extensions/net.sf.basedb.reggie/trunk/src/net/sf/basedb/reggie/baf/RegionStat.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5045 22 Oct 18 nicklas 1 package net.sf.basedb.reggie.baf;
5045 22 Oct 18 nicklas 2
5045 22 Oct 18 nicklas 3 import java.util.ArrayList;
5045 22 Oct 18 nicklas 4 import java.util.List;
5045 22 Oct 18 nicklas 5 import java.util.Locale;
5045 22 Oct 18 nicklas 6
5045 22 Oct 18 nicklas 7 import org.apache.commons.math3.distribution.NormalDistribution;
5045 22 Oct 18 nicklas 8
5045 22 Oct 18 nicklas 9 import net.sf.basedb.reggie.vcf.GtData;
5045 22 Oct 18 nicklas 10
5045 22 Oct 18 nicklas 11 /**
5045 22 Oct 18 nicklas 12   Class for collection mBAF statistics from SNP:s within
5045 22 Oct 18 nicklas 13   a region.
5045 22 Oct 18 nicklas 14   
5045 22 Oct 18 nicklas 15   @author nicklas
5045 22 Oct 18 nicklas 16   @since 4.20
5045 22 Oct 18 nicklas 17 */
5045 22 Oct 18 nicklas 18 public class RegionStat 
5045 22 Oct 18 nicklas 19 {
5045 22 Oct 18 nicklas 20   
5045 22 Oct 18 nicklas 21   private static final NormalDistribution norm = new NormalDistribution();
5045 22 Oct 18 nicklas 22   
5045 22 Oct 18 nicklas 23   /**
5045 22 Oct 18 nicklas 24     Create statistics collectors for the given regions.
5045 22 Oct 18 nicklas 25   */
5045 22 Oct 18 nicklas 26   public static final List<RegionStat> create(List<Region> regions)
5045 22 Oct 18 nicklas 27   {
5045 22 Oct 18 nicklas 28     List<RegionStat> stat = new ArrayList<RegionStat>(regions.size());
5045 22 Oct 18 nicklas 29     for (Region r : regions)
5045 22 Oct 18 nicklas 30     {
5045 22 Oct 18 nicklas 31       stat.add(new RegionStat(r));
5045 22 Oct 18 nicklas 32     }
5045 22 Oct 18 nicklas 33     return stat;
5045 22 Oct 18 nicklas 34   }
5045 22 Oct 18 nicklas 35   
5045 22 Oct 18 nicklas 36   private final Region region;
5045 22 Oct 18 nicklas 37   
5045 22 Oct 18 nicklas 38   private int count;
5045 22 Oct 18 nicklas 39   private double sumMBaf;
5045 22 Oct 18 nicklas 40   
5045 22 Oct 18 nicklas 41   public RegionStat(Region region)
5045 22 Oct 18 nicklas 42   {
5045 22 Oct 18 nicklas 43     this.region = region;
5045 22 Oct 18 nicklas 44   }
5045 22 Oct 18 nicklas 45
5045 22 Oct 18 nicklas 46   /**
5045 22 Oct 18 nicklas 47     Get the region.
5045 22 Oct 18 nicklas 48   */
5045 22 Oct 18 nicklas 49   public Region getRegion()
5045 22 Oct 18 nicklas 50   {
5045 22 Oct 18 nicklas 51     return region;
5045 22 Oct 18 nicklas 52   }
5045 22 Oct 18 nicklas 53   
5045 22 Oct 18 nicklas 54   /**
5045 22 Oct 18 nicklas 55     Get the number of SNPs that was found in this region.
5045 22 Oct 18 nicklas 56   */
5051 24 Oct 18 nicklas 57   public int getSnpCount()
5045 22 Oct 18 nicklas 58   {
5045 22 Oct 18 nicklas 59     return count;
5045 22 Oct 18 nicklas 60   }
5045 22 Oct 18 nicklas 61   
5045 22 Oct 18 nicklas 62   /**
5045 22 Oct 18 nicklas 63     Get the average mBAF value.
5045 22 Oct 18 nicklas 64   */
5045 22 Oct 18 nicklas 65   public double getAvgMBaf()
5045 22 Oct 18 nicklas 66   {
5045 22 Oct 18 nicklas 67     return (sumMBaf / count);
5045 22 Oct 18 nicklas 68   }
5045 22 Oct 18 nicklas 69   
5045 22 Oct 18 nicklas 70   /**
5045 22 Oct 18 nicklas 71     Get the Z-score for the average mBAF of the SNPs in this 
5045 22 Oct 18 nicklas 72     region when compared to the normal reference.
5045 22 Oct 18 nicklas 73     
5045 22 Oct 18 nicklas 74     Z = (mBAF - mBAFRef) / sdRef
5045 22 Oct 18 nicklas 75   */
5045 22 Oct 18 nicklas 76   public double getZScore()
5045 22 Oct 18 nicklas 77   {
5045 22 Oct 18 nicklas 78     return (getAvgMBaf()-region.getAvgBafRef()) / region.getSdBafRef();
5045 22 Oct 18 nicklas 79   }
5045 22 Oct 18 nicklas 80   
5045 22 Oct 18 nicklas 81   /**
5045 22 Oct 18 nicklas 82     Get the P-value for the average mBAF of the SNPs in this 
5045 22 Oct 18 nicklas 83     region when compared to the normal reference.
5045 22 Oct 18 nicklas 84     
5045 22 Oct 18 nicklas 85     p = pnorm(-Z)
5045 22 Oct 18 nicklas 86   */
5045 22 Oct 18 nicklas 87   public double getPValue()
5045 22 Oct 18 nicklas 88   {
5045 22 Oct 18 nicklas 89     return norm.cumulativeProbability(-getZScore());
5045 22 Oct 18 nicklas 90   }
5045 22 Oct 18 nicklas 91   
5045 22 Oct 18 nicklas 92   /**
5045 22 Oct 18 nicklas 93     Add a new SNP to this region.
5045 22 Oct 18 nicklas 94   */
5045 22 Oct 18 nicklas 95   void addToStat(GtData gt)
5045 22 Oct 18 nicklas 96   {
5045 22 Oct 18 nicklas 97     count++;
5045 22 Oct 18 nicklas 98     sumMBaf+= gt.getMBaf();
5045 22 Oct 18 nicklas 99   }
5045 22 Oct 18 nicklas 100
5045 22 Oct 18 nicklas 101   @Override
5045 22 Oct 18 nicklas 102   public String toString()
5045 22 Oct 18 nicklas 103   {
5051 24 Oct 18 nicklas 104     return region.toString() + String.format(Locale.ENGLISH, "[%d,%.3f,%.3f,%.3e]", getSnpCount(), getAvgMBaf(), getZScore(), getPValue());
5045 22 Oct 18 nicklas 105   }
5045 22 Oct 18 nicklas 106   
5045 22 Oct 18 nicklas 107   
5045 22 Oct 18 nicklas 108   
5045 22 Oct 18 nicklas 109 }

Generated on Tue Nov 21 03:32:48 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)