extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/baf/BafData.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5040 19 Oct 18 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.baf;
5040 19 Oct 18 nicklas 2
5045 22 Oct 18 nicklas 3 import java.util.List;
5040 19 Oct 18 nicklas 4
5054 26 Oct 18 nicklas 5 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5054 26 Oct 18 nicklas 6 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
5054 26 Oct 18 nicklas 7 import net.sf.basedb.reggie.dao.Annotationtype;
5045 22 Oct 18 nicklas 8 import net.sf.basedb.reggie.vcf.GtData;
5045 22 Oct 18 nicklas 9 import net.sf.basedb.reggie.vcf.SnpData;
5045 22 Oct 18 nicklas 10 import net.sf.basedb.reggie.vcf.VcfData;
5045 22 Oct 18 nicklas 11 import net.sf.basedb.reggie.vcf.VcfDataFilter;
5054 26 Oct 18 nicklas 12 import net.sf.basedb.util.filter.Filter;
5045 22 Oct 18 nicklas 13
5040 19 Oct 18 nicklas 14 /**
5040 19 Oct 18 nicklas 15   Class for collecting mBAF data and statistics.
5040 19 Oct 18 nicklas 16   
5040 19 Oct 18 nicklas 17   @author nicklas
5040 19 Oct 18 nicklas 18   @since 4.20
5040 19 Oct 18 nicklas 19   @see MBafParser#parse(java.io.InputStream, String)
5040 19 Oct 18 nicklas 20 */
5040 19 Oct 18 nicklas 21 public class BafData 
5040 19 Oct 18 nicklas 22 {
5045 22 Oct 18 nicklas 23   
5045 22 Oct 18 nicklas 24   private final List<RegionStat> regions;
5045 22 Oct 18 nicklas 25   private final MBafOptions options;
5045 22 Oct 18 nicklas 26
5045 22 Oct 18 nicklas 27   private int snpCount;
5045 22 Oct 18 nicklas 28   private int snpFiltered;
5045 22 Oct 18 nicklas 29   private VcfData vcfData;
5045 22 Oct 18 nicklas 30   
5045 22 Oct 18 nicklas 31   BafData(List<Region> regions, MBafOptions options)
5045 22 Oct 18 nicklas 32   {
5045 22 Oct 18 nicklas 33     this.regions = RegionStat.create(regions);
5045 22 Oct 18 nicklas 34     this.options = options;
5045 22 Oct 18 nicklas 35   }
5045 22 Oct 18 nicklas 36   
5045 22 Oct 18 nicklas 37   /**
5045 22 Oct 18 nicklas 38     Get the total number of SNPs that were found in the VCF file
5045 22 Oct 18 nicklas 39     that has a valid genotype. 
5045 22 Oct 18 nicklas 40   */
5045 22 Oct 18 nicklas 41   public int getSnpCount()
5045 22 Oct 18 nicklas 42   {
5045 22 Oct 18 nicklas 43     return snpCount;
5045 22 Oct 18 nicklas 44   }
5045 22 Oct 18 nicklas 45   
5045 22 Oct 18 nicklas 46   /**
5045 22 Oct 18 nicklas 47     Get the total number of SNps in the VCF file that passed the
5045 22 Oct 18 nicklas 48     filter. See {@link MBafOptions#getFilter()}.
5045 22 Oct 18 nicklas 49   */
5045 22 Oct 18 nicklas 50   public int getFilteredCount()
5045 22 Oct 18 nicklas 51   {
5045 22 Oct 18 nicklas 52     return snpFiltered;
5045 22 Oct 18 nicklas 53   }
5045 22 Oct 18 nicklas 54   
5045 22 Oct 18 nicklas 55   /**
5045 22 Oct 18 nicklas 56     Get statisics for each of the regions.
5045 22 Oct 18 nicklas 57   */
5045 22 Oct 18 nicklas 58   public List<RegionStat> getRegionStat()
5045 22 Oct 18 nicklas 59   {
5045 22 Oct 18 nicklas 60     return regions;
5045 22 Oct 18 nicklas 61   }
5045 22 Oct 18 nicklas 62   
5045 22 Oct 18 nicklas 63   /**
5045 22 Oct 18 nicklas 64     Get the VcfData that was created by the VcfParser during the
5045 22 Oct 18 nicklas 65     parsing.
