extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/baf/MBafPlot.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5049 23 Oct 18 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.baf;
5049 23 Oct 18 nicklas 2
5049 23 Oct 18 nicklas 3 import java.io.IOException;
5049 23 Oct 18 nicklas 4 import java.io.OutputStream;
5049 23 Oct 18 nicklas 5 import java.io.OutputStreamWriter;
5056 26 Oct 18 nicklas 6 import java.util.Date;
5049 23 Oct 18 nicklas 7
5049 23 Oct 18 nicklas 8 import net.sf.basedb.core.DbControl;
5049 23 Oct 18 nicklas 9 import net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay;
5056 26 Oct 18 nicklas 10 import net.sf.basedb.reggie.Reggie;
6035 29 Oct 20 nicklas 11 import net.sf.basedb.reggie.script.RFunction;
6036 02 Nov 20 nicklas 12 import net.sf.basedb.reggie.script.ScriptResult;
6035 29 Oct 20 nicklas 13 import net.sf.basedb.reggie.script.RScriptDefinition;
6036 02 Nov 20 nicklas 14 import net.sf.basedb.reggie.script.ScriptDefinition;
6035 29 Oct 20 nicklas 15 import net.sf.basedb.reggie.script.TemporaryWorkDir;
5049 23 Oct 18 nicklas 16 import net.sf.basedb.util.FileUtil;
5049 23 Oct 18 nicklas 17 import net.sf.basedb.util.export.TableWriter;
5049 23 Oct 18 nicklas 18
5049 23 Oct 18 nicklas 19 /**
5049 23 Oct 18 nicklas 20   Represents an R script for generating a mBAF plot for all regions.
5049 23 Oct 18 nicklas 21   The script is located in 'bafPlot.R' and is copied to the working
5049 23 Oct 18 nicklas 22   directory when running this class.
5049 23 Oct 18 nicklas 23   
5049 23 Oct 18 nicklas 24   @author nicklas
5049 23 Oct 18 nicklas 25   @since 4.20
5049 23 Oct 18 nicklas 26 */
5049 23 Oct 18 nicklas 27 public class MBafPlot
5049 23 Oct 18 nicklas 28   extends RScriptDefinition
5049 23 Oct 18 nicklas 29 {
5049 23 Oct 18 nicklas 30
5050 24 Oct 18 nicklas 31   private final MBafOptions options;
5050 24 Oct 18 nicklas 32   private final RFunction mBafPlot;
5431 16 May 19 nicklas 33   private final TemporaryWorkDir tmp;
5049 23 Oct 18 nicklas 34   
5050 24 Oct 18 nicklas 35   public MBafPlot(MBafOptions options)
5049 23 Oct 18 nicklas 36   {
5056 26 Oct 18 nicklas 37     try
5056 26 Oct 18 nicklas 38     {
5431 16 May 19 nicklas 39       this.tmp = TemporaryWorkDir.create("BAFPlot", Reggie.CONVERTER_DATE_TO_STRING.convert(new Date()), this);
5431 16 May 19 nicklas 40       setWorkDir(tmp.getWorkDir().getAbsolutePath());
5056 26 Oct 18 nicklas 41       setScript("./bafPlot.R");
5056 26 Oct 18 nicklas 42       this.mBafPlot = addFunction("mBafPlot");
5056 26 Oct 18 nicklas 43       this.options = options;
5056 26 Oct 18 nicklas 44     }
5056 26 Oct 18 nicklas 45     catch (IOException ex)
5056 26 Oct 18 nicklas 46     {
5056 26 Oct 18 nicklas 47       throw new RuntimeException(ex);
5056 26 Oct 18 nicklas 48     }
5049 23 Oct 18 nicklas 49   }
5049 23 Oct 18 nicklas 50   
5049 23 Oct 18 nicklas 51   /**
5049 23 Oct 18 nicklas 52     Run the mBAF plot script for the given aligned sequences.
