 26 Oct 20 nicklas 69   }
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6025 26 Oct 20 nicklas 71   /**
6025 26 Oct 20 nicklas 72     Create SCAN-B reports.
6025 26 Oct 20 nicklas 73   */
6025 26 Oct 20 nicklas 74   @Override
6025 26 Oct 20 nicklas 75   public boolean startNextStep(SessionControl sc, AutoConfirmManager manager) 
6025 26 Oct 20 nicklas 76   {
6025 26 Oct 20 nicklas 77     DbControl dc = null;
6025 26 Oct 20 nicklas 78     try
6025 26 Oct 20 nicklas 79     {
6599 22 Feb 22 nicklas 80       dc = sc.newDbControl("Reggie: Auto-confirm SSP - start report");
6025 26 Oct 20 nicklas 81       Job job = job(dc);
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6025 26 Oct 20 nicklas 83       // Pipelines for further processing
6025 26 Oct 20 nicklas 84       ItemList scanbReportList = BiomaterialList.SCANB_REPORT_CREATE.load(dc);
6025 26 Oct 20 nicklas 85       boolean scanbReportpDisabled = "Disable".equals(Annotationtype.AUTO_PROCESSING.getAnnotationValue(dc, scanbReportList));
6025 26 Oct 20 nicklas 86       
6025 26 Oct 20 nicklas 87       if (scanbReportpDisabled) return false;
6025 26 Oct 20 nicklas 88       
6025 26 Oct 20 nicklas 89       List<RawBioAssay> rawBioAssays = job.getParameterValues("rawBioAssays");
6025 26 Oct 20 nicklas 90       Map<String, Software> reports = new HashMap<String, Software>();
6025 26 Oct 20 nicklas 91       Software scanbReport = Subtype.REPORT_SOFTWARE.getLatestProjectDefault(dc, Annotationtype.REPORT_TEMPLATE.createFilter("SCANB_REPORT"));
6025 26 Oct 20 nicklas 92       if (!scanbReportpDisabled) reports.put("SCANB_REPORT", scanbReport);
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6025 26 Oct 20 nicklas 94       GeneReportPlugin.createReportJob(dc, rawBioAssays, reports, true);
6025 26 Oct 20 nicklas 95       dc.commit();
6025 26 Oct 20 nicklas 96     }
6025 26 Oct 20 nicklas 97     finally
6025 26 Oct 20 nicklas 98     {
6025 26 Oct 20 nicklas 99       if (dc != null) dc.close();
6025 26 Oct 20 nicklas 100     }
6025 26 Oct 20 nicklas 101     return true;
6025 26 Oct 20 nicklas 102
6025 26 Oct 20 nicklas 103   }
6025 26 Oct 20 nicklas 104
6025 26 Oct 20 nicklas 105 }

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