5045 22 Oct 18 nicklas 66   */
5045 22 Oct 18 nicklas 67   public VcfData getVcfData()
5045 22 Oct 18 nicklas 68   {
5045 22 Oct 18 nicklas 69     return vcfData;
5045 22 Oct 18 nicklas 70   }  
5045 22 Oct 18 nicklas 71   void setVcfData(VcfData vcfData)
5045 22 Oct 18 nicklas 72   {
5045 22 Oct 18 nicklas 73     this.vcfData = vcfData;
5045 22 Oct 18 nicklas 74   }
5045 22 Oct 18 nicklas 75   
5045 22 Oct 18 nicklas 76   /**
5045 22 Oct 18 nicklas 77     Filter implementation that collects statistics from the VCF file.
5045 22 Oct 18 nicklas 78     It delegates to the {@link MBafOptions#getFilter()} filter to
5045 22 Oct 18 nicklas 79     determine which SNPs that should be included or not.
5045 22 Oct 18 nicklas 80   */
5051 24 Oct 18 nicklas 81   VcfDataFilter getVcfFilter()
5045 22 Oct 18 nicklas 82   {
5051 24 Oct 18 nicklas 83     VcfDataFilter filter = options.getVcfFilter();
5045 22 Oct 18 nicklas 84     
5045 22 Oct 18 nicklas 85     return new VcfDataFilter() 
5045 22 Oct 18 nicklas 86     {
5045 22 Oct 18 nicklas 87       @Override
5045 22 Oct 18 nicklas 88       public boolean accept(GtData gt, SnpData snp) 
5045 22 Oct 18 nicklas 89       {
5045 22 Oct 18 nicklas 90         // Ignore if the SNP has no genotype
5045 22 Oct 18 nicklas 91         if (gt.getGenoType() == null) return false;
5045 22 Oct 18 nicklas 92         snpCount++;
5045 22 Oct 18 nicklas 93         
5045 22 Oct 18 nicklas 94         // Delegate to outside filter
5045 22 Oct 18 nicklas 95         if (!filter.accept(gt, snp)) return false;
5045 22 Oct 18 nicklas 96         snpFiltered++;
5045 22 Oct 18 nicklas 97         
5045 22 Oct 18 nicklas 98         // Add to regions
5045 22 Oct 18 nicklas 99         for (RegionStat r : regions)
5045 22 Oct 18 nicklas 100         {
5045 22 Oct 18 nicklas 101           if (r.getRegion().isInRegion(snp))
5045 22 Oct 18 nicklas 102           {
5045 22 Oct 18 nicklas 103             r.addToStat(gt);
5045 22 Oct 18 nicklas 104           }
5045 22 Oct 18 nicklas 105         }
5045 22 Oct 18 nicklas 106         return true;
5045 22 Oct 18 nicklas 107       }
5045 22 Oct 18 nicklas 108     };
5045 22 Oct 18 nicklas 109   }
5045 22 Oct 18 nicklas 110   
5054 26 Oct 18 nicklas 111   /**
5054 26 Oct 18 nicklas 112     Collect some metrics from the result. 
