extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/baf/MBafOptions.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5040 19 Oct 18 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.baf;
5040 19 Oct 18 nicklas 2
5040 19 Oct 18 nicklas 3 import net.sf.basedb.reggie.vcf.GtData;
5040 19 Oct 18 nicklas 4 import net.sf.basedb.reggie.vcf.SnpData;
5040 19 Oct 18 nicklas 5 import net.sf.basedb.reggie.vcf.VcfDataFilter;
5051 24 Oct 18 nicklas 6 import net.sf.basedb.util.filter.Filter;
5040 19 Oct 18 nicklas 7
5040 19 Oct 18 nicklas 8 /**
5040 19 Oct 18 nicklas 9   Options for extracting mBAF data from VCF files.
5040 19 Oct 18 nicklas 10   
5040 19 Oct 18 nicklas 11   
5040 19 Oct 18 nicklas 12
5040 19 Oct 18 nicklas 13   @author nicklas
5040 19 Oct 18 nicklas 14   @since 4.20
5040 19 Oct 18 nicklas 15 */
5040 19 Oct 18 nicklas 16 public class MBafOptions 
5040 19 Oct 18 nicklas 17 {
5040 19 Oct 18 nicklas 18
5040 19 Oct 18 nicklas 19   public static final int DEFAULT_MIN_DP = 20;
5040 19 Oct 18 nicklas 20   public static final float DEFAULT_MAX_MBAF = 0.9f;
5050 24 Oct 18 nicklas 21   public static final float DEFAULT_SIGNIFICANT_PVAL = 0.01f;
5051 24 Oct 18 nicklas 22   public static final int DEFAULT_MIN_SNPCOUNT_FOR_REGION = 20;
5040 19 Oct 18 nicklas 23   
5040 19 Oct 18 nicklas 24   private int minDP = DEFAULT_MIN_DP;
5040 19 Oct 18 nicklas 25   private float maxMBAF = DEFAULT_MAX_MBAF;
5050 24 Oct 18 nicklas 26   private float significantPVal = DEFAULT_SIGNIFICANT_PVAL;
5051 24 Oct 18 nicklas 27   private int minSnpCountForRegion = DEFAULT_MIN_SNPCOUNT_FOR_REGION;
5040 19 Oct 18 nicklas 28   
5040 19 Oct 18 nicklas 29   public MBafOptions()
5040 19 Oct 18 nicklas 30   {}
5040 19 Oct 18 nicklas 31   
5040 19 Oct 18 nicklas 32   /**
5040 19 Oct 18 nicklas 33     Get the minimal value for DP that is accepted for a SNP
5040 19 Oct 18 nicklas 34     in order to use it for mBAF statistics. Default value is 20. 
5040 19 Oct 18 nicklas 35     @see GtData#getDP()
5040 19 Oct 18 nicklas 36   */
5040 19 Oct 18 nicklas 37   public int getMinDP()
5040 19 Oct 18 nicklas 38   {
5040 19 Oct 18 nicklas 39     return minDP;
5040 19 Oct 18 nicklas 40   }
5040 19 Oct 18 nicklas 41   public void setMinDP(int minDP)
5040 19 Oct 18 nicklas 42   {
5040 19 Oct 18 nicklas 43     this.minDP = minDP;
5040 19 Oct 18 nicklas 44   }
5040 19 Oct 18 nicklas 45   
5040 19 Oct 18 nicklas 46   /**
5050 24 Oct 18 nicklas 47     Get the maximum value for mBAF that is accepted for a SNP
5040 19 Oct 18 nicklas 48     in order to use it for mBAF statistics. Default value is 0.9.
5040 19 Oct 18 nicklas 49     @see GtData#getMBaf()
5040 19 Oct 18 nicklas 50   */
5040 19 Oct 18 nicklas 51   public float getMaxMBaf()
5040 19 Oct 18 nicklas 52   {
5040 19 Oct 18 nicklas 53     return maxMBAF;
5040 19 Oct 18 nicklas 54   }  
5051 24 Oct 18 nicklas 55   public void setMaxMBaf(float maxMBAF)
5040 19 Oct 18 nicklas 56   {
5040 19 Oct 18 nicklas 57     this.maxMBAF = maxMBAF;
5040 19 Oct 18 nicklas 58   }
5040 19 Oct 18 nicklas 59   
5040 19 Oct 18 nicklas 60   /**
5050 24 Oct 18 nicklas 61     Get the p-value to use when checking if the average mBAF for
5050 24 Oct 18 nicklas 62     a region is significantly different from the average mBAF of
5050 24 Oct 18 nicklas 63     normal samples.