5049 23 Oct 18 nicklas 53   */
5049 23 Oct 18 nicklas 54   public Result run(DbControl dc, DerivedBioAssay alignment, BafData bafData)
5049 23 Oct 18 nicklas 55   {
6036 02 Nov 20 nicklas 56     mBafPlot.setParameter("sampleName", "'"+ScriptDefinition.checkValidScriptParameter(alignment.getName())+"'");
5050 24 Oct 18 nicklas 57     mBafPlot.setParameter("pval", options.getSignificantPVal());
5051 24 Oct 18 nicklas 58     mBafPlot.setParameter("minCount", options.getMinSnpCountForRegion());
5049 23 Oct 18 nicklas 59     Result result = run(new Result(bafData));
5049 23 Oct 18 nicklas 60     return result;
5049 23 Oct 18 nicklas 61   }
5056 26 Oct 18 nicklas 62   
5056 26 Oct 18 nicklas 63   /**
5431 16 May 19 nicklas 64     Cleanup the temporary workdir
5056 26 Oct 18 nicklas 65   */
5056 26 Oct 18 nicklas 66   @Override
5431 16 May 19 nicklas 67   public void removeWorkDir()
5056 26 Oct 18 nicklas 68   {
5431 16 May 19 nicklas 69     tmp.close();
5431 16 May 19 nicklas 70     setWorkDir(null);
5056 26 Oct 18 nicklas 71   }
5049 23 Oct 18 nicklas 72
5049 23 Oct 18 nicklas 73   public class Result
6036 02 Nov 20 nicklas 74     extends ScriptResult
5049 23 Oct 18 nicklas 75   {
5049 23 Oct 18 nicklas 76     
5049 23 Oct 18 nicklas 77     private final BafData bafData;
5049 23 Oct 18 nicklas 78     
5049 23 Oct 18 nicklas 79     /**
5049 23 Oct 18 nicklas 80       Creates a new result object for the given raw bioassay.
5049 23 Oct 18 nicklas 81     */
5049 23 Oct 18 nicklas 82     public Result(BafData bafData) 
5049 23 Oct 18 nicklas 83     {
5049 23 Oct 18 nicklas 84       super();
5049 23 Oct 18 nicklas 85       this.bafData = bafData;
5049 23 Oct 18 nicklas 86     }
5049 23 Oct 18 nicklas 87   
5049 23 Oct 18 nicklas 88     @Override
5049 23 Oct 18 nicklas 89     protected void loadFilesToWorkDir() 
5049 23 Oct 18 nicklas 90       throws IOException 
5049 23 Oct 18 nicklas 91     {
5049 23 Oct 18 nicklas 92       OutputStream out = null;
5049 23 Oct 18 nicklas 93       try
5049 23 Oct 18 nicklas 94       {
5049 23 Oct 18 nicklas 95         // Copy the R script and reference data
5056 26 Oct 18 nicklas 96         createWorkFile("bafPlot.R", false, MBafPlot.class.getResourceAsStream("/net/sf/basedb/reggie/baf/bafPlot.R"), true);
5056 26 Oct 18 nicklas 97         createWorkFile("normal-refs.txt", false, MBafPlot.class.getResourceAsStream("/net/sf/basedb/reggie/baf/normal-refs.txt"), true);
5049 23 Oct 18 nicklas 98         
5049 23 Oct 18 nicklas 99         // and save the mBAF data to a tab-separated file
5056 26 Oct 18 nicklas 100         out = createWorkFile("mbafdata.txt", true);
5049 23 Oct 18 nicklas 101         TableWriter tw = new TableWriter(new OutputStreamWriter(out));
5049 23 Oct 18 nicklas 102         Object[] data = new Object[4];
5049 23 Oct 18 nicklas 103         data[0] = "Region";
5049 23 Oct 18 nicklas 104         data[1] = "Count";
5049 23 Oct 18 nicklas 105         data[2] = "AvgMBaf";
5049 23 Oct 18 nicklas 106         data[3] = "PVal";
5049 23 Oct 18 nicklas 107         tw.tablePrintData(data);
5049 23 Oct 18 nicklas 108         
5049 23 Oct 18 nicklas 109         for (RegionStat rs : bafData.getRegionStat())
5049 23 Oct 18 nicklas 110         {
5049 23 Oct 18 nicklas 111           data[0] = rs.getRegion().getName();
5051 24 Oct 18 nicklas 112           data[1] = rs.getSnpCount();
5049 23 Oct 18 nicklas 113           data[2] = rs.getAvgMBaf();
5049 23 Oct 18 nicklas 114           data[3] = rs.getPValue();
5049 23 Oct 18 nicklas 115           tw.tablePrintData(data);
5049 23 Oct 18 nicklas 116         }
5049 23 Oct 18 nicklas 117         
5049 23 Oct 18 nicklas 118         tw.flush();
5049 23 Oct 18 nicklas 119         tw.close();
5049 23 Oct 18 nicklas 120       }
5049 23 Oct 18 nicklas 121       finally
5049 23 Oct 18 nicklas 122       {
5049 23 Oct 18 nicklas 123         FileUtil.close(out);
5049 23 Oct 18 nicklas 124       }
5049 23 Oct 18 nicklas 125     }    
5049 23 Oct 18 nicklas 126   }
5049 23 Oct 18 nicklas 127   
5049 23 Oct 18 nicklas 128 }

Generated on Tue Nov 21 03:32:48 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)