5054 26 Oct 18 nicklas 113     * Total number SNPs
5054 26 Oct 18 nicklas 114     * SNPs that passed the filter
5054 26 Oct 18 nicklas 115     * Number of regions that passed the filter
5054 26 Oct 18 nicklas 116     * Number of significant regions
5054 26 Oct 18 nicklas 117     * Region with lowest p-value
5054 26 Oct 18 nicklas 118     * The lowest p-value
5054 26 Oct 18 nicklas 119   */
5054 26 Oct 18 nicklas 120   public Metrics collectMetrics()
5054 26 Oct 18 nicklas 121   {
5054 26 Oct 18 nicklas 122     Metrics m = new Metrics();
5054 26 Oct 18 nicklas 123     m.snpCount = getSnpCount();
5054 26 Oct 18 nicklas 124     m.filteredCount = getFilteredCount();
5054 26 Oct 18 nicklas 125     
5054 26 Oct 18 nicklas 126     Filter<RegionStat> regionFilter = options.getRegionFilter();
5054 26 Oct 18 nicklas 127     for (RegionStat rs : getRegionStat())
5054 26 Oct 18 nicklas 128     {
5054 26 Oct 18 nicklas 129       if (regionFilter.evaluate(rs))
5054 26 Oct 18 nicklas 130       {
5054 26 Oct 18 nicklas 131         m.numRegions++;
5054 26 Oct 18 nicklas 132         double p = rs.getPValue();
5054 26 Oct 18 nicklas 133         if (p < options.getSignificantPVal())
5054 26 Oct 18 nicklas 134         {
5054 26 Oct 18 nicklas 135           m.numSignificantRegions++;
5054 26 Oct 18 nicklas 136         }
5054 26 Oct 18 nicklas 137         if (Double.isNaN(m.minP) || p < m.minP)
5054 26 Oct 18 nicklas 138         {
5054 26 Oct 18 nicklas 139           m.minP = p;
5054 26 Oct 18 nicklas 140           m.minRegion = rs;
5054 26 Oct 18 nicklas 141         }
5054 26 Oct 18 nicklas 142       }
5054 26 Oct 18 nicklas 143     }
5054 26 Oct 18 nicklas 144     
5054 26 Oct 18 nicklas 145     return m;
5054 26 Oct 18 nicklas 146   }
5054 26 Oct 18 nicklas 147   
5054 26 Oct 18 nicklas 148   public static class Metrics
5054 26 Oct 18 nicklas 149   {
5054 26 Oct 18 nicklas 150     public int snpCount;
5054 26 Oct 18 nicklas 151     public int filteredCount;
5054 26 Oct 18 nicklas 152     public int numRegions;
5054 26 Oct 18 nicklas 153     public int numSignificantRegions;
5054 26 Oct 18 nicklas 154     
5054 26 Oct 18 nicklas 155     public RegionStat minRegion;
5054 26 Oct 18 nicklas 156     public double minP = Double.NaN;
5054 26 Oct 18 nicklas 157     
5054 26 Oct 18 nicklas 158     /**
5054 26 Oct 18 nicklas 159       Update the mBAF-related annotations on the alignment with
5054 26 Oct 18 nicklas 160       the metrics.
5054 26 Oct 18 nicklas 161     */
5054 26 Oct 18 nicklas 162     public void updateAnnotations(DbControl dc, DerivedBioAssay alignment)
5054 26 Oct 18 nicklas 163     {
5054 26 Oct 18 nicklas 164       Annotationtype.MBAF_SNP_COUNT.setAnnotationValue(dc, alignment, snpCount);
5054 26 Oct 18 nicklas 165       Annotationtype.MBAF_SNP_COUNT_FILTERED.setAnnotationValue(dc, alignment, filteredCount);
5054 26 Oct 18 nicklas 166       
5054 26 Oct 18 nicklas 167       Annotationtype.MBAF_NUM_REGIONS.setAnnotationValue(dc, alignment, numRegions);
5054 26 Oct 18 nicklas 168       Annotationtype.MBAF_SIGNIFICANT_REGIONS.setAnnotationValue(dc, alignment, numSignificantRegions);
5054 26 Oct 18 nicklas 169       Annotationtype.MBAF_MIN_PVALUE.setAnnotationValue(dc, alignment, minRegion == null ? null : (float)minP);
5054 26 Oct 18 nicklas 170       Annotationtype.MBAF_MIN_PREGION.setAnnotationValue(dc, alignment, minRegion == null ? null : minRegion.getRegion().getName());
5054 26 Oct 18 nicklas 171     }
5054 26 Oct 18 nicklas 172     
5054 26 Oct 18 nicklas 173   }
5054 26 Oct 18 nicklas 174   
5040 19 Oct 18 nicklas 175 }

Generated on Tue Nov 21 03:32:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)