5050 24 Oct 18 nicklas 64   */
5050 24 Oct 18 nicklas 65   public float getSignificantPVal()
5050 24 Oct 18 nicklas 66   {
5050 24 Oct 18 nicklas 67     return significantPVal;
5050 24 Oct 18 nicklas 68   }  
5051 24 Oct 18 nicklas 69   public void setSignificantPVal(float significantPVal)
5050 24 Oct 18 nicklas 70   {
5050 24 Oct 18 nicklas 71     this.significantPVal = significantPVal;
5050 24 Oct 18 nicklas 72   }
5050 24 Oct 18 nicklas 73
5050 24 Oct 18 nicklas 74   /**
5051 24 Oct 18 nicklas 75     Get the p-value to use when checking if the average mBAF for
5051 24 Oct 18 nicklas 76     a region is significantly different from the average mBAF of
5051 24 Oct 18 nicklas 77     normal samples.
5051 24 Oct 18 nicklas 78   */
5051 24 Oct 18 nicklas 79   public int getMinSnpCountForRegion()
5051 24 Oct 18 nicklas 80   {
5051 24 Oct 18 nicklas 81     return minSnpCountForRegion;
5051 24 Oct 18 nicklas 82   }  
5051 24 Oct 18 nicklas 83   public void setMinSnpCountForRegion(int minSnpCountForRegion)
5051 24 Oct 18 nicklas 84   {
5051 24 Oct 18 nicklas 85     this.minSnpCountForRegion = minSnpCountForRegion;
5051 24 Oct 18 nicklas 86   }
5051 24 Oct 18 nicklas 87
5051 24 Oct 18 nicklas 88   /**
5040 19 Oct 18 nicklas 89     Returns a filter implementation for accepting GtData
5040 19 Oct 18 nicklas 90     instances that should be used in mBAF statistics.
5051 24 Oct 18 nicklas 91     The default implemenation will accept SNPs with at
5051 24 Oct 18 nicklas 92     least {@link #getMinDP()} reads and with mBAF value lower
5051 24 Oct 18 nicklas 93     than {@link #getMaxMBaf()}.
5040 19 Oct 18 nicklas 94   */
5051 24 Oct 18 nicklas 95   public VcfDataFilter getVcfFilter()
5040 19 Oct 18 nicklas 96   {
5040 19 Oct 18 nicklas 97     return new VcfDataFilter() 
5040 19 Oct 18 nicklas 98     {
5040 19 Oct 18 nicklas 99       @Override
5040 19 Oct 18 nicklas 100       public boolean accept(GtData gt, SnpData snp) 
5040 19 Oct 18 nicklas 101       {
5040 19 Oct 18 nicklas 102         return gt.getDP() >= minDP && gt.getMBaf() <= maxMBAF;
5040 19 Oct 18 nicklas 103       }
5040 19 Oct 18 nicklas 104     };
5040 19 Oct 18 nicklas 105   }
5040 19 Oct 18 nicklas 106   
5051 24 Oct 18 nicklas 107   /**
5051 24 Oct 18 nicklas 108     Returns a filter implementation for accepting RegionStat
5051 24 Oct 18 nicklas 109     instances that should be used in mBAF statistics. The default
5051 24 Oct 18 nicklas 110     implementation will accept regions with at least
5051 24 Oct 18 nicklas 111     {@link #getMinSnpCountForRegion()} SNPs.
5051 24 Oct 18 nicklas 112   */
5051 24 Oct 18 nicklas 113   public Filter<RegionStat> getRegionFilter()
5051 24 Oct 18 nicklas 114   {
5051 24 Oct 18 nicklas 115     return new Filter<RegionStat>()
5051 24 Oct 18 nicklas 116     {
5051 24 Oct 18 nicklas 117       @Override
5051 24 Oct 18 nicklas 118       public boolean evaluate(RegionStat rs) 
5051 24 Oct 18 nicklas 119       {
5051 24 Oct 18 nicklas 120         return rs.getSnpCount() >= minSnpCountForRegion;
5051 24 Oct 18 nicklas 121       }
5051 24 Oct 18 nicklas 122     };
5051 24 Oct 18 nicklas 123   }
5051 24 Oct 18 nicklas 124   
5040 19 Oct 18 nicklas 125 }

Generated on Tue Nov 21 03:32:47